Browsing by Author "Erez, Mehmet Emre"
Now showing 1 - 20 of 22
- Results Per Page
- Sort Options
Article Antioxidant Capacity and Phylogenetic Analysis of Twenty Native Grape Cultivars in Siirt Province, Turkey(C M B Assoc, 2018) Fidan, Mehmet; Erez, Mehmet Emre; Inal, Behcet; Pinar, Suleyman Mesut; Altintas, SerdarThe quality of grape cultivars not only depends on the grape cultrvar but also is influenced by the molecular concepts and agro-climatic factors. For this purpose, four different grape cultivars were collected from five different locations in Siirt province (Turkey). Totally twenty different grape cultivars were investigated. In the present study, the antioxidant activity (total phenolic, flavonoid, proanthocyanidin content, DPPH and FRAP activity) in seeds were indicated and phylogenetic analysis (cpDNA;trnL-F region) of twenty native grape cultivars were imestigated to construct their phylogenetic tree. According to reported data on antioxidant activity and content of phytochemicals, all cultivars exhibited different values from each other, but Rutik and Gad?v cultivars were found as significantly higher in comparison to others According to bioinformatics analysis, twenty grape cultivars were distributed into six different major groups. Rutik and Sevkeye cultivars exhibit significant distinction from other grape cultivars. The phylogenetic analysis was also associated and supported with the results of obtained data from bioactivity. The bioactivity and phylogenetic analysis were firstly identified and quantified in these grape cultivars, however, with regard to obtained data from the current study, the grape cultivars grown in Siirt province were indicated significant and valuable results and as a result, these cultivars have to be evaluated before extinction.Article Antioxidant, Antimicrobial, Cytotoxic and Protective Effects of Truffles(Academic Press inc Elsevier Science, 2022) Fidan, Mehmet; Ali, Muhammad Muddassir; Erez, Mehmet Emre; Cigerci, Ibrahim Hakki; Ozdemir, Sadin; Sen, FatihFungi can be used as a potent chemotherapeutic agent to treat various cancers. In current study acetone and methanol extracts of Terfezia claveryi, Terfezia boudieri, Terfezia olbiensis, Picoa lefebvrei, Picoa juniperi were used to assess total phenolic contents, antioxidant activity, ion-chelating impact, antimicrobial activity, the cytotoxic and protective effects. Both methanol and acetone extracts of T. boudieri had the highest FRAP and DPPH scavenging abilities. Dose-dependent increased ion-chelating impact of all tested truffles species was found. Extracts of T. boudieri, T. claveryi, and T. albiensis exhibited higher antimicrobial activities. T. claveryi and T. boudieri showed the highest protective effects against H2O2-induced genotoxicity (P < 0.05), in S. cerevisiae BY4741. The least protective effect was showed by the acetone extracts of T. olbiensis (144 +/- 8); methanol ex-tracts of P. lefebvrei (140 +/- 8) and P. juniperi (140 +/- 10). MCF 7 cells showed more sensitivity against to methanol extracts of T. boudieri at 10-100 mu g/mL concentrations. HepG2 cells showed more sensitivity against the methanolic extracts of T. boudieri at both doses. Overall, P. lefebvrei and P. juniperi extracts had the least cytotoxic effects. The species of Terfezia exhibit significant protective effects against DNA damage and also have the potential of cytotoxicity effects.Article Comprehensive Appraisement of Antioxidant Potential and Phytochemical Profile of Native Botanicals From Turkey(Springer, 2019) Erez, Mehmet Emre; Dalar, Abdullah; Fidan, Mehmet; Pinar, Suleyman MesutThis study presents the first comprehensive evaluation of antioxidant potential and phytochemical profiling of nine plant taxa utilized in southeastern and eastern parts of Turkey for various medicinal purposes, in order to contribute the scientific database, which was focused on exploring novel candidates of antioxidant agents from natural sources for industry and complementary medicine. Sequential extracts were prepared from plant materials were prepared through treating different solvents (acetone, ethanol, and water) based on polarity index. According to antioxidant assays via hydrogen atom transfer (HAT) and single atom transfer (SET) mechanisms, acetone extracts were found as the efficient antioxidant sources. Chromatographic studies revealed that phenolic compounds (mainly 5-O-Caffeoylquinic acid, luteolin hexoside, quercetin and rutin) were characterized as major hydrophilic phytochemical compounds and fatty acids (princibally linolenic, palmitic, and linoleic acids) were found as the major volatile compounds that dominantly contribute to the pronounced antioxidant capacities. According to the chemical structure, catechol moiety containing plant extracts had superior antioxidant capacity both for HAT and SET mechanisms. Data obtained from this study showed that among native botanicals, Crepis hakkarica, Crepis gemicii, Laserpitium carduchorum and Hedysarum vanaense might serve bioactive antioxidant agents both for industrial and pharmaceutical use.Master Thesis Determination of Antioxidant, Antimicrobial and Phytochemical Characteristics of Three Different Species From Scorzonera Genus(2021) Babakr, Sazgar Hasan Babakr; Erez, Mehmet EmreScorzonera mollis M. Bieb. subsp. mollis, Scorzonera papposa DC. ve Scorzonera semicana DC. türleri, Doğu Anadolu, Van ilinin yerel halkı tarafından gıda ve halk ilacı olarak yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu nedenle, bu üç Scorzonera taksonunun etanol bazlı ekstraktlarının ve geleneksel preparatlarının (infüzyonlarının) kimyasal bileşimini ve biyolojik aktivitelerini ortaya çıkarmayı amaçladık. Böylece, hem gıda hem de tıbbi endüstriler için potansiyel nutrasötik ve terapötik adaylara katkıda bulunabiliriz. Kimyasal bileşim, (total fenolikler, flavonoidler, hidroksisinnamik asitler) ve, özgün fenolik bileşikler analiz edildi. Ekstrelerin biyolojik aktiviteleri, antioksidan (FRAP, ORAC, ABTS ve DPPH) ve enzim inhibe edici potansiyelleri (pankreatik lipaz ve a-glukozidaz) değerlendirilerek ölçüldü. Spektrofotometrik çalışmalar, ekstraktların fenolikler bakımından zengin olduğunu, özellikle hidroksisinnamik asitler başta olmak üzere ekstraktların başlıca fitokimyasal bileşikleri olarak klorojenik asitlerin ve luteolin'in var olduğu yapılan HPLC-MS / MS çalışmaları ile doğrulandı. Biyolojik aktivite bulguları ile ilgili olarak, etanol bazlı ekstrelerin daha etkili antioksidan aktivite gösterdiği ve α-glukozidaz aktivitelerini etkin bir şekilde baskıladığı belirlendi. Her iki ekstrede de pankreas lipaz aktivitesi için güçlü baskılayıcı maddelerin olduğu tespit edildi. Bununla birlikte, ekstreler, kullanılan bakterilere karşı kayda değer bir antimikrobiyal aktivite gösteremedi. Bu çalışmada elde edilen bulgular, Scorzonera türlerinin reaktif oksijen türlerini ve serbest radikalleri inaktive edebilen ve aynı zamanda α-glukozidaz ve pankreatik lipaz aktivitelerini baskılayan zengin biyoaktif bileşik kaynaklarına sahip olduğunu göstermiştir.Article Determination of Biological Activity and Active Substances of Thecocarpus Carvifolius (Boiss.) Hedge & Lamond(Springer, 2021) Pinar, Suleyman Mesut; Erez, Mehmet Emre; Fidan, Mehmet; Erodlu, Huseyin; Dalar, AbdullahWe have studied the antioxidant activity and analyzed active substances of the aqueous and methanol extracts of endemic species Thecocarpus carvifolius Hedge and Lamond. The antioxidant activity was identified and assessed using the DPPH, FRAP and iron chelating capacity assay. Active substances were detection, total phenolic, flavonoids and volatile compounds were analyzed. According to DPPH analyzes, the inhibition percentage was 48.57% for aqueous extract and 76.34% for methanol extract. The FRAP reduction capacity was determined as 3.32 mg/mL for aqueous extract and 11.75 mg/mL FESO4 for methanol extract. The total concentrations of phenolics and flavonoids were calculated as 64.08 - 35.29 mu g/mL and 146.84 - 555.66 mu g/mL in aqueous and methanol extracts, respectively. Finally, five volatile compounds were detected in methanol extracts. The results indicated that the endemic species of T. carvifolius can be evaluated as a natural antioxidant plant.Article Determination of Extracellular Hydrolytic Enzyme Capabilities of Some Anoxybacillus Isolated From Hot Spring Environments(2022) Erez, Mehmet Emre; Jaf, Widad; Ertaş, MetinThe development of microbial enzymes was a crucial event in the industrial sectors as a result of the tremendous growth of biotechnology in recent years. Popularity of waste management and bioremediation processes have both made extensive use of microorganisms’ whole cells and their enzymes. The pharmaceutical, textile, food, cosmetics, leather, paper, energy, biomaterials, fine chemicals, cellulose, and detergent sectors are some of the uses area of microbial enzymes. Depending on different uses, researchers can search for novel bacterial strains that might exhibit previously unrecognized enzymatic activity. Also for searching for plasmids that could be used as cloning vectors to tackle medication resistance in thermophilic microorganisms. The Anoxybacillus flavithermus bacteria, which were isolated from a hot spring in the Turkish city of Afyon, was employed in this investigation. The ability of the identified bacteria to produce extracellular hydrolytic enzymes was tested. For this, the activities of catalase, urease, and lipase as well as the hydrolysis of starch, casein, xylan, and asparagine were researched. Additionally, tests for antibiotic resistance were studied on the isolated bacteria using four different antibiotics (erythromycin, chloramphenicol, rifamycin, and ampicillin). All identified strains fermented starch as carbon and energy sources, and after 24 hours of incubation, amylase activity was detected at 50°C and pH 7.0. All strains were determined to be catalase-positive, and with a few exceptions, the majority of A. flavithermus strains were also found to be urease and caseinase positive. Industrial products that can be obtained from bacteria found in extreme environments will be effective in the development of future technology.Master Thesis Determination of Metabolite and Molecular Characteristics of Hyacinthella Schur (mountain Hyacinth) Species Distributing in Turkey(2023) Acar, Mehmet; Erez, Mehmet EmreHyacinthella Schur cinsinin gen merkezi olarak Türkiye kabul edilmektedir. Dünya'da Hyacinthella cinsine ait 19 tür tanımlanmakla birlikte, bu türlerin 11'i Türkiye'de yayılış göstermektedir. Bu 11 türün 10'u ülkemiz için endemiktir. Bu nedenle, bu türler ile ilgili yapılacak her türlü çalışma, ülkemiz gen kaynaklarının korunması, tanıtılması ve sürdürülebilirliğine katkı sağlayacaktır. Bu çalışmada Türkiye'nin farklı bölgelerinde toplanan, Hyacinthella cinsine ait 11 türün moleküler ve kemotaksonomik çalışmalarının yapılması hedeflenmiştir. Bu amaçla öncelikle yumrulardan elde edilen ekstraktlardaki şekerler hem kalitatif hem de kantitatif açıdan değerlendirildi. Yapılan HPLC analizinde 9 farklı şekere ait standart değerleri ile karşılaştırma yapıldı sonuç olarak glukoz sükroz, früktoz şekerleri tüm türlerde rastlanır iken özellikle trioz, arabinoz ve ksiloz şekerlerinin varlığı türden türe değişkenlik gösterdi. İkinci olarak 56 farklı fenolik madde standardı ile yapılan analizde, quinic asid, luteolin ve apigenin maddelerinin tüm türlerde ortak olarak bulunduğu ancak, tannik asit, cosmosilin ve caffeic asit gibi birçok fenoliğin türden türe farklılık gösterdiği belirlendi. Son olarak 4 farklı primer bölgesi (ITS, matK, rbcL ve trnL-F) ile yapılan Filogenetik analizde ITs bölgesi ile yapılan tüm optimizasyonlar rağmen belirgin ve anlamlı bantlar elde edilmedi bu nedenle ITS bölgesinin Hyacinthella cinsinin filogenetik analiz için uygun olmadığı ileri sürüldü. Diğer tüm bölgeler Mega 11 programı ile dizilerek farklı filogenetik ağaçlar elde edildi. En informatif bölgenin trnL bölgesi olduğu morfolojik veriler ile daha uyumlu olduğu tespit edildi. Sonuç olarak ülkemizde Hyacinthella cinsi ile ilgili ilk defa tüm türleri kapsayan böyle bir çalışma gerçekleştirilmektedir. Bu çalışmanın sonuçlarının değerlendirilmesi ve yayınlaması Hyacinthella cinsinin tanımlanması ve tanıtılmasına katkı sağlayacağı kanaatindeyiz.Research Project Doğu ve Güneydoğu Anadolu’da Yayılış Gösteren Bazı Endemik Türlerin Antioksidan Kapasitelerinin Belirlenmesi ve Etken Maddelerinin Tespit Edilmesi(2016) Erez, Mehmet Emre; Dalar, Abdullah; Fidan, Mehmet; Pınar, Süleyman MesutÜlkemiz, cografik konum ve jeolojik yapı bakımından, farklı topografik yapılara ve toprak gruplarına sahip, degisik iklim tiplerinin etkisi altında ve üç farklı bitki cografyası bölgesinin birlestigi yerde bulunmasınedeni ile zengin bir flora ile çok degisik vejetasyon tiplerine sahiptir. Ayrıca ekolojik ve floristik özelliklerine de baglı olarak,bazı bitki cinslerinin gen merkezi konumundadır. Bütün bu özellikler Türkiye Florası?nın ilginçligini ve çesitliligini açıkça ortaya koymaktadır. Bu amaçla özellikle Dogu ve Güneydogu Anadolu?da endemik tür oldukları bilinen; ? Crepis hakkarica Lamond, ? Laserpitium carduchorum Hedge, Lamond, ? Crepis gemicii Yıldırım, Bingöl ,Armagan, ? Jurinea cataonica Boiss. , Hausskn. ex Boiss., ? Hedysarum vanense Hedge , Hub.-Mor., ? Trigonella macrorrhyncha Boiss., ? Anacyclus anatolicus Behçet , Almanar, ? Dianthus vanensis Behçet , Ilçim, ? Astragalus güzelsuensis F. Ghahrem. Behçet, Demir bitki türlerinin antioksidan kapasiteleri ve etken madde içerikleri tespit edilmeye çalısıldı. Bu baglamda bitki örneklerinin analizi için farklı ekstraksiyon yöntemleri uygulandı. Elde edilen veriler degerlendirildiginde bitkilerin yüksek fenolik ve flavonoid bilesiklerini içerdikleri, ayrıca yüksek DPPH ve FRAP aktivitelerine sahip olduklarıtespit edildi. Ayrıca, bitkilerin habitatlarına baglı olarak enzimatik antioksidan seviyelerinin de yüksek oldugu belirlendi. Bitkiler familya ve taksonlarına baglı olarak, uçucu yag ve etken madde bilesikleri açısından farklı kalitatif ve kantitatif degerlere sahip oldukları tespit edildi. Proje; bölgede bulunan güvenlik sorunlarına ragmen bir yıl gibi kıssa bir süredeön görülen zamanda tamamlandı. Elde edilen veriler degerlendirildiginde, tüm bitkilerin farklı farmokolojik özelliklere sahip olduklarıancak özellikle Crepis hakkarica bitkisinin çalısılan diger bitki türlerindendaha iyi sonuçlar gösterdigi tespit edildi. Bu bitkiden elde edilen ektraktlar içiniçin yeni proje ve biyo-uygulamaların yapılması gerektigi ileri sürüldü. Sonuç olarak çalısılan bitkilerden elde edilen veriler ısıgında yayınlanacak çalısmaların, ülke ve bölge degerlerinin anlasılmasınayardımcı olacagı düsünülmektedir.Article The Effects of Cadmium Concentrations on Germination and Physiological Parameters in Tomato (Solanum Lycopersicum Lam.)(2023) Bingöl, Ömer; Battal, Abdulhamit; Erez, Mehmet EmreCadmium (Cd) is omnipresent trace element in environmental that is unessential in plants. Cd levels rise because of anthropogenic activity such as the combustion of fossil fuels, phosphate fertilizer manufacturing, mineral fertilizers, batteries technology. It is extremely toxic metal and reduces plant growth. In this context, the aim of this study was to investigate the effect of different concentrations (5/10/20/40 ppm) of Cd on germination of seeds and physiological effects in early developmental stage of tomato Solanum lycopersicum Lam. seedlings. 20 ppm (80%) and 40 ppm (83.3%) Cd concentrations caused significantly decrease in germination percentage. All Cd treatments were resulted with decrease in Vigor Index, especially in 20 ppm (42% decrease compared to control). Application of 5 ppm Cd caused decreases in chlorophyll and carotenoid contents in seedlings. Finally, significant decrease in protein content of 5 ppm, 10 ppm and 20 ppm treated seedlings were determined compared to control. As a conclusion, Cd negatively affected germination and physiological parameters of tomato in early developmental stage. Overall, these results indicate that Cd affects different physiologic processes and pathways according to concentration.Article Etnobotanik Amaçlı Kullanılan Origanum Acutidens Bitkisinin Toplam Fenolikflovonoid İçeriği, Fenolik Bileşikleri ve Element Analizi(2020) Fidan, Mehmet; Eroğlu, Huseyin; Pınar, Süleyman Mesut; Tegın, Ibrahım; Erez, Mehmet EmreBu çalışmada, Türkiye için endemik bir bitki olan Origanum acutidens (Hand.-Mazz.) Ietsw. iki farklı çözücü (Su ve % 80 etanol) ile ekstrakte edildi. O. acutidens örnekleri Bingöl-Topalan'dan toplandı. (Toplayıcı kayıt numarası: MMH 1157). O. acutidens’in etanol ve su ekstraktlarının antioksidan aktiviteleri, toplam fenolik flavonoid içeriklerinin yanı sıra element ve fenolik bileşik analizleri yapıldı. Tüm analiz sonuçları 1 mg/mL ekstrakt konsantrasyonuna göre hesaplandı. Analiz sonuçlarına göre DPPH aktivitesinde; su ekstraktının % 77,53’ü etanol ekstraktının ise % 90,69’u inhibisyon, FRAP aktivitesinde su için 0,34 mg/mL ve etanol için 0,96 mg/mL FeSO4 eşdeğerinde aktivite gösterdiği tespit edildi. Toplam fenolik madde tayininde su ekstraktının 86,48 mg /mL etanol ekstraktının ise 142,78 mg /mL gallik asit eşdeğeri total fenolik madde bulundu. Total flavonoid madde analizinde ise su ekstraktı için 280,58 mg/mL etanol ekstraktı için ise 503,82 mg/mL rutin eşdeğeri flavonoid madde içeriği tespit edildi. Ayrıca O. acutidens bitkisinde 15 farklı fenolik bileşik ve 32 farklı element tespit edildi.Article Evaluation of Mterf Gene Expressions in Response To Phytophthora Capsici Infection in Pepper (Capsicum Annuum L.) Cultivars(Academic Press Ltd- Elsevier Science Ltd, 2024) Altintas, Serdar; Kuru, Ibrahim Selcuk; Erez, Mehmet Emre; Catkin, Sedriye; Inal, Behcet; Bingol, OmerDespite resistance to abiotic stresses, some plant species may still show low resistance to pathogens. This biotic stress resistance can provide advantage and increase productivity in agricultural systems. However, while there is extensive research on the pathways involved in abiotic stress tolerance, the impact on the molecular mechanisms underlying pathogen resistance remains poorly understood. Among the pathogens , Phytophthora capsici , an oomycete, causes severe damage as plant pathogen, leading to blight and fruit rot in pepper and other commercially valuable crops. This study investigates the effects of Phytophthora capsici infection on highly resistant (CM334) and susceptible (Sera Demre) pepper varieties. We examined biochemical changes and gene expression across different vegetative periods (seedling, flowering, and fruiting stages). Specifically, we analyzed biochemical pathways and the mitochondrial transcription termination factor (mTERF) gene regions associated with pathogenicity. In pepper seedlings infected with P. capsici , peroxide levels increased at all developmental stages compared to control groups. Additionally, we observed a rise in H 2 O 2 content, a molecule involved in signal transduction, likely due to the oxidative stress caused by the pathogen. The expression patterns of mTERF genes varied significantly depending on both pathogen application and the developmental stage of the plants. In the seedling stage, inoculation with P. capcici resulted in decreased expression of TERF2, mTERF6, and mTERF8 genes in leaf parts of both resistant and susceptible varieties. However, mTERF28 expression showed a significant increase. Interestingly, mTERF14 and mTERF27 gene expressions increased in the resistant variety but decreased in the susceptible one. These findings, although not providing a complete picture of host resistance mechanisms, highlight the crucial role of specific plant genes in the defense pathways against Phytophthora capsici . This knowledge can contribute to selecting pepper varieties with sustainable resistance to this devastating pathogen.Article Hyacinthella Schur Soğanlarında Şeker İçeriğinin Belirlenmesi ve Şekerlerin Kümeleme Analizi Yöntemiyle Tanımlanması(2024) Acar, Mehmet; Erez, Mehmet Emre; Eroğlu, HuseyinTürkiye floristik açıdan zengin bir çeşitliliğe sahiptir ve Hyacinthella cinsinin gen merkezi olarak Türkiye kabul edilmektedir. Dünya’da Hyacinthella cinsine ait on dokuz tür tanımlanmakla, bu türlerin on bir’i Türkiye’de yayılış göstermektedir. Ayrıca Hyacinthella cinsinin on bir türü’nün on’u ülkemiz için endemiktir. Bu nedenle, bu türler ile ilgili yapılacak her türlü çalışma, ülkemiz gen kaynaklarının korunması, tanıtılması ve sürdürülebilirliğine katkı sağlayacaktır. Bitkiler genetik yapıları ve çevresel şartlara göre farklı metabolit içeriklerine sahip olabilirler. Soğanlı bitkilerde şeker içeriği sukroz metabolizmasına bağlı olup, tür ve çevresel etkiler ile değişkenlik göstermektedir. Bu çalışmada ülkemizde yayılış gösteren 11 farklı Hyacinthella türüne ait şeker içerikleri analiz edilmiştir. Dokuz farklı şeker grubunun tür içinde varlığı kalitatif ve kantitatif olarak analiz edilmiştir. Ayrıca şeker içeriklerine bağlı olarak, küme analizi yöntemiyle tanımlama ve gruplama teknikleri kullanılmıştır. Sonuç olarak yapılan şeker analizlerinde glikoz, sukroz ve fruktoz tüm türlerde rastlanır iken, diğer şeker içeriklerinde türler arasında farklılıklar tespit edilmiştir. Kümeleme analizinde Hyacinthella türleri şeker içerikleri bakımından 3 farklı gruba ayrılmıştır. Yapılan çalışma hem Hyacinthella türlerinin soğanlarında bulunan şeker içeriklerini tanımlamakta hem de farklı bir tanımlama yöntemi önermektedir. Morfolojik, moleküler ve metabolik verilerin birleştirilmesi ile türlerin tam ve doğru bir şekilde teşhis edilmesi sağlanacaktır.Doctoral Thesis Investigation of Allelopatic Potential of Lepidium Draba L., Acroptilon Repens (l.) Dc., Thymus Kotchyanus Boiss&hohen. Var. Kotchyanus, Inula Peacockiana (aitch.&hemsl.) Koravin, Salvia Kronenburgei Rech. F. and Phlomis Armeniaca Wild.plants(2009) Erez, Mehmet Emre; Battal, PeyamiBu çalışmada, temel olarak üç farklı özelliğe sahip olan 2 adet aromatik [Thymus kotchyanus Boiss&Hohen. var. kotchyanus., Inula peacockiana (Aitch.&Hemsl.) Koravin], 2 adet endemik (Salvia kronenburgei Rech. f., Phlomis armeniaca Wild.) ve 2 adet bulunduğu habitatta geniş yayılış gösteren [Lepidium draba L., Acroptilon repens (L.) DC.] toplam 6 adet bitki türünün allelopatik potansiyelleri araştırıldı. Bitkiler habitatlarından toplanarak, laboratuara taşındı. Laboratuarda bitkilerin ekstraktları elde edilerek çeşitli oranlarda seyreltildi ve yapılan uygulamalarda bu ekstraktlar kullanıldı. Ekstraktları elde edilen bitkilerin antibakteriyel ve antifungal etkileri incelendi. Yabancı ot ve kültür bitkilerinde ise tohum çimlenmesi ile bitki gelişim fizyolojileri üzerine etkileri araştırıldı.Laboratuar deneylerine başlanılmadan önce allelopatik özellikleri incelenecek olan bitkilerin habitat istekleri, yetiştikleri toprak özellikleri ve yaşadıkları ortamlardaki diğer organizmalar ile olan ilişkileri incelenerek bulundukları habitatlardaki fonksiyon ve etkileri hakkında veriler elde edildi.Çalışmanın birinci aşamasında, bitkilerin su, metanol ve hekzan ekstraktları Bacillus ceresus, Staphylococ aereus, Pseudomonas syringae ve Escherichia coli bakterilerine disk difüzyon yöntemi uygulanarak bitkilerin antibakteriyel etkileri incelendi. Inula peacockiana ve Acroptilon repens ekstraktlarının yüksek düzeyde antibakteriyel etkilere sahip oldukları görüldü.Antifungal etki için bitkilerin su ve metanol ekstraktları Rhizoctonia solani, Fusarium oxysporum ve Aspergillus niger mantarlarına disk dilüsyon yöntemi uygulandı. Antifungal etkide ise tüm bitkilerin su ve metanol ekstratlarının Rhizoctania solani ve Fusarium oxysporum mantarlarının gelişimini tamamen inhibe ettiği, ekstrakt uygulamasının Aspergillus niger mantarlarında ise spor gelişimini baskıladığı gözlendi. Bitki ekstraktlarının antifungal etkilerinin antibakteriyel etkilerinden daha yüksek oldukları tespit edildi.Çalışmanın ikinci aşamasında, bitki ekstraktlarının yabancı ot ve kültür bitki tohumlarının çimlenmeleri üzerine etkileri araştırıldı. Bitkilerin % 0.5, % 1 ve % 3'lük metanol ve su ekstratları hazırlanarak tohum çimlenmesine etkileri belirlendi. Çimlenme çalışması, hem yabancı otların (Amaranthus retroflexus L., Portulaca oleracea L.) ve hem de kültür bitkilerinin (Pisum sativum L., Hordeum vulgare L.) tohumlarında gerçekleştirildi. Çalışmada kullanılan tohumların çimlenme yüzdeleri, radikula ve plumula uzunlukları belirlendi. Ayrıca tohumların taze ve kuru ağırlık değişimleri de ölçüldü.Genel anlamda tüm bitki ekstraktlarının çimlenmeyi büyük oranda baskıladığı görüldü. Özellikle Inula peacockiana bitkisinin su ve metanol ekstraktlarının % 3'lük konsantrasyonları tüm tohumların çimlenmesini tamamen inhibe ettiği gözlendi. Bunun yanı sıra bazı istisnai sonuçlarda elde edildi. Örneğin, Phlomis armeniaca ve Tyhmus kotschyanus ekstratlarının çimlenmeyi uyarıcı etkisinin olduğu tespit edildi.Çalışmanın üçüncü aşaması olarak, bitki ekstraktlarının yabancı ot ve kültür bitkilerinin gelişimleri üzerine etkileri araştırıldı. Bu amaçla bitkilerin % 3'lük su ekstraktları sulama suyu olarak bitkilere uygulandı. Bitkilerin uygulamaya verecekleri cevapların belirlenmesi için de klorofil, hormon, şeker, enzim ve prolin miktarları ve protein profillerinin analizi yapıldı. Çalışmada özellikle Lepidium draba bitki ekstraktlarının morfolojik olarak hedef bitkilerdeki gövde uzamalarına engel olduğu veya yapraklarda lezyonlara yol açtığı görüldü. Inula peacockiana ve Lepidium draba bitki ekstraktı uygulamasının şeker seviyelerinde azalmaya neden olduğu görüldü. Acroptilon repens ve Tyhmus kotschyanus bitki ekstraktı uygulamalarının Gibberellik asit miktarını düşürerek, Absisik asit seviyelerinde artışa neden olduğu görüldü. Yapılan ekstrakt uygulamalarının kültür bitkilerinde protein profillerini ciddi oranda değiştirmediği, ancak yabancı ot bitkilerinin protein profillerinde ise yapısal proteinlerin yoğunluğunda azalmalara neden olduğu görüldü. Bitki ekstraktı uygulanan hedef bitkilerde antioksidan seviyelerinin yükseldiği tespit edildi.Tüm çalışma sonucunda, bitkilerin farklı yönleri ile çalışma yapılmasına rağmen özellikle allelopatik yönden yüksek potansiyele sahip oldukları görüldü. Bu bitkilerde bulunan allelokimyasalların uygun konsantrasyonlarının sentetik herbisitlere ve fungusitlere alternatif olacağı ve bu bağlamda da, doğal herbisit veya fungusit olarak sürdürülebilir tarımda kullanılabileceği düşünülmektedir. Bu amaçla etken maddelerin belirlenip kullanılabilmesi için de interdisipliner çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.Article Investigation of Bisphenol a (Bpa) Effects on Germination and Development of Wheat and Chickpea(2024) Adıguzel, Kurtuluş; Erez, Mehmet EmreBisphenol A (BPA) is a chemical compound used in the production of various plastics. Its effects on health have been the subject of publications and scientific debate. The current study was carried out to reveal the effects of bisphenol A at various concentrations on seed germination and seedling development of wheat and chickpea plants. At the first step, seeds of wheat and chickpea were planted in sterile petri dishes and imbibed with 0, 1, 5, 10, 20, 40 and 50 mg L-1 Bisphenol A concentrations. Germination percentage, vigor index, radicle length, and plumula length were calculated. In the second step, the seeds were first germinated in sterile petri dishes, and seedlings were exposed to the same BPA concentrations. In addition to seedling development measurements, chlorophyll, carotenoid contents, and phenolic and flavonoid changes were analyzed. Stomatal aperture status in wheat seedlings was also monitored. The effect of BPA concentrations varied greatly depending on the plant species. Likewise, their effects on germination and development stages are highly variable. Root and stem lengths decreased due to increasing BPA concentrations. Regarding the effects of BPA on development, 40 and 50 mg L-1 concentration applications caused an increase in chlorophyll in wheat and a significant decrease in chickpea plants. Phenolic and flavonoid values showed differences depending on the application dose. It was noticed that their amounts increased significantly at concentrations higher than 20 mg L-1. The cadmium toxicity effect varied depending on the seed species and cadmium concentration. While 1 and 5 mg L-1 applications did not cause a negative effect on germination and development, it caused inhibitory effects at high concentrations. BPA concentration in nature is increasing day by day. These findings provide invaluable information on the underlying effects and concentration limit of BPA on crop growth.Master Thesis The Investigation of Physiological and Gene Expressional Effects of Static Magnetic Field on on Wheat (triticum Turgidum L.) Plant.(2021) Özbek, Muhsin; Erez, Mehmet EmreBu tez çalışmasında, manyetik alanın tohum çimlenmesi ve fide gelişimi üzerine etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla tohum olarak Triticum turgidum L. subsp. durum (Desf.) türüne ait Kızıltan çeşidi kullanılmıştır. Manyetik alan uygulaması için iki farklı şiddet (12.5 ve 25 mT) ve iki uygulama süresi (15 ve 30 dakika) tercih edilmiştir. Uygulamaya altı gün boyunca devam edilmiştir. Manyetik alanın etkilerin değerlendirilmesi amacı ile fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler parametreler kullanılmıştır. Bu bağlamda çimlenme, uzama, su içeriği, klorofil- karotenoid, fenolik-flavonoid, antioksidan kapasite ve son olarak 4 farklı gen bölgesinin ekspresyon değerleri analiz edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre manyetik alan uygulanan tohumların, maruz bırakılan şiddet ve sürelere göre değişken tepkiler verdiği tespit edilmiştir. Manyetik alanın; çimlenme, boy ve total klorofil değerlerinde azalmalara neden olur iken, bağıl su içeriği, klorofil b ve karetonoid miktarlarında anlamlı artışlar görülmüştür. Fenolik-flavonoid içeriği ve antioksidan değerlerin birbirleri ile uyumlu olduğu gözlemlenmiştir. Ayrıca 25 mT-30 dakikalık uygulaması tüm fidelerde gen ekspresyonlarının artmasına neden olduğu belirlenmiştir. Gen ekspresyonları ile çalışılan parametreler arasında belirgin bir korelasyon görülmüştür. Sonuç olarak manyetik alan, bitkileri farklı yönlerde etkileyerek; çimlenme, gelişme ve verimleri üzerine etkili olmaktadır. Bu etkiyi; uygulanan manyetik alanın şiddeti, süresi, uygulama şekli ve kullanılan bitki türü hatta çeşidi belirlemektedir. Manyetik alan uygulamalarının zirai amaçlı kullanılabilmesi için bu tarz metabolik çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.Master Thesis Investigation of the Effects of Bisphenol a on Germinationand Development of Wheat and Chickpea Plants(2023) Adıgüzel, Kurtuluş; Erez, Mehmet EmreBu çalışma, çeşitli konsantrasyonlardaki Bisfenol A'nın bitkilerin çimlenme ve gelişimleri üzerine olan etkilerini ortaya çıkarmak amacıyla yapılmıştır. Buğday ve nohut bitkileri araştırmanın bitki materyallerini oluşturmuştur. Araştırmanın birinci safhasında 10'ar adet buğday ve 6'şar adet nohut bitkilerine ait tohumlar, steril petri kaplarına ekilerek üzerine 1 mg/L, 5 mg/L, 10 mg/L, 20 mg/L, 40 mg/L, 50 mg/L konsantrasyonlarda Bisfenol A eklenmiş ve çimlenmesi için laboratuvar ortamında, çimlenmeye bırakılmıştır. Ardından çimlenme süreleri ve gelişim ortalamaları alınarak istatistiksel olarak hesaplanmıştır. Çalışmanın ikinci aşamasında buğday ve nohut bitkileri deney materyali olarak kullanılmış, bitki tohumları öncelikle steril petrilerde çimlendirilerek, radikula ve plumula gelişimi gözlendikten sonra steril kavanozlara alınarak üzerlerine 1 mg/L, 5 mg/L, 10 mg/L, 20 mg/L, 40 mg/L, 50 mg/L konsantrasyonlarda bisfenol A eklenmiştir. Gelişim parametresi olarak kök uzunluğu, plumula uzunluğu, klorofil ve karetonoid içeriği, fenolik ve flavonoid değişimleri ölçülerek çalışma sonlandırılmıştır. Sonuç olarak 1 mg/L, 5 mg/L, 10 mg/L, 20 mg/L konsantrasyonlardaki bitki gruplarında, diğer gruplara oranla çimlenmenin ve gelişim parametrelerinde istatistiksel olarak anlamlı farklılıkların olduğu, konsantrasyon ve bitki türrüne bağlı olarak farklı etkilere neden olduğu tespit edilmiştir. Çalışmadaki amacımız, çevremizde büyük oranda maruz kaldığımız BPA maddesinin, birincil üreticiler olan bitkiler üzerindeki toksik etkilerinin belirlenmesidir. Bu bağlamda bu çalışma ile BPA'nın diğer canlılardaki etkileri hakkında fikir sağlayacaktır.Research Project Kuraklık Stresi Altında Yetiştirilen Bazı Mercimek (Lens Culinaris Medik.) Çeşitlerinde Moleküler ve Fizyolojik Değişikliklerin Araştırılması(2006) Celik, Ismail; Berber, İsmet; Türker, Musa; Oğuz, Faruk; Erez, Mehmet Emre; Battal, Peyami; Erman, Murat-Article Kuraklık Stresi Uygulanmış ve Uygulanmamış Domates Bitkilerine Farklı Dozlarda Mangan Uygulamalarının Bitki Gelişimi Üzerine Etkisi(2023) Yasar, Fikret; Üzal, Özlem; Erez, Mehmet Emre; Tuğa, Halide; Baytin, Rana; Kaymaz, Ömer; Yaşar, ÖzlemÇalışmada, sırık tip Adamset F1 hibrit domates çeşidi kullanılmıştır. Bitkiler, kontrollü iklim odasında 16/8 saatlik aydınlık/karanlık fotoperiyotta, 25oC sıcaklıkta, % 65 nemde, 400 μmol m-2 s-1 ışık yoğunluğunda Hoagland besin solüsyonu kullanılarak hidroponik kültürde yetiştirilmiştir. Besin solüsyonuna Mangan (Mn)’ın 0.016 ppm, 0.021 ppm, 0.026 ppm, 0.031 ppm, 0.036 ppm, 0.041 ppm ve 0.046 ppm dozları uygulanmıştır. Bitkiler 4-5 gerçek yapraklı iken ortama polietilen glikol (PEG-6000/%5) eklenerek kuraklık uygulanmıştır. Kuraklık uygulamasının 7. ve 14. gününde bitkilerden örnek alma işlemi yapılmıştır. Kuraklık stresi durumunda, Mn elementi uygulamalarının bitkilerin bazı büyüme parametreleri üzerine etkilerini belirlemek amacıyla yapılan çalışmada bitkilerin bazı büyüme parametrelerine bakılmıştır. Kuraklık stresi altındaki domates bitkilerine farklı dozlarda mangan uygulandığında, domates bitkilerinin bitki gelişimi üzerine olumlu etki eden en uygun mangan dozlarının 0.031 ppm ve 0.036 ppm olduğu belirlenmiştir.Article Magnetic Field Effects on the Physiologic and Molecular Pathway of Wheat (Triticum Turgidum L.) Germination and Seedling Growth(Springer Heidelberg, 2024) Erez, Mehmet Emre; Ozbek, MuhsinThe aim of this work was to investigate the influence of the magnetic field on seed germination percentage and wheat seedlings, such as root and stem length, water content, photosynthetic pigments, antioxidants, phenols, flavonoids, and gene tests. Triticum turgidum L. ssp. durum Desf. seeds were exposed to a magnetic field with an induction of 12.5 and 25 mT for 6 days with 15 and 30 min exposure times per day. The magnetic field effect increased the water, chlorophyll, and carotenoid contents while reducing the germination percentage and root length. Significant associations were found between gene expression and related parameters, especially under 25 mT magnetic induction for 30 min. Further research could contribute to explaining the relationship between the influence of the applied magnetic field and the qRT-PCR genes (EF1, PhAL, Rubisco, CBP4) and changes occurring in wheat seedling growth. The variability in wheat genotypes could be caused by the applied magnetic field with different magnetic induction and exposure times. In magnetic field induction of 25 mT for a 30 min exposure time, changes were observed in all genes compared to the control group. The findings have different and unexpected implications that germination can be regulated by gene expression and related enzymes, associated with induction, exposure method, and duration of the magnetic field.Article Morphological, Anatomical, Palynological and Ecological Data on the Local Endemic Dianthus Vanensis (Caryophyllaceae) From Turkey(Magnolia Press, 2019) Karaismailoglu, Mehmet Cengiz; Erez, Mehmet Emre; Pinar, Suleyman Mesut; Fidan, Mehmet; Eroglu, HuseyinA first detailed taxonomical, palynological, and ecological study of the Turkish endemic Dianthus vanensis is shown based on field data collected at locus classicus. A revised morphological description, including data of seed and pollen by using Scanning Electron Microscope, is provided. Seed surface displays elongated cells, which are lobate with 14-28 teeth, I, S shaped or irregular, and papillate. Pollen grains are radially symmetric, apolar, pantoporate and spheroidal shape (size: 40.38 +/- 0.64 x 37.98 +/- 0.36 mu m), with scabrate ornamentation, and 9-12 pores elliptical (different margin), and operculate (size: 6.17 +/- 0.23 x 4.17 +/- 0.39 mu m). The anatomy of root, stem and leaf are also investigated. On the outer surface of the root is placed a multi-layered periderm. The cortex consists of multi-layered parenchymatic cells under periderm, and its thickness is 176.49 +/- 7.85 mu m. In the stem cross-sections, it is noticed one epidermis layer, comprising of flat cells in outermost. Its thickness ranged between 28.13 and 35.29 mu m. The type of vascular bundle is hadrocentric. In the abaxial and adaxial surfaces of the leaf are located 1-layer epidermis cells, comprising of the flat or rectangular cells. The leaf is equifacial. Leaves have collateral vascular type. IUCN category of the taxon is assessed CR (Critical Endangered) based on criterion B2a,b(iii).