YYÜ GCRIS Basic veritabanının içerik oluşturulması ve kurulumu Research Ecosystems (https://www.researchecosystems.com) tarafından devam etmektedir. Bu süreçte gördüğünüz verilerde eksikler olabilir.

Browsing by Author "Sipahioğlu, H. Murat"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 10 of 10
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Analyising of Rna 1, Rna 2, Rna3 Apple Mosaic Virus (APMV) Malatya Isolate’s Genom With Moleculer Cloning
    (2011) Öksüz, Tuba; Sipahioğlu, H. Murat
    Moleküler klonlama yöntemi kullanılarak Elma mozaik virüs (Apple mosaic virus, ApMV)'ü Malatya izolatının genomunda yer alan RNA1, RNA2 ve RNA3 segmentlerinin analizi gerçekleştirilmiştir. Belirtilen segmentler üzerinde rastgele seçilen bölgelere web temelli PRİMER 3 programı yardımı ile spesifik primerler dizayn edilmiştir. Dizayn edilen segment spesifik primerler ile küt uçlu DNA fragmentleri oluşturan Pfu DNA polymerase enzimi kullanılarak gerçekleştirilen RT-PCR çalışmaları sonucunda RNA 1 segmenti üzerinde 474 bp, RNA 2 segmenti üzerinde 543 bp ve RNA 3 segmenti üzerinde ise 375 bp büyüklüğünde fragmentler çoğaltılmış ve agaroz jelde görüntülenmiştir. Saflaştırılan DNA fragmentleri ticari pGEM T-Easy Vector kiti kullanılarak klonlanmıştır. DNA baz dizileri ile protein motifleri belirlenen DNA fragmentleri GU048905, GU048906 ve GU048907 erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda ApMV?Malatya izolatının dünyadaki diğer izolatlar ile %90-97 oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. ApMV-Malatya izolatının RT-PCR yöntemi ile teşhisinin daha iyi yapılabilmesi için oluşturulan genom spesifik primerlerden özellikle RNA2 segmenti için dizayn edilen ve 543 bp uzunluğunda fragment oluşturan primer çiftinin etmeni teşhis etmede ideal olduğu belirlenmiştir.
  • Thumbnail Image
    Research Project
    Dedection of Viroid, Phytoplasma and Fungal Diseases of Stone Fruit Trees Grown in East Anatolia by Molecular Methods
    (2005) Selçuk, Muharrem; Polat, Bülent; Usta, Mustafa; Demır, Semra; Akköprü, Ahmet; Sipahioğlu, H. Murat
    Doğu Anadolu Bölgesinde yetiştiriciliği yapılan sert çekirdekli meyvelerdeki viroid, fitoplazma ve fungal hastalıkları belirlemek amacıyla 2003-2004 yıllarmm haziran-ekim aylan arasında geniş çaplı survey çalışmaları yürütülmüştür. Peach latent mosaic (PLMVd) ve Hop stunt (HSVd) viroidlerini araştırmada moleküler hibridizasyon (doku bastırma ve dot blot) testi kullanılmıştır. Testlenen 491 sert çekirdekli meyve örneğinin 16'smda viroid infeksiyonu tespit edilmiştir. Tespit edilen infeksiyonlarından 15'inin şeftalilerde PLMVd viroidine (%3) birinin ise kayısıda HSVd viroidine (%0.1) ait olduğu belirlenmiştir. Viroid hastalıklarından ileri gelen toplam infeksiyon oranı %3.2 olarak belirlenmiştir. HSVd viroidinin Doğu Anadolu bölgesindeki varlığı ilk defa bu çalışma ile tespit edilirken, bölgenin önemli kayısı yetiştiricisi illeri olan Malatya ve Elazığ'da PLMVd infeksiyonuna rastlanmamıştır. 'Candidates Phytoplasma prunorum\"un kayısılardaki varlığını tespit etmek amacıyla simptomatik örneklere gerçekleştirilen PCR testi sonucunda infekteli örneğe rastlanmamıştır. Bölgeden toplanan simptomatik sert çekirdekli meyve örneklerinden Armillaria mellea, Cytospora spp., Monilinia laxa, Stigmina carpophila, Chondrostereum purpureum, Fusarium spp., Rosellinia spp. ve Phytophthora spp fungusları tespit edilmiştir.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Investigation of the Viral Diseases Using RT-PCR in the Tomato Growing Areas of Van Lake Basin
    (2014) Özer, Meryem; Sipahioğlu, H. Murat
    Moleküler teşhis yöntemi kullanılarak 2013 yılında Van Gölü havzası içerisinde belirlenen bölgelerden toplanan domates bitkisi yaprak örneklerine uygulanan RT-PCR ve PCR yöntemleri ile Tütün Mozaik Virüsü (tobaccomosaicvirus, TMV), Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (tomatospottedwiltvirus, TSWV) ve Domates Sarı Yaprak Kıvırcıklık Virüsü (tomatoyellowleafcurlvirus, TYLCV)'nün varlığı araştırılmıştır. Van Gölü havzası içerisinde yürütülen surveyçalışmaları sonrasında testlenen 350 domates numunesinin hiçbirinde araştırılan virüslerin varlığına rastlanmamıştır. Çalışma kapsamında virüslerin moleküler yöntemler ile araştırılmasında pozitif kontrol olarak kullanılan TMV ve TSWVizolatlarınınmoleküler klonlamasıyapılmıştır. Bu virüsler için Vector NTI programyardımı ile genom spesifikprimerlerdizayn edilmiştir. Dizayn edilen primerler ile Tag DNA polymeraseenzimikullanılarak gerçekleştirilen RT-PCR çalışmaları sonucunda TMV virüsünün 480bp veTSWV virüsününise777bp büyüklüğündekifragmentleriçoğaltılmıştır. Çoğaltılan DNA fragmentleri ticari pGEM T-EasyVector kiti kullanılarak klonlanmıştır. DNA baz dizileri ile protein motifleri belirlenen DNA fragmentleriTMV için KM407602 ve TSWV KM407603erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda TMV Vanizolatının dünyadaki diğer izolatlar ile %96-%99 oranında benzerlik gösterdiği TSWV Antalya izolatınınise dünyadaki diğer izolatlar ile %95- %98oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler:TMV, TSWV, moleküler klonlama, RT-PCR
  • Thumbnail Image
    Research Project
  • Thumbnail Image
    Research Project
    Reverse Transkriptase Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Rt-pcr) Tekniğini Kullanarak Doğu Anadolu Bölgesinde Sert Çekirdekli Meyvelerde Tespit Edilen Virüs İzolatlarının Hassas Teşhislerinin Yapılması
    (2004) Polat, Bülent; Sipahioğlu, H. Murat; Usta, Mustafa
    Sert çekirdekli meyvelerde zararlı Apple chlorotic leaf spot (ACLSV) ve Prunus necrotic ring spot (PNRSV) virüs izolatlarının hassas teşhisleri RT-PCR tekniği kullanılarak gerçekleştirilmiştir. ACLSV ve PNRSV izolatlarının teşhisinde kullanılan ekstraksiyon yöntemi viral etmenlerin RT-PCR ile teşhisinde yeterli düzeyde ssRNA (tek iplikli RNA) ekstraksiyonu sağlamıştır. Total nükleik asit ekstraksiyonu sonucunda fotometrik ölçüm sonucu PNRSV ve ACLSV virüsleri ile infekteli bitkilerden elde edilen ssRNA konsantrasyonu sırasıyla 0.036 p.g/ju.1 ve 0.028|ig/|ul olarak tespit edilmiştir. RT-PCR sonrası teşhisleri yapılan virüslere ait beklenen uzunluktaki DNA fragmentleri agaroz jelde gözlemlenmiştir. Çalışmada kullanılan teşhis tekniklerinden ELISA ve PCR yöntemlerinin PNRSV izolatını infekteli bitkinin yaprak dokusundan tespit etmedeki başarısı araştırılmış, RT-PCR tekniğinin PNRSV'yi yaprak dokusundan tespit etmede daha etkin ve hassas olduğu belirlenmiştir. RT-PCR yöntemi ile 1/2560 sulandırma oranındaki yaprak dokusundan virüs rahatlıkla tespit edilirken ELISA testinde bu oran iki saat okuma sonucunda 1/80 olarak belirlenmiştir. PNRSV'yi RT-PCR yöntemi ile teşhiste kullanılabilecek en iyi bitkisel dokunun yaprak dokusu olduğu tespit edilmiştir. Yaprak dokusunu sırasıyla yeşil sürgün kabuğu dokusu ve eşit düzeyde pozitif sonuç veren kök ve kabuk dokuları izlemiştir. Teknik olarak virüsün bitkinin bütün dokulardan PCR yöntemi ile tespit edilebileceği görülmüştür. ACLSV virüsünü dormant Purunus pers/ca'nın kabuk dokusundan ELISA ve RT-PCR testleri ile kış döneminde saptanmasının mümkün olduğu belirlenmiş ancak ELISA testinin güvenilirlik sınırlarının dormant kabuk dokusu kullanılınca RT-PCR tekniğine nazaran oldukça düşük olduğu belirlenmiştir. ACLSV virüsünün dormant Purunus pers/ca'nın kabuk ve tomurcuk dokularından hazırlanan ekstraktlardan RT-PCR yöntemi ile her iki dokunun da virüsü belirlemede ideal olduğu saptanmıştır.
  • Thumbnail Image
    Research Project
    Türkiye de Kayıtlı Olan Cuscuta Cinsine Ait Türlerin Polen Morfolojisi ve Filogenetik İlişkilerinin Belirlenmesi
    (2016) Sipahioğlu, H. Murat; Kaya, İlhan; Tepe, Işık; Demir, İbrahim; Keskin, Fatma; Nemli, Yıldız; Benli, Mehlika
  • Thumbnail Image
    Research Project
  • Thumbnail Image
    Research Project
    Van ve Çevresinde Gramineae Familyasına Ait Bitkilerde Arbusküler Mikorhizal Fungusların (Amf) Tür Çeşitliliğinin Nested-pcr Yöntemiyle Belirlenmesi
    (2007) Akköprü, Ahmet; Usta, Mustafa; Demır, Semra; Kaya, İlhan; Sipahioğlu, H. Murat; Aysan, Erizan
    -
  • Thumbnail Image
    Article
    Van ve Civarında Yetiştiriciliği Yapılan Sert Çekirdekli Meve Ağaçlarında Tespit Edilen Viral ve Fungal Hastalık Etmenleri
    (2004) Polat, Bülent; Akköprü, Ahmet; Usta, Mustafa; Sipahioğlu, H. Murat; Demır, Semra
    Van ve yöresi sert çekirdekli meyve üretimi açısından önemli bölgelerimiz arasında yer almaktadır. Bu çalışmada Van ve civarında yetiştiriciliği yapılan sert çekirdekli meyvelerde sorun olan viral ve fungal hastalıklar araştırılmıştır. Prunus Necrotic Ringspot (Erik Nekrotik Halkalı Leke, PNRSV), Apple Chlorotic Leaf Spot (Elma Klorotik Yaprak Leke, ACLSV), Apple Mosaic (Elma Mozaik, ApMV), Prune Dwarf (Erik Cücelik, PDV) ve Plum Pox (Erik Şarka, PPV) virüslerinin tespiti için yapılan surveyler kapsamında ELISA ile test edilen 306 ağaçtan 154'ünü.kayısı, 45'ini kiraz, 23'ünü şeftali, 41'ini erik ve 32'sini vişne oluşturmuştur. Testlenen örneklerde PDV ve ACLSV infeksiyonları tespit edilmiştir. ELISA testleri ile ortaya konan virüslerden biri olan PDV'nin neden olduğu infeksiyon oranı kayısıda %0.6, kirazda %7.1 ve vişnede ise %31.2 olarak belirlenmiştir. ACLSV infeksiyonuna sadece şeftalilerde %39.1 oranında rastlanılmıştır. Kayısı, erik, vişne, kiraz ve şeftali örneklerinin hiçbirinde PNRSV, PPV ve ApMV infeksiyonlarına rastlanmamıştır. Virüslerden kaynaklanan ortalama infeksiyon oranı ise %7.8 olarak belirlenmiştir. Fungal etmenler açısından ise kayısı ağaçlarında %78 oranında Manilla laxa, %34 oranında Coryneum beijerinckii, %25 oranında Fusarium spp. ve Alternaria sp. ve %20 oranında Chondrostereum purpureum izole edilirken, erik ağaçlarında ise %44 oranında Manilla laxa, %15 oranında ise Taphrlna pruni izole edilmiştir.
  • Thumbnail Image
    Research Project
    Virüsten Ari Sert Çekirdekli Meyve Fidanı Üretimi
    (2007) Usta, Mustafa; Sipahioğlu, H. Murat; Ocak, Mustafa
    -