Browsing by Author "Ural, Hilal"

Now showing 1 - 2 of 2

A New Approach To Dna Isolation From Dileptid Ciliates (Ciliophora: Litostomatea: Rhynchostomatia)
(inst Zoology, Bas, 2020) Ural, Hilal; Bircan, Rifat; Aral, Cenk; Yildiz, Ismail; Senler, Naciye Gulkiz
Molecular diagnostic methods have been used to supplement morphological methods in taxonomy. In this study, we used molecular methods to diagnose populations of dileptid ciliates, which commonly occur in terrestrial and semi-terrestrial habitats. Molecular investigations based on the comparison of DNA sequences have been carried out with a limited number of ciliate species due to insufficient genomic DNA for PCR because of their small population size and difficulties to maintain monocultures. The present study shows that there is a loss of DNA with conventional methods and proposes a novel approach: cells (stored at -20 degrees C or fresh) are directly subjected to PCR, without being processed by any chemical treatment. The small subunit ribosomal DNA (SSU rDNA) (18S rRNA gene) of dileptid ciliates was successfully amplified by direct PCR, without DNA extraction, for single-cell and multi-cell samples. This method has been found to be simpler and especially useful for species that are rare and have small population sizes.
Topraktan İzole Edilen Blepharisma Hyalinum Perty, 1849 (Ciliophora, Heterotrichida) Türünün Morfolojisi ve Moleküler Filogenisi
(Kahramanmaras Sutcu Imam Univ Rektorlugu, 2025) Yıldız, Ismaıl; Bircan, Rıfat; Ural, Hilal; Şenler, Naciye Gülkız
Bu çalışmada Tekirdağ (Türkiye) topraklarından hazırlanan kültürlerde birbiri ardınca ortaya çıkan iki Blepharisma popülasyonu gözlendi. Bu popülasyonlara ait hücre ve kistler morfolojik ve morfometrik olarak incelenmiş ve SSU rDNA gen dizisine dayanarak filogenetik konumları belirlenmiştir. Her iki popülasyon da morfometrik olarak birbirine çok benzerdi, ancak toprak kültürlerinde gözlenen ilk popülasyon olan popülasyon 1, esnek olmayan ve sert olan piriform biçime sahipken, popülasyon 1'in kaybolmasının ardından gözlenen popülasyon 2 ise, esnek, kırılgan, mızrak biçimindedir. Ayrıca, her iki popülasyonun hücre genişliği/uzunluğu oranlarının istatistiksel olarak birbirinden farklı olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte, her iki popülasyonun SSU rDNA nükleotid dizileri birbirlerine ve daha önce tanımlanan diğer B. hyalinum popülasyonlarına çok benzediğinden, bu çalışmada gözlemlenen Blepharisma popülasyonlarının B. hyalinum'un morfotipleri olduğu sonucuna varıldı. Gözlenen morfolojik farkların çevresel faktörlere ve kültürlerdeki hücrelerin farklı yaşam evrelerinden kaynaklanabileceği varsayılmıştır.Blepharisma popülasyonlarının SSU rDNA nükleotid dizilerinin karşılaştırılması ve filogenetik analizler bazı farklı türlere ait nükleotid dizilerinin aynı ya da çok benzer olduklarını göstermiştir. Bu kaotik durumun açıklığa kavuşturulması için Blepharisma popülasyonları üzerinde ayrıntılı morfolojik incelemelere dayalı çok sayıda moleküler veriye ihtiyaç duyulmaktadır.