YYÜ GCRIS Basic veritabanının içerik oluşturulması ve kurulumu Research Ecosystems (https://www.researchecosystems.com) tarafından devam etmektedir. Bu süreçte gördüğünüz verilerde eksikler olabilir.

Browsing by Author "Kapan, Orhan"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Article
    Current Status and Molecular Phylogeny of Some Economically Important Viruses Infecting Wheat Crops of Sirnak Province, Turkey
    (United Arab Emirates Univ, 2023) Kapan, Orhan; Usta, Mustafa; Guller, Abdullah
    A survey of yellow dwarf viruses (YDVs)-associated diseases of wheat plants was performed for the first time in the Sirnak Province, Turkey. In plants wheat cultivated areas, symptoms such as diminished leaf size, dwarfing, yellowing, and reddening of leaves wheat plants were observed in cultivated areas. A total of 441 specimens were collected regardless of showing symptoms and assayed for Barley/Cereal Yellow Dwarf Viruses [B/CYDV] association by PCR tests using virus coat protein gene (CPG)-specific primer pairs. These assays demonstrated that 13.38% (55 samples) were positive to the occurrence of BYDV-PAV (9.73%) and CYDV-RPV (0.73%) for wheat viruses, but no BYDV-MAV,-SGV, and-RMV infections of BYDVs were found in PCR assays of collected samples. In addition, double infection of BYDV-PAV and CYDV-RPV was detected in 12 samples with a 2.91% infection rate. The CPG sequences of randomly selected two isolates were revealed using bacterial cloning and sequencing. Sequences obtained were deposited in GenBank under Accession numbers OL685734 and OL685736 for BYDV-PAV; and OL685735 and OL685737 for CYDV-RPV. BLASTn analysis of CPG sequences of four isolates shared high nucleotide homology with their intraspecies isolates, with 97.35-98.67% for two BYDV-PAV and 97.72-97.89 for two CYDV-RPV. The consensus tree constructed classified B/CYDV-associated wheat viruses with their phylogenetically closest individuals from Turkey and the world. This survey is the first report of BYDV-PAV and CYDV-RPV associated with wheat plants in Sirnak Province of Turkey.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Molecular Characterizations of Some Virus Isolates Andinvestigation of Barley Yellow Dwarf Viruses (bydvs) in the Wheatproduction Areas in Şirnak Province by Multiplex Rt-Pcr
    (2022) Kapan, Orhan; Usta, Mustafa
    Şırnak ili ve ilçelerinde buğday üretim alanlarında Arpa sarı cücelik virüslerini (BYDV-PAV, BYDV-MAV, BYDV-SGV, BYDV-RMV ve CYDV-RPV) belirlemek amacı ile 2020 yılında survey çalışmaları yapılmıştır. Survey çalışması kapsamında toplanan 411 örnekte virüs tespiti için multipleks RT-PCR ve RT-PCR yöntemleri kullanılmıştır. Bölgeden toplanan 411 buğday örneğine uygulanan PCR testleri sonucu sonrası toplamda 55 (% 13.38) tane pozitif örnek tespit edilmiş ve bu örnekler içerisinde 40 tane örnekte BYDV-PAV (% 9.73), 3 örnekte CYDV-RPV (% 0.73) virüsleri tespit edilirken 12 örnekte BYDV-PAV+CYDV-RPV (% 2.91) karışık infeksiyonları tespit edilmiştir. Tespit edilen virüslerin kılıf protein gen bölgesinin karakterizasyonu için herbir virüs türünden ikişer pozitif izolat seçilerek kılıf protein gen bölgeleri karakterize edilmiştir. BYDV-PAV Şırnak 1 izolatı OL685734 ve Şırnak 4 izolatı OL685736 erişim numaralarıyla, CYDV-RPV Şırnak 12 izolatı OL685735 ve Şırnak 33 izolatı OL685737 erişim numaralarıyla Gen bankası (NCBI)'na kaydı yapılmıştır. Şırnak ili ve ilçelerinde Arpa sarı cücelik virüslerinin tespiti için yapılan bu çalışmada BYDV-MAV, BYDV-SGV ve BYDV-RMV virüsleri görülmezken, BYDVPAV ve CYDV-RPV virüsleri tespit edilip burada ilk defa raporlanmıştır.