Browsing by Author "Halidi, Ahmed Galip"

Now showing 1 - 8 of 8

Effect of Toxoplasmosis on Melatonin and Cortisol in Smoking Addiction
(Brieflands, 2025) Halidi, Ahmed Galip; Atli, Siahmet; Gurbuz, Esra; Aydemir, Selahattin; Ekici, Abdurrahman
Background: Toxoplasma gondii infection can cause changes in neurotransmitter levels in the brain, which can affect anindividual's behavior. Objectives: The aim of this study was to investigate the relationship between latent toxoplasmosis and cigarette addictionand its effect on cortisol and melatonin levels, which are known to be associated with nicotine addiction. Methods: The patient group consisted of 90 smokers who applied to the Alcohol and Substance Addiction Treatment andEducation Center Unit of the Health Sciences University Training and Research Hospital. Individuals with any substanceaddiction other than smoking were excluded from the study. The control group included 82 volunteers who had not used anysubstances in the last year. Toxoplasmagondii positivity, as well as cortisol and melatonin levels, were investigated via enzyme-linked immunosorbent assay of the serum samples taken from the study participants. The Z test and Fisher's exact test wereused to determine statistical significance at P < 0.05. The independent-samples Kruskal-Wallis t-test was used to determine therelationship between cortisol and melatonin levels and T.gondii positivity. Results:Toxoplasmagondii immunoglobulin G was detected in 52 (57.8%) of the smokers and 23 (28%) of those in the controlgroup. A statistically significant relationship was found between T.gondii positivity and smoking (P = 0.001). In the statisticalevaluation, no relationship was found between T.gondii positivity and cortisol and melatonin in smokers. Conclusions: There is an association between T.gondii infection and smoking addiction, but this association is independent ofmelatonin and cortisol levels.
Genetic Diversity of Echinococcus Granulosus Isolated From Humans: a Comparative Study in Two Cystic Echinococcosis Endemic Areas, Turkey and Iran
(Hindawi Ltd, 2020) Barazesh, Afshin; Sarkari, Bahador; Shahabi, Saeed; Halidi, Ahmed Galip; Ekici, Abdurrahman; Aydemir, Selahattin; Mahami-Oskouei, Mahmoud
Cystic echinococcosis (CE) is one of the most important zoonotic parasitic diseases caused by the larval stage of Echinococcus granulosus. Based on molecular studies and DNA sequencing, E. granulosus has been classified into 10 different genotypes (G1 to G10). Two neighboring countries, Turkey and Iran, are considered the two main foci of CE in the Middle East. The current study is aimed at examining the genotype diversity of E. granulosus isolated from human clinical samples in Turkey and Iran. Surgically removed human hydatid cysts were collected from East Azerbaijan and Fars provinces in Iran and Van province in Turkey. After extracting DNA, performing PCR, targeting the cox1 gene, the PCR products were purified from the gel and were sequenced from both directions. The sequences were aligned and compared, using BioEdit and also the BLAST program of GenBank. The maximum likelihood tree was constructed based on the Tamura-Nei model, using the MEGAX software. Phylogenetic analysis showed that the human isolated samples were classified into two major clades: G1 (from Iran and Turkey) and G3 (5 samples from northwestern Iran and one sample from Turkey). The mean and degree of genetic divergence (K2P) between the two major clades, G1 and G3, were 0.2% and 0.7 +/- 0.4%, respectively. The findings of the current study revealed that the sheep strain (G1) and the less important strain G3 have major roles in the transmission cycle of CE in two neighboring countries, Iran and Turkey. Therefore, it is necessary to interpose the life cycle of this parasite and reduce the disease burden in livestock and humans by adopting common regional preventive and control policies.
Investigation of Blastocystis Hominis Frequency in Patients With Diabetes by Microscopy and Conventional PCR Methods
(Iranian Scientific Society Medical Entomology, 2023) Sahin, Maksut; Cengiz, Zeynep Tas; Halidi, Ahmed Galip; Aydemir, Selahattin
Bu çalışmanın amacı, diyabetli hastalarda Blastocystis hominis sıklığını mikroskopi ve konvansiyonel PCR yöntemleri ile belirleyip bu yöntemleri karşılaştırmak ve bu hastalarda hangi subtipin daha yaygın olduğunu saptamaktır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi'nin Dahiliye Polikliniklerinde muayene olan ya da servislerinde yatış yapan toplam 150 diyabetli hasta ve herhangi bir kronik hastalığı olmayan sağlıklı 100 kişinin dahil edildiği çalışma, 01.01.2020-30.11.2021 tarihleri arasında yürütüldü. Diyabetli hastaların 67 (%44,6)'si erkek, 83 (%55,3)'ü kadınlardan; kontrol grubunun 57 (%57)'si erkek, 43 (%43)'ü kadınlardan oluştu. Örnekler PCR ve mikroskopi (nativ-Lugol ve trikrom boyama) ile değerlendirildi. Çalışmamızda 150 diyabetli hastanın 38'inde (%25,3) PCR ile, 34'ünde (%22,7) nativ-Lugol ve trikrom boyama ile B. hominis saptandı. Kontrol grubunda 100 kişinin 14'ü (%14) PCR ile, 10'u (%10) nativ-Lugol ve trikrom boyama ile pozitif bulundu. Üç yöntem dikkate alındığında diyabetli hastaların 40'ında (%26,7), kontrol grubunun 14'ünde (%14) B. hominis pozitifliği saptandı (p= 0,011). Diyabetli hastalar ve kontrol grubundan oluşan toplam 250 olgunun %20,8'inde (52 olgu) PCR ile, %17,6'sında (44 olgu) nativ-Lugol ve trikrom boyama ile B. hominis saptandı. PCR altın standart kabul edildiğinde mikroskopinin sensitivitesi %80,76, spesifitesi %98,99; mikroskopi altın standart kabul edildiğinde PCR'ın sensitivitesi %95,45, spesifitesi %95,14 olarak hesaplandı. Yapılan istatistiksel değerlendirmede cinsiyet (p= 0,023), yaş (p= 0,045; ≤35 ve >35 karşılaştırması), diyabet süresi (p= 0,04) ve HbA1c değeri (p= 0,023; <8 ve ≥8 karşılaştırması) ile B. hominis pozitifliği arasında anlamlı fark bulundu. Diyabetli hastalara ait 13 örneğin 10'unda (%76,9) ST1, üçünde (%23,07) ST2 belirlendi. Sonuç olarak diyabetli hastalarda B. hominis'in dikkate alınması gereken bir etken olduğu; 10 yıldan daha uzun süre diyabetli olanların bu parazit için daha fazla risk altında olduğu; tanıda PCR'ın yüksek sensitivite ve spesifiteye sahip olduğu ve mümkünse nativ-Lugol ya da trikrom boyama ile beraber kullanılmasının uygun olacağı anlaşılmıştır. Çalışmamızda asemptomatik diyabetli hastalarda en sık saptanan alt tip ST1 olarak belirlenmiş olmakla beraber bu sonuç diyabetli hastalarda B. hominis'in patojenitesinde alt tip faktörünün önemini ortaya koymak için yeterli görülmemiştir. Bu kapsamda hem diyabetli hem de immünitesi bozulmuş diğer hasta gruplarında çok daha geniş kapsamlı çalışmalar yapılmasına ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Blastocystis hominis, Diyabet, Mikroskopi, PCR, Alt tip
Investigation of Cytb Gene Region of Echinococcus Granulosus Eggs in Dogs and Cystic Echinococcosis Isolates Obtained From Sheep and Cattle by Molecular Methods in Ağri Province
(2022) Yıldız, Rahmi; Yılmaz, Hasan; Halidi, Ahmed Galip
Bu çalışmanın amacı, Ağrı yöresinde kesimi yapılan sığır ve koyunlardan elde edilen hidatik kist örnekleri ile köpeklerin dışkı örneklerinde saptanan E. granulosus yumurtalarının mitokondriyal CYTB gen bölgesini karakterize ederek suşları ve meydana gelen mutasyonları belirlemektir. Çalışma, Ağrı merkez ve ilçeleri ile Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazitoloji Anabilim Dalı Araştırma Laboratuvarında 15.06.2021- 15.06.2022 tarihleri arasında yürütüldü. Çalışmaya kesimleri yapılan 100 sığır ve 100 koyuna ait hidatik kist örneği ile 200 adet sahipsiz köpeğe ait dışkı örnekleri dahil edildi. Toplanan kist sıvısı örnekleri mikroskobik olarak incelendi. Kistlerin germinal membranından ve dışkı örneklerindeki parazit yumurtalarından DNA izolasyonu yapıldı. Parazitin mitokondriyal CYTB gen bölgesi, CYTBF ve CYTBR primerleri kullanılarak PCR yöntemi ile çoğaltıldı. Örnekler agaroz jelde yürütüldü ve 1609 bp'lik bölgede bant veren örneklerin sekans analizleri yaptırıldı. Elde edilen genomik dizilimler GenBank'taki referans suşlar ile karşılaştırılıp raporlandı. Kistlerin koyunlarda en yüksek oranda akciğerlerde, sığırlarda ise karaciğerde yerleştiği belirlendi. Koyun kistlerinin %75'inin, sığır kistlerinin ise %25,61'inin fertil olduğu saptandı. Mikroskobik olarak incelenen 200 köpeğe ait dışkı örneğinin %6'sında Taenia spp./ Echinococcus spp. yumurtası görüldü. PCR yöntemi ile incelenen 50 dışkı örneğinin dördünde E. granulosus yumurtası saptandı. Sekans analizi yaptırılan 10 sığır, 10 koyun ve dört köpek örneğinin tümünün G1 suşu olduğu belirlendi. Sekans sonuçlarının incelenmesinde beş örneğin farklı bölgelerinde bir veya birden fazla mutasyonlar görüldü. Sonuç olarak, Ağrı yöresinde G1'in baskın suş olduğu belirlendi. Hastalığın yayılmasının önlenmesi için hayvan kesimlerinin kontrollü yapılması, kist hidatikli organların köpek ve köpekgiller tarafından yenilemeyecek şekilde imha edilmesi konusunda halkın bilgilendirilmesi gerektiği kanaatine varıldı.
Investigation of Enterocytozoon Bieneusi and Encephalitozoon Intestinalis in Patients With Immunocompromised Diarrhea by İfa and Real Time Pcr Methods
(2022) Aydemir, Selahattin; Cengiz, Zeynep Taş; Halidi, Ahmed Galip
Bu çalışmada IFA ve Real-Time PCR yöntemi kullanılarak immün sistemi bozulmuş ishalli hastalarda Enterocytozoon bieneusi ve Encephalitozoon intestinalis sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışma, 01.12.2019-01.12.2021 tarihleri arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazitoloji Anabilim Dalı Araştırma Laboratuvarı, Muş Bulanık ve Bitlis Devlet Hastanesinde yürütüldü. Çalışmaya Muş Bulanık ve Bitlis Devlet Hastanesinin farklı kliniklerine başvurup Mikrobiyoloji ya da Parazitoloji Laboratuvarına yönlendirilen 18-85 yaş aralığında 88 immün sistemi baskılanmış ishalli (hasta grubu) hasta; 38 immün sistemi sağlam ishalli (kontrol grubu (KG) 1) hasta, 38 immün sistemi baskılanmış ishalli olmayan (KG 2) hasta ve 36 immün sistemi sağlam ishalli olmayan (KG 3) birey olmak üzere toplam 200 kişi dahil edildi. Toplanan dışkı örnekleri E.intestinalis ve E.bieneusi sıklığını belirlemek için IFA-MAbs ve Real Time PCR yöntemleriyle değerlendirildi. İncelenen 200 dışkı örneğinin 90'ı (%45) intestinal microsporidan parazitleri yönünden pozitif bulundu. Pozitif bulunan 90 örneğin 39'unda (%43,33) E. intestinalis, 29'unda (%32,22) E. bieneusi, birinde (%1,11) diğer microsporida türleri, 16'sında (%17,78) E. intestinalis ve E. bieneusi birlikte, dördünde (%4,44) E. intestinalis ve diğer mikrosporidia türleri birlikte, birinde (%1,11) ise E. bieneusi ve diğer mikrosporidia türleri birlikte saptandı. E. intestinalis pozitifliği ile cinsiyet, yaş, ishal durumu ve immün sistem durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmazken E. bieneusi pozitifliği ile sadece ishal durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki belirlendi. Real Time PCR yöntemi altın standart olarak kabul edildiğinde, IFA-MAbs yönteminin E. intestinalis tanısındaki sensitivitesi %94,54, spesifitesi 97,24, E. bieneusi tanısındaki sensitivitesi %95,45, spesifitesi %98,72 olarak bulundu. Ayrıca IFA-MAbs yönteminin genel doğruluk oranı E. intestinalis tanısı için %96,5 ve E. bieneusi tanısı için %98 olarak bulundu. Sonuç olarak, çalışmamızdan elde ettiğimiz bulgular E. intestinalis ve E. bieneusi'nin ishalli olan hem immünsüprese hem de sağlıklı bireylerde akla getirilmesi gerektiğini ortaya koymuştur. Ayrıca E. intestinalis ve E. bieneusi tanısı için Real Time PCR yöntemi yanı sıra IFA-MAbs yönteminin de kullanılabileceği anlaşılmıştır.
Investigation of the Presence of Enterocytozoon Bieneusi and Encephalitozoon Intestinalis in Immunosuppressed Patients With Diarrhea by Ifa and Real Time Pcr Methods
(Elsevier, 2023) Aydemir, Selahattin; Halidi, Ahmed Galip; Ekici, Abdurrahman; Cengiz, Zeynep Tas
Purpose: This study aimed to investigate the frequency of Enterocytozoon bieneusi and Encephalitozoon intestinalis in patients with diarrhea in the immunosuppressed.Methods: Patients between the ages of 18-85 who applied to different clinics of Mus, Bulanik and Bitlis State Hospitals and were referred to the microbiology or parasitology laboratory were selected for this study. A total of 200 individuals, including 88 immunosuppressed with diarrhea patients, 38 immunocompetent with diarrhea patients, 38 immunosuppressed without diarrhea patients, and 36 immunocompetent without diarrhea in-dividuals, were included. Collected stool samples were evaluated using IFA-MAbs and real-time PCR methods to determine the frequency of E.intestinalis and E.bieneusi.Results: E. intestinalis was detected in 59 (29.5%) of 200 samples and E. bieneusi was detected in 46 (23.0%) of them. Mixed infection was detected in 16 (8%) of the positive samples. While there was no statistically significant difference between E. intestinalis positivity and gender, age, diarrhea status and immune system status, a statis-tically significant relationship was determined between E. bieneusi positivity and diarrhea. When the real-time PCR method was accepted as the gold standard, the sensitivity of the IFA-MAbs method in the diagnosis of E.intestinalis was 94.54%, the specificity was 97.24, the sensitivity in the diagnosis of E. bieneusi was 95.45%, and the specificity was 98.72%. The overall accuracy of the IFA-MAbs method was 96.5% for the diagnosis of E.intestinalis and 98% for the diagnosis of E. bieneusi.Conclusions: The findings suggest that E. intestinalis and E. bieneusi should be considered in both immunosup-pressed and healthy individuals with diarrhea. IFA-MAbs method can be used in addition to the real-time PCR method to diagnose E. intestinalis and E. bieneusi.
Molecular Characterization of Human Lung and Liver Cystic Echinococcosis Isolates in Van Province, Turkey
(Elsevier, 2020) Beyhan, Yunus Emre; Cobanoglu, Ufuk; Celik, Sebahattin; Yilmaz, Hasan; Halidi, Ahmed Galip
Cystic echinococcosis (CE) is a zoonotic infection and could lead to significant public health problems. The genetic diversity of CE includes five species: E. granulosus sensu stricto (s.s.) (G1-G3), Echinococcus equinus (G4), Echinococcus ortleppi (G5), Echinococcus canadensis genotypic cluster (G6, G7, G8 and G10, with the doubtful G9) and the Echinococcus felidis (lion strain). The species are important in epidemiology, pathology, control, prevention measures and vaccine/drug designs. The aim of the present study was to determine the E. granulosus genotypes in humans in the Van province in east of Turkey. In total, 102 echinococcal cysts were collected from operated patients. Genomic analyses were conducted with PCR-RFLP of the rDNA internal transcribed spacer 1 (ITS1) fragment and partial PCR sequencing of the cytochrome c oxidase subunit 1 (coxl) mitochondrial DNA gene region. In total, DNAs of 96 isolates could be extracted, unfortunately six extractions failed. The PCR-RFLP analysis findings were identical in all isolates. Two bands were observed at approximately 300 bp and 600 bp. All profiles corresponded to the Gl-G3 strain. Also, 446 bp amplified gene regions were observed for coxl. Out of 20 samples, alignment of 16 sequences exhibited a total identification (100%) of granulosus sensu stricto (G1/G3). Of 16 samples, 8 were obtained in the lung and 12 were obtained in the liver; 8 belonged to male and 12 belonged to female patients. Other four samples exhibited one nucleotide substitution at different positions. Four samples had one nucleotide substitution at different positions. We detected single nucleotide variations in TRH1, TRH67, TRH85 and TRH89 isolates at the positions C240T; G330T; G211A and T157C, respectively. In conclusion, the present study was the first comprehensive molecular investigation on genetic characterization of human CE isolates in Van region. The findings demonstrated that E. granulosus s.s. was the dominant species, which indicated that the sheep-dog cycle was the source in human infections. And, probably, it would be possible to describe these mutations as "Turkey" or "lung" variants. In addition to contributing molecular epidemiological data, the present results should be considered when designing and implementing E. granulosus control programs.
Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu Öğrencilerinin Paraziter Hastalıklar Hakkındaki Bilgi Düzeyleri
(2022) Yürektürk, Şehriban; Halidi, Ahmed Galip; Elasan, Sadi; Yılmaz, Hasan; Aydemır, Selahattın; Karakuş, Sinan; Şahin, Maksut
Bu çalışmada, geleceğin sağlık personeli olarak hizmet verecek olan Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu öğrencilerinin paraziter hastalıklar, bu hastalıklardan korunma ve kontrol önlemleri hakkındaki bilgi düzeylerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulunda okuyan 418’i (%71.2) kız, 169’u (%28.8) erkek, toplam 587 öğrenci çalışamaya dâhil edildi. Anketteki sorular, paraziter hastalıklar, bu hastalıkların bulaş yolları, koruma ve tedavi hakkında olmak üzere üç grup olarak ayarlandı. Anket sorularının güvenirlik (reliability) analizi kapsamında Cronbach’s Alpha katsayıları hesaplandı. “Paraziter Hastalıklara İlişkin Bilgi Düzeyi”, “Paraziter Hastalıkların Bulaş Yollarına İlişkin Bilgi Düzeyi” ve “Paraziter Hastalıklardan Korunma ve Tedaviye İlişkin Bilgi Düzeyi” sorularına ait Cronbach’s Alpha değerleri sırasıyla 0.647 (%64.7), 0.707 (%70.7), 0.566 (%56.6) olarak saptandı. Çalışmaya dâhil edilen bölümler arasında, paraziter hastalıklara ilişkin bilgi düzeyi yönünden, istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulundu (p<0.05). Paraziter hastalıklardan korunma ve tedaviye ilişkin bilgi düzeyi ile öğrencilerin kişisel özellikleri arasında yapılan değerlendirmede bölümler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulundu (p<0.05). Sonuç olarak çalışmaya katılan öğrencilerin, paraziter hastalıklar hakkında yeterli bilgiye sahip olmadıkları gözlemlendi.