Browsing by Author "Seçkin, Hamdullah"

Now showing 1 - 7 of 7

Aras Nehrinin Belirli Noktalarından Alınan Sediment Örneklerinden Streptomyces Bakterilerinin İzolasyonu Teşhisi ve Moleküler Karakterizasyonu
(2023) Ertaş, Metin; Önalan, Şükrü; Seçkin, Hamdullah; Ozdemır, Kerem; Ogün, Erdal
Aras Nehri coğrafik ve ekolojik anlamda çok önemli bir yere sahiptir. Aras Nehrindeki Streptomyces çeşitliliğinin tespit edilmesi, izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonunun, mikrobiyolojik ve moleküler biyoloji ve genetik alanlarında bilim dünyasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Streptomyces türleri bilim dünyası için çok önemli bir yere sahiptir, çünkü bu bakteri türlerinin ürettiği başta antibiyotikler olmak üzere birçok önemli madde bulunmaktadır. Aras Nehrinin geçtiği Erzurum Horasan, Kars Karakurt ve Iğdır Tuzluca bölgelerinden alınan numuneler Streptomyces çeşitliliği bakımından incelendi. Belirlenen lokalitelerden alınan sediment örneklerinin pH ve nem oranları tespit edildi. Bennet’s Agar ve M65 besiyerleri kullanılarak izolasyon, saflaştırma ve renk grubu belirleme çalışması yapıldı. Bu bakteri gruplarının teşhisi amacıyla biyokimyasal, fenotipik ve moleküler testler uygulandı. Renk grubuna göre belirlenen izolatların Spor zincir morfolojisi görüntülendi (SEM). Mikrobiyolojik olarak izole edilecek bakterilerin 16 S rDNA gen bölgelerinin sekans analizi gerçekleştirildi. Bu işlemin ardından elde edilen diziler Genbank verileri ile karşılaştırılarak izole edilen bakterilerin moleküler yakınlık ve benzerlik oranları elde edildi.
Diagnosis of Insulation and Molecular Diagnosis of Streptomyces Which Obtained From Streams Flowing Into Van Lake
(2018) Seçkin, Hamdullah; Özdemir, Kerem
Bu çalışmada Van Gölü'ne dökülen akarsulardan alınan sediment örneklerinden Streptomyces türlerinin izolasyonu, teşhisi ve moleküler tanısı amaçlanmıştır. Van Gölü'ne dökülen akarsulardan toplamda 24 sediment örneği alınmıştır. Daha sonra örneklerin nem ve pH oranları tespit edilmiştir. Alınan örneklerden Streptomyces bakterilerinin izolasyonu yapılarak, bakterilerin saf kültürleri elde edilmiştir. Bu işlem sonucunda 179 Streptomyces bakterisi izole edilmiştir. Bütün bakterilere başta renk gruplandırması, degredasyon, azot kaynakları, karbon kaynakları, antibiyogram ve antimikrobiyal testler olmak üzere 77 test uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlar IDENTAX Bacterial Identifier 1.2 programına aktarılıp bakterilerin benzerlik oranları tespit edilerek bilgisayar yardımı ile teşhis yapılmıştır. Majör testlerin sonuçlarına göre türlerin % 18.43'ü ve minör testlerin sonuçlarına göre türlerin %35.75'i %95 ve üzerinde benzerlik göstermiştir. Test sonuçları MVSP 3.2 bilgisayar programına girilerek benzerlik dendogramları oluşturulmuştur. Bu sonuçlara göre yedi minör, dört majör grup ve 16 tekli üye oluşmuştur. Ayrıca renk grubuna göre tespit edilen 7 türün taramalı elektron mikroskobu ile spor zincir morfolojisi tespit edilmiştir. 11 Streptomyces bakterisinin 16S rDNA gen bölgeleri PCR ve elektroforez işlemine tabii tutulduktan sonra sekans analizi yapılmıştır. Elde edilen diziler NCBI-GENBANK yardımıyla benzer dizilere sahip türler ile kıyaslanmıştır. 16S rDNA bölgeleri kıyaslanan bu türler MEGA 7 programına girilerek Maksimum Likelihood filogenetik ağacı oluşturulmuş ve türlerin filogenetik pozisyonları belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre izolatlar ve benzelik gösterdikleri türler kıyaslandığında % 97.82 ile %100 arasında benzerlik oranlarının olduğu görülmüştür.
Green Synthesis, Characterization, Antimicrobial and Antioxidant Activities of Zinc Oxide Nanoparticles Using Helichrysum Arenarium Extract
(2021) Meydan, Ismet; Seçkin, Hamdullah
Active substance production at the nano-level attracts attention in the scientific world due to its wide applicationarea. Different methods are used for the biosynthesis of nanoparticles. Recent studies have focused on non-toxic,environmentally friendly synthesis methods. Nanoparticles obtained by green synthesis using various biologicalelements such as plants, microorganisms and proteins have taken part in many scientific studies. Plants, whichhave an important potential in active ingredient production, are highly preferred in nanoparticle production.Scanning Electron Microscope and Energy Dispersive X-Ray Analysis (SEM / SEM-EDX), Fourier TransformInfrared Spectroscopy (FT-IR), X-Ray Diffraction (XRD) and Ultraviolet visible light absorption Spectroscopy(UV-vis) techniques were used for the structural and morphological characterization of Zn nanoparticles obtainedby green synthesis using Helichrysum arenarium plant extract and ZnO.The antioxidant capacity of Zn NPs/Ha structures was determined by performing the DPPH test. Antimicrobial effects of zinc nanoparticles onsix different pathogens (Bacillus cereus ATCC 10876, Escherichia coli ATCC 25952, Bacillus subtilis ATCC6633, Staphylococcus aureus ATTC 29213, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 and Candida albicansATTC 90028) were investigated. As a result of this studies, it has been observed that it has an inhibitory effectagainst some pathogen microorganisms. It has also been found that its antioxidant content is at a significant level.
Investigation of the Synthesis, Characterization, Antimicrobial, Antioxidant and Dna Damage Prevention Activities of Cu, Zn Nanoparticles in the Plan of Heracleum Persicum
(2022) Bazancir, Nuran; Meydan, İsmet; Seçkin, Hamdullah
Bu çalışmada Bingöl ili Alıncık merkez köyü dere kenarlarında yetişen Herecleum persicum bitkisinin gövde ekstratının Cu, Zn metalleri ile nanopartiküllerinin sentezi, antimikrobiyal, antioksidan ve DNA hasarını önleme aktivitesi incelendi. Çalışmada kullanılan Herecleum persicum bitkisinin gövde kısmı kurutularak öğütüldü. ZnONPs/Hp, CuNPs/Hp'lerin karakterizasyonu için; TEM, SEM, SEM-EDX, UV-Vis, FT-IR ve XRD yöntemleri kullanıldı. Sentezlenen H. persicum bitki gövde ekstratı, ZnONPs, CuNPs lerin Folin yöntemi kullanılarak toplam fenolik ve Zhishen yöntemi kullanılarak toplam flavonid bileşen miktarları hesaplandı. Blois yöntemi kullanılarak DPPH (1,1-difenil-2-pikril-hidrazil) radikal söndürme aktivitesine bakıldı. Jel elektroforez tekniği kullanılarak DNA hasarı incelendi. Toplam fenolik bileşen miktarları 0.5mg/ml konsantrasyonda Hp gövde, CuNPs, ZnONPs/Hp'ler için sırasıyla; 23.75, 45.87 ve 7.95 μg olarak gallik aside eşdeğer olarak hesaplandı. Toplam flavonid bileşen miktarları 0.5 mg/ml konsantrasyonda Hp gövde, CuNPs, ZnONPs/Hp'ler için sırasıyla; 7.34, 11.57 ve 11.70 μg olarak quarsetine eşdeğer olarak hesaplandı. H. persicum bitkisinin 100 μg/ml konsantrasyon da gövde ektratı için DPPH söndürme aktivitesi %72,64 bulunurken, CuNPs/Hp için %80,26, ZnONPs için %66,68 bulundu. Sentezlenen Cu-ZnNPs/Hp'lerin DNA hasarına karşı koruyucu etki gösterdikleri görüldü. Sentezlenen maddelerin bazı bakterilere karşı antibakteriyel etkilerinin olduğu disk difüzyon yöntemi kullanılarak belirlendi. Anahtar kelimeler: DNA hasarı, Herecleum P
İzole Edilen Yeni Streptomyces Türlerinin Tanımlanması ve Filogenetik Farklılıkları
(2021) Önalan, Şükrü; Seçkin, Hamdullah
Antimikrobiyal direnç ve antibiyotik kullanımı günümüzde küresel bir sağlık krizidir. Streptomyces türleri antimikrobiyallarin çoğunun kaynağıdır. Bundan ötürü Streptomyceslerin tür içi benzerlik ve farklılıkları büyük öneme sahiptir. Bu çalışmada Dicle bölgesinden sedimentten izole edilen 3 farklı Streptomyces türünün izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Ardından 16S rRNA gen sekansı elde edilerek türler arası benzerlik ve farklılıkları ortaya konulmuştur. Çalışma sonucunda bakterilerin clorometrik farklılıklar içerdiği, SEM görüntüsünde spor zincir morfolojisine bakıldığında budaklı (knobby) bir yapının oluştuğu, 16S rRNA 1000bp den uzun sekans hizalamasında ve oluşturulan filogenetik ağaçta GenBank’tan elde edilen sekanslar ile 1 izolatın yakın benzerlikte olduğu (% 99 <), diğer iki izolatın ise farklılık gösterdiği gözlenmiştir. Bu sonuçlar doğrultusunda elde edilen 2 farklı Streptomyces izolatının sonraki çalışmalarda antibiyotik üretimlerinin ve farklı direnç gösterme durumları yönünden önem arz etmektedir.
Research of Gelatinase Enzyme Activities and Characterization in Halotolerant Bacterium Isolated From Salinated Skins of Sheeps
(2011) Seçkin, Hamdullah; Dostbil, Nursel
Bu çalışmada tuzlanarak muhafaza edilmiş koyun derilerinden halofilik bakteri izolasyonu yapıldı. İzolatlarda jelatinaz enzim prodüksiyonu belirlendi. Buna bağlı olarak enzimin optimal sıcaklık stabilitesi, optimum tuz konsantrasyonu ve plasmid kodlu dirençlilik konumu araştırıldı. Deri örneklerinden izole edilen halofilik bakterilerin çoğaltılmasında, periyodik olarak gittikçe artan oranlarda (%5, %10, %15, %20, %25 ve %30) tuz konsantrasyonu içeren besi ortamları kullanıldı.Çalışmada Bergey's Manuel of Determinative Bacteriology'e göre izolasyonu yapılan 280 bakteri suşu üzerinde çalışıldı. Jelatinaz enzim aktivitesi denemelerinde pozitif sonuç veren suşların Streptococcus spp. ve Staphyllococcus spp. olduğu tespit edildi ve izolatların optimal olarak %10 tuz konsantrasyonu içeren besi ortamında 30 oC'de 3 gün inkübasyon koşullarında en iyi çoğalma yeteneğine sahip olduğu, tuz konsantrasyonunun arttırılması durumunda bakteri çoğalmasının yavaşladığı gözlendi. Jelatinaz enzim aktivitesinin tanımlanmasında ise % 1, % 1.5, %2 ve % 3 oranlarında jelatin içeren besi ortamı kullanılarak optimal enzim aktivitesinin %1.5 jelatin içeren besi ortamlarında olduğu tespit edilmiştir. Koyun derilerinden izole edilen halofilik bakterilerin ancak % 2.8'inde pozitif jelatinaz aktivitesi tespit edildi. Plasmid kodlu jelatinaz enzim aktivitesi gösteren halofil suşa rastlanmamıştır.Anahtar Kelimeler: Koyun derisi, Halofilik bakteri, Jelatinaz enzimi, Plasmid, Antibiyogram testi
Synthesis and Characterization of Veronica Beccabunga Green Synthesized Silver Nanoparticles for the Antioxidant and Antimicrobial Activity
(2021) Seçkin, Hamdullah; Meydan, Ismet
The use of nano-agents in the healthcare field is an important alternative in reducing the increasing pathogenresistance. One of the main purposes of the nano mechanism is that the secondary metabolites produced naturally in plantsbecome more effective through metals. Silver (Ag) nanoparticles were obtained by green synthesis using Veronica beccabungaplant extract and AgNO3 in our study. Scanning electron microscopy was used for SEM, SEM / EDX images of synthesizedsilver nanoparticles. The interaction of V. beccabunga with Ag was explained by X-ray diffraction (XRD) analysis. Thecharacterization process was performed using an ultraviolet-visible (UV-vis) spectrophotometer and Fourier convertedinfrared spectroscopy (FT-IR). It was determined that silver nanostructures have an important antioxidant potential as a resultof 2,2-difenil-1-pikrilhidrazil (DPPH) analysis. The antimicrobial activity of synthesized metal nanoparticles was investigated,against some pathogens causing disease in humans, by the disk diffusion method. Ag NPs /Vb has been found to haveantibacterial effects against Bacillus subtilis ATCC 6633, Escherichia coli ATCC 25952, Pseudomonas aeruginosa ATCC27853 microorganisms. In our current study, Ag NPs / Vb appears to provide a remarkable effect for its use in medicine,pharmacology