Browsing by Author "Özer, Meryem"

Now showing 1 - 1 of 1

Investigation of the Viral Diseases Using RT-PCR in the Tomato Growing Areas of Van Lake Basin
(2014) Özer, Meryem; Sipahioğlu, H. Murat
Moleküler teşhis yöntemi kullanılarak 2013 yılında Van Gölü havzası içerisinde belirlenen bölgelerden toplanan domates bitkisi yaprak örneklerine uygulanan RT-PCR ve PCR yöntemleri ile Tütün Mozaik Virüsü (tobaccomosaicvirus, TMV), Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (tomatospottedwiltvirus, TSWV) ve Domates Sarı Yaprak Kıvırcıklık Virüsü (tomatoyellowleafcurlvirus, TYLCV)'nün varlığı araştırılmıştır. Van Gölü havzası içerisinde yürütülen surveyçalışmaları sonrasında testlenen 350 domates numunesinin hiçbirinde araştırılan virüslerin varlığına rastlanmamıştır. Çalışma kapsamında virüslerin moleküler yöntemler ile araştırılmasında pozitif kontrol olarak kullanılan TMV ve TSWVizolatlarınınmoleküler klonlamasıyapılmıştır. Bu virüsler için Vector NTI programyardımı ile genom spesifikprimerlerdizayn edilmiştir. Dizayn edilen primerler ile Tag DNA polymeraseenzimikullanılarak gerçekleştirilen RT-PCR çalışmaları sonucunda TMV virüsünün 480bp veTSWV virüsününise777bp büyüklüğündekifragmentleriçoğaltılmıştır. Çoğaltılan DNA fragmentleri ticari pGEM T-EasyVector kiti kullanılarak klonlanmıştır. DNA baz dizileri ile protein motifleri belirlenen DNA fragmentleriTMV için KM407602 ve TSWV KM407603erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda TMV Vanizolatının dünyadaki diğer izolatlar ile %96-%99 oranında benzerlik gösterdiği TSWV Antalya izolatınınise dünyadaki diğer izolatlar ile %95- %98oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler:TMV, TSWV, moleküler klonlama, RT-PCR