Browsing by Author "Arslan, Mevlüt"

Now showing 1 - 3 of 3

Donmuş Çözünmüş Kanın Farklı Değerlerde Santrifüjünün Dna İzolasyonu Üzerine Etkileri
(2023) Arslan, Mevlüt
Kandan DNA izolasyonu, nDNA ve mtDNA’yı elde etmek için yaygın kullanılan bir uygulamadır. Donmuş çözünmüş kanın (DÇK) santrifüjü sonrası elde edilen çökeltiden DNA izolasyonun gerçekleştirilebileceği daha önce gösterilmişti ve bu ön uygulama DNA izolasyonu üzerine olumlu sonuçlara sahipti. Fakat, bu ön uygulama için hangi santrifüj değerlerinin kullanılabileceği ve bunların etkileri bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı belirtilen ön uygulama için uygun santrifüj değerlerini belirlemek ve bu santrifüj değerlerinin izole edilen DNA üzerine ektilerini göstermekti. Bu amaçla, DÇK’nin farklı değerlerde santrifüjüyle elde edilen çökelti ve süpernatantdan DNA izolasyonları gerçekleştirildi. Sonra, izole edilen DNA örneklerinden spektrofotometrik, jel elektroforezi ve gerçek-zamanlı PCR analizleri gerçekleştirildi. Sonuç olarak, DÇK’nin, 5.000×g’de 2 dakika ya da üzeri değerde santrifüjü genetik materyali tamamen çöktürmeyi sağladı. Bu durum ayrıca yüksek miktarda DNA elde edilmesine imkan sağladı. Belirtilen santrifüj seviyelerinde elde edilen çökeltiden izole edilen DNA örneklerinde mtDNA/nDNA oranı değişmedi fakat, DNA bütünlüğü azaldı. Sonuç olarak, DÇK’nin 5.000×g’de 2 dakika ya da üzerinde santrifüjü, DNA izolasyonundan önce DÇK’de bulunan genetik materyali çöktürmek ve yıkamak için kullanılabilir.
Histopathological and Genetical Investigation of the Protective Efficiency of Polygonum Aviculare Extract on Experimentally Azoxymethane-Induced Colonic Aberrant Crypt Formation in Rats.
(2021) İncecik, Veli; Yener, Zabit; Arslan, Mevlüt
Bu çalışmada, kanserojen bir madde olan azoksimetan (AOM) ile indüklenen kolon kanseri modelinde fenolik bileşiklerce zengin olan Polygonum aviculare (PA) ekstresinin kemopreventif etkisi araştırıldı. Bu amaçla 32 adet erkek Wistar albino rat; kontrol, AOM, AOM + PA ve PA grupları olmak üzere dört gruba ayrıldı. Kontrol grubu standart pelet yem ile beslenirken, AOM ve AOM + PA gruplarına 4 hafta boyunca iki haftada bir kez 15 mg/kg AOM subkutan olarak uygulandı. AOM + PA ve PA gruplarına PA ekstresi 3 ml/kg dozda orogastrik olarak verildi. 16 haftalık çalışma süresi sonunda analizler için ratlardan kan ve nekropsi sonrası doku örnekleri alındı. Histopatolojik olarak kolon dokusunda adenom ve adenokarsiom oluşumları, immunohistokimyasal olarak CEA ve COX-2 ekspresyonları değerlendirildi. Biyokimyasal olarak serumda rutin biyokimya parametreleri ölçülürken serum ve doku örneklerinde Bax, BcL-2, kaspaz 3, TOS, TAS, Süperoksit dismutaz (SOD), Glutasyon (GSH), Katalaz (CAT), AQP-1 ve AQP-7 seviyeleri ile ayrıca serum kolorektal kanser biyobelirteçleri olan CEA, CA 19-9, CA 125 ve CA-15-3 düzeyleri değerlendirildi. Genetik olarak kolon dokularında pro-inflamatuar sitokinler (IL-6, IL-1β, TNF-α), inflamasyon ilişkili enzimler (COX-2, iNOS), proliferasyon belirteci (PCNA) ve anti-apoptotik (Bcl-2) genlerinin mRNA ekspresyon düzeyleri araştırıldı. Sonuçlar, PA ekstresinin oral uygulamasının, AOM'nin neden olduğu kolorektal karsinogenezisi, adenom ve adenokarsinomların sayı ve boyutlarında azalmayla önemli ölçüde inhibe ettiğini gösterdi. İlaveten, PA ekstresi uygulamasının kolon dokusunda oksidatif stres üzerine inhibitör etki gösterirken, antioksidan aktiviteler üzerine stimülatör etki ortaya koydu. Diğer bazı dokularda ise bu değerlerde dalgalanma gözlendi. PA ekstresi uygulamasının sonucu CEA ve COX-2 immun-ekspresyonlarında azalma, kaspaz-3 immunoreaksiyonunda ise artış meydana geldi. PA ekstresi pro-inflamatuar sitokinlerin, inflamasyon ilişkili genlerin mRNA sevisiyesini düşürdü, anti-apoptotik genin ekspresyonunu baskıladı ve PCNA geni mRNA seviyesini düşürdü. Bu sonuçlara göre, PA ekstresi uygulamasının hücre proliferasyonunu, pro-inflamasyon sitokinlerinin ve COX-2 ekspresyonunu inhibe ederek ve apoptozu indükleyerek kolon tümör odaklarında anlamlı sayısal azalmaya sebep olduğundan, bitkinin kemopreventif etkili bir diyet ajanı olabileceği kanısına varılmıştır.
Sığır Kappa-kazeinin A ve B Genetik Varyantlarının Pcr-rflp Analizi için Yeni Bir Primer Dizaynı
(2020) Arslan, Mevlüt
İnek sütü yaklaşık %3,4 oranında yüksek kaliteli protein içerir ve insan beslenmesi için oldukça elzemdir. Kappa (κ) kazein, süt proteinlerinden birisidir ve CSN3 geni tarafından kodlanmaktadır. Çalışmalar κ-kazeinin sütün özellikleri ve işlenmesi üzerine önemli bir etkiye sahip olduğunu göstermektedir. κ-kazein sütün kesilmesi sürecinde stabilize edici bir faktör olarak rol almaktadır; bu durum, κ-kazeini peynir fabrikalarında istenilir hale getirmektedir. Kappa (κ) kazeinin A ve B genetik varyantları iyi bilinmekte ve yoğun çalışılmaktadır. Sığırların genotiplenmesi için PCR-RFLP yöntemi kullanılmaktadır. Bu amaçla, farklı primer çiftleri CSN3 geninin polimorfik bölgesini çoğaltmak için kullanılmaktadır. Önceki bir çalışmada, polimorfik bölgenin HinfI enzimi ile kesimi kısa ve benzer uzunlukta fragmentler oluşturdu. Agaroz jel elektroforezinde çok benzer DNA fragmentlerinin ayrımı neredeyse imkansızdır ve kısa DNA fragmentlerin yorumlanması bazen zorluklara sebep olmaktadır. Bu sebeple, bu çalışmada yeni bir primerin dizaynı tanımlandı. Yeni primerin kullanılamasıyla daha uzun DNA fragmenti başarılı bir şekilde çoğaltıldı ve bu PCR ürünlerinin HinfI kesimi, agaroz jel elektroforezinde kolaylıkla ayrılabilen ve yorumlanabilen çok farklı uzunlukta DNA fragmentlerinin oluşmasını sağladı. Bu çalışmada tanımlanan primer, allel frenkans araştırmaları ve yetiştirme stratejileri ile ilgili gelecek çalışmalarda kullanılabilir.