Browsing by Author "Kalmer, Ayşenur"

Now showing 1 - 4 of 4

Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Trnt-l-f Cpdna Bölgesi Kullanılarak Filogenetik İlişkilerinin Belirlenmesi
(2017) Kalmer, Ayşenur; Dizkirici, Ayten
Asteraceae familyasına ait Centaurea L. cinsi sistematik açıdan tartışmaları barındıran ve son yıllarda gelişen moleküler tekniklerin ışığında taksonomik problemleri aydınlatılması gereken bir cinstir. Özellikle Centaurea depressa türünün taksonomik konumu tartışmalı olup bazı araştırmacılar tarafından Cyanus cinsinde olması gerektiği iddia edilmiştir. Bu problemi açığa kavuşturmak için, cinse ait beş türün (C. depressa, C. iberica, C. solstitialis, C. virgata, C. balsamita) filogenetik ilişkileri kloroplast DNA'sında bulunan ve filogenetik çalışmalarda tercih edilen trnT(UGU) - trnL(UAA) IGS, trnL5'- trnL3' intron ve trnL(UAA) trnF(GAA) IGS bölgeleri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Cinse ait bazı türlerin DNA sekansları NCBI veri tabanından alınarak analizlere eklenmiş ve hem C. depressa'nın hem de çalışılan diğer dört türün cins içindeki evrimsel ilişkileri aydınlatılmaya çalışılmıştır. Maksimum Olasılık (ML) ve Maksimum Parsimoni (MP) metodlarıyla filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. trnT(UGU) - trnL(UAA) ve trnL5'- trnL3' intron bölgeleri için oluşturulan ağaçlarda C. depressa türü diğer akraba türlerden filogenetik olarak ayrılmamıştır. trnL(UAA) trnF(GAA) IGS bölgesinde yeterli kalitede sekanslar elde edilemediğinden çalışmamızda bu bölge detaylandırılmamıştır
Morphological and Molecular Systematics of Some Hebeloma (fr.) P. Kumm. (basidiomycota) Species Native To Türkiye
(2023) Kalmer, Ayşenur; Tekpınar, Ayten; Acar, İsmail
Hebeloma cinsi Hymenogastraceae familyası içerisinde yer alır ve dünya ılıman iklim kuşağında yetişir. Ülkemizde bu cinse ait kapsamlı moleküler bir çalışma bulunmamaktadır. Bu amaçla tez çalışmasında 2017-2021 yıllarında ilkbahar ve sonbahar dönemlerinde toplanan ve farklı fungaryumlardan temin edilen Hebeloma cinsine ait örnekler hem morfolojik hem de moleküler teknikler kullanılarak analiz edilmiş, tür teşhisleri yapılmış ve filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Arazi çalışmaları ile toplanan örneklerin ön teşhisleri morfolojik karakterleri kullanılarak yapılmış, daha sonra moleküler seviyedeki teşhis çalışmaları yapılarak tür teşhisleri tamamlanmıştır. Morfolojik çalışmalar için örneklerin makroskobik ve mikroskobik karakterleri analiz edilmiş ve ölçümleri yapılmıştır. Morfolojik veriler skorlanmış ve aralarındaki ilişki PCA analizi ile belirlenmiştir. Filogenetik çalışmalar için üç farklı DNA bölgesi [Transkribe edilen aralayıcı bölgeler (ITS), Büyük alt ünite (LSU) ve uzama faktörü 1-alfa (TEF1-α)] kullanılmıştır. Bölgelerden elde edilen DNA dizileri biyoinformatik programlar yardımıyla analiz edilmiş ve filogenetik ağaçlar çizdirilerek türlerin birbirleriyle olan akrabalık ilişkileri belirlenmeye çalışılmıştır. Filogenetik ağaçlar için maksimum parsimoni (MP), maximum likelihood (ML) ve bayes (BI) metodları uygulanmıştır. Cins içerisinde bulunan kriptik türlerden dolayı network analizleri de kullanılmıştır. Bu sayede, morfolojik karakterler ve moleküler seviyede elde edilen veriler göz önüne alınarak tür sınırları belirlenmiş ve taksonomik ilişkiler çözülmüştür. Sonuç olarak Hebeloma cinsi üzerine yapılan bu taksonomik çalışmada 430 örnek analiz edilmiş ve 24 tür tanımlanmıştır. Türlerin Hebeloma cinsi içerisinde Hebeloma, Denudata, Velutipes, Sinapizantia, Scabrispora, Sacchariolentia ve Theobromina seksiyonlarında yer aldıkları belirlenmiştir. Hebeloma seksiyonuna ait H. subtortum olarak tanımlanan örneklerin türleşme süreci devam eden kriptik tür olduğu önerilmiştir. Denudata seksiyonuna ait H. cinnamomeum, H. lutense, H. minus, H. rostratum ve H. vaccinum olarak tanımlanan türlerin ülkemiz mikotası için yeni kayıt türler oldukları belirlenmiştir. Hebeloma türlerine ait betimlemeler genişletilmiş ve cins için yeni bir teşhis anahtarı oluşturulmuştur.
Türkiye Mikobiyotası İçin Yeni Kayıt Gyromitra’nın Morfolojik ve Filogenetik Olarak Ortaya Çıkarılması
(2018) Kalmer, Ayşenur; Acar, İsmail Cenk; Dizkirici, Ayten; Uzun, Yusuf
Bu çalışmada, Discinaceae ailesine ait olan Gyromitra brunnea Underw. Türkiye için ilk kez kaydedilmiştir. Hem morfolojik hem de moleküler veriler kullanılarak iki örnek tanımlanmıştır. Rapor edilen yeni kayıt türün kısa açıklaması, makro ve mikromorfolojiyle ilgili fotoğraflar ile birlikte verilmiş ve kısaca tartışılmıştır. Ek olarak, Gyromitra brunnea'nın filogenetik konumu, 28S (LSU) rRNA gen dizisine dayalı olarak oluşturulan filogenetik ağaçta gösterilmiştir.
Türkiye, Hakkari İlinde Bulunan Üç Yeni Kayıt Melanoleuca Türünün Filogenetik İlişkileri ve Taksonomik Pozisyonları
(2017) Kalmer, Ayşenur; Acar, İsmail; Uzun, Yusuf; Dizkirici, Ayten
Çalışmamızın amacı Türkiye'de bulunan Melanoleuca cinsine ait literatür bilgisine katkıda bulunmaktır. Cins içindeki türlerin taksonomik konumlarının belirlenmesi, cinsi korumak için çok önemlidir. Bu nedenle toplanan Melanoleuca örneklerinin tanımlanması için hem morfolojik hemde moleküler karakterler kullanılmıştır. Hakkâri ilinden toplanan örnekler, şapka, lamel, spor, bazidya ve sistidya gibi yapılar kullanılarak morfolojik tanımlamaları yapılmıştır. Daha sonra, Transkribe Edilen Aralayıcı Bölgeler (ITS), Büyük Altünite (LSU) ve Translasyon Uzama Faktörü 1-α (TEF) bölgelerinin DNA dizi verileri türlerin filogenetik konumlarını cins içinde anlamak için analiz edilmiştir. Çalışmanın sonunda Hakkâri ilinden iki yeni Melanoleuca türü (M. communis ve M.dryophila) rapor edilmiştir. ITS ve LSU bölgeleri analiz edildiğinde, M. communis, alt cins Melanoleuca / seksiyon Melanoleuca'da ve M. dryophila alt cins Urticocytis / seksiyon Grammopodiae’da yer almıştır. Türkiye'de bu cins hakkında yetersiz bilgi olması ve daha önce hiçbir ayrıntılı araştırma yapılmadığı göz önüne alındığında, bu çalışma Melanoleuca'nın sistematiği ve Türkiye'de agariklerin taksonomik bilgisi açısından değerlidir.