Browsing by Author "Özdemir, Kerem"

Now showing 1 - 5 of 5

Diagnosis of Insulation and Molecular Diagnosis of Streptomyces Which Obtained From Streams Flowing Into Van Lake
(2018) Seçkin, Hamdullah; Özdemir, Kerem
Bu çalışmada Van Gölü'ne dökülen akarsulardan alınan sediment örneklerinden Streptomyces türlerinin izolasyonu, teşhisi ve moleküler tanısı amaçlanmıştır. Van Gölü'ne dökülen akarsulardan toplamda 24 sediment örneği alınmıştır. Daha sonra örneklerin nem ve pH oranları tespit edilmiştir. Alınan örneklerden Streptomyces bakterilerinin izolasyonu yapılarak, bakterilerin saf kültürleri elde edilmiştir. Bu işlem sonucunda 179 Streptomyces bakterisi izole edilmiştir. Bütün bakterilere başta renk gruplandırması, degredasyon, azot kaynakları, karbon kaynakları, antibiyogram ve antimikrobiyal testler olmak üzere 77 test uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlar IDENTAX Bacterial Identifier 1.2 programına aktarılıp bakterilerin benzerlik oranları tespit edilerek bilgisayar yardımı ile teşhis yapılmıştır. Majör testlerin sonuçlarına göre türlerin % 18.43'ü ve minör testlerin sonuçlarına göre türlerin %35.75'i %95 ve üzerinde benzerlik göstermiştir. Test sonuçları MVSP 3.2 bilgisayar programına girilerek benzerlik dendogramları oluşturulmuştur. Bu sonuçlara göre yedi minör, dört majör grup ve 16 tekli üye oluşmuştur. Ayrıca renk grubuna göre tespit edilen 7 türün taramalı elektron mikroskobu ile spor zincir morfolojisi tespit edilmiştir. 11 Streptomyces bakterisinin 16S rDNA gen bölgeleri PCR ve elektroforez işlemine tabii tutulduktan sonra sekans analizi yapılmıştır. Elde edilen diziler NCBI-GENBANK yardımıyla benzer dizilere sahip türler ile kıyaslanmıştır. 16S rDNA bölgeleri kıyaslanan bu türler MEGA 7 programına girilerek Maksimum Likelihood filogenetik ağacı oluşturulmuş ve türlerin filogenetik pozisyonları belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre izolatlar ve benzelik gösterdikleri türler kıyaslandığında % 97.82 ile %100 arasında benzerlik oranlarının olduğu görülmüştür.
Fluoroquinolones Resistance Genes Study and Bioaccumulation of Copper and Cadmium by Stenotrophomonas Maltophillia Isolated From Different Sources
(2019) Mohammed, Bayar Habeeb; Özdemir, Kerem; Abdulrahman, Zırak Faqee
Bu çalışmada, Erbil ilinde, lağım suyu, çöp artıkları ve hastane ortamı gibi farklı kaynaklardan 610 örnek alınmış, 48 Stenotrophomonas maltophillia izolatı kültürel, morfolojik özellikler, biyokimyasal testler, Vitek2 sistemi ve 23S rRNA amplifikasyonu polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) tekniği ile tanımlandı. 48 izolatın tümü için antibiyotik duyarlılık testleri Ampisilin, Kloramfenikol, Amikasin, Trimethoprime, Siprofloksasin, Gentamisin, Eritromisin, Levofloksasin ve Seftazidin gibi dokuz farklı antibiyotik kullanılarak yapıldı. Direnç modeline göre, test edilen antibiyotiklere karşı dirençlerinde değişkenlik göstererek otuz sekiz gruba ayrıldı; burada S16 ve S25 izolatları, araştırılan antibiyotiklere karşı yüksek direnç (% 77.7) gösterdiler. Siprofloksasin, Stenotrophomonas maltophillia üzerinde (% 100 duyarlı) diğer antibiyotiklerden daha etkiliydi. Stenotrophomonas maltophillia, 72 saat inkübasyondan sonra pH 7'de 25 ° C'de bakır ve kadmiyumu çıkarmak veya absorbe etmek arasında daha önemlidir. Bakır ve kadmiyumun emiliminden sorumlu olan CopA ve CadA genlerinin varlığını belirlemek için agaroz jel elektroforezi yapıldı. ParC, SmeD, GyrA, SmeE ve SmeF genlerinin florokinolon direncinden sorumlu olduğu tespit edildi. 46 °C sıcaklık ve Ph 9'da kürlenen iki plazmit, Amikasin'i dirençten duyarlılığa değiştirmiştir. pH 9 ile birlikte yüksek sıcaklık 46 °C birleştirildiğinde üç plazmit kürlenmiş, Amikasin ve Trimethoprime dirençten duyarlılığa değişmiştir. Plazmid DNA'da bulunan Amikasin ve Trimethoprime direncinden sorumlu genler ortaya çıkmış, kürlenme işlemini doğrulamak için agaroz jel elektroforezi yapılmıştır. Seçilen izolattan kürleme etkeni olarak 46 ° C ve pH 9'da sıcaklık kullanılmıştır. Sonuçlar, S25'ten iki plazmitin, Amikasin için kürlendiğini ortaya koydu. Anahtar kelimeler: Bakır, Biyobirikim, Florokinolon direnci, Kadmiyum, Stenotrophomonas maltophillia
Isolation and Identification of Streptomyces Species Isolated From Forest Area (Sakarya City) and Determination the Production of Some Extracellular Enzyme
(2014) Özok, Ömrüye; Özdemir, Kerem
Bu çalışmada, Sakarya ili sınırlarında bulunan ormanlık alan topraklarından Streptomyces cinsi bakterileri izole edilerek bilgisayar yardımıyla teşhisleri yapılmış ve izolatların çeşitli enzim aktiviteleri belirlenmiştir. Yapılan renk grubu analizinde izolatlarhavasal ve misel rengi esas alınarak 4 ana gruba ayrılmıştır. Teşhisleri tamamlanan Streptomyces izolatlarının test sonuçları MVSP 3.2 bilgisayar programı ile birbirleri arasındaki benzerlik dendogramları oluşturulmuştur. Tüm izolatların fenotipik ve biyokimyasal karakterleri belirlenerek IDENTAX bilgisayar programına bu veriler aktarılmış, cins içerisindeki pozisyonları belirlenerek teşhisleri yapılmıştır. Bu teşhislere göre 80 izolattan 49 'unun Streptomyces exfoliatus, 14'ünün Streptomyces atroolivaceus, 1'i Streptomyces albidoflavus,1'i Streptomyces chromofuscus, 1'i de Streptomyces purpureus olduğu belirlenmiştir. Ayrıca tüm izolatların Proteaz, Amilaz, Lipaz, Selülaz ve Asparaginaz enzim aktiviteleri belirlenmiştir. Enzim analizleri sonucunda tüm izolatların % 15'i asparaginaz enzimi için pozitif, % 5'i proteaz enzimi için pozitif, ayrıca D0047 izolatının selülaz enzimi için pozitif olduğu belirlenmiş olup amilaz ve lipaz için pozitif sonuç görülmemiştir. Özellikle asparaginaz enziminin kemoterapi de neoplastik ajan olarak kullanılışı ve izolatlarımızın % 15'inin asparaginaz enzimi için pozitif sonuç göstermesi oldukça önemlidir.
Isolation, Characterisation and Identification of Streptomyces Spp. Isolated From Rhizosfere of Lens Orientalis (Boiss.) Hand & Mazz and Cicer Anatolicum Alef.
(2008) Özdemir, Kerem; Atalan, Ekrem
Çalışmanın amacı bazı yabani bitki rizosferlerinden Streptomyces bakterilerinin izolasyonu, karakterizasyonu ve teşhisini yapmaktır. Ayrıca izolatların antimikrobiyal aktivitelerini inceleyerek biyolojik kontrol potansiyeline sahip suşların seçilmesidir. Bu amaçla Van Gölü havzasında yetişen yabani mercimek (Lens orientalis Boiss. Hand & Mazz) ve yabani nohut (Cicer anatolicum Alef.) rizosferinden alınan 51 farklı toprak numunesinden Streptomyces bakterileri iki selektif besi ortamı kullanılarak izole edildi. Toplanan toprak numunelerinin fiziko-kimyasal analizleri yapıldı. Toplam saflaştırılan 230 Streptomyces izolatının renk gruplandırması yapıldı. Oluşan renk kümelerini temsilen seçilen 87 izolat ve 11 referans tür nümerik taksonomik analizleri yapılarak sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu. Tüm test suşlarının bilgisayar yardımı ile fenetik veri içeren (PIBWin) Bakteryal Teşhis Programı kullanılarak teşhisleri yapıldı. Renk kümelerini temsilen seçilen 14 suşun tüm hücre protein profilleri SDS-PAGE (Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile belirlenerek nümerik analizi yapıldı ve sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu.İzolasyon petrilerindeki Streptomyces koloni sayıları 0,2x104 ile 28,8x104 cfu/gr kuru toprak arasında değişti. Toprak numunelerinin pH'ları genelde nötral değerlerde iken nem oranları %10'un altında olduğu belirlendi ve organik madde oranları %6,54'ün altında yer aldı. İzolatlar 11 renk grubuna ayrıldı. Toplam 98 Streptomyces test suşundan referans türler doğru olarak teşhis edilirken yeni izolatlardan 74'ü teşhis edildi. Yine toplam 15 temsilci izolat Sm5r ve Sm6f primerleri kullanılarak 16S rDNA geni kısmi olarak PCR ile çoğaltıldı. Çoğaltılan DNA segmenti 570 bp uzunluğunda olup baz dizileri tespit edilerek NCBI-GenBank verileri ile ChromasPro ve Vector-NTI programları kullanılarak analizleri yapıldı. İzolatların baz dizileri NCBI Gen bankasına kaydedildi. Dizi analizi sonuçları Gen bankasında Streptomyces türlerinin 16S rDNA nükleotid dizleri ile kıyaslanarak yakın akraba türler tespit edildi. Gen bankasındaki türler ile filogenetik dendogramları oluşturuldu. İzolatlarımızdan sadece biri (K0073) %98 benzerlik oranıyla Streptomyces albidoflavus olduğu belirlendi. Diğer 14 izolatın ise hem fenetik hem de moleküler karakterizasyonları yapıldı. Yeni tür olma ihtimallerine ancak tüm 16S rDNA baz dizi analizi yapıldıktan sonra karar verilebilecektir.
Isolation, Characterization and Identification of Streptomyces Species Isolated From Halophilic Soils
(2013) Orhan, Ertuğrul; Özdemir, Kerem
Bu çalışmada; farklı tuzcul habitatlardan Streptomyces bakterilerinin izolasyonu, karakterizasyonu ve teşhisi amaçlandı. Bu amaçla tuzcul lokalitelerden alınan 9 farklı toprak numunesinin fiziko-kimyasal analizleri yapıldı ve %2, 3, 5, 10 NaCI ilaveli iki selektif besi ortamı kullanılarak halofilik Streptomyces suşları izole edildi ve saflaştırıldı. Streptomyces izolatlarının degredasyon analizleri, azot ve karbon kaynağı kullanımı, kimyasal inhibitör testleri, antibiyosis ve antibiyotik duyarlılık testleri yapıldı. Saflaştırılan toplam 32 Streptomyces izolatının renk gruplandırması ve nümerik taksonomik analizleri yapıldı. Renk gruplarını temsilen seçilen 6 Streptomyces izolatının moleküler karakterizasyon çalışmaları için tüm hücre protein profilleri SDS-PAGE (Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile belirlenerek elde edilen sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu. Tüm test suşlarının bilgisayar yardımı ile fenetik veri içeren (IDENTAX) Bakteriyal Teşhis Programı kullanılarak teşhisleri yapıldı. Toprak numunelerinin pH?ları genelde alkali değerlerde iken nem oranları %20?nin altında olduğu belirlendi. İzolasyon petrilerindeki Streptomyces koloni sayıları 0,3x102 ile 2,5x102 kob/gr kuru toprak arasında değişti. İzolatlar 6 renk grubuna ayrıldı. Toplam 32 Streptomyces test suşundan 30?u teşhis edildi. Anahtar Kelimeler: Halofilik bakteri, Streptomyces, İzolasyon, Karakterizasyon, Nümerik taksonomi, SDS-PAGE.