Browsing by Author "Güler, Günnur"

Now showing 1 - 3 of 3

Fourier Dönüşümü Kızılötesi Spektroskopisi ile Cd133+/cd44+ Prostat Kanser Kök Hücrelerinin İki Boyutlu ve Üç Boyutlu Ortamdaki Hücresel Farklılıklarının Belirlemesi
(2019) Güler, Günnur; Açıkgöz, Eda; Oktem, Gulperi
Amaç: Sferoid kültürleri, hücrelerin kendi iç dinamikleri ve diğer hücrelerle olanetkileşimleri açısından tek tabakalı kültürlere kıyasla tümör dokusununözelliklerini daha iyi yansıtmaktadır. Bu çalışmanın amacı, üç boyutlu (3D) ve ikiboyutlu (2D) kültür ortamlarında üretilen CD133+/CD44+ prostat kanser kökhücrelerinin (KKH) makromoleküllerindeki benzerlik ve farklılıklarınınaraştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: DU-145 prostat kanser hücre hattı içerisindekiCD133+/CD44+ yüzey belirteç özelliklerine sahip KKH’leri akış sitometrisi(FACS) kullanılarak izole edilmiştir. Agarla kaplı kültür kapları ile sferoidyapıları oluşturulmuştur. 2D ve 3D kültür ortamlarındaki KHK hücreleri Fourierdönüşümü kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile karşılaştırılmıştır.Bulgular: CD133+/CD44+ hücrelerin birinci haftada agarlı kültür ortamlarındamikro-agregatlar oluşturduğu gözlenmiştir. İkinci haftada ise, olgun sferoidyapıların oluştuğu saptanmıştır. 2D ve 3D (multisellüler tümör sferoidleri) kültürortamlarında üretilen hücreler ile yapılan FTIR analizleri KHK hücre yapısındakiproteinler, lipitler, karbonhidratlar ve nükleik asitlerde (DNA, RNA) önemliderecede farklanmalar olduğunu göstermiştir. Membran lipit açil zinciruzunluğu ve hücre zarı kalınlığı, proteinlerin sekonder yapıları ve DNAoligonükleotitlerin baz sekanslarında veya fonksiyonel gruplarında önemlifarklanmaların olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, 3D kültürortamında üretilen sfreoid yapılarının in vivo tümör dokusu ile benzer özelliklersergilediğini göstermiştir.Sonuç: Hücre ortam koşulları ile yaratılmış olan fiziksel, kimyasal ve biyolojiközellikler hücrelerin kendi iç dinamiğini ve mikroçevresi içerisindekietkileşimlerini önemli derecede etkilemektedir. 2D kültür ortamları ile hücreleritek boyutta indirgemek hücrelerin gerçek özelliklerini yansıtmamaktadır. Bunedenle, 3D kültür ortamları ile hücre dinamiklerinin incelenmesigerekmektedir. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, kanserde önemli bir hücrepopülasyonunu oluşturan KKH’lerin membran yapısı, lipitler, proteinlerin sekonder yapıları ve DNA oligonükleotit yapılarının terapötik hedefolabileceğini göstermektedir.
Ir Spektroskopi Kullanılarak İn Vitro Meme Kanser Kök Hücrelerinin Araştırılması
(2020) Güler, Günnur; Acikgoz, Eda; Oktem, Gulperi; Guven, Ummu
Amaç: Kanser kök hücreleri (KKH), tümör içinde kendi kendilerini yenileme ve diğer hücre tiplerinefarklılaşabilme kapasitesi sebebiyle tümörün başlaması, ilerlemesi, nüksetmesi, metastaz ve terapötikdirence yol açmaktadır. Bu nedenle, meme kanser kök hücrelerinin (MKKH) karakteristik özelliklerininbelirlenmesi gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı, MKKH‟lerin akış sitometrisi ile izole edildikten sonraFourier dönüşümlü kızılötesi (FTIR) spektroskopisi kullanarak hücre biyokimyasındakifarklılaşmalarının moleküler seviyede araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: MCF-7 meme kanser hücre hattındaki CD44+/CD24- yüzey belirteç özelliğigösteren MKKH‟ler akış sitometrisi ile izole edilmiştir. MCF10A, MCF-7 kanser hücre (KH) hattı ve buhattan izole edilen CD44+/CD24- yüzey belirteç özelliklerine sahip MKKH‟'ler %0,9 NaCI içerisineresuspanse edildikten sonra FTIR spektrometre ile ölçülmüştür.Bulgular: MCF-7 içerisindeki CD44+/CD24- yüzey belirteç özelliğine sahip KKH‟lerinin sort oranı%2,0-2,3 olarak belirlenmiştir. Elde edilen FTIR spektrumlarında, MKKH, meme kanser hücreleri (KH,non-KKH, bulk populasyon) ve sağlıklı hücreler arasında spektral benzerlikler ve farklılıklar tespitedilmiştir. MKKH‟lerde lipit ve protein sinyalleri daha güçlü olup hücre zarı akışkanlığı ve dinamiğifazladır. Sağlıklı hücreler ile kıyaslandığında, KH‟lerde α-helikal proteinler ve DNA sinyallerindeazalmaya karşın negatif yüklü karboksil gruplarından kaynaklanan sinyallerde artış gözlenmektedir. Buveriler, MKKH‟lerin, sağlıklı ve KH‟lere kıyasla yapı, içerik ve dinamiği bakımından oldukça farklı birprofil sergilediğini göstermektedir.Sonuç: Bu çalışma, MKKH‟lerinin moleküler yapısı ve içeriğindeki değişikliklerin incelemesi vasıtasıylaterapötik hedefli ilaç çalışmaları yapılabileceğini ortaya koymaktadır. FTIR spektroskopisi boyar maddegerektirmeden, hassas ve hızlı ölçüm alınması, örnek hazırlamada kolaylık ve az miktarda örnekgerektirmesi sebebiyle ileri hücre çalışmalarında ve medikal alanda biyolojik örneklerin analizlerindekullanılabileceği de gösterilmiştir.
Prostat Kanseri Hücreleri'nde D-amino Nöraminik Asidin Gangliozid'e Spesifik Bağlanmasının Çalışılması
(2023) Yigitturk, Gurkan; Rouhrazi, Hadi; Aktug, Huseyin; Güler, Günnur; Demir, Kenan; Acıkgoz, Eda
Amaç: Bu çalışmanın amacı, insan D-Amino Nöraminik Asid’inin (KDN, 2-keto-3-deoksi-D-glisero-D galakto-nononik asit) hücresel bağlanma bölgesini araştırmaktır. KDN molekülü, sialik asit ailesinin bir üyesidir ve kanser hücrelerinde ekspresyonu artar. KDN'nin alabalık sperminde Monosialodihexosyl Gangliosid’e (GM3) bağlandığı gösterilmiştir. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada bir prostat kanseri hücre dizisi (DU145) kullanıldı. Her deney grubu; Kontrol, Glukosilseramid sentaz (GCS) enzim inhibitörü Genz-123346 ile tedavi edilen ve GM3 sentez inhibitörü Triptolid ile tedavi edilen olmak üzere 3 gruba ayrıldı. Her grup, GM3, Disialosyllactosylceramide (GD3) ve KDN için immünositokimyasal yöntem kullanılarak boyandı. Tedaviden sonra hücresel değişikliklerin sağlaması Fourier Transform Infrared (FTIR) Spektroskopi analizi ile yapıldı. Bulgular: Tedavi edilmeyen 1 numaralı hücre grubu, GM3, GD3 ve KDN ile pozitif boyandı ve GCS enzimi, sadece KDN ile pozitif boyanan 2 numaralı hücrelerin Genz-123346 grubuyla bloke edildi. Ayrıca, GD3 sentaz inhibitörü Triptolide ile muamele edilmiş 3 numaralı hücre grubu, GM3 ve KDN ile pozitif boyandı. FTIR ölçümleri Triptolide ile apoptotik özellikler gösterirken, Genz-123346 hücre canlılığı üzerinde olumsuz bir etkiye sahip değildi. Şeker yapılarında azalma ortaya çıktı ve immunositokimyasal boyama ile elde ettiğimiz sonuçlar FTIR ile pekiştirildi. Sonuç: KDN'nin yerinin belirlenmesi, kanser tedavisi araştırmaları için yeni hedeflerin seçilmesi açısından önemlidir. KDN'nin GM3 inhibisyonu ve GD3 inhibisyonu tarafından inhibe edilmediği gösterilmiştir. KDN, GM3 üzerinde olabileceği gibi farklı yerlere de bağlanabilir veya serbest halde olabilir. Bu çalışmada yalnızca salt GM veya GD serisindeki gangliozidlerden herhangi birine bağlanmayacağı ortaya konulmuştur.