Browsing by Author "Berber, İsmet"

Now showing 1 - 9 of 9

Characterization of Bacillus Species by Numerical Analysis of Their Sds- Page Protein Profiles
(2004) Berber, İsmet
Bu çalışmada, dokuz referans Bacillus ırkı sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi kullanılarak elde edilen toplam hücresel protein profillerine göre karakterize edildi. Protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik sınıflandırma %47 benzerlik düzeyinde iki ayrı grup (cluster) oluşturdu. Grup 1 benzerlik düzeyi %67-85 arasında değişen B. subtilis ve B. megaterium türlerine ait dört ırkı; grup 2 benzerlik seviyesi % 50-70 arasında değişen farklı Bacillus türlerine ait beş ırkı içermektedir. Nümerik analizde grup l'e ait ırklar grup 2'den açıkça ayrılmaktaydı. Bizim sonuçlarımız, SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen hücresel protein profillerinin bilgisayar analizleriyle birleştirilmesinin Bacillus türlerinin taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağladığını gösterdi.
Effect of Pesticides on the Viability, Toxin Stability and Larvicidal Activity of Bacillus Sphaericus 2362 Strain
(1998) Berber, İsmet; Çökmüş, Cumhur
6. ÖZET Bu çalışmada, altısı fungusit, beşi herbisit ve biri afısit ve biri de akarisit olmak üzere toplam 13 adet ticari pestisitin sivrisinek patojeni olan H. sphaericus 2362 susunun gelişmesi, canlılığı, sporulasyonu, toksin stabilitesi ve larvasidal aktivitesi üzerine olan etkileri incelendi. Araştırmada, her pestisit için bakteri gelişiminin engellendiği en düşük pestisit konsantrasyonları (MİK) belirlendi. MİK denemelerinde; Tachigaren 70 WP pestisitinin 3,281 (mg/ml) hymexazol içeren konsantrasyonunda, Nissorun 5 EC pestisitinin 1,250 (mg/ml) hexythiazox içeren konsantrasyonunda, Agro D-Amin ile Cornox Amin pestisitlerinin 12,5 ve 62,5 (mg/ml) 2,4-D amin içeren konsantrasyonlarında, Nata Granül pestisitinin 1,187 (mg/ml) TC A içeren konsantrasyonunda, Koruma Göztaşı pestisitinin 1,530 (mg/ml) bakır sülfat içeren konsantrasyonunda ve Bakır WP ile Çaptan 50 WP Stauffer pestisitlerinin 3,90 (mg/ml) bakır ve çaptan içeren konsantrasyonlarında bakteri gelişiminin engellendiği bulundu. Ayrıca Primor 50 WG, Tordon 101 Mixture, Tefralin EC, Kimyagerler Pensikol ve Anvil pestisitlerinin farklı miktarda etken madde içeren bütün konsantrasyonlarında ise bakterinin normal olarak gelişip sporlanabildiği tesbit edildi. Buna ilaveten, belirlenen minimal inhibitor konsantrasyonları (MİK) ve daha yüksek pestisit konsantrasyonlarında bakterinin, 41,9 ve 51,4 kDa'luk toksin proteinlerini kaybettiği faz-kontrast mikroskobisi ve SDS-PAGE analizleriyle de doğrulandı. Bakteriyal sayım sonuçlarına göre, belirlenen minimal inhibitor konsantrasyonları (MİK) ve daha yüksek pestisit konsantrasyonlarında vejetatif hücre ve canlı spor sayısının 24, 48 ve 72 saat sonunda önemli seviyede düştüğü de tesbit edildi. Diğer taratan, pestisitlerin değişik miktarlarda etkili madde içeren bütün konsantrasyonlarında 24 ve 72 saat süresince geliştirilen B. sphaericus 2362 susunun larvasidal aktiviteleri 2-3. evre C. qinquefasciatus larvalarına karşı test edildi. Yapılan denemeler sonunda, bakteri gelişiminin engellendiği ve toksin proteinlerinin görülmediği en düşük (MİK) ve daha yüksek pestisit konsantrasyonlarında larvasidal aktivitenin97 tamamen kaybolduğu, toksin proteinlerinin görüldüğü pestisit konsantrasyonlarında ise larvasidal aktivitenin gerçekleştiği belirlendi., Sonuç olarak; Primor 50 WG, Tordon 101 Mixture, Tefralin EC, Kimyagerler Pensikol ve Anvil pestisitlerinin, sivrisinek larvalarının yaşadığı habitatlara yakın çevrelerde kimyasal mücadele amacıyla kullanılmasının önemli bir biyoinsektisit olan B. sphaerictıs 2362 susunun larvasidal aktivitesini ters yönde etkilemeyeceği, fakat Tachigaren 70 WP, Nissorun 5EC, Agro D-Amin, Koruma Göztaşı, Nata Granül, Cornox Amin, Bakır WP ve Çaptan 150 WP Stauffer pestisitlerinin kullanılmasının ise bakterinin larvasidal aktivitesini önemli seviyede düşüreceği görülmektedir.
Effects of Some Pesticides on Spore Germination and Larvicidal Activity of Bacillus Thuringiensis Var. Israelensis and Bacillus Sphaericus 2362 Strain
(2004) Çökmüş, Cumhur; Atalan, Ekrem; Berber, İsmet
Bu çalışmada, zirai amaçla yaygın olarak kullanılan dokuz ticari pestisitin sivrisinek patojenleri B. thuringiensis var. israelensis ve B. sphaericus 2362 ırklarının spor çimlenmesi ve larvasidal aktivitesi üzerine etkileri incelenmiştir. Üç tanesi hariç, bütün pestisitler test ırklarının büyümesi ve spor çimlenmesini olumsuz etkilenmiştir. Mikroorganizmaların spor çimlenmesi üzerine olumsuz etki gösteren pestisitlerin bakır sülfat, methiocarb ve dalapon olduğu belirlenmiştir. Pestisitlerin MlK veya daha yüksek konsantrasyonları spor çimlenmesini baskılayarak her iki biyoinsektisitin ısıya dayanıklı spor sayılarını düşürmüştür. Bu sonuçlar bakteri sporlarının kimyasal pestisitlere karşı aynı seviyede duyarlı olduğunu göstermiştir. Ayrıca, çalışmada pestisitlerle muamele edilmiş biyoinsektisitlerin larvasidal aktivitelerinin de benzer seviyede etkilendiği belirlenmiştir. Her iki mikrobiyal kontrol ajanı arazi uygulamalarında kullanıldığında pestisitlerin etkilerinin tespit edilmesine ait bulgular dikkate alınmalıdır.
Identification of Alkaliphilic Bacillus Species Isolated From Lake Van and Its Surrounings by Computerized Analysis of Extracellular Protein Profiles
(2005) Berber, İsmet; Yenidünya, Elçin
Bu çalışmada, 5 referans Bacillus türü ve Van Gölü suyu ve çevresindeki topraklardan izole edilen toplam 17 yerel alkalofilik Bacillus izolatı fenotipik özellikleri ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamidjel elektroforez kullanılarak elde edilen ekstraselülar protein profillerine göre identifiye edilmiştir. Fenotipik özelliklerine göre, yerel izolatların tümünün Gram pozitif, aerobik, endospor oluşturan, hareketli ve fakültatif alkalofilik Bacillus cinsine ait türler olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, yerel alkalofilik izolatların fenotipik olarak diğer referans Bacillus türlerinden farklı olduğu bulunmuştur. Ekstraselülar protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik analiz; yerel izoiatlar ve B. megaterium'u içeren benzerlik seviyesi % 69 ve % 100 arasında değişen dört grup ve benzerlik seviyesi % 70'in üzerinde diğer referans Bacillus türlerini içeren bir grup olmak üzere beş ayrı grup ortaya koymuştur. Bu araştırma, SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen ekstraselülar protein profillerinin yerel alkalofilik Bacillus izolatları ve diğer Bacillus türlerinin taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağladığını göstermiştir.
Kuraklık Stresi Altında Yetiştirilen Bazı Mercimek (Lens Culinaris Medik.) Çeşitlerinde Moleküler ve Fizyolojik Değişikliklerin Araştırılması
(2006) Celik, Ismail; Berber, İsmet; Türker, Musa; Oğuz, Faruk; Erez, Mehmet Emre; Battal, Peyami; Erman, Murat
-
Madur Dağı (Trabzon-Sürmene) Florası
(1993) Berber, İsmet; Behçet, Y. Lütfi
109 7. ÖZET Bu flor istik araştırma Trabzon'un 70 km doğusunda yer alan Madur Dağı (Trabzon-SUrmene) ve çevresinde yapılmıştır. Araştırma alanı, deniz seviyesinden 1900-2742 metre arasında değişen yüksekliğe sahiptir. A8 karesine giren araştırma alanının floristik listesi 'Flora of Turkey and the East Aegean Islands' adlı dokuz ciltlik eserde yayınlanmış familyalara ait cins ve taksonlar esas alınarak verilmiştir Araştırma alanından Nisan 1992 ve Ekim 1992 tarihleri arasında toplanan 800 bitki örneğinin değerlendirilmesi yapılarak toplam 58 familyaya ait 199 cins ve 383 takson tesbit edilmiştir. Bitkilerin fitocografik bölgelere göre dağılımı: Avrupa-Sibirya elementleri %48.56, Iran-Turan elementleri %7. 6 ve Akdeniz elementleri %1.8 seklinde hesaplanmıştır. Taksonlardan 17 tanesi A8 karesi için yeni kayıt ve 24 tanesi de endemiktir. Araştırma sahası florasında en çok takson ihtiva eden on familya ve cins şöyledir: Familyalar: Asteraceae 50 (%13.05), Poaceae 44 (%11.5), Fabaceae 23 (%6), Rosaceae 23 (%6), Caryophyllaceae 18 (%4.7), Lamiaceae 18 (%4.7), Rananculaceae 17 (%4.4), Scrophulariaceae 17 (%4.4), Brassicaceae 13 (%3.4), Liliaceae 12 (%3.1). Cinsler: Trifolium 9 (%2.3), Veronica 8 (%2.08), Ranunculus 8 (%2.08), Campanula 7 (%1.8), Bromus 7 (%1.8),110 Senecio 7 (%1.8), Hypericum 6 (%1.5), Potentilla 6 (%1.5), Geranium 6 (%1.5), Anthem i s 5 (%1.3), Tesbit edilen taksonların Raunkier hayat formları sistemine göre dağılımı ise şöyledir: hemikriptof it (%64.7), higrofit (%9.9), terofit (%9.6), geofit (%7.8), fanerofit (%6.2), ve kamefit (%1.5).
Pirimidinamino Asit Yapılı Yeni Ligand ve Bazı Metal Komplekslerinin Sentezi, Elektrokimyasal ve Biyolojik Özelliklerinin İncelenmesi
(2008) Sönmez, Mehmet Emin; Berber, İsmet; Şentürk, Zühre; Çelebi, Metin; Levent, Abdulkadir
-
The Investigation of Some Molecular Parameters Related To Defense in Tomato Seedlings (Lypersicum Esculantum Mill.) Infected by Pseudomonas Syringae Pv. Tomato
(2009) Önlü, Harun; Berber, İsmet
Pseudomonas syringae pv. tomato domates bitkisinde bakteriyel leke hastalığına sebep olan Gram-negatif bitki patojeni bir bakteridir. Bu çalışmada P. syringae pv tomato ile uyarılan domates fidelerinde Magnezyum (Mg) ve Mangan (Mn) elementleri, indol-3-asetik asit (IAA) ve absisik asit (ABA) bitki hormonları, maltoz ve fruktoz şekerleri, prolin, nitrit-nitrat, toplam klorofil-karetenoid seviyeleri ve savunma protein profilleri ve bu parametreler arasındaki olası ilişkiler incelenmiştir. İz element analizlerine göre, Mn elementinin seviyesi 0., 4. ve 10. günlerde (68.48 ?g/ml, 46.25 ?g/ml ve 32.69 ?g/ml) hasta bitkilerde önemli oranda azalmıştır, kontrol grubunun 8. günü hariç bu oran benzerdir. Ayrıca Mg seviyesinde 10. günde (426.15 ?g/ml) kontrol bitkisiyle kıyaslandığında hasta bitkilerde bir azalma mevcuttur.Bulgularımız bakteri ile enfekte edilen domates bitkilerinde serbest L-prolin birikmesinin yükseldiğini göstermektedir. Patojen bulaştırılması ile kontrol grubuna kıyasla hasta domates bitkisinde nitrit içeriği 0. ve 1. günde yüksek olduğu halde, nitrat değerleri 0. ve 1. günde hasta bitkilerde düşük bulunmuştur. Nitrat değerlerinin hasta grupta 10. günde ölçülen 9.96 ?g/ml değerine rağmen, nitrit değerleri aynı gün hasta bitkide 266.6 ?g/ml olarak belirlenmiştir.Toplam hücre proteinlerinin SDS-poliakrilamid jel desenleri 69.9 kDa'luk proteinin hasta ve kontrol grubu domates bitkilerinde (2., 4., 8. ve 10. günlerde) önemli derecede arttığını görüldü. 54.3 kDa ağırlığındaki proteinin yalnızca 8. ve 10. günlerde kontrol hatlarda görülmüştür. Bulgularımız hasta bitkilerde 0. ve 2. günlerde absisik asit (ABA) seviyesinin kontrol grubu ile hasta bitkiler kıyaslandığında, diğer günler hariç, önemli oranda arttığını ortaya koydu (yaklaşık olarak 0.144 g/ml ve 0.135 g/ml). Diğer taraftan, indol-3 asetik asit (IAA) ölçümü yapılan bütün günlerde kontrolle hasta bitkiler kıyaslandığında hasta domates bitkilerinde önemli derecede (0.003-0.005 g/ml) azaldığı ortaya çıkmıştır.Sonuç olarak, bu çalışma, bakteriyal patojenlerin saldırılarına karşı bitki savunma mekanizmalarının düzenlenmesinde iz element, bitkisel hormon düzeyleri ve şeker içerikleri arasında karmaşık ilişkiler olduğunu göstermiştir.Anahtar Kelimeler: P. syringae, Mn, Mg, proline, nitrit-nitrat, PR-proteinleri, IAA, ABA ve şekerler.
Van Gölü ve Çevresinden İzole Edilen Alkalofilik Bacillus Türlerinin İdentifikasyonu ve Sds-page ile Ayırımı
(2003) Ogün, Erdal; Berber, İsmet
Sodalı göller, obligat alkalofilik ve alkalo-tolerant mikroorganizmalar için önemli potansiyele sahip yüksek alkali sucul ortamlardır. Ötrofik bir soda gölü olan Van Gölü, dünyanın en büyük dördüncü kapalı su hacmine sahiptir. Bu çalışmada, 8 referans Bacillus spp. ve Van Gölü suyu ve çevresindeki topraklardan izole edilen toplam 43 yerel alkalofilik Bacillus izolatı fenotipik özelliklerine ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamid j el elektroforez kullanılarak elde edilen toplanı hücresel protein profillerine göre karakterize edildi. Fenotipik özelliklerine göre, yerel izolatlarm hepsinin gram pozitif, aerobik, endospor oluşturan, hareketli ve fakültatif alkalofilik Bacillus spp. olduğu belirlendi. Ayrıca, yerel izolatlarm fenotipik olarak diğer Bacillus türlerinden ayrıldığı bulundu. Protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik analiz; yerel izolatlarm %83 benzerlikte bir grup, B. cereus ATCC 67064 ve B. sphaericus ATCC 2362 yaklaşık %70 benzerlikte bir grup ve diğer Bacillus türlerinin %50 benzerlikte bir grup olmak üzere üç farklı grup oluştuğunu gösterdi. Bizim sonuçlarımız, SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen toplam hücresel protein profillerinin Bacillus türlerinin taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağladığını gösterdi. Ancak farklılıklar yerel alkalofilik Bacillus türlerinin tanımlanmasında yetersizdi.