Browsing by Author "Karakuş, Fuat"

Now showing 1 - 4 of 4

Design, Synthesis, And Evaluation Of Antibacterial Potential Of Hydrazone-Tethered Pyrazole-Thiazole Derivatives
(University of Ankara, 2025) Kuzu, Burak; Yiğit, Aybek; Karakuş, Fuat
Amaç: Bu çalışma, literatürdeki antimikrobiyal kısım olarak belirlenen tiyazol, hidrazon ve pirazol sistemlerinin hibridizasyonu ile tasarlanan bir seri bileşiğin antimikrobiyal etki potansiyelinin araştırılmasını içermektedir. Tasarlanan bileşiklerin ilaçlanabilirlik parametreleri ile filtrasyonu, seçilen bileşiklerin sentezi ve antibakteriyel etki potansiyelinin in siliko ve in vitro test edilmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Sentezlenen bileşiklerin ilaçlanabilirlik özellikleri online tarayıcılar ile belirlenmiş ve en düşük toksisite profiline sahip bileşiklerin E. coli ve S. aureus şujlarındaki potansiyel etkisi disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Ayrıca bileşiklerin dihidrofolat redüktaz (DHFR) enzimine karşı inhibisyon potansiyelini belirlemek için Autodock 4.2 yazılımı kullanılmıştır. Sonuç ve Tartışma: Çalışmamızda, yeni tasarlanan hidrazon bağlı pirazol-tiyazol bileşikleri arasında, ilaçlanabilirlik parametrelerine (17a-c) göre belirlenen bileşikler yüksek verimlilikle sentezlendi. Antibakteriyel aktivite için test edilen bileşikler arasında, Bileşik 17c, 80 μg/ml konsantrasyonunda E. coli suşuna karşı 8 mm ve S. aureus suşuna karşı 9 mm'lik bir zon çapı oluşturdu. Ayrıca, Bileşik 17c, 40 μg/ml konsantrasyonunda E. coli bakteri suşunda 7 mm'lik, S. aureus bakteri suşunda 8 mm’lik bir zon çapı oluşturdu. İlaveten, sunulan bileşiklerin ADMET profilleri, bunların potansiyel antibakteriyel ajanlar olarak uygun ilaçlanabilirlik parametrelerine sahip olabileceğini göstermektedir.
Natural Compounds Targeting Vegfrs in Kidney Cancer: an in Silico Prediction
(2022) Karakuş, Fuat; Kuzu, Burak
Vascular endothelial growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitors (VEGFR-TKIs), which target angiogenesis by blocking VEGF signaling, are used in the treatment of many cancers including kidney cancer. Despite their efficacy in cancer, serious adverse effects such as hypertension and cardiovascular toxicities remain a clinical challenge. Natural non-toxic compounds targeting VEGFRs might be an alternative to VEGFR-TKIs. In the current study, we screened databases and literature which recommend natural compounds for kidney cancer and found approximately five hundred natural compounds. After screening for toxicity and drug-likeliness properties, fifteen of these compounds remained. Subsequently, we performed molecular docking studies against VEGFR-1 and VEGFR-2 with Lenvatinib, reported to be the most toxic of TKIs, and the fifteen natural compounds. As a result, Polydatin and Plakortide M gave the closest results to Lenvatinib in the interactions of the compounds with VEGFR-1 and VEGFR-2, respectively.
Oksipösedanin Kaynaklı Antikanser Aktivitenin İn Siliko ve İn Vitro Değerlendirilmesi: Mitotoksisite
(2023) Baykan, Sura; Erguc, Ali; Okur, Hayati; Karakuş, Fuat; Albayrak, Gökay; Arzuk, Ege
Amaç: Çalışmanın amacı, farklı ortamlarda Oksipösedanin (OKS) aracılı antikanser aktivitedeki değişiklikleri değerlendirmektir. İkinci amaç, OKS’inin elektron transfer zincirine (ETZ) karşı afinitesini öngörmektir. Gereç ve Yöntem: MTT ve LDH sızma deneyleri OKS ile gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, OKS’inin ETZ komplekslerine karşı afinitesini öngörmek için moleküler kenetlenme çalışmaları uygulanmıştır. Bulgular: Glukoz içeren ortamda 250 µM OKS canlılığı azaltmıştır. Galaktoz içeren ortamda ≥50 µM OKS hücre canlılığını azalmıştır. Galaktoz içeren ortamda ≥50 µM OKS membran parçalanmasını artırmıştır. Moleküler kenetlenme çalışmaları, OKS'inin Kompleks I ve IV'ün inhibisyon bölgelerine bağlanma kapasitesine sahip olabileceğini göstermektedir. Sonuç: Galaktoz içeren ortam, OKS aracılı sitotoksisiteyi artırmıştır. Ön sonuçlar, antikanser aktivitede mitotoksisitenin yer alabileceğini göstermektedir. Ayrıca OKS, Kompleks I ve IV'ün seçici inhibisyonu nedeni ile ETZ disfonksiyonuna neden olabilmektedir.
Tcdd ile İndüklenen Kardiyovasküler Toksisitede Moleküler Yolakların ve Yeni Hedeflerin Ağ Toksikolojisi Analizi
(2024) Karakuş, Fuat
2,3,7,8-Tetraklorodibenzo-p-dioksin (TCDD), çevresel bir kirleticidir ve endokrin, immün, sinir, üreme, gelişimsel ve kalp-damar sistemleri dahil olmak üzere birçok sistemi bozmaktadır. Bu çalışma, CTD, ShinyGO, STRING, GeneMANIA, ChEA3, MIENTURNET ve Cytoscape gibi hesaplamalı araçlar kullanarak TCDD kaynaklı kalp-damar toksisitesi için moleküler yolları ve potansiyel terapötik hedefleri belirlemeyi amaçlamaktadır. Analiz, TCDD kaynaklı kalp- damar toksisitesi ile ilişkili 10 önemli moleküler yol, biyolojik süreç ve moleküler fonksiyon arasında AGE-RAGE sinyal yolu, kan dolaşımı ve sitokin reseptör bağlanmasının en önemli 3’ü olduğunu belirlemiştir. Ek olarak, 10 hub protein/genin kritik bir rol oynadığı, NFKB1’in en önemli regüle edici transkripsiyon faktörü ve hsa-miR-19a-3p ile hsa-miR-125b-5p’nin en önemli mikroRNA’lar olduğu bulunmuştur. Bu çalışma, TCDD kaynaklı kalp-damar toksisitesinin altında yatan moleküler mekanizmaları aydınlatarak terapötik müdahale için yeni potansiyel hedefler ortaya koymaktadır.