Browsing by Author "Atalan, Ekrem"

Now showing 1 - 14 of 14

Bazı Zirai Bitki Türlerinin Kök ve Çevresinden Alınan Toprak Numunelerinden Actinomycetales' İn Bazı Cinslerine Ait Bakterilerin İzolasyonu ve Streptomyces Türlerinin Karakterizasyonu, Teşhisi ve Biyoçeşitliliğinin Tespiti
(2005) Ogün, Erdal; Atalan, Ekrem; Berber, Peyami; Ozdemır, Kerem; Türker, Musa; Battal, Peyami
Bu çalışmada, Van yöresinde yetiştirilen bazı ziraai bitki türlerinin kök ve çevresinde alman toprak numunelerinden Streptomyces ve diğer Actinomycetes bakterilerinin izolasyonu ve sayımı yapıldı. Seçilen bazı Streptomyces izolatlarmın fenotipik teşhisleri, kimyasal ve moleküler analizleri yapıldı. Ayrıca bazı patojen mikroorganizmalara karşı antagonistik etkileri incelendi ve potansiyel olarak biyolojik kontrol için kullanılabilecekleri kanısına varılmıştır. Sonuçta farklı bitki köklerinin bakteri sayıları arasında ciddi farklılıklar belirlenmediği gibi moleküler ve kimyasal tekniklerle yapılan karakterisazyon sonucunda bakteriler ayrı gruplara ayrılmadı.
Characterisation of Rhizobium Strains Wild Chickpea and Lentil From Van Province
(2007) Yıldız, Müslüm; Atalan, Ekrem
Bu çalışmada, Van Gölü Havzasında doğal yayılış gösteren yabani mercimek (Lensorientalis) ve nohut (Cicer anatolicum) bitki kök nodüllerinden Rhizobium suşları izole edildive karakterizasyonu yapıldı. Peryodik aralıklarla yapılan arazi çalışmalarında toplananbitkilerin nodüllerden izole edilen 44 Rhizobial suşun numerik sınıflandırılmas için toplam 54farklı fenotipik test uygulandı. Test verileri bilgisayar yardımı ile analiz edildi ve oluşandendogram üzerinde izolatlar 7 gruba ayrıldı. Bu grupları temsilen seçilen toplam 12 suş vemercimek1045 ile nohut522 referans olmak üzere moleküler karakterizasyonu yapıldı.Rhizobium test suşlarının genomik DNA izolasyonu yapıldıktan sonra RAPD-PCRçalışmaları yapıldı. Bu analiz için 10 mer OPAB primerleri kullanıldı. OBAP-7 primeri ileyapılan PCR çalışmasında 8 Rhizobium suşun Nohut522 referans suş ile aynı olduğu tesbitedildi. Ayrıca OPAB-11 primeri ile sadece 1 mercimek bitki kök nodülünden izole izolat tekband oluşturdu. Diğer suşlar herhangi bir primer ile band oluşturamadı. RAPD-PCR yöntemiRhizobium izolatların karakterisazyonunda farkli bitki zolatlarını ayırmıştır. Buna ek olarakRFLP analizi için 16S rDNA PCR ile çoğaltıldıktan sonra HindIII, Bsp1431, BamHI veHaeIII restriksiyon enzimleri ile muamele edildi. DNA kesimi olmadığından RFLP analiziyapılamadı.Anahtar kelimeler: Rhizobium, Mercimek, Nohut, İzolasyon, RAPD, RFLP
Effects of Some Pesticides on Spore Germination and Larvicidal Activity of Bacillus Thuringiensis Var. Israelensis and Bacillus Sphaericus 2362 Strain
(2004) Çökmüş, Cumhur; Atalan, Ekrem; Berber, İsmet
Bu çalışmada, zirai amaçla yaygın olarak kullanılan dokuz ticari pestisitin sivrisinek patojenleri B. thuringiensis var. israelensis ve B. sphaericus 2362 ırklarının spor çimlenmesi ve larvasidal aktivitesi üzerine etkileri incelenmiştir. Üç tanesi hariç, bütün pestisitler test ırklarının büyümesi ve spor çimlenmesini olumsuz etkilenmiştir. Mikroorganizmaların spor çimlenmesi üzerine olumsuz etki gösteren pestisitlerin bakır sülfat, methiocarb ve dalapon olduğu belirlenmiştir. Pestisitlerin MlK veya daha yüksek konsantrasyonları spor çimlenmesini baskılayarak her iki biyoinsektisitin ısıya dayanıklı spor sayılarını düşürmüştür. Bu sonuçlar bakteri sporlarının kimyasal pestisitlere karşı aynı seviyede duyarlı olduğunu göstermiştir. Ayrıca, çalışmada pestisitlerle muamele edilmiş biyoinsektisitlerin larvasidal aktivitelerinin de benzer seviyede etkilendiği belirlenmiştir. Her iki mikrobiyal kontrol ajanı arazi uygulamalarında kullanıldığında pestisitlerin etkilerinin tespit edilmesine ait bulgular dikkate alınmalıdır.
Isolation and Characterization of Micromonospora Isolated From Some Soil Samples Collected Arround Van Lake
(2011) Ertaş, Metin; Atalan, Ekrem
Çalışmanın amacı Van Gölü havzası ve Erçek Gölü çevresinde farklı lokalitelerden alınan 24 toprak numunesinden Micromonospora cinsine ait bakterileri izole etmek, teşhis etmek ve karakterize etmektir. Toprak numunelerinin bazı fiziko-kimyasal analizleri yapıldıktan sonra selektif besi ortamına ekim yapıldı. Saflaştırılan 65 Micromonospora izolatı renk gruplandırması ve nümerik taksonomik analizi yapıldı. Ayrıca moleküler karakterizasyon çalışmaları için renk gruplarını temsilen seçilen toplam 10 Micromonospora test izolatının tüm hücre protein profilleri SDS-PAGE (Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile belirlenerek elde edilen sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu. Buna ek olarak aynı test mikroorganizmaları RAPD-PCR tekniği kullanılarak elde edilen DNA bantları dendogram halinde sunuldu.Toprak numunelerinin pH'ları genelde nötral değerde iken organik madde içeriği % 4,181 ila 15,248 arasında değişti. İzolasyon çalışmasında koloni sayımı 0,9x104 ile 14,3x104 cfu/gr toprak arasında değişti. Saflaştırılan Micromonospora 14 renk grubuna ayrıldı. SDS-PAGE ve RAPD-PCR teknikleri kullanılarak karakterizasyon çalışmasında renk guruplarını temsilen seçilen test organizmaları her iki verinin analizleri benzer kümelenme oluşturdular.Anahtar Kelimeler: Micromonospora, İzolasyon, Karakterizasyon, SDS-PGE, RAPD-PCR
Isolation, Characterisation and Identification of Amycolatopsis and Streptomyces Spp. Isolated From Soil
(2010) Ceylani, Taha; Atalan, Ekrem
Çalı?manın amacı Van Gölü havzası Erçek Gölü çevresinde farklı lokalitelerdenalınan 30 toprak numunesinden Actinomycetales takımı içersinde bulunanAmycolatopsis ve Streptomyces cinslerine ait bakterilerini izole etmek, te?his etmek vekarakterize etmektir. Toprak numunelerinin bazı fiziko-kimyasal analizleri yapıldı.Selektif besi ortamı kullanılarak izole edilen ve Safla?tırılan 60 Amycolatopsis ve 60Streptomyces izolatlarının renk gruplandırılması yapıldıktan sonra nümerik taksonomikanalizi, ayrıca safla?tırılan tüm Streptomyces test izolatları bilgisayar yardımı ile fenetikveri içeren (?DENTAX) Bakteriyel te?his programı kullanılarak te?hisleri yapıldı.Moleküler karakterizasyon çalı?maları için renk gruplarını temsilen seçilen toplam 10Amycolatopsis ve 10 Streptomyces test izolatlarının tüm hücre protein profilleri SDSPAGE(Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile belirlenerek nümerikanalizi yapıldı ve sonuçlar dendogram ?eklinde sunuldu.Toprak numunelerinin pH'ları genelde nötral değerde iken Organik maddeiçeriği %0,494 ila 14,944 arasında deği?ti, nem oranları ise %10'un altında ölçüldü.?zolasyon çalı?masında Amycolatopsis koloni sayımı 0,3x104 ile 12,4x104 cfu/gr kurutoprak arasında deği?irken Streptomyces koloni sayımı 2,4x104 ile 33,4x104 cfu/gr kurutoprak arasında deği?ti. Safla?tırılan Amycolatopsis test izolatları 11 Streptomyces testizolatları ise 12 renk grubuna ayrıldı. 60 Streptomyces test izolatlarından 42 tanesininte?hisi yapıldı. SDS-PAGE ve RAPD-PCR teknikleri kullanılarak yapılankarakterizasyon çalı?malarında test organizmaları aynı gruplarda yer aldı.Anahtar kelimeler: Amycolatopsis, Streptomyces, izolasyon, karakterisazyon, RAPD
Isolation, Characterisation and Identification of Streptomyces Spp. Isolated From Rhizosfere of Lens Orientalis (Boiss.) Hand & Mazz and Cicer Anatolicum Alef.
(2008) Özdemir, Kerem; Atalan, Ekrem
Çalışmanın amacı bazı yabani bitki rizosferlerinden Streptomyces bakterilerinin izolasyonu, karakterizasyonu ve teşhisini yapmaktır. Ayrıca izolatların antimikrobiyal aktivitelerini inceleyerek biyolojik kontrol potansiyeline sahip suşların seçilmesidir. Bu amaçla Van Gölü havzasında yetişen yabani mercimek (Lens orientalis Boiss. Hand & Mazz) ve yabani nohut (Cicer anatolicum Alef.) rizosferinden alınan 51 farklı toprak numunesinden Streptomyces bakterileri iki selektif besi ortamı kullanılarak izole edildi. Toplanan toprak numunelerinin fiziko-kimyasal analizleri yapıldı. Toplam saflaştırılan 230 Streptomyces izolatının renk gruplandırması yapıldı. Oluşan renk kümelerini temsilen seçilen 87 izolat ve 11 referans tür nümerik taksonomik analizleri yapılarak sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu. Tüm test suşlarının bilgisayar yardımı ile fenetik veri içeren (PIBWin) Bakteryal Teşhis Programı kullanılarak teşhisleri yapıldı. Renk kümelerini temsilen seçilen 14 suşun tüm hücre protein profilleri SDS-PAGE (Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile belirlenerek nümerik analizi yapıldı ve sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu.İzolasyon petrilerindeki Streptomyces koloni sayıları 0,2x104 ile 28,8x104 cfu/gr kuru toprak arasında değişti. Toprak numunelerinin pH'ları genelde nötral değerlerde iken nem oranları %10'un altında olduğu belirlendi ve organik madde oranları %6,54'ün altında yer aldı. İzolatlar 11 renk grubuna ayrıldı. Toplam 98 Streptomyces test suşundan referans türler doğru olarak teşhis edilirken yeni izolatlardan 74'ü teşhis edildi. Yine toplam 15 temsilci izolat Sm5r ve Sm6f primerleri kullanılarak 16S rDNA geni kısmi olarak PCR ile çoğaltıldı. Çoğaltılan DNA segmenti 570 bp uzunluğunda olup baz dizileri tespit edilerek NCBI-GenBank verileri ile ChromasPro ve Vector-NTI programları kullanılarak analizleri yapıldı. İzolatların baz dizileri NCBI Gen bankasına kaydedildi. Dizi analizi sonuçları Gen bankasında Streptomyces türlerinin 16S rDNA nükleotid dizleri ile kıyaslanarak yakın akraba türler tespit edildi. Gen bankasındaki türler ile filogenetik dendogramları oluşturuldu. İzolatlarımızdan sadece biri (K0073) %98 benzerlik oranıyla Streptomyces albidoflavus olduğu belirlendi. Diğer 14 izolatın ise hem fenetik hem de moleküler karakterizasyonları yapıldı. Yeni tür olma ihtimallerine ancak tüm 16S rDNA baz dizi analizi yapıldıktan sonra karar verilebilecektir.
Isolation, Identification and Characterisation of Streptomyces Species Isolated From Root Soil of Phaseolus Vulgaris Gevaş (Van)
(2010) Aksu, Elif; Atalan, Ekrem
Çalışmanın amacı Van'ın Gevaş ilçesi köylerinde bolca ekilen fasülye (Phaseolus vulgaris) bitki türünün kök toprağından Streptomyces bakterilerini izole etmek, bilgisayar yardımı ile teşhis yapmak ve karakterize etmektir. Gevaş ilçesinin farklı 10 köyünden toplanan toprak numunelerinin pH, organik madde muhtevası ve nem oranları ölçüldü ve Streptomyces bakterilerini izole etmek için nişasta kazein agar ve rafinoz histidin agar üzerine ekimleri yapıldı. Saflaştırılan 52 Streptomyces izolatı oatmeal ve pepton yeast ektrakt demir agar besi ortamı üzerine ekim yapılarak renk guruplandırması yapıldı ve bilgisayar yardımı ile teşhis edildi. Ayrıca renk gruplarını temsilen seçilen 9 Streptomyces izolatı tüm hücre protein bantları kullanılarak karakterize edildi.En yüksek Streptomyces koloni sayısı Uğurveren Köyü toprak numunesinde 18,8x104 cfu/gr kuru toprak olarak belirlenirken, en düşük sayıda ise Abalı Köyü toprağından 1,6x104 cfu/gr kuru toprak olarak belirlendi. Test organizmaları toplam 11 renk grubuna ayrıldı. Bilgisayar yardımı ile yapılan teşhiste 52 test organizmasından 33'ünün muhtemel teşhisleri yapıldı. 19 tanesi ise teşhis edilemedi. Phaseolus vulgaris bitki kök toprağından izole edilen ve teşhisi yapılan Streptomyces suşlarından 8'i Streptomyces anulatus, 6'sı Streptomyces xanthochromogenes, 3'ü Streptomyces prasinosporus, 2'si Streptomyces alboflavus, 2'si Streptomyces aurantiacus, 2'si S. griseoflaus, 2'si S. langiporoflavus, 2'si S. californicus türleri olarak teşhis edildi. S.roseus, S. tubercidicus, S. glaucescens, S. phaeochromogenes, S. flaveolus ve S. luridus. SDS-PAGE elektroforez yöntemi ile belirlenen tüm hücre protein bantları analizi sonucu oluşturulan dendogram incelendiğinde 9 renk grubunu temsilen test organizmaları 7 gruba ayrıldı.
Isolation, Identification and Characterisation of Streptomyces Spp. Isolated From Rhizosfere Soils Watermelon (Citrullus Lanatus (Thumb.) Matsum. Et Naksi)
(2008) Kızmaz, Veysi; Atalan, Ekrem
Bu araştırmanın amacı Diyarbakır havzasında yetişen karpuz bitki rizosferinde yaşayan Streptomyces bakterilerini izolasyonu, koloni sayımı, nümerik taksonomisi, bilgisayar yardımı ile bazı suşları teşhisi ve 16S rDNA geninin PCR ile çoğaltıp DNA baz dizilerine göre uluslararası gen bankalarındaki verilerle kıyaslayarak teşhis edildi. Bu amaç için iki selektif besi ortamı kullanılarak bakterilerin izolasyonu yapıldıktan sonra renk gruplandırması yapıldı. İzolatları temsilen seçilen 24 Streptomyces izolatı nümerik taksonomisi yapıldıktan sonra bilgisayar yardımı ile teşhisleri yapıldı. Akabinde toplam 10 Streptomyces izolatının genomik DNA ektraksiyonundan sonra PCR ile hem kısmi hem de tüm 16S rDNA geni çoğaltıldı. Üç izolatın PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ürünlerinin DNA baz dizileri tespit edilerek NCIB (National Centre for Biotechnology Institute) gen bankası verileri ile kıyaslanarak hem filogenetik dendogram oluşturuldu hem de teşhisleri yapıldı. İzolatların baz dizileri NCBI Gen bankasına kaydedildi.İzolasyon petrilerindeki Streptomyces koloni sayıları 0,5x104 ile 37,76x104 cfu/gr kuru toprak arasında değişti. Streptomyces ve actinomycetes koloni saysısı ile toprakların fizikokimyasal karakterleri arasında korelasyon belirlenemedi. Toplam 85 Streptomyces izolat saflaştırılarak renk gruplandırması sonucu 12 renk grubuna ayrıldı. Numerik analiz sonucu oluşturulan dendogramda 24 izolat 3 büyük küme (2'den fazla suş içerdi) ve 3 tek üyeli küme oluşturdu. Farklı karpuz bitki rizosferinden izole edilen Streptomyces suşları genelde aynı kümede yer alamadılar ve heterojen kümeler oluşturdular. Tüm test suşları bilgisayar yardımı ile fenetik veri içeren (PIBWin) Bakteryal Teşhis Programı kullanılarak 24 Streptomyces test suşundan 16'sı doğru olarak teşhis edildi. Yine toplam 10 temsilci izolat Sm5r ve Sm6f primerleri kullanılarak 16S rDNA geni kısmi olarak PCR ile çoğaltılması sonucu 570 bp uzunluğunda DNA segmenti elde edildi. Baz dizilerinin NCBI GenBank verileri ile ChromasPro ve Vector-NTI programları kullanılarak analizleri sonucu İzolatlarımızdan biri (YB6B4) %99 benzerlik oranıyla Streptomyces sp. ve YA2B2 izolatı %99 benzerlik oranı ile Streptomyces collinus olduğu tesbit edildi. Tüm 16S rDNA PCR ürünü tek organizma için elde edildi ve baz dizisinin analizi sonucu bu türün (YB10B4) Acinetobacter calcoaceticus olduğu belirlendi. Çalışmalarımız farklı coğrafik alanlarda yetişen Karpuz bitkilerinin rizosferi çoğunlukla benzer Streptomyces suşlarını ihtiva ettiği belirlendi. Özellikle 16S rDNA geninin kısmi çoğaltılması sonucu 2 izolatımızın Streptomyces türü olarak belirlenmesi çalışmanın güvenilir olduğunu ortaya koymuştur.
Phenetic and Molecular Methods for Characterization of Salmonella Enterica Subsp. Enterica Serovar Enteritidis
(2012) Acar, Sümeyra; Atalan, Ekrem
Çalışmamızın amacı, ülkemizin çeşitli illerinden izole edilen insan, gıda ve çevresel kaynaklı Salmonella enteritidis suşlarının neden olduğu enfeksiyonlardaki direnç sorununu öncelikle antimikrobiyal duyarlılık testi ile ortaya koymak ve izolatların fenotipik ve moleküler karakterizasyonunu yapmaktır. Çalışmamızda, Türkiye'nin 9 farklı ilinden izole edilen insan, gıda ve çevresel kaynaklı toplam 55 Salmonella enteritidis suşu üzerinde çalışıldı. Test mikroorganizmalarının moleküler karakterizasyonu için plazmit profil analizi ve PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) yöntemleri kullanıldı ve analiz sonuçları dendogram olarak sunuldu.Suşların antimikrobiyal duyarlılık paternlerini tespit etmek amacıyla 21 antibiyotik diski kullanıldı. Suşların tümü; amikasin, siprofloksasin ve gentamisin antibiyotiklerine duyarlı bulundu. Diğer antibiyotiklere karşı %1.81 ile %12.7 arasında değişen oranlarda direnç tespit edildi. Çalışmada incelediğimiz 55 Salmonella enteritidis kökeninden 50'sinin (%90.9) plazmit taşıdığı belirlendi. En sık görülen plazmit profilinin; 57,46 kb'lik plazmitin tek başına ve diğer plazmitlerle birlikte taşındığı pek çok profil olduğu belirlendi. 55 izolatın DNA profillerinin karşılaştırılması sonucunda 15 ayrı PFGE paterni elde edildi. Klonal olarak ayırt edilemez 38 izolat %95 ve üzeri benzerlik oranında 3 ayrı PFGE paterni içerisinde yer alırken, yakın ilişkili 11 izolat %85 ila 95 arasında benzerliğe sahip olup 6 ayrı PFGE paterni içerisinde yer aldı. Klonal olarak ilişkisiz 6 izolat ise 6 ayrı patern içerisinde yer aldı.Plazmit ve PFGE sonuçları bionumerik programında analiz edildi ve sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu.Bu çalışmayla, halk sağlığı açısından önem arz eden ve zorunlu bir patojen olan S. enteritidis'in iki farklı yöntemle alt tipleri belirlendi. Ayrıca gıda, çevresel ve klinik izolatların kullanıldığı bu çalışmada, S. enteritidis bakterilerinin epidemiyolojik karakterizasyonunda plazmit profili ve PFGE tiplendirme metodlarının güvenilir olduğu belirlendi.Anahtar kelimeler: Salmonella enteritidis, Plazmit, PFGE, Antimikrobiyal duyarlılık.
Rapid Characterisation of Streptomycetes Strains
(1997) Atalan, Ekrem
Bu çalışmada, 3 toprak numunesinden geleneksel çalkalama yöntemi kullanılarak streptomycetes kolonileri izole edildi. İzole edilen 140 suş mısır nişastası ve pepton demir agar besi ortamı içeren petri kutularına inoküle edilerek renk gruplandınlması yapıldı ve test suşları toplam 10 renk grubuna ayrıldı. 1,2,3,4,5 nolu renkgruplarınıdan toplam 25 suş ve 6,7,8,9,10 nolu renk gruplarından da 25 suş seçildi ve test suşlarının arasındaki ilişkiyi ortaya koymak için pirolisis mass spektrometre tekniği ile incelendi. Spektraî verilerin analizi sonucunda elde edilen gruplama ile renk graplandırılması arasında tam paralellelik saptandı.
Streptomyces Taksonlarinin Pirolis Kütle Spektrometresi ile Analizi
(1997) Atalan, Ekrem
-
Synthesis and Antibacterial Activity of 4-Benzoyl Acid and Derivatives
(Springer Birkhauser, 2009) Bildirici, Ishak; Sener, Ahmet; Atalan, Ekrem; Battal, Abdulhamit; Genc, Hasan
A new 1H-pyrazole-3-carboxylic acid 2, along with hydrazono-pyridazinone 3, a by-product, and its derivatives 4-7 were synthesized and the structures confirmed by infrared (IR) and H-1 and C-13 nuclear magnetic resonance (NMR) data. These new compounds were evaluated for their antibacterial activities against Gram-positive and Gram-negative bacteria using the tube dilution method. The minimal inhibitory concentrations (MICs) experiments revealed that most compounds exerted inhibitor effects against Klebsiella pneumonia, Escherichia coli, Bacillus subtilus, and Xanthomonas compestris test microorganisms. Moreover, the results showed that the pyrazolo[3,4-d]pyridazine compounds were the best compounds of the series, exhibiting antibacterial activity against both Gram-positive and Gram-negative bacteria.
The Isolation and Identification of Streptomyces Species From Soil Samples Colected From the Shore Line (Van-Edremit) of Van Lake
(2006) Güray, Gül; Atalan, Ekrem
Edremit-Van kıyı şeridinin beş farklı istasyonundan Aralık 1999 ile Mart2000 tarihleri arasında aylık periyot1arla toplanan toprak numunelerinin pH ve nemoranları yapıldıktan sonra actinomycetes, özelde Streptomyces cinsine aitbakterilerin izolasyon çalışması için nişasta kazein (50 Âµg/ ml cycloheximid venystatin içeren) ve raffinoz-histidin agar üzerine ekim yapıldı. Büyüyen bakterikolonileri miselyum ve pigmentasyon karakterlerine göre seçilerek sayımı yapıldı.İzolasyon çalışmasında en yüksek sayıda Streptomyces sayısı Yalı Restorantbahçesinden alınan toprak numunesinden Aralık 1999 tarihinde elde edildi (9.32x105c. f. u./gr kuru toprak). Toplam Streptomyces ve diğer actinomycetes sayısıçoğunlukla nişasta-kazein agar içeren petri kutularına yapılan ekimde yüksek orandatespit edildi. Bununla birlikte bazı toprak numunelerindeki toplam koloni sayısıraffinoz-histidine agar petrileri üzerinde oldukça fazla sayıda olduğu gözlendi. İzoleedilen Streptomyces izolatları oatmeal agar içeren petri kutularında 25ºC'de 14 güninkübasyondan sonra havasal miselyum, substrat miselyum, difüziye pigment rengive pepton yeast ekstrakt agar besi ortamında melanin varlığına göre 21 renk grubunaayrıldı. Renk gruplarından seçilen suşlar, Williams ve ark.'nın (1983b) geliştirdiğiteşhis tablosuna göre teşhis edildi. Bu çalışmada, toplam teşhisi yapılan 45 testorganizmasından 5'i referans ve 3'ü de duplike strain olmak üzere toplam 37tanesinin Willcox ihtimaline göre identifikasyonu yapıldı. Sonuçta 28 Streptomycestest suşu teşhis edildi ve 8 strain ise teşhis edilemedi. Böylece test organizmalarının% 75'i teşhis edilirken % 25'i teşhis edilemedi.Anahtar kelimeler: Actinomycetes, İdentifikasyon, Streptomyces
Toprakta İzole Edilen Bazı Streptomyces Suşlarının Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizm (Rflp) ile Analizi
(2001) Atalan, Ekrem
To separate the unknown Streptomyces strains isolated from soil samples, the interspacer regions of 16S-23S rDNA of 14 isolates were amplified with PCR (polymerase chain reaction) and digested with three restriction endonucleases, namely, Bsp143I, HaeIII and MnlI. The restriction patterns were used for RFLP (restriction fragment length polymorphism) analysis. A dendrogram were constructed using the unweighed pair group method using arithmetic averages algorithm (UPGMA) after analysis restriction patterns. Five RFLP groups were obtained anone test strain was left as a single member group. RFLP profile indicated that unknown strains could be identified with data based on the interspacer region of 16S-23S DNA rapid and quickly.