Browsing by Author "Güller, Abdullah"

Now showing 1 - 15 of 15

Bean Common Mosaic Potyvirus (Bcmv) Characterized From Bean (Phaseolus Vulgaris L.) Crops Affected by Mosaic Disease in Denizli Province, Türkiye
(2023) Usta, Mustafa; Güller, Abdullah
Bean (Phaseolus vulgaris L.) is one of the world's oldest crops with both financial and nutritional importance. Bean common mosaic potyvirus (BCMV) is one of the prevalent viral agents that affect beans across the globe. Determining the presence of the agent in the relevant region is critical for minimizing crop losses by implementing appropriate preventive and control measures. In this study, 73 bean leaf samples were collected from bean-growing areas in the Denizli province of Türkiye in 2022. The samples were screened for the presence of viral agents using Polymerase Chain Reaction (PCR) with specific primers targeting the polypeptide gene. 26 of the bean samples were found to be positive for BCMV. The coat protein gene sequences of two randomly selected positive isolates were sequenced and deposited in the GenBank with accession numbers OQ910196 and OQ910197. The nucleotide sequences of isolates were found to have high similarity with those of isolates identified in various regions of the world. Phylogenetic analysis indicated that these isolates from Denizli, Türkiye were closely related to other Turkish isolates. However, since some Turkish isolates in the cluster associated with the Denizli isolates were identified as belonging to the US-5 or NL-6 strain, the current sequences may be related to these strains. Further research is necessary to identify the exact strain of the Denizli isolates, which could be achieved through the use of a strain differentiation set.
Bingöl İlinde Domateste Stolbur ve Yonca Proliferasyon Fitoplazma Enfeksiyonları
(2020) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa
Bingöl ilinde yetiştiriciliği yapılan domates (Lycopersicum esculentum L.) tarlalarında fitoplazma benzeri belirtiler dikkat çekmiştir. Dikkat çeken belirtiler arasında cadı süpürgesi, rozetleme, mor renkli kıvrılmış ve gevrek yapraklar, üst dallarda küçük yapraklılık ve aşırı uzamış kaliks yer almaktadır. Simptomlu ve simptomsuz toplam 11 bitkinin yapraklarından muhtemel patojeni belirleyebilmek için genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. Üniversal primer setleri kullanılarak gerçekleştirilen Nested-PCR testlerinde, 11 örneğin 4’ünde yaklaşık 1200 bp büyüklüğünde DNA bantları elde edilmiştir. R16F2n/R16R2 primerleri ile bant veren örneklerden rastgele ikisi seçilerek uygun bir plasmid vektörde klonlanmıştır. Saflaştırılan rekombinant plasmid DNA’sı çift yönlü olarak dizilenmiştir. 16S rDNA dizisinin moleküler analizleri, infekteli domates örneklerinde ‘Canditatus Phytoplasma solani’ (16SrXII-A grup) (benzerlik katsayısı 1.00) (Ulaşım no: MT279680) ve ‘Canditatus Phytoplasma trifolii’(16SrVI-A grup) (benzerlik katsayısı 1.00) (Ulaşım no: MT279852) doğrulamıştır. Domates örneklerindeki fitoplazma izolatları ‘Bingöl D11’ ve ‘Bingöl D90’ olarak isimlendirilmiştir. Oluşturulan filogenetik dendrogram da her iki patojenin ait olduğu yeri doğrulamıştır. Mevcut bu çalışma Bingöl ilinde domatesi doğal olarak enfekte eden “Ca. P. solani”(16SrXII-A) ve “Ca. P. trifolii”(16SrVI-A) nin ilk raporudur.
Bingöl İlinde Kabak Bitkisini (Cucurbita Pepo L.) İnfekteleyen Zucchini Yellow Mosaic Potyvirus (Zymv) Virüs İzolatının Belirlenmesi ve Moleküler Karakterizasyonu
(2019) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa
Kabak sarı mozaik potivirüsü (ZYMV), Potyviridae ailesine ait bir virüs olup dünya çapında birçok kabakgil bitkide ciddi ekonomik kayıplara neden olmaktadır. 2018 yılı Eylül ayında, Bingöl iline bağlı kabak yetiştiriciliği yapılan alanlarda kabarıklık ve buruşukluk gibi tipik viral hastalık belirtisi gösteren bitkiler ile sağlıklı bitkilerden örnekler alınarak ZYMV enfeksiyonu bakımından Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zircir Reaksiyonu (RT-PCR) ile testlenmiştir. RT-PCR testi pozitif reaksiyon vererek ZYMV’nin kılıf proteinine karşılık gelen yaklaşık 840 bp DNA fragmenti oluşturmuştur. Ayrıca, çoğaltılan ZYMV'nin tam kılıf protein (coat protein, CP) geni, prokaryotik klonlama vektörü olan pGEM-T Easy vektörüne klonlanmış ve genin tam nükleotid ve amino asit dizisi tespit edilmiştir. Elde edilen ZYMV-CP gen dizisinin 279 amino asiti kodladığı (yaklaşık 31.2 kDa) ve 837 nükleotidi içerdiği ortaya çıkarılmış ve bu dizi ZYMV-Bingöl izolatı olarak isimlendirilerek MK689858 erişim numarası ile gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. ZYMV-Bingol CP geninin dizisi, farklı coğrafi bölgelerden elde edilen 21 izolat ile analiz edilerek filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Nükleotid düzeyindeki moleküler analizlere göre ZYMV CP gen dizisisi, en yüksek % 100 oranında Türkiye izolatı (JF317296) ile ve en düşük % 91.64 oranında Kore izolatı (AF062518) ile benzerlik göstermiştir. Ayrıca, filogenetik analizler, ZYMV Bingöl izolatının Türkiye- Adana izolatı (JF317296) ve Pakistan izolatı (AB127936) ile gruplandığını belirlenmiştir. Bingöl ilinde kabak bitkisini enfekte eden ZYMV’nin bulunuşu ilk kez bu çalışmayla rapor edilmiştir.
Bougainvillea Spectabilis Willd. Bitkisinin Biyolojik Olarak Aktif Rekombinant Bouganin Proteininin Antiviral Ve Antifungal Aktivitesi
(2018) Durak, Emre Demirer; Sipahioglu, Hikmet Murat; Usta, Mustafa; Güller, Abdullah
Bougainvillea spectabilis Willd. bitkisinden ribozom inaktive eden proteinlerden olan Bouganin antiviral protein (BAP) geni izole edilerek klonlanmış, ifade edilmiş, antiviral ve antifungal özellikleri araştırılmıştır. Bouganin proteinini kodlayan genin tamamı bitkinin olgun yapraklarından ekstrakte edilen mRNA’dan Reverse Transkripsiyon-PCR yöntemi ile çoğaltılmıştır. Gen, uçtan uca bölgeyi kapsayacak şekilde tasarlanan spesifik primerler yardımı ile prokaryotik ekspresyon vektörü pETDuet-1’de klonlanmıştır. BAP geninin ifadesi rekombinant plazmitin Escherichia coli (BL21(DE3)pLysS) hücrelerine transferi sonrası isopropyl β-D thiogalactopyranoside (IPTG) ile teşvik edilmiştir. Molekül ağırlığı yaklaşık 28 kDa olan BAP transforme edilmiş bakterilerden izole edilmiştir. BAP ‘ın antiviral aktivitesi Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) kullanılarak mekanik inokulasyon yöntemi ile araştırılmıştır. Antifungal aktivitenin belirlenmesi disk difüzyon metodu yardımıyla patojen ve patojen olmayan Rhizoctonia solani, Trichoderma harzianum ve Fusarium oxysporum fungusları ile araştırılmıştır. BAP uygulama miktarı arttıkça ZYMV’nin neden olduğu hastalık şiddetinin azaldığı tespit edilmiştir. BAP 72 saatlik kontrol uygulaması ile karşılaştırıldığında, Rhizoctonia solani’nin gelişimini % 30.7, Trichoderma harzianum’unun gelişimini ise % 20 oranında inhibe etmiştir. Fusarium oxysporum’un gelişiminde herhangi bir inhibisyon etkisi gözlenmemiştir. In vitro’da ifade edilen BAP proteininin uygulandığı tüm bitkiler (sadece BAP protieni uygulanan kontrol grubu da dahil) uygulama yapılmayan bitkilere oranla şiddetli gelişme geriliği sergilemiştir.
Diyarbakır İlinde Yetiştirilen Hıyar Bitkilerinde Hıyar Mozayik Virüsü’nün Genetik Çeşitliliği
(2024) Güller, Abdullah; Demirel, Serap; Usta, Mustafa; Korkmaz, Gülüstan
Hıyar bitkisi (Cucumis sativus L.) dünya çapında üretilen önemli bir kültür bitkisidir. Yaygın viral hastalıklarından biri olan Hıyar mozayik virüsü (Cucumber mosaic virus, CMV) hıyar bitkisinde verim ile birlilkte kaliteyi düşürerek ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Diyarbakır ilinde 2021 yılı Eylül ayında yapılan gözlemlerde, yapraklarda mozaik, düzensiz sarımsı lekeler ve deformite gibi virüs benzeri simptomlar gösteren hıyar bitkileri gözlenmiştir. Simptom gösteren ve göstermeyen örnekler toplanarak CMV spesifik primerler kullanılarak ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR)’na tabi tutulmuş ve üretilen DNA bantları agaroz jelde görüntülenmiştir. CMV infeksiyonu 15 örnekten yedisinde belirlenmiştir. Rastgele seçilen bir örneğin bakteriyel klonlanması ve dizilenmesi sonucunda, CMV kısmi kılıf proteni geninin 593 bp uzunluğunda olduğu belirlenmiş ve NCBI veri tabanına MW962979.1 erişim numarası ile kaydedilmiştir. CMV’nin farklı izolatlarıyla gerçekleştirilen filogenetik ağaca göre, Diyarbakır CMV izolatı Subgrup IA grubunu oluşturan Avustralya, İsrail, İspanya, Macaristan, Japonya ve Kore’ye ait CMV izolatları ile kümelenmiştir. Diyarbakır bölgesinde yetiştirilen hıyar bitkilerinde CMV’nin varlığı ve grup/subgrup teşhisi ilk defa bu çalışma ile doğrulanmıştır.
Erzincan İlinde Bal Arısı (Apis Mellifera L.) Kolonilerinde Tespit Edilen Deforme Kanat Virüsünün Moleküler Karakterizasyonu
(2021) Çakar, Gözdenur; Güller, Abdullah; Kurt, Zeyneabidin; Usta, Mustafa
Iflaviridae ailesine ait olan deforme kanat virüsü (DWV), tüm dünyada bal arısı kolonilerinde ciddi maddi kayıplara neden olan yıkıcı bir virüstür. 2020'de (Kasım) Erzincan ilinden toplanan virüs şüphesi olan bal arısı örnekleri, DWV enfeksiyonuna karşı moleküler testlerle tarandı. Test edilen 12 örneğin 6'sında muhtemel virüs varlığını gösteren yaklaşık 700 bp DNA bandı elde edildi. Virüsün varlığını gösteren bantlardan rastgele seçilen iki amplifiye edilmiş DNA bandı pGEM-T Easy vektörüne klonlanmış ve elektriksel olarak kompetan E. coli bakterisine aktarılmıştır. Klonlamadan elde edilen rekombinant plazmitler, E. coli'den saflaştırılmış ve yeni nesil dizileme (NGS) ile dizilenmiştir. DWV'nin kısmi nükleotid dizilerinin 711 nükleotid içerdiği tespit edilmiş ve bu diziler MW962981 ve MW962982 erişim numarası ile NCBI GenBank'a kaydedilmiştir. Her iki izolatın en yüksek dizi benzerliği, nükleotid düzeyinde %98.03 ile %98.17 arasında değişmiştir. Ayrıca, Erzincan DWV dizilerinin filogenetik ilişkileri, GenBank'ta kayıtlı farklı ekolojik bölgelerden 15 benzersiz dizi kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Filogenetik ağaç, DWV Erzincan izolatlarının İngiltere (HM067438), İspanya (MK262743) ve İsveç (MN746311) izolatları ile kümelendiğini göstermiştir. Literatür bilgilerimize göre, bu çalışma ile DWV (Deforme kanat virüsü) Türkiye'nin Erzincan ili bal arılarında ilk kez rapor edilmiştir.
Hıyar (Cucumis Sativus L.) Bitkisinde Aynı Simptomatolojiye Sahip İki Farklı Fitoplazma Etmeninin 16s Rdna'sının Rflp ve Nükleotid Dizi Analizleri ile Teşhisi ve Karakterizasyonu
(2017) Usta, Mustafa; Güller, Abdullah; Sipahioglu, Hikmet Murat
Van ilinde yetiştiriciliği yapılan hıyarlarda (Cucumis sativus L.) fitoplazma benzeri belirtiler görülmüştür. Gözlenen en önemli belirtiler arasında şiddetli cüceleşme, cadı süpürgesi görünümü, rozetleme ve küçük yapraklılık yer almaktadır. Toplanan 8 hıyar örneğine R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2 primer çiftleri ile uygulanan Nested-PCR testi uygulanmıştır. Belirti gösteren ve göstermeyen hıyar yapraklarından izole edilen genomik DNA'ların kullanıldığı PCR reaksiyonunda fitoplazma etmenlerine ait 16S rDNA fragmentleri çoğaltılmış ve test edilen sekiz örneğin dördünde 1.25 kb uzunluğunda DNA fragmentleri elde edilmiştir. Beklenen band büyüklüğünü veren örneklerden rastgele seçilen iki örnek uygun bir plasmid vektörde klonlanmıştır. Saflaştırılan rekombinant plasmid DNA'sı çift yönlü olarak dizilenmiş ve 16S rDNA dizisinin BLAST ve RFLP analizleri yapılmıştır. Şiddetli fitoplazma belirtisi gösteren hıyar numunelerinin birinde 'Candidatus Phytoplasma solani' (benzerlik katsayısı 1.00) (GenBank erişim no: KX977570), diğerinde ise 'Candidatus Phytoplasma trifolii' (benzerlik katsayısı 0.98) (GenBank erişim no: KR080212) saptanmıştır. İzolatlardan birincisine'Van-solani' diğerine ise 'Vantrifolii' izolatı isimleri verilmiştir. İki farklı fitoplazma etmeninin oluşturduğu belirtiler arasında bir fark gözlenmemiştir. Yazarların bilgisine göre, Türkiye'de hıyarları doğal olarak enfekte eden \"Ca. P. solani\" ve \"Ca. P. trifolii\" fitoplazma etmenleri ilk defa bu çalışma ile rapor edilmiştir
Iğdir İli Kabakgil Bitkilerinde Bazı Mozaik Hastalıklarının In Siliko ve Moleküler Analizi
(2024) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa; Korkmaz, Gülüstan; Demirel, Serap
Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) ve Watermelon mosaic potyvirus (WMV) kabakgilleri infekteleyen ve ekonomik kayıplara neden pozitif tek iplikli RNA genomuna sahip bitki virüslerdir. Her iki virüs kabakgil bitkilerde başta mozaik deseni ve yapraklarda şekil bozukluklarına yol açar. Bu tür belirtiler gösteren 23 kavun ve 28 karpuz bitkisinin yaprakları Iğdır ilinin farklı bölgelerinden örneklendirilmiştir. Simptomlu ve simptomsuz örnekler Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zircir Reaksiyonu (RT-PCR) tarafından kılıf protein geni (CP) spesifik primerler kullanılarak testlenmiştir. Polimerizasyon testleri, CMV ve WMV için beklenen boyutta DNA fragmentleri amplifiye etmiştir. Pozitif sonuçlu bazı fragmentler saflaştırılmış, bakteriyel klonlaması gerçekleştirilmiş, nükleotit dizileri ortaya çıkarılmış ve gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. Dizi analizleri, CMV ve WMV’nin kısmi kılıf protein dizilerine karşılık gelen 593 bp ve 822 bp nükleotit içerdiğini göstermiştir. Her iki virüs için farklı coğrafi bölgelerden sağlanan izolatlar nükleotit sekanslarına dayalı olarak filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Oluşturulan filogenetik ağaç CMV-Iğdır izolatının Grup I ve alt grup B’de olduğunu ve WMV-Iğdır izolatlarının ise farklı gruplarda yer aldığını doğrulamıştır. Ayrıca virus izolatlarının kılıf proteinleri in silico araçlar ile karakterize edilmiştir. Bu çalışmayla Iğdır ilinde moleküler olarak ilk kez kavunda ve karpuzda CMV ile WMV varlığı saptanmış ve CMV’nin grup/altgrup atamaları gerçekleştirilmiştir.
The Incidence of Barley Yellow Dwarf Viruses (Bydvs) in Wheat Crops in Diyarbakir (Turkey) and Sequence Characterization of Bydv-Pav
(2018) Güller, Abdullah; Al-maaroof, Emad M.; Usta, Mustafa; Hassan, Nawzad Omer
To ascertain the presence of Barley/Cereal yellow dwarf viruses (BYDV-PAV, MAV, SGV, RMV,and CYDV-RPV), a total of 365 wheat leaf samples were randomly collected from wheat cultivation fields ofDiyarbakir province in 2016 and were screened by using multiplex RT-PCR and RT-PCR methods. As a resultof PCR tests the wheat samples were found to be infected by BYDV-PAV, BYDV-SGV and CYDV-RPV withthe percentage of 3.5%, 2.4% and 1.3%, respectively. Detected mix infections of BYDV-PAV+BYDV-SGV,BYDV-PAV+CYDV-RPV, BYDV-SGV+CYDV-RPV, and BYDV-PAV+BYDV-SGV+CYDV-RPV were2.2%, 0.8%, 0.8%, and 0.8%, respectively. A BYDV-PAV Diyarbakir isolate was chosen randomly, and itscomplete coat protein gene was characterized. The coat protein gene of BYDV-PAV virus (Genbank accessionno. KX774424) was molecularly cloned and sequenced with the universal primers. The CP nucleotide sequenceof BYDV-PAV Diyarbakir isolate was showed 81.4 - 98.3% identities with the other 21 world isolates. Thepresent study is the first report for documentation of BYDV-PAV, BYDV-SGV and CYDV-RPV viruses inwheat fields of Diyarbakir province (Turkey).
Molecular Characterization of Polyprotein Genes of Two Bcmv(Bean Common Mosaic Potyvirus) Isolates in Antalya (Turkey) and Their Genomic Divergence
(2020) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa Faruk
Common bean (Phaseolus vulgarisL.) is regarded as one of the most important crops of the Fabaceae family throughout the world. Diseases caused by viruses are the most important factor limiting the production of beans. Bean specimens with classic virus-like symptoms were collected from bean fields in Antalya (Turkey) in July and August, 2018. BCMV was examined by RT-PCR test (Reverse Transcriptase -Polymerase Chain Reaction) using appropriate primer pairs directed to the partial NIb and the capsidprotein (CP) gene which was devised to identify and to characterize the viral agent. The PCR test produced approximately850 bp amplicon of expected lengths in 11out of 20 fresh leaf tissues, indicating the presence of BCMV. Two of them were randomlyselected and molecularly cloned into a congruent plasmid vector to reveal the CP sequences of interested isolates. Obtained recombinant clones consisting of insert genes were bidirectionally sequenced and both of the sequences were registered in the GenBank with MN104839 and MN104840accession number. The provided BCMV partial CP gene sequences comprised 823 bp coding for 274 amino acid residues. The CP gene of these isolates was aligned with those of 17isolates deposited in the GenBank database from different geographical location and its phylogenetic relationships were determined. Molecular analysis of the CP gene sequences of Antalya isolates showed the highest identity rates between 91.22 % and 94.71%, at the nucleotide level.Moreover, phylogenetic analyses revealed that BCMV-Antalya 1 and Antalya 10 are best clustered with the Turkish isolate (KT766179) and England isolate (AY112735), respectively. By this study, the genetic difference of BCMV isolates have been determined in the bean plant from Antalya province of Turkey.
Türkiye'de Iğdır İli Domates Bitkilerini Enfekte Eden Clover Proliferation Grup Üyesi Candidatus Phytoplasma Trifolii'nin Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu
(2020) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa
Iğdır ilinde (Türkiye) şekli bozulmuş ve uzamış çiçek taç yaprakları, yaprak kıvrılması ve cadı süpürgesi simptomları sergileyen domates bitkisi görülmüştür. Belirti gösteren taze dometes örneklerinden toplam DNA extraksiyonu yapılmıştır. Tüm DNA'lar fitoplazmaların 16S rRNA'sını amplifiye eden spesifik üniversal primer setleri ile Direct ve Nested polimeraz zincir reaksiyonuna tabi tutulmuştur. PCR ürünleri agaroz jelden saflaştırılmış ve pGEM T-Easy klonlama vektörüne klonlanmıştır. Rekombinat plazmidler, prokaryotik klonlama bakterisine elektroporasyon ile aktarılmıştır. Pozitif klonlardan rastgele birisi seçilerek plazmid izolasyonu ve akabinde yeni nesil dizileme (NGS) ile dizileme gerçekleştirilmiştir. Dizileme sonuçları, fitoplazma ile ilişkili 16S rRNA geninin 1251 nükleotit uzunluğunda olduğunu ortaya çıkarmış ve bu dizi ‘Iğdır 10’ olarak isimlendirilerek MT344968 ulaşım numarası ile gen bankasına kaydedilmiştir. 16S rDNA dizisinin virtual restriction fragment length polymorphism (V-RFLP) ve filogenetik analizleri, infekteli domates bitkilerinde hastalık nedeni ajanın 1.00 benzerlik katsayısı ile ‘Candidatus Phytoplasma trifolii’ (16SrVI-A, Clover proliferation grup) olduğunu doğrulamıştır. Mevcut bu çalışma, Iğdır ilinde doğal olarak enfektelenmiş domates bitkisinde \"Ca. P. trifolii\" nin ve onun nükleotit dizi analizinin ilk raporudur
Türkiye’nin Bingöl Bölgesinde Tanımlanan Amv (Yonca Mozaik Virüs) İzolatının Kapsid Protein Genine Dayalı Filogenetik İlişkisi
(2022) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa; Korkmaz, Gülüstan
Yonca mozaik virüsü (AMV), yem bitkileri içerisinde yonca bitkisinin en önemli viral hastalık etmenlerinden biridir ve yıllık olarak önemli ekonomik kayıplara neden olur. Etmen ayrıca domates, patates ve biber gibi diğer kültür bitkileri için de potansiyel bir öneme sahiptir. Bu çalışmada, AMV'nin tanımlanması ve izolatların filogenetik ilişkileri, ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve ardından bakteriyel klonlama ile gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla yonca örneklerinin (12 adet) cDNA'sı AMV'nin kapsid protein genine (CP) özgü primer çiftleri kullanılarak RT-PCR testlerine tabi tutulmuş ve beklendiği gibi yaklaşık 700 bp'lik bir DNA fragmenti elde edilmiştir. Amplikonlar doğrudan klonlanarak elde edilen diziler genbankasına kaydedilmiştir (Erişim No: MW962977 ve MW962976). Her iki sekansın BLASTn analizi, yoncadan elde edilen AMV izolatlarının, dünyadaki farklı bitkilerden izole edilen diğer AMV izolatlarına oldukça benzer olduğunu ve nükleotit benzerliğinin %97 ile %99.37 arasında değiştiğini göstermiştir. CP gen dizilerine dayanarak elde edilen filogenetik dendrogramın sonuçları, bu çalışmadan elde edilen izolatların Türkiye'deki yonca bitkilerinden izole edilen dört AMV izolatı ile yakından ilişkili olduğunu açıkça ortaya koymuştur. Bu çalışma, Bingöl ilinde sararma, beneklenme ve yaprak anormallikleri gösteren yonca bitkilerinde belirlenen AMV virüsünün ve moleküler filogenisinin ilk raporu niteliğindedir.
Türkiye’nin Bingöl İli Bal Arı Kolonilerinde Deforme Kanat Virüsü ve Kronik Arı Felci Virüsü’nün Prevalansı
(2023) Güller, Abdullah; Balkaya, Adnan; Kurt, Zeynelabidin; Usta, Mustafa
Bal arılarını infekteleyen virüsler dünyanın her yerinde bal arılarının her gelişim evresinde infeksiyona neden olan ve ekonomik zarara yol açan hastalıklardır. Bu araştırmada dünya çapında yaygın olan iki bal arısı virüsünün (deforme kanat virüsü [DWV] ve kronik arı paraliz virüsü [CBPV]) varlığı ve yaygınlığını belirlemek için bir survey çalışması gerçekleştirilmiştir. Viral RNA’yı belirlemek amacıyla Bingöl ili sınırlarındaki 9 farklı lokaliteden toplam 128 arılık ziyaret edilmiştir. Toplanan 384 bal arısı örneği her virüse özgü genom spesifik primerler kullanılarak moleküler olarak (revers-transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu, RT-PCR) testlenmiştir. 128 arılığın 28’i (%21.87) DWV için pozitif reaksiyon vermiştir fakat hiçbir arılıkta CBPV patojeni tespit edilmemiştir. Pozitif örneklerden rastgele seçilen birinin klonlanarak ortaya çıkarılan 702 bazlık nükleotit dizisi gen bankasına MZ357973 ulaşım numarasıyla kaydedilmiştir. NCBI veri tabanındaki BLASTn analizine göre, Bingöl ilinde belirlenen DWV etmeninin nükleotit dizisi aynı virüsün diğer izolatlarıyla kıyaslandığında %77.82-98.45 arasında değişen nükleotit benzerliği göstermiştir. Ayrıca, farklı orijinlerden izolatların kullanıldığı filogenetik ağaca dayanarak bizim izolatımız Türkiye’den ErzincanDWV izolatıyla yakın filogenetik ilişki içerisinde olduğu tespit edilmiştir. Literatür taramalarına göre, bu çalışma Bingöl ilinde DWV ve CBPV yaygınlığını ve varlığını DNA temelli yöntemlerle ortaya koyan ilk kayıt niteliğindedir
Türkiye’nin Bingöl İlinde Virüs Belirtisi Gösteren Kavun Bitkilerinde Hıyar Mozaik Virüsü ve Karpuz Mozaik Virüsünün Varlığı ve Filogenetik Yakınlıkları
(2020) Usta, Mustafa; Güller, Abdullah
Bingöl ilinde 2019 yılında yapılan surveylerde yapraklarda deformasyon, yeşil rengin farklı tonlarında mozaik deseni ve damar bantlaşması sergileyen kavun bitkileri tespit edilmiştir. Örnekler toplanmış ve infekteli bitkilerdeki olası viral etmeni tanımlamak ve karakterize etmek için kapsid protein genine (CP) spesifik primer setleri kullanılarak RT-PCR ile taranmıştır. İnfekte bitkilerden elde edilen agaroz jelde gözlenen yaklaşık 657 bp ve 822 bp uzunluğundaki DNA fragmentleri Hıyar mozaik virüsü ve Karpuz mozaik virüsünün varlığını doğrulamıştır. Her bir virüs için rastgele seçilen iki DNA fragmenti jelden temizlenerek uygun klonlama vektörü içinde klonlanmış ve yeni nesil sekanslama (NGS) ile dizilenmiştir. Elde edilen viral CP sekansları, CMV için MT361015 ve MT361016 erişim numarasıyla ve WMV için MT413451 ve 437295 erişim numarasıyla gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. Sekans analizi, CMV ve WMV izolatlarının sırasıyla% 99.84 ve% 99.88 ile aynı türleriyle yüksek oranda dizi konsensüsü gösterdiğini ortaya koymuştur. Daha ileri analizler, her iki Bingöl izolatının da Çin izolatıyla (DQ399708) en yüksek sekans benzerliği gösterdiğini ortaya çıkarmıştır. Farklı coğrafyalarda çeşitli CP sekanslarından oluşturulan konsensüs ağacı, bu çalışmada tespit edilen iki CMV izolatının çeşitli bitki kaynaklarından elde edilen Türkiye, Tayland, Hindistan ve Çin'in alt grup IB izolatları ile çok yakın filogenetik ilişkide olduğunu açıkça ortaya koymuştur. Ayrıca Bingöl WMV izolatları, kavun ve kabaktan elde edilen Fransa izolatlarıyla ve karpuzdan elde edilen Çin izolatıyla evrimsel bir yakınlık sergilemiştir. Bu çalışma, Bingöl ilindeki kavun bitkilerinde CMV ve WMV infeksiyonunu gösteren ve yüksek dizi homolojisi ile konsensüs ağacı ile desteklenen ilk bilimsel kanıttır.
Van İlinde Yoncada Saptanan Yonca Mozaik Virüs (Amv) İzolatlarının Kılıf Protein Genomunun Moleküler Karakterizasyonu
(2020) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa
Van ilinde yetiştiriciliği yapılan yonca (Medicago sativa L.) bitkilerinde 2019 yılında virüslerinoluşturduğu simptomlara benzer belirtiler görülmüştür. Gözlenen belirtiler arasında cüceleşme, yapraklardamozaik deseni ve sararma, rozetlenme ve küçük yaprak oluşumu yer almaktadır. Simptom gösteren vegöstermeyen bitkilerden toplanan 19 yonca yaprak örneğine, virüs genomunu tespit edebilmek için uygun primerçiftleri ile RT-PCR testi uygulanmıştır. Yonca yaprağı örneklerinden şiddetli belirtiye sahip altısı beklenenbüyüklükte 700 bp DNA band oluşturmuştur. Bunlar arasından rastgele seçilen ikisi bir plazmid vektörüneklonlanmıştır. Elde edilen rekombinant plazmidler her iki yönde dizilenmiştir. Dizi analizi sonuçlarına göreinfekteli yoncalardaki virüsün Yonca mozaik virüs olduğu açığa çıkarılmıştır. Dizi bilgileri MT210179 veMT210178 erişim numaraları ile gen bankasına yüklenmiştir ve sırasıyla Alakoy Y9 ve Alakoy Y1 olarakisimlendirilmiştir. Her iki dizi için gen bankasına kayıtlı 16 AMV dizisi ile oluşturulan filogenetik ağaca göre,her iki izolat da nükleotit düzeyinde ABD, Brezilya ve Puglia izolatları ile en yüksek benzerlik ve Güney Koreizolatı ile en düşük benzerlik oranı göstermiştir. Ayrıca her iki dizinin birbirleri arasında, 7 nükleotit değişikliğiile %98.45 oranında nükleotit benzerliği gösterdiği ortaya çıkarılmıştır. Gerçekleştirilen litaratür taramaçalışmalarına göre, bu çalışma Türkiye'nin Van ilinde yetiştirilen yonca bitkilerindeki Yonca mozaik virüsü(AMV)’ nün ilk raporu ve moleküler analizidir.