Browsing by Author "Korkmaz, Gülüstan"

Now showing 1 - 4 of 4

Determination of Important Potatoes Virus Diseases in the Eastern Anatolia by Multiplex Rt-Pcr and Characterization of Virus Isolates
(2022) Korkmaz, Gülüstan; Usta, Mustafa
Bu çalışmada Doğu Anadolu Bölgesi'ndeki tarlalardan toplanan 1130 adet patates bitkisi yaprak örneğinde; multipleks RT-PCR yöntemi ile önemli 5 viral etmenin yaygınlığı araştırılmıştır. Yapılan multipleks RT-PCR testi sonuçlarına göre; araştırılan viral etmenlerin Doğu Anadolu Bölgesindeki yaygınlığı sırasıyla (PVY) %35, (PVS) %8,5, (PVX) %1,8 ve (PLRV) %1 olarak teşhis edilmekle birlikte PVA varlığı tespit edilememiştir. Test edilen 1130 örnekten 419'unun araştırılan virüslerden en az bir tanesi ile bulaşık olduğu ve 74 PVY+PVS, 13 PVY+PVX, 2 PVY+PLRV, 8 PVY+PVS+PVX ve 1 PVY+PVS+PLRV olmak üzere 98'inde karışık infeksiyonlar oluştuğu tespit edilmiştir. PVY pozitif sonuç veren 396 örnekte bazı PVY ırkları multipleks RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Yapılan multipleks RT-PCR test sonuçlarına göre; örneklerin %45.2'sinde PVYN:O, %34.59'unda PVYNTN, 10.35'inde PVYNTN+PVYN:O ve %0.25'inde PVYO+PVYNTN ırklarının varlığı tespit edilmiştir. Tespit edilen virüs izolatlarının her birinden 2 adet seçilerek kılıf protein gen bölgelerinin karakterizasyonu sağlanmıştır. PLRV; Bitlis 534 (erişim no: MZ543310) ve Bitlis 581 (erişim no: MZ543311), 'PVS; Erzurum 388 (erişim no: MZ543314) ve Bitlis 694 (erişim no: MZ543315)', 'PVX; Erzurum 291 (erişim no: MZ543312) ve Erzurum 297 (erişim no: MZ543313)', 'PVY; Erzurum 391 (erişim no: OK554546) ve Bitlis 693 (erişim no: OL332045)' izolatlarının kılıf protein gen bölgelerinin tamamı klonlanmış ve genom dizilemeleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen kılıf protein gen dizileri dünyadaki diğer izolatlara ait gen dizileriyle karşılaştırılarak filogenetik ilişkileri ortaya konulmuştur. Tüm izolatların kendi aralarında ve dünyadaki diğer izolatlarla yapılan ikili baz çifti karşılaştırmalarında; aralarında yüksek oranda tutarlılık olduğu, aralarındaki bu benzerliğin konukçularına ya da belirli bölgelere özelleşmediği ortaya konulmuştur.
Diyarbakır İlinde Yetiştirilen Hıyar Bitkilerinde Hıyar Mozayik Virüsü’nün Genetik Çeşitliliği
(2024) Güller, Abdullah; Demirel, Serap; Usta, Mustafa; Korkmaz, Gülüstan
Hıyar bitkisi (Cucumis sativus L.) dünya çapında üretilen önemli bir kültür bitkisidir. Yaygın viral hastalıklarından biri olan Hıyar mozayik virüsü (Cucumber mosaic virus, CMV) hıyar bitkisinde verim ile birlilkte kaliteyi düşürerek ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Diyarbakır ilinde 2021 yılı Eylül ayında yapılan gözlemlerde, yapraklarda mozaik, düzensiz sarımsı lekeler ve deformite gibi virüs benzeri simptomlar gösteren hıyar bitkileri gözlenmiştir. Simptom gösteren ve göstermeyen örnekler toplanarak CMV spesifik primerler kullanılarak ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR)’na tabi tutulmuş ve üretilen DNA bantları agaroz jelde görüntülenmiştir. CMV infeksiyonu 15 örnekten yedisinde belirlenmiştir. Rastgele seçilen bir örneğin bakteriyel klonlanması ve dizilenmesi sonucunda, CMV kısmi kılıf proteni geninin 593 bp uzunluğunda olduğu belirlenmiş ve NCBI veri tabanına MW962979.1 erişim numarası ile kaydedilmiştir. CMV’nin farklı izolatlarıyla gerçekleştirilen filogenetik ağaca göre, Diyarbakır CMV izolatı Subgrup IA grubunu oluşturan Avustralya, İsrail, İspanya, Macaristan, Japonya ve Kore’ye ait CMV izolatları ile kümelenmiştir. Diyarbakır bölgesinde yetiştirilen hıyar bitkilerinde CMV’nin varlığı ve grup/subgrup teşhisi ilk defa bu çalışma ile doğrulanmıştır.
Iğdir İli Kabakgil Bitkilerinde Bazı Mozaik Hastalıklarının In Siliko ve Moleküler Analizi
(2024) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa; Korkmaz, Gülüstan; Demirel, Serap
Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) ve Watermelon mosaic potyvirus (WMV) kabakgilleri infekteleyen ve ekonomik kayıplara neden pozitif tek iplikli RNA genomuna sahip bitki virüslerdir. Her iki virüs kabakgil bitkilerde başta mozaik deseni ve yapraklarda şekil bozukluklarına yol açar. Bu tür belirtiler gösteren 23 kavun ve 28 karpuz bitkisinin yaprakları Iğdır ilinin farklı bölgelerinden örneklendirilmiştir. Simptomlu ve simptomsuz örnekler Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zircir Reaksiyonu (RT-PCR) tarafından kılıf protein geni (CP) spesifik primerler kullanılarak testlenmiştir. Polimerizasyon testleri, CMV ve WMV için beklenen boyutta DNA fragmentleri amplifiye etmiştir. Pozitif sonuçlu bazı fragmentler saflaştırılmış, bakteriyel klonlaması gerçekleştirilmiş, nükleotit dizileri ortaya çıkarılmış ve gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. Dizi analizleri, CMV ve WMV’nin kısmi kılıf protein dizilerine karşılık gelen 593 bp ve 822 bp nükleotit içerdiğini göstermiştir. Her iki virüs için farklı coğrafi bölgelerden sağlanan izolatlar nükleotit sekanslarına dayalı olarak filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Oluşturulan filogenetik ağaç CMV-Iğdır izolatının Grup I ve alt grup B’de olduğunu ve WMV-Iğdır izolatlarının ise farklı gruplarda yer aldığını doğrulamıştır. Ayrıca virus izolatlarının kılıf proteinleri in silico araçlar ile karakterize edilmiştir. Bu çalışmayla Iğdır ilinde moleküler olarak ilk kez kavunda ve karpuzda CMV ile WMV varlığı saptanmış ve CMV’nin grup/altgrup atamaları gerçekleştirilmiştir.
Türkiye’nin Bingöl Bölgesinde Tanımlanan Amv (Yonca Mozaik Virüs) İzolatının Kapsid Protein Genine Dayalı Filogenetik İlişkisi
(2022) Güller, Abdullah; Usta, Mustafa; Korkmaz, Gülüstan
Yonca mozaik virüsü (AMV), yem bitkileri içerisinde yonca bitkisinin en önemli viral hastalık etmenlerinden biridir ve yıllık olarak önemli ekonomik kayıplara neden olur. Etmen ayrıca domates, patates ve biber gibi diğer kültür bitkileri için de potansiyel bir öneme sahiptir. Bu çalışmada, AMV'nin tanımlanması ve izolatların filogenetik ilişkileri, ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve ardından bakteriyel klonlama ile gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla yonca örneklerinin (12 adet) cDNA'sı AMV'nin kapsid protein genine (CP) özgü primer çiftleri kullanılarak RT-PCR testlerine tabi tutulmuş ve beklendiği gibi yaklaşık 700 bp'lik bir DNA fragmenti elde edilmiştir. Amplikonlar doğrudan klonlanarak elde edilen diziler genbankasına kaydedilmiştir (Erişim No: MW962977 ve MW962976). Her iki sekansın BLASTn analizi, yoncadan elde edilen AMV izolatlarının, dünyadaki farklı bitkilerden izole edilen diğer AMV izolatlarına oldukça benzer olduğunu ve nükleotit benzerliğinin %97 ile %99.37 arasında değiştiğini göstermiştir. CP gen dizilerine dayanarak elde edilen filogenetik dendrogramın sonuçları, bu çalışmadan elde edilen izolatların Türkiye'deki yonca bitkilerinden izole edilen dört AMV izolatı ile yakından ilişkili olduğunu açıkça ortaya koymuştur. Bu çalışma, Bingöl ilinde sararma, beneklenme ve yaprak anormallikleri gösteren yonca bitkilerinde belirlenen AMV virüsünün ve moleküler filogenisinin ilk raporu niteliğindedir.