Browsing by Author "Öğün, Erdal"

Now showing 1 - 13 of 13

By Salt (Iğdır) Salt Halophi̇li̇c Bacteri̇a From the Extracellular Enzyme Produci̇ng Isolation of Industrial and Diagnosis
(2014) Başaran, Sümeyra; Öğün, Erdal
Bu araştırmanın materyalini; Iğdır İli'nin Tuzluca ilçesi sınırları içerisinde yer alan Tuzluca Tuz Madeni'nden 12.06.2011 tarihinde toplanan tuzlu toprak, tuzlu su ve kristalize tuz örnekleri oluşturdu. Seyreltme plaka yöntemi ile yapılan sayımlarda tuzlu toprak ve kristalize tuz içeren örneklerde halofilik bakteri sayısının 6X105kob/ml ve 2,3X105kob/gr arasında değiştiği belirlendi. Ancak tuzlu su örneğindeki halofilik bakteri sayısının 5X107/ml olduğu belirlendi Tuzlu toprak, tuzlu su ve kristalize tuz örnekleri izole edilen izolatların ılımlı halofilik gruba ait olduğu belirlendi. İzolatların tümünün aynı morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özelliğe sahip olduğu belirlendi. Ayrıca seçilen bir izolatın 16S rRNA diziliş analizine göre %98 oranında Halobacillus trueperi'ye benzerlik gösterdiği belirlendi. Bütün izolatlar; nişasta, Tween 80, selüloz, keratin, pektin, trozin ve üre hidrolizi yönünden negatif özellik göstermiş olmasına rağmen, kazein, jelatin ve eskulin hidrolizi yönünden pozitif özellik gösterdi.
Determination of Salmonella Sp. and Shigella Sp. in Drinking and Potable Water Sampled From Surroundings of the Van
(2011) Erdoğan, Nülifer; Öğün, Erdal
Bu araştırmada; 15 Nisan-15 Eylül 2009 tarihleri arasında Van ve çevresindeki içme ve kullanma sularından farklı zamanlarda alınan su örneklerinde Salmonella sp.ve Shigella sp. gibi patojenlerin varlığının tespiti amaçlandı. Aynı su örneklerinden toplam koliform, fekal koliform, E. coli, fekal streptokok gibi indikatör bakterilerin sayımları da yapıldı.Membran filtrasyon yöntemi ile yapılan çalışmalarda, numunelerin 49 tanesinde toplam koliform, 25 tanesinde fekal koliform, 19 tanesinde E. coli, 11 tanesinde fekal streptokok tesbit edildi.Alınan numunelerin hiçbirinde Salmonella sp. ve Shigella sp. patojenleri tespit edilemedi.Anahtar Kelimeler: Van, Salmonella sp , Shigella sp. , içme ve kullanma suları
The Effect of on the Activity of Cellulase Enzyme Produced by Bacillus Flexus T1 Isolate Isolated and Characterized From Canik Saltern (van)
(2019) Börekçi, Tuğba; Öğün, Erdal
Bu araştırmada; Canik Tuzlası'ndan izole edilen, halofilik bakterilerin, selülaz enzimi yönünden, taranması hedeflendi. Ayrıca, farklı ortam bileşenlerinin enzim aktivitesine üzerine etkisinin belirlenmesi amaçlandı. İlave olarak, selülaz enzimi yönünden pozitif izolatların, klasik ve moleküler karakterizasyonu gerçekleştirildi. Halofilik bakterilerin izolasyonunda % 20 oranında NaCl içeren halofilik besiyeri kullanıldı. İzolatların selülaz enzimi yönünden taranmasında, % 1 oranında karboksimetil selüloz (CMC) içeren, halofilik agar, kullanıldı. Bu besiyerine izolatlar yoğun bir şekilde ekildi ve 35°C'de 48 saat inkübasyona bırakıldı. İnkübasyondan sonra, plakların yüzeyini kapatacak şekilde, kongo kırmızısı boyası ilave edilerek ve 15 dakika sonra 1M'lık NaCl çözeltisi ile yıkandı. Biyomasın etrafında şeffaf zon oluşumu, selülaz enzimi yönünden pozitif olarak değerlendirildi. Koloni morfolojisine göre, farklılık gösteren üç izolattan, sadece bir tanesi selülaz enzimi yönünden, pozitif bulundu. Bu izolatın farklı sıcaklık aralıkları, farklı pH ve farklı tuz konsantrasyonlarında gösterdiği aktivite belirlendi. Ayrıca farklı karbon kaynaklarının, organik ve inoganik azot kaynakları ile farklı amino asitlerin enzim aktivitesi üzerine etkisi belirlendi. Bu izolat tarafından üretilen, selülaz enziminin, 48 saatlik sabit inkübasyon aralığında sırasıyla; 25ºC'de (48,79 IU/ml), pH 8 (39,78 IU/ml) değerinde, %5 NaCl (36,07 IU/ml), fruktoz (37,04 IU/ml), pepton (37,04 IU/ml), ve ornitin (36,98 IU/ml) amino asiti'nin varlığında yüksek (aktivite gösterdiği tespit edildi. Ayrıca, bu izolatın morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri belirlendi. İlave olarak, selülaz pozitif izolatın, 16S rRNA diziliş analizine göre Bacillus flexus suşuna mensup olduğu tespit edilerek, bakteriyel taksonomideki durumunu belirlendi.
Flora of Toprakkale (Van)
(1992) Öğün, Erdal; Altan, Yasin
Bu çalışmada Toprakkale Florası incelendi. Çalışma 1990-1992 yılları arasında tamamlandı.Toplanan örnekler değerlendirildi ve sonuçlar şöyledir: 41 Familya, 172 Cins, 249 Tür ve B9 için 27 tür yeni kayıt.
Isolated and Characterized From Cani̇k Salt (van) Effect of Environmental Conditions on Optimization of Xylanase Enzyme Produced by Halophilic Bacteria
(2021) Kaya, Fatma; Öğün, Erdal
Bu araştırmada, Canik Tuzlası'ndan toplanan tuzlu su örneklerinden izole edilen halofilik bakteri izolatlarının, ksilanaz enzimini üretme kabiliyetleri ve ksilanaz enziminin aktivitesi üzerine ortam bileşiminin etkisinin araştırılması amaçlandı. Ayrıca, ksilanaz enzimi yönünden pozitif izolatların, fenotipik ve 16S rDNA diziliş analizine dayalı olarak bakteriyel taksonomideki yerlerinin belirlenmesi hedeflendi. Tuzlu su örneklerinden bakterilerin izolasyonunda ve kültüre alınmasında Sehgal ve Gibbons tarafından önerilen Complex Medium (CM) kullanıldı. Ksilanaz enzimi üreten izolatların taranmasında içerisinde % 1 oranında ksilan bulunan CM ortamı kullanıldı. Pozitif izolatlar tarafından üretilen, ksilanaz enzimin aktivitesi 490nm'de spektrofotometrik yöntemle belirlendi Toplam üç izolat arasında sadece birinin ksilan ve kongo kırmızısı içeren CM ortamında, ksilanaz enzimi yönünden pozitif olduğu gözlendi. Bu izolatın ürettiği ksilanaz enziminin 56 saatlik inkübasyon aralığında 1,1656IU/mL, 45 ºC sıcaklıkta 1,1783IU/mL, pH 5.0 değerinde 1,1595IU/mL, karbon kaynağı olarak ksiloz varlığında 1,1782IU/mL, organik azot kaynağı olarak pepton varlığında 1,1669IU/mL ve glutamin amino asitinin varlığında 1,1691IU/mL en yüksek aktiviteyi oluşturduğu tespit edildi. Ayrıca bu izolatın endospora sahip Gram pozitif boyandığı gözlendi. İlave olarak ksilanaz pozitif izolatın, 16S rDNA diziliş analizine göre Bacillus flexus F1 suşuna mensup olduğu tespit edilerek bakteriyel taksonomideki durumu belirlendi. Başta kağıt endüstrisi olmak üzere, birçok endüstride kullanılan ksilanaz enziminin, halofilik Bacillus flexus F1 suşu, tarafından üretilmesi, milli gen kaynaklarımız açısından son derece önemlidir
Isolation and Characterisation of Halophilic Bacteria From Tuzlagozu Saltern of Kozluk (Batman)
(2011) Kayalık, Reyhan; Öğün, Erdal
Bu araştırmada; 15 Mayıs 2009 tarihinde Batman İli Tuzlagözü Köyü sınırları içerisinde bulunan Tuzlagözü Tuzlasından toplanan kristalize tuz, tuzlu toprak ve tuzlu su örneklerinden halofilik bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu amaçlandı. Seyreltme plaka yöntemi ile yapılan sayımlarda su örneklerindeki halofilik bakteri sayısı 5X10-2kob/ml ve toprak örneklerindeki halofilik bakteri sayısı 2X10-3 kob/gr olarak belirlendi. İzole edilen suşların tuz içermeyen ortamlarda üremediği ve %2.5, %5, %10, %15 %20 ve %25 oranında NaCl içeren ortamlarda ürediği tespit edildi. Koloni morfolojisine göre seçilen beş izolatın dördünün gram negatif, birinin ise gram pozitif özellikte boyandığı belirlendi. Suşların; fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri belirlenerek RAPD-PCR tekniği ile ayırımı yapıldı. Suşların benzerlikleri dendogram halinde sunuldu.
Isolation and Characterization of Alkalophilic Bacteria Producing L-Asparaginase and Uricase Enzyme From Water and Sediment Samples Collected From Different Regions of Lake Van
(2018) Esen, Firdevs; Öğün, Erdal
Bu araştırmanın materyalini, Van Gölü'nden toplanan su ve sediment örnekleri oluşturdu. Çocukluk çağında görülen Akut Lenfoblastik Lösemi tedavisinde kullanılan L-Asparaginaz enzimi ile gut hastalığının teşhis ve tedavisinde kullanılan ürikaz enzimi yönünden pozitif izolatların morfolojik, biyokimyasal ve fizyolojik özellikleri belirlenerek 16S rRNA analizine dayalı teşhisleri gerçekleştirildi. İzolatların L-Asparaginaz enzimi üretme kabiliyeti, % 1 oranında L-asparajin ve fenol kırmızısı içeren M9 ortamında test edildi. Ürikaz enzimi üretiminin belirlenmesi için içerisinde % 0.5 oranında ürik asit bulunan alkalofil ortamı kullanıldı. Halomonas F1 izolatı, ürikaz üretimi yönünden pozitif özellik gösterirken; Halomonas F2 izolatının, L-asparaginaz üretimi yönünden pozitif özellik gösterdiği belirlendi. Her iki izolatın ılımlı haloalkalofilik gruba ait olduğu tespit edildi. Karşılaştırmalı 16S rRNA gen dizisi analizi sonucunda F1 izolatının % 98.5 benzerlik ile Halomonas variabilis ve F2 izolatının % 99.2 benzerlik ile Halomonas meridiana'ya benzerlik gösterdiği tespit edildi.
Isolation and Characterization of Alkalophilic Bacteria Producing Pectinase Enzyme Isolated From Water Samples From Lake Van
(2021) Akay, Sema; Öğün, Erdal
Bu araştırmada; Van Gölü'nün Doğu sahillerinden alınan, yüzey suyu örneklerinden izole edilen alkalofilik bakterilerin, pektinaz enzimi açısından taranması ve elde edilen izolatların farklı ortam koşullarında aktivitelerinin belirlenmesi hedeflendi. Ayrıca pektinaz enzimi üreten izolatların, morfolojik, biyokimyasal, fizyolojik ve 16S rDNA diziliş analizleri yapılarak; bakteri taksonomisindeki yerleri belirlenmeye çalışıldı. Van Gölü'nden sağlanan yüzey suyu örneklerinden alkalofilik bakterilerin izolasyon çalışmaları için Alkalofil Agar kullanıldı. Elde edilen Alkalofilik izolatların, pektinaz enzimi yönünden taraması için ise %1 oranında pektin bulunduran M9 ortamı kullanıldı. Pektinaz enzimi aktivitesinin belirlenmesi için dinitrosalisilik asit (DNS) yöntemi, standart eğri grafiğinin için ise farklı glikoz konsantrasyonları kullanıldı. Test tüplerinin aktivite değerleri, standart eğri grafiğinden elde edilen formül kullanılarak, glikoz eşdeğerine çevrilerek hesaplandı. Test tüplerinin ve standart tüplerin absorbans değerleri spektrofotometrede 540 nm'de ölçüldü. Toplam dört alkalofilik izolat arasından, sadece birinin pektinaz enzimi açısından pozitif olduğu belirlendi. Bu izolatın %1'lik NaCl konsantrasyonunda (0.590 IU/mL), arjinin amino asitinin varlığında (0.555 IU/mL), malt ekstratı varlığında (1.054 IU/mL), pH 10'da (0.550 IU/mL), 24 saatlik inkübasyon peryodunda (0.960 IU/mL) ve 24 saatlik inkübasyon peryodunda (0.976 IU/mL) maksimum aktivite gösterdiği belirlendi. Pektinaz pozitif izolatın, morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal ve 16S rDNA diziliş analizine göre, Proteobacteria filumunun gammaproteobacteria alt sınıfı içerisinde yer alan Alkalimonas delamerensis türüne ait olduğu belirlendi. Pektinaz pozitif izolatın, morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal ve 16S rDNA diziliş analizine ii göre, Proteobacteria filumunun gammaproteobacteria alt sınıfı içerisinde yer alan Alkalimonas delamerensis türüne ait olduğu belirlendi.
Isolation and Characterization of Methyltrophic Bacteria From Sediment Samples Collecting Van Lake
(2018) Kavak, Sedat; Öğün, Erdal
Bu araştırmada; metilotrofik bakterilerin izolasyonunda kullanılan sediment örneği Van Büyükşehir Belediyesi Atık Su Arıtma tesisinin açıldığı alandan sağlandı. Bu çalışmada metilotrofik bakterilerin izolasyonunda sadece bir izolatın % 1-5 oranında metanol içeren ortamda üredeği gözlemlendi. Halomonas S1 izolatı olarak adlandırılan bu izolatın morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal özellikleri belirlenerek 16S rRNA gen bölgesinin dizi analizi gerçekleştirildi. İzolatlardan yalnız S1 kültürünün tek karbon ve enerji kaynağı olarak %1 metanol içeren besi yerinde üreyebildiği görüldü. Daha kesin bir sonuç elde etmek için S1 kültürü NMR tekniği kullanılarak test edildikten sonra S1 kültürürnün metanolü yegane enerji ve karbon kaynağı olarak kullanma yeteneğine sahip olduğu gözlemlendi. 16S rDNA gen bölgesi; filogenetik analizde 1202 nükleotit'lik bir bölgede kıyaslanan S1 izolatının, 16 nükleotid fark ve % 98.6 benzerlik ile Halomonas desiderata (NR 026274)'ya benzediği tespit edilmiştir. Aynı zamanda BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) programı kullanılarak Gen Bankasındaki veritabanı ile karşılaştırılması sonucu suşun %100 benzerlikle Halomonas desiderata olduğu bulunmuştur.
Isolation and Characterization of Potassium-Solving Bacteria From Soil Samples Provided From Bahçesaray (van) Region
(2023) Baykara, Hatun Dağtekin; Öğün, Erdal
Bu araştırmada, Van Bahçesaray ilçesi tarım topraklarından alınan örneklerden potasyum çözen bakterilerin gözle gözlemlenip morfolojik, kalitatif, kantitatif, biyokimyasal özellikleri incelendi. Ayrıca, potasyum çözen bakterilerin pozitif izolatlarının 16S rDNA sekanslarına göre bakteriyel taksonomideki yerleri belirlenmeye çalışıldı. Toplanan toprak numuneleri TSA besiyerine ekimleri yapılarak izolasyonları gerçekleştirildi. Elde edilen izolatların potasyum çözme kabiliyeti açısından taranması Alexandrov besi yeri ortamı kullanılarak yapıldı ve bu ortamda şeffaf zon oluşturan izolatlar potasyum çözme özellikleri açısından pozitif kabul edildi. Bu izolatların potasyum çözme kabiliyetleri kantitatif olarak atomik alev fotometresiyle ölçülüp değerlendirilmiştir. Ayrıca pozitif izolatların identifikasyonu, geleneksel mikrobiyolojik metodları ve 16S rDNA sekans analizine göre yapıldı ve filogenetik ağaç oluşturuldu. S1 ve S3a bakteri türleri, fenotipik, biyokimyasal, morfofolojik özelliklerine ve 16S rDNA sekanslarına göre belirlendi. S1 ve S3a izolatları, 27F ve 1492R evrensel primerleri kullanılarak korunmuş 16S rDNA geninin PCR amplifikasyonu, gerçekleştirildi. Maksimum Likelihood algoritması kullanılarak türler arasındaki genetik uzaklık hesaplandı. Böylece filogenetik ağaç oluşturulup türlerin genetik konumları ortaya konuldu. 16S rDNA gen sekans sonucunda S1 suşunun Pseudomonas azotoformans türüne % 99,93 benzer olduğu ve S3a izolatının Bacillus canaveralius türüne % 96,88 benzer olduğu tespit edildi.
Isolation and Identification of Halophilic Bacteria From Rocksalt Saltern of Kagizman (Kars) and Its Saline Surroundings
(2010) Bayrak, Nihal Altın; Öğün, Erdal
Bu araştırmada; 15 Nisan ve 15 Haziran 2007 tarihleri arasında Kağızman Kaya Tuzla'sı ve çevresinden farklı aralıklarla toplanan tuzlu toprak, tuzlu su ve tuz örneklerinden ılımlı halofilik bakterilerin izolasyonu ve teşhisi amaçlandıİzole edilen iki farklı izolattan birinin morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal özelliği ve 16S rRNA sekans analizine göre Bacillus licheniformis suşu olduğu belirlendi. Diğer suşunun ise morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal özelliklerine göre Halomonadaceae familyası içerisinde yer alan Halomonas genusuna ait olduğu tespit edildi.Seyreltme plaka yöntemi ile yapılan sayımlarda su örneklerindeki halofilik bakteri sayısı 3,4X10-3 kob/ml ve toprak örneklerindeki halofilik bakteri sayısı 2.6X10-4 kob/gr olarak belirlendi.Bu suşlarının %5, %10, %15 %20 ve %25 oranında NaCl içeren halofilik broth besiyerlerinde canlılıklarını muhafaza ettiği ve %20 oranında NaCl içeren halofil agarda olgun koloniler oluşturduğu gözlendi.
Isolation and Identification of Halophilic Bacteria From Tuzla Lake, Kayseri
(2008) Hasdemir, Ali; Öğün, Erdal
Bu araştırmada; 15 Nisan-15 Haziran 2006 tarihleri arasında Kayseri Tuzla Gölü'nden farklı aralıklarla alınan toprak, tuzlu su ve tuz örneklerinden ılımlı halofilik bakterilerin izolasyonu ve teşhisi amaçlandıİzole edilen ılımlı halofilik bakteri bakteri suşlarının morfolojik, fizyolojik ve bazı biyokimyasal özellikleri tanımlandı. Karakterize edilen 10 izolatın tümünün Halomonas cinsine ait olduğu belirlendi.Bu suşlarının %5, %10, %15 %20, %25 ve %30 oranında NaCl içeren halofilik broth besiyerlerinde canlılıklarını muhafaza ettiği ve %20 oranında NaCl içeren halofil agarda olgun koloniler oluşturduğu gözlendiSeyreltme plaka yöntemi ile yapılan sayımlarda su örneklerindeki ortalama halofilik bakteri sayısının 1,8x102kob/ml ve toprak örneklerindeki halofilik bakteri sayısının 2,4x102kob/gr olarak belirlendi.Halomonas suşlarının rifamicin (30µg), eritromisin (10µg), gentamisin (10µg), tobramisin (10µg) antibiyotik disklerine karşı duyarlıklık gösterdiği belirlendi. Bunun aksine bu suşların; streptomisin (10µg), vankomisin (30µg), linkomisin (2µg) ve penisilin (10µg) antibiyotik disklerine karşı dirençli olduğu gözlendi.Anahtar Kelimeler: Halofilik Bakteri, Halomonas, Kayseri Tuzla Gölü
Van Gölü Çevresinde Yaşayan Martıların (Larus Argentatus Pontoppidan) Dışkılarında İzole Edilen Salmonella, Shigella, Escherichia Coli ve Citrabakter'lerin Biyokimyasal, Serolojik ve Bazı Patojenite Özellikleri ile Çeşitleri
(1998) Öğün, Erdal; Boynukara, Banur
Bu araştırmada, Van Gölü çevresinde yaşayan martılara (Larus argentatııs ) ait 100 adet taze dışkı örneği alınarak, Salmonella, Shigella, Escherichia coli ve Citrobacter cinsi mikroorganizmaların izolasyonu ve İdentifikasyonuna çalışıldı. Araştırma sonucunda 100 adet dışkı numunesinden sırasıyla; % 3 oranında Salmonella hvittingfoss serotipi, % 3 oranında Shigella ( 1 adet S. dysenteria, 1 adet S. flexneri ve 1 adt S. sonnei serotipi ), % 37 oranında K coli ve % 10 oranında Citrobacter freundii türleri izole ve identifiye edildi. İzole ve idetifiye edilen 37 adet E. coli susunun sırasıyla; mannoz sensitiv hemaglütinasyon oram % 37.83, mannoz rezistan hemaglütinasyon oranı % 8.10 ve negatif hemaglütinasyon veren suşlarm oram ise % 54.07 olarak belirlendi. Tavşan ince barsak lup testi ile bu suşlann % 32.43 'ünün enteropatojenik suş olduğu belirlendi. İzole ve idetifiye edilen E coli şuşlanmn 12, Salmonella, Shigella ve Citrobacter suşlanmn ise 8 farklı antibiyotiğe duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle test edildi. Bu araştırma sonucunda; Van Gölü çevresinde yaşayan martıların (Lanıs argentatııs) dışkılarından Shigella sonnei hariç patojen ve nonpatojen E coli, Salmonella hvittingfoss, Shigella dysenteria, Shigella flexneri, ve Citrobacter freundii türü bakterilerin Türkiyede ilk defa izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirildi.