Browsing by Author "Minaz, Volkan"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Investigation of Some Cucurbit Viruses Using Multiplex Rt-Pcr Method and Molecular Characterizations of Detected Viruses in Cucubit Plantations in Van Province
    (2023) Minaz, Volkan; Usta, Mustafa
    2021 yılında Van ili ve ilçelerinde kabakgil üretim alanlarında PCR temelli yöntemler kullanılarak kabakgil virüslerini (ZYMV, WMV, CMV, PRSV-W) belirlemek amacıyla 440 örnek toplanmıştır. PCR testleri 68 (% 15.45) örneğin 44'ünde ZYMV (% 10), 21'inde WMV (% 4.77) ve 3'ünde ZYMV+WMV (% 0.68) karışık infeksiyonu ortaya çıkarmıştır. Van ilinde CMV (cucumber mosaic virus) ve PRSV-W (papaya ringspot virus-W) virüsleri tespit edilememiştir. Virüs izolatlarını daha fazla karakterize etmek için her pozitif örnekten rastgele iki kişi seçilmiş ve kılıf proteini (CP) gen bölgeleri analiz edilmiştir. ZYMV (zucchini yellow mosaic virus) izolatları genbankasına (NCBI) OQ910198 ve OQ910199 erişim numaralarıyla, WMV (watermelon mosaic virus) izolatları ise OQ915352 ve OQ910200 erişim numaralarıyla kaydedilmiştir. Çalışma sonucu elde edilen Van-WMV izolatlarının CP nükleotit dizileri genbankasındaki diğer izolatlarla yüksek benzerlik (%99-%85) göstermiştir. Yürütülen analizler WMV izolatlarının en yüksek Suriye izolatı (MK614762) ile en düşük ise İran izolatı (JN166711) ile nükleotit benzerliği gösterdiğini ortaya çıkarmıştır. Van-ZYMV izolatları dünyadaki diğer izolatların CP dizileriyle karşılaştırıldığında % 83-100 arasında değişen benzerlik oranlarda benzerlik göstermiştir. Analizler bu izolatların en yüksek dizi benzerliğinin Türkiye izolatıyla (%99), en düşük benzerliğin (%83) ise İran (KX495620) ve Pakistan (MK848237) izolatlarıyla olduğunu ortaya çıkarmıştır. Yürütülen bu çalışma ile Van ilinde kabakgilleri infekteleyen ZYMV ve WMV etmenlerinin varlığı belirlenmiş ve CP genine dayalı filogenetik ilişkileri incelenmiştir.
  • Thumbnail Image
    Article
    Epidemiological Assessment, Integrative Phylogenetic Inference, and Structure-Guided in Silico Evaluation of Alkaloid Antivirals Targeting Zucchini Yellow Mosaic Virus (Zymv, Potyvirus Cucurbitaflavitesselati) and Watermelon Mosaic Virus (Wmv, Potyvirus Citrulli) Coat Proteins From Cucurbit Crops in Türkiye
    (Springer Heidelberg, 2025) Minaz, Volkan; Usta, Mustafa; Guller, Abdullah; Demirel, Serap
    Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) and watermelon mosaic virus (WMV) are two economically significant potyviruses infecting cucurbit crops. This study aimed to investigate their presence in Van province (T & uuml;rkiye), characterize their coat protein (CP) genes, and evaluate theoretical antiviral activity of plant-derived alkaloids. A total of 440 cucurbit samples were screened using multiplex RT-PCR, revealing infection rates of 10% for ZYMV and 4.77% for WMV. CP genes of representative isolates were cloned, sequenced, and submitted to GenBank (ZYMV: OQ910198, OQ910199; WMV: OQ910200, OQ915352). Phylogenetic analysis indicated strong clustering with Turkish and Syrian isolates. Homology models of CP proteins were generated using Swiss-Model, Robetta, and Phyre2, with Swiss-Model yielding the most reliable 3D structures based on Ramachandran plot validation. Molecular docking of 15 alkaloids revealed that drupacine, sanguinarine, and antofine exhibited higher binding affinity to CP proteins than the commercial antiviral ribavirin, forming stable interactions at conserved residues. This is the first study from T & uuml;rkiye combining CP gene-based phylogeny and in silico structure-guided screening of natural antivirals for cucurbit viruses. The results suggest that CP is a promising antiviral target, and several alkaloids hold potential as eco-friendly inhibitors of potyviruses.