Browsing by Author "Babat, Ceylan Fidan"

Now showing 1 - 5 of 5

Comparison of Short-Term Physiological and Biochemical Effects of Drought Stress on Two Wheat Cultivars
(inst Tecnologia Parana, 2023) Yilmaz, Pinar; Babat, Ceylan Fidan; Yilmaz, Can
Drought stress, which is becoming more frequent and severe, restricts grain production. It is critical to choose wheat (Triticum aestivum L.) cultivars that are drought-resistant enough in progressively arid climates. Early physiological and biochemical responses were measured by applying drought stress to susceptible Bezostaja-1 and tolerant Tosunbey wheat cultivars with three different PEG-6000 concentrations to understand the reliability, selectivity and practicality of tested parameters. Depending on the elevated drought, lengths, fresh-dry-turgor weights, relative water content of both root and stem decreased, and chloropyll amounts increased similarly but in different dimensions in both cultivars. While a decrease was observed in the total thiol content of both, it was determined that this value was 10 times higher in Bezostaja-1 cultivar. While proline amounts peaked at the most severe drought, this value was found to be 2.5 times higher in Bezostaja-1 than in Tosunbey. The protein content is 35% higher in Bezostaja-1. In contrast to glutathione S-transferase theta1 (GSTT1) isozyme, total GST activity increased 53.1% in Bezostaja-1 and 33.6% in Tosunbey, compared to control. This average values are about three times higher in Bezostaja-1 compared to Tosunbey. Of the experimental groups whose band profiles were generated by SDS-PAGE and compared with UPGMA and neighbor-joining methods, moderate to high drought samples of Bezostaja-1 showed explicitly different results and possibly a metabolically distinct response from all others. Besides frequently used ones, total thiol content, total GST activity and changes in the protein bands could be used as useful parameters in the selection of drought-resistant cultivars.
Dondurarak Depolamaya Karşılık Geleneksel Depolama Yönteminde Nar ve Portakal Sularının Toplam Antioksidan Kapasitelerindeki Değişimler
(2023) Babat, Ceylan Fidan; Gök, Rümeysa; Kadıoğlu, Kübra; Tatli, Hatice; Yılmaz, Esra; Çetin, Doğan; Yılmaz, Can
Bu çalışmanın amacı, hasat sonrası ürün kaybının önlenmesi için Akdeniz bölgesindeki evlerde halen kullanılan çam iğneleri ve pamuk tohumları kombinasyonundan oluşan geleneksel depolama ve dondurucuda (-20 ̊C) depolama yöntemlerini nar ve portakal meyvelerinin antioksidan kapasitesini korunma yetenekleri açısından karşılaştırmaktır. Meyveler geleneksel depolama ve dondurucuda depolama grupları olmak üzere iki gruba ayrılmıştır. Geleneksel depolama grubunda; meyveler bir bütün olarak, tasarlanan kasalarda depolanmıştır. Dondurucuda depolama grubunda ise meyveler sıkılmış ve meyve suları -20 ̊C'de depolanmıştır. İlk antioksidan kapasite ölçümleri meyve örnekleri laboratuvara gelir gelmez 2,2-difenil-1-pikrilhidrazil yöntemi kullanılarak yapılmış, ikinci ve üçüncü ölçümler ise sırasıyla 3. ve 6. aylarda gerçekleştirilmiştir. Sonuçlar her iki depolama yönteminin 3 aylık depolama süresince toplam antioksidan kapasiteyi koruma yetenekleri açısından benzer olduklarını, geleneksel depolama yönteminin en az üç aylık depolama için güvenilir bir şekilde kullanılabileceğini göstermiştir. Altı ay sonunda ise geleneksel depolama ile depolanan nar ve portakalların antioksidan aktivitelerinde %20 ve %33 oranında kayıp gerçekleşirken dondurucuda depolanan meyve sularının antioksidan aktivitelerinde istatistiksel olarak anlamlı bir değişim gözlenmemiştir.
Farklı Makroalg Türlerinden Elde Edilmiş Biyoaktif Bileşiklerin Antikanser ve Antioksidan Özelliklerinin Araştırılması
(2025) Babat, Ceylan Fidan; Yılmaz, Can; Arslan, Şevki
Yeni antikanser ajanların keşfi kanser tedavisinde önemli bir yer tutar. Deniz yosunları (makroalgler) kimyasal olarak aktif ve sitotoksik özelliklere sahip metabolitlerin doğal kaynakları arasındadır. Bu nedenle kahverengi, yeşil ve kırmızı deniz yosunlarından izole edilen daha güçlü ve seçici antikanser bileşenlerinin tanımlanması ve bunların etki biçimlerine ilişkin çalışmalar son zamanlarda dikkat çekmektedir ve bu çalışmalar farmakolojik uygulamalar için önemli bir ilerleme niteliği taşımaktadır. Bu tez çalışmasının amacı bazı makroalg türlerinden elde edilen ticari olarak mevcut, saflaştırılmış ve karakterize edilmiş bazı ikincil metabolitler olan hordenin, tiramin ve 2-feniletilaminin kanser hücre hatları üzerindeki anti-kanser etkisini, ayrıca antioksidan ve anti-inflamatuar aktivitelerini araştırmaktır. Bu doğal kaynaklı maddelerin in silico ADME/T analizlerinin sonuçları hem gastrointestinal sistemden hem de kan-beyin bariyerinden (KBB) geçebildiklerini ve görece yüksek ilaç skorları ile farmakolojik açıdan aktif gruplara ve özelliklere sahip olduklarını göstermiştir. Çalışmanın ilk aşamasında hordinin, tiramin, 2-feniletilamin metabolitlerinin ve pozitif kontrol olarak çalışmaya dahil edilen paklitakselin sitotoksik aktivitesi 10 insan kanser hücre hattı (HCT-116, CaCo-2, HT-29, HepG2, PANC-1, Ishikawa, HeLa, A172, A549 ve TT) ve 2 kontrol hücre hattı (HEK293 ve CCD-18Co) üzerinde test edilmiştir. Hordininin test edilen kanser hücre hatlarının hiçbirinde sitotoksik aktivitesi tespit edilmemiştir. Diğer yandan tiramin ve 2-feniletilamin kolon kanseri hücre hatları (HCT-116, CaCo-2 ve HT-29) ile endometriyal kanser hücre hattı (Ishikawa) üzerinde en yüksek sitotoksik aktiviteyi göstermiştir. Tiramin ve 2-feniletilamin için EC50 değerindeki konsantrasyonları HCT-116 hücre hattında sırasıyla 64.63 μM ve 84.50 μM, CaCo-2 hücre hattında 126.90 μM ve 156.23 μM, HT-29 hücre hattında 204.90 μM ve 208.71 μM ve Ishikawa hücre hattında 169.40 μM ve 212.30 μM olarak hesaplanmıştır. Tiramin uygulaması HCT-116, CaCo-2 ve HT-29 hücre hatlarında koloni oluşumunu sırasıyla %92, %95 ve %62 oranında ve 2-feniletilamin sırasıyla %60, %30 ve %17 oranında inhibe etmiştir. Yara iyileşme testi sonuçları tiramin ve 2-feniletilamin uygulamasının HCT-116 hücre migrasyonunu sırasıyla %20 ve %18 oranında ve CaCo-2 hücre migrasyonunu %49 ve %43 oranında inhibe ettiğini göstermiştir. Hesaplamalı analizler bu etkinin MMP-9 enziminin inhibisyonu ile gerçekleşmiş olabileceğini işaret etmektedir. Tiramin ve 2-feniletilamin bileşiklerinin apoptotik aktivitesinin tayini iki farklı yöntemle gerçekleştirilmiştir. Akış sitometrisi sonuçları bu bileşiklerin EC50 değerindeki konsantrasyonları uygulanan HCT-116, CaCo-2 ve HT-29 hücrelerinde canlı, ölü, erken ve apoptotik hücre popülasyonlarının sayısında negatif kontrol grubuna göre anlamlı bir fark oluşturduğunu göstermiştir. qRT-PCR analizleri, antikanser potansiyelini ortaya çıkaracak şekilde CASP 3, CASP 8, CASP 9, BAX, P53 gen ifadelerinin uyarıldığını ve BCL-2 gen ifadesinin baskılandığını ortaya çıkarmıştır. Griess testi, LPS ile indüklenen RAW264.7 hücrelerindeki artmış NO düzeylerinin hordinin, tiramin ve 2-feniletilamin uygulamasıyla pozitif kontrol grubuna göre anlamlı bir düşüş gösterdiğini ve qRT-PCR analizleri iNOS, COX2, IL-6 ve TNF-α gen ifadelerinin anti-inflamatuar etkiyi işaret edecek biçimde anlamlı şekilde baskıladığını, IL-10 gen ifadesini ise artırdığını göstermiştir. Hordinin, tiramin ve 2-feniletilaminin antioksidan aktiviteleri DPPH, ABTS, Galvinoksil, FRAP ve Fosfomolibden olmak üzere beş farklı metotla test edilmiştir. Test edilen bileşiklerin antioksidan aktiviteye sahip olduğu yalnızca ABTS metodu ile tespit edilmiştir. Bu metodla standart antioksidanlar troloks ve askorbik asit için EC50 değerleri sırasıyla 5.23 μM ve 6.52 μM olarak hesaplanırken, hordinin, tiramin ve 2-feniletilamin için sırasıyla 15.78 μM, 9.09 μM ve 137.64 μM olarak hesaplanmıştır. Tiramin ve 2-feniletilaminin EC50 dozları ile muamele edilen HCT-116, CaCo-2 ve HepG2 hücrelerinin toplam GST ile GSTT1 ve GSTM1 izozimleri, GPX ve SOD enzim aktiviteleri ve toplam tiyol düzeyleri kontrol grubuna göre karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Bu alkaloidler ile muamele HCT-116 hücre hattında toplam GST, GPX ve SOD enzim aktivitelerinde artışa ve toplam tiyol düzeylerinde ise düşüşe neden olmuştur. Bu tez çalışmasının sonuçları makroalglerden elde edilmiş metabolitler olan tiramin ve 2-feniletilaminin anlamlı düzeyde sitotoksik, anti-metastatik, apoptotik etki gösterdiğini, bu yolla antikanser potansiyellerinin yüksek olduğunu ortaya koymuştur. Bu gerçeği destekleyecek şekilde hordinin, tiramin ve 2-feniletilamin anlamlı düzeyde anti-inflamatuar ve antioksidan özellik göstermiştir.
In Vitro and in Silico Evaluation of Inhibitory Effects of Bisphenol Derivatives on Acetylcholinesterase of Electric Eel (Electrophorus Electricus L.)
(Elsevier Science inc, 2022) Yilmaz, Can; Khorsheed, Waleed Mohammed; Babat, Ceylan Fidan
The inhibitory effects of bisphenol A (BPA) and bisphenol S (BPS), which are common pollutants, especially in marine and freshwater, on the electric eel acetylcholinesterase (AChE) activity were studied in vitro and in silico. Both produced full non-competitive inhibition, but the Ki value of BPA was half that of BPS. Molecular docking analyses revealed that both interact with residues W286, F297, Y337, F338 in the PAS and ABS regions in the middle and entrance of the active site gorge, and that BPS also has hydrogen bond with S203 of the catalytic triad. The surge at IC50 values of both compounds with an inflection point at pH: 8.2 suggested that Y124 and/or Y337 in the narrow gorge are primary structural factors in binding. Less effective inhibition of BPS, especially at 25-30 degrees C, the temperature at which enzyme activity peaks, was attributed to the conformation of the narrow gorge. Homology analyses for AChE initially revealed a significant degree of identity, particularly in the alpha/ beta hydrolase domain, which also comprises the active site, with sequences from seven distinct teleost species of various environments. Finally, it was discovered for the first time that BPS, like BPA, is a significant inhibitor of AChE, and this was confirmed by in vitro and in silico analyses done at various pH and temperature levels. It was concluded that this effect might also apply to AChE of most other bony fish.
A Thiophene Derivative, 2-Bromo Has Effective Anticancer Potential With Other Biological Properties
(Wiley-v C H verlag Gmbh, 2022) Yilmaz, Can; Pirdawid, Ahmed Othman; Babat, Ceylan Fidan; Konus, Metin; Cetin, Dogan; Kivrak, Arif; Kizildogan, Aslihan Kurt
Thiophene derivatives are studied intensively due to their anticancer, antimicrobial, antioxidant and some other clinically important properties. In this study, the biological properties of a new thiophene derivative, so called BMPT, with a moderate drug score of 0.29 were tested. BMPT showed selective cytotoxicity for LnCap, HepG2 and Caco-2 cancer cell lines with EC50 values of 138.573 mu M, 185.931 mu M, and 108.657 mu M, respectively, but not on the control cell line HEK293. The increased expressions were detected for caspase3, caspase8, caspase9 and Bax; but Bcl-2 expressions were decreased at cancer cell lines. BMPT decreased the total thiol content and total GST activities at HepG2 47 % and 40 %, respectively, and, molecular docking supported inhibitory models for GSTP1-1, GSTA1-1 and GSTM2-2 were mixed, uncompetitive and uncompetitive, respectively. BMPT also showed potent antibacterial activity against Staphylococcus aureus. Related with its selective inhibition on GST activities, BMPT is proposed to have significant apoptotic effect leaded by changes, especially, in caspase 3, Bcl-2 and Bax expressions.