Browsing by Author "Ogün, Erdal"

Now showing 1 - 6 of 6

Aras Nehrinin Belirli Noktalarından Alınan Sediment Örneklerinden Streptomyces Bakterilerinin İzolasyonu Teşhisi ve Moleküler Karakterizasyonu
(2023) Ertaş, Metin; Önalan, Şükrü; Seçkin, Hamdullah; Ozdemır, Kerem; Ogün, Erdal
Aras Nehri coğrafik ve ekolojik anlamda çok önemli bir yere sahiptir. Aras Nehrindeki Streptomyces çeşitliliğinin tespit edilmesi, izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonunun, mikrobiyolojik ve moleküler biyoloji ve genetik alanlarında bilim dünyasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Streptomyces türleri bilim dünyası için çok önemli bir yere sahiptir, çünkü bu bakteri türlerinin ürettiği başta antibiyotikler olmak üzere birçok önemli madde bulunmaktadır. Aras Nehrinin geçtiği Erzurum Horasan, Kars Karakurt ve Iğdır Tuzluca bölgelerinden alınan numuneler Streptomyces çeşitliliği bakımından incelendi. Belirlenen lokalitelerden alınan sediment örneklerinin pH ve nem oranları tespit edildi. Bennet’s Agar ve M65 besiyerleri kullanılarak izolasyon, saflaştırma ve renk grubu belirleme çalışması yapıldı. Bu bakteri gruplarının teşhisi amacıyla biyokimyasal, fenotipik ve moleküler testler uygulandı. Renk grubuna göre belirlenen izolatların Spor zincir morfolojisi görüntülendi (SEM). Mikrobiyolojik olarak izole edilecek bakterilerin 16 S rDNA gen bölgelerinin sekans analizi gerçekleştirildi. Bu işlemin ardından elde edilen diziler Genbank verileri ile karşılaştırılarak izole edilen bakterilerin moleküler yakınlık ve benzerlik oranları elde edildi.
Bazı Odun Sirkelerinin Bitki Patojeni Bakteriler Üzerine Antibakteriyel Etkisinin Araştırılması
(2019) Koç, İbrahim; Ogün, Erdal
Bu araştırmada, fındık kabuklarından ve tavuk gübresinden elde edilen odun sirkelerinin bazı bitki patojenibakterilere karşı antibakteriyel potansiyeli belirlenmeye çalışılmıştır. Test mikroorganizması olarak, Erwiniaamylovora, Pseudomonas syringae pv. lachrymans ve Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli kullanılmıştır.Antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesinde agar well difüzyon ve makro broth dilüsyon yöntemleri kullanıldı.Agar well difüzyon yönteminin uygulanması sonucunda; E. amylovora suşu, sırasıyla fındık sirkesinin %40,%50’lik seyreltmelerine ve stok solüsyonuna hassasiyet gösterirken, P. syringae pv. lachrymans ve X. axonopodispv. phaseoli şuşlarının %30, %40, %50’lik seyreltmelere ve stok solüsyonuna hassasiyet gösterdiği belirlenmiştir.Broth dilüsyon yöntemi ile minimal bakterisidal konsantrasyonun belirlenmesinde; minimal bakterisidalkonsantrasyonun tespiti için yapılan çalışmalar sonucunda, fındık sirkesinin E. amylovora, X. axonopodis pv.phaseoli ve P. syringae pv. lachrymans üzerindeki MBC değerinin, %50’lik seyreltmeye eşdeğer olduğu tespitedilmiştir. Yapılan ANOM testi sonucuna göre Doz × Tür interaksiyon etkisinin önemli olduğu (P=0.000),dolayısıyla uygulanan dozların inhibisyon değerlerine etkisinin türlere göre önemli değişiklikler gösterdiğisaptanmıştır. Antibakteriyel aktivite çalışmaları sonucunda, bitki patojeni bakterilerin fındık kabuklarındanüretilen sirkeye karşı duyarlı oldukları görülürken, tavuk gübresinden üretilen sirkeye karşı dirençli olduklarıgözlemlenmiştir.
Bazı Zirai Bitki Türlerinin Kök ve Çevresinden Alınan Toprak Numunelerinden Actinomycetales' İn Bazı Cinslerine Ait Bakterilerin İzolasyonu ve Streptomyces Türlerinin Karakterizasyonu, Teşhisi ve Biyoçeşitliliğinin Tespiti
(2005) Ogün, Erdal; Atalan, Ekrem; Berber, Peyami; Ozdemır, Kerem; Türker, Musa; Battal, Peyami
Bu çalışmada, Van yöresinde yetiştirilen bazı ziraai bitki türlerinin kök ve çevresinde alman toprak numunelerinden Streptomyces ve diğer Actinomycetes bakterilerinin izolasyonu ve sayımı yapıldı. Seçilen bazı Streptomyces izolatlarmın fenotipik teşhisleri, kimyasal ve moleküler analizleri yapıldı. Ayrıca bazı patojen mikroorganizmalara karşı antagonistik etkileri incelendi ve potansiyel olarak biyolojik kontrol için kullanılabilecekleri kanısına varılmıştır. Sonuçta farklı bitki köklerinin bakteri sayıları arasında ciddi farklılıklar belirlenmediği gibi moleküler ve kimyasal tekniklerle yapılan karakterisazyon sonucunda bakteriler ayrı gruplara ayrılmadı.
Van Gölü Havzasında Bazı Kanatlı Türlerinde Avian İnfluenza A Virüslerinin Real-time Pcr ile Tespiti, İzalasyonu ve Alt Tiplerinin Belirlenmesi
(2009) Ogün, Erdal; Coven, Fethiye; Ilhan, Ziya; Gülhan, Timur; Ekin, İsmail Hakkı; Aksakal, Abdülbaki; Adızel, Özdemir
Van Gölü ve Çevresinden İzole Edilen Alkalofilik Bacillus Türlerinin İdentifikasyonu ve Sds-page ile Ayırımı
(2003) Ogün, Erdal; Berber, İsmet
Sodalı göller, obligat alkalofilik ve alkalo-tolerant mikroorganizmalar için önemli potansiyele sahip yüksek alkali sucul ortamlardır. Ötrofik bir soda gölü olan Van Gölü, dünyanın en büyük dördüncü kapalı su hacmine sahiptir. Bu çalışmada, 8 referans Bacillus spp. ve Van Gölü suyu ve çevresindeki topraklardan izole edilen toplam 43 yerel alkalofilik Bacillus izolatı fenotipik özelliklerine ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamid j el elektroforez kullanılarak elde edilen toplanı hücresel protein profillerine göre karakterize edildi. Fenotipik özelliklerine göre, yerel izolatlarm hepsinin gram pozitif, aerobik, endospor oluşturan, hareketli ve fakültatif alkalofilik Bacillus spp. olduğu belirlendi. Ayrıca, yerel izolatlarm fenotipik olarak diğer Bacillus türlerinden ayrıldığı bulundu. Protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik analiz; yerel izolatlarm %83 benzerlikte bir grup, B. cereus ATCC 67064 ve B. sphaericus ATCC 2362 yaklaşık %70 benzerlikte bir grup ve diğer Bacillus türlerinin %50 benzerlikte bir grup olmak üzere üç farklı grup oluştuğunu gösterdi. Bizim sonuçlarımız, SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen toplam hücresel protein profillerinin Bacillus türlerinin taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağladığını gösterdi. Ancak farklılıklar yerel alkalofilik Bacillus türlerinin tanımlanmasında yetersizdi.
Van Gölü’nden Toplanan Su ve Sediment Numunelerinden İzole Edilen Bakterilerin Lakkaz ve Mannanaz Enzimlerini Üretme Kabiliyetleri
(2020) Ogün, Erdal; Ertas, Nevroz Aslan
Bu çalışmanın amacı, Van Gölü’nden toplanan su ve sediment numunelerinden lakkaz ve mannanaz enzimi üretme kabiliyetlerine sahipbakterilerin karakterizasyonudur. Bu araştırmanın materyalini Van Gölü’nden toplanan su ve sediment numuneleri oluşturmuştur.İzolasyon çalışması dilüsyon plak yöntemi ile alkali besiyerinde gerçekleştirilmiştir. İki farklı koloni morfolojisine sahip izolatgözlemlenmiştir. İzolatlara koloni çapı, pigmentasyon, hücre şekli, gram reaksiyonu, indol testi, sitrat testi, voges-proskauer (vp),arabinoz, mannitol, sükroz, adonitol,metil_d-glikozit, selobiyoz, mannoz, salicin, traheloz, galaktoz, inositol, rafinoz, inulin, sorbitol,ksiloz, melesitoz, glikoz, arjinin, nitrat redüksiyonu, beta galaktosidaz, oksidaz, lakkaz enzim aktivitesi, mannanaz enzim aktivitesi,nişasta hidrolizi, tween 80 hidrolizi, skim milk hidrolizi ve ksilan hidrolizi testleri uygulanmıştır. İzolatların lakkaz enzimini üretmekabiliyetlerine %0.2 mM ABTS ve %0.1 mM CuSO4 ile bakılmıştır. Mannanaz enzimi üretme kabiliyetleri %1 mannoz ve fenol içerenalkali besiyeri kullanılarak belirlenmiştir. Genomik DNA’sı izole edilen 2 izolatın 16S rRNA gen bölgesi 27F ve 1492R evrenselprimerleri ile amplifiye edilip sekans analizi yapılmıştır. Mega 7.0.18 paket programı ile Maksimum Olabilirlik algoritması seçilerekJukes ve Cantor'un uzaklık matrisi ile filogenik ağaçlar oluşturulmuştur. İzolatların tümünün lakkaz enzimi yönünden negatif olduğu,mannanaz enzimi yönünden N1 ve N2 izolatlarının pozitif olduğu görülmüştür. N1 izolatı için oluşturulan filogenetik ağaçtaHalomonas bakterileri kendi aralarında güçlü bir homoloji ile kümelenmiştir. N2 izolatı için oluşturulan filogenetik ağaçta Bacillusbakterileri genel olarak güçlü bir homoloji ile kümelenmiştir. N1 ve N2 izolatları, morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal özelliklerine ve16S rRNA gen bölgesi analizine göre N1 Halomonas stevensii ve N2 Bacillus agaradhaerens olarak teşhis edilmiştir.