Parlak, MehmetŞahin, Zeynep Büşra2026-01-302026-01-302025https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=CtwiQkYvArAb95Ufpfs_vq9OK4aVo9ew-dylSrFW_ZaHC9Yr_bJ8o_JIyzbsJecLhttps://hdl.handle.net/20.500.14720/29778Çalışmada, gastroenterit ön tanısı alan hastaların dışkı örneklerinde viral, bakteriyel ve paraziter etkenler; kültür, mikroskobik nativ-lügol, immünokromatografik testler ve sendromik PCR yöntemleri ile değerlendirilerek etkenlerin sıklıkları belirlenmiş ve yöntemler karşılaştırılmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda Eylül 2024-Mayıs 2025 tarihleri arasında gastroenterit tanılı hastalara ait 100 gaita örneği incelenmiştir. Dışkının rengi, kıvamı, kokusu gibi fiziksel özellikleri incelendikten sonra paraziter etkenler açısından mikroskobik olarak incelenmiştir. Gaita örnekleri Entamoeba histolytica, Giardia lamblia ve Cryptosporidium antijenleri ve Adenovirus ve Rotavirus açısından kromatografik olarak incelenmiştir. Kültür için gaita örnekleri Eozin Metilen Blue, Salmonella Shigella agar, %5 koyun kanlı agar, %10 koyun kanlı Campylobacter seçici besiyerine ekilmiştir. Besiyerleri, 37oC'de derece etüvde 24-48 saat; Campylobacter açısından ise 42oC'de 2 hafta inkübasyona bırakılmıştır. Gastroenterit etkenlerinin nükleik asit tespiti için Multiplex Bio-Speedy® Gastroenterit RT-qPCR MX-24 Panel kullanılmıştır. Çalışmaya dâhil edilen 100 örneğin 52'si (%52) kadın, 48'i (%48) erkek hastalardan elde edilmiştir. Hastaların 46'sı (%46) pediatrik, 54'ü (%54) yetişkin yaş grubundadır. Multiplex panelde 55 adet bakteriyel (35'i E.coli patotipi, 6'sı Campylobacter, 10'u C.difficile Toksin, 2'si Shigella ve 2'si Salmonella), 19 adet viral (10'u Rotavirüs, 3'er adedi Astrovirüs, Sapovirüs, Adenovirüs) ve 5 adet paraziter etken (3'ü Giardia ve 2'si E.histolytica) olmak üzere toplam 79 etken saptandı. Sendromik test sonucunda rotavirüs pozitif saptanan 10 örneğin 9'u ve adenovirüs pozitif saptanan 3 örneğin biri kromatografik test ile de pozitif bulunurken, rotavirüs negatif saptanan 87 örnekten 2'sinde ve adenovirüs negatif saptanan 95 örnekten birinde kromatografik test ile pozitiflik saptanmıştır. Rotavirüs açısından, kaset testi ile PCR arasında yüksek düzeyde uyum saptanmıştır. Entamoeba, Giardia ve Cryptosporidium antijenlerini saptamaya yönelik hızlı kaset testinde 100 örneğin hiçbirinde pozitiflik saptanmamıştır. Kültür sonucunda salmonella saptanan 4 örneğin 2'si; Shigella pozitif saptanan 2 örneğin biri ve Campylobacter pozitif saptanan bir örnek sendromik test ile de pozitif bulunmuştur. Kültürde Campylobacter tespit edilmeyen 5 örnek sendromik test ile pozitif bulunmuştur. Bakteriyel patojenler açısından, Salmonella ve Shigella'da kültür ile PCR arasında çok iyi uyum (Kappa=0,795; p<0,001), Campylobacter açısından ise orta düzeyde uyum (Kappa=0,273; p<0,001) gözlenmiştir. Sendromik multipleks PCR, mikroskopi, immünokromatografi ve kültür gibi konvansiyonel yöntemlere kıyasla daha yüksek duyarlılığa sahip bulunmuştur. Bu nedenle klinik pratikte konvansiyonel yöntemlerle birlikte kullanılması hem sonuçların doğrulanması hem de antibiyogram verilerinin elde edilmesi açısından önem taşımaktadır. Özellikle pediatrik yaş grubunda sendromik testlerin rutin kullanımı, doğru tanı koyma ve toplum sağlığını koruma açısından salgınların önlenmesine katkı sağlayabilir. Bununla birlikte, elde edilen bulguların güvenilirliğini artırmak için daha geniş örneklem gruplarıyla yapılacak ileri çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Gastroenterit, mültipleks sendromik, PCR, gaita, enfeksiyöz ishalIn this study, viral, bacterial, and parasitic agents were assessed in stool samples of patients with a preliminary diagnosis of gastroenteritis using culture, microscopic native Lugol, immunochromatographic tests, and syndromic PCR methods. And the frequencies of these agents were determined and the methods were compared. 100 stool samples from patients diagnosed with gastroenteritis were examined between September 2024-May 2025 at the Medical Microbiology Laboratory of Dursun Odabaş Medical Center, Van Yüzüncü Yıl University. After examining the physical characteristics of the stools, such as color, consistency, and odor, the stools were microscopically examined for parasitic agents. The stool samples were analysed chromatographically for Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, and Cryptosporidium antigens, as well as for Adenovirus and Rotavirus. For culture, stool samples were inoculated on Eosin Methylene Blue, Salmonella Shigella Agar, 5% Sheep Blood Agar, and Campylobacter Selective Media with 10% Sheep Blood. The media were incubated at 37°C for 24-48 hours, and for Campylobacter at 42°C for 2 weeks. The Multiplex Bio Speedy® Gastroenteritis RT-qPCR MX-24 Panel was used for nucleic acid detection of gastroenteritis agents. Of the 100 samples included in the study, 52 (52%) were obtained from female patients and 48 (48%) from male patients. 46 (46%) of the patients were pediatric and 54 (54%) were adult. A total of 79 agents were detected in the multiplex panel, including 55 bacterial (35 E. coli pathotypes, 6 Campylobacter, 10 C. difficile Toxin, 2 Shigella and 2 Salmonella), 19 viral (10 Rotavirus, 3 each Astrovirus, Sapovirus, Adenovirus) and 5 parasitic agents (3 Giardia and 2 E. histolytica). As a result of the syndromic test, while 9 of 10 rotavirus-positive samples and 1 of 3 adenovirus-positive samples were also found positive by chromatographic test, 2 of 87 rotavirus-negative samples and 1 of 95 adenovirus-negative samples were found positive by chromatographic test. A high level of concordance was found between the cassette test and PCR for rotavirus. No positivity was detected in any of the 100 samples in the rapid cassette test for Entamoeba, Giardia, and Cryptosporidium antigens. Two of the four samples with Salmonella detected in culture, one of the two Shigella positive samples, and one Campylobacter positive sample were also positive with the syndromic test. Five samples without Campylobacter detected in culture were also positive with the syndromic test. Regarding bacterial pathogens, very good agreement was observed between culture and PCR for Salmonella and Shigella (Kappa=0.795; p<0.001), while moderate agreement was observed for Campylobacter (Kappa=0.273; p<0.001). Syndromic multiplex PCR was found to have higher sensitivity compared to conventional methods such as microscopy, immunochromatography, and culture. Therefore, its use in conjunction with conventional methods in clinical practice is important for both confirming results and obtaining antibiogram data. Routine use of syndromic testing, particularly in the pediatric age group, can contribute to the prevention of outbreaks by ensuring accurate diagnosis and protecting public health. However, further studies with larger sample sizes are needed to increase the reliability of the findings. Keywords: Gastroenteritis, multiplex syndromic, PCR, stool, infectious diarrheatrEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiGastroenterolojiMikrobiyolojiGastroenterolojiInfectious Diseases and Clinical MicrobiologyGastroenterologyMicrobiologyGastroenterologySpecialist Thesis