Browsing by Author "Okut, Hayrettin"

Now showing 1 - 20 of 32

Arpada Terpal Bitki Büyüme Regülatörünün Verim ve Verim Ögelerine Etkisi
(1997) Ege, Hatice; Sönmez, Fahri; Okut, Hayrettin
-
Aşırı Miktarda Sıfır Değerinin Bulunduğu Sayıma Dayalı Veriler için Çok Seviyeli Zıp, Zınb ve Hurdle Modellerinin Karşılaştırılması
(2007) Sehrıbanoglu, Sanem; Akkol, Gökdere Suna; Okut, Hayrettin
-
Associations Between Gh, Prl, Stat5a, Opn, Pit-1, Lep and Fgf2 Polymorphisms and Fertility in Holstein-Friesian Heifers
(Kafkas Univ, veteriner Fakultesi dergisi, 2017) Oner, Yasemin; Yilmaz, Onur; Okut, Hayrettin; Ata, Nezih; Yilmazbas-Mecitoglu, Gulnaz; Keskin, Abdulkadir
In this study, it was aimed to investigate polymorphisms in seven genes (GH, PRL, STAT5A, OPN, PIT-1, LEP and FGF2) related to reproductive traits in dairy heifers. Frequency distributions of the genotypes between fertile and repeat breeder heifers groups were investigated. Allele effects on fertility were also analyzed. Blood samples were taken from a total of 160 Holstein-Friesian heifers and they were divided into two groups according to their artificial insemination numbers (AI). The heifers becoming pregnant after the first AI were used as the fertile heifers (FH, n= 80) and the heifers with 3 or more equal AIs were accepted as the repeat breeder heifers (RBH, n= 80). All the animals were genotyped by the PCR-RFLP method for seven genes and the association works were performed for 145 animals (RBH, n= 79; FH n= 66). For all loci investigated, two alleles and three genotypes were found for overall population with the exception that PRL locus had two alleles and two genotypes. The chi-square test (.2) revealed that the whole population and the two groups separately were at Hardy-Weinberg equilibrium. The genotype distributions of PIT-1 and STAT5A conspicuously differed between the FH and the RBH groups; however, these differences were not found significant. Association of GH-AB genotype was found significant on AI number for the first pregnancy. Mixed effect logistic regression model was used to investigate the allele effects on fertility. No linkage disequilibrium was detected between the investigated loci.
Bayesian Regularized Neural Networks for Small N Big P Data
(intech Europe, 2016) Okut, Hayrettin
Artificial neural networks (ANN) mimic the function of the human brain and they have the capability to implement massively parallel computations for mapping, function approximation, classification, and pattern recognition processing. ANN can capture the highly nonlinear associations between inputs (predictors) and target (responses) variables and can adaptively learn the complex functional forms. Like other parametric and nonparametric methods, such as kernel regression and smoothing splines, ANNs can introduce overfitting (in particular with highly-dimensional data, such as genome wide association - GWAS-, microarray data etc.) and resulting predictions can be outside the range of the training data. Regularization (shrinkage) in ANN allows bias of parameter estimates towards what are considered to be probable. Most common techniques of regularizations techniques in ANN are the Bayesian regularization (BR) and the early stopping methods. Early stopping is effectively limiting the used weights in the network and thus imposes regularization, effectively lowering the Vapnik-Chervonenkis dimension. In Bayesian regularized ANN (BRANN), the regularization techniques involve imposing certain prior distributions on the model parameters and penalizes large weights in anticipation of achieving smoother mapping.
Blue, Blup ve Varyans Unsurlarının Tahminlenmesinde Outlier Seçimi
(1996) Okut, Hayrettin
Bu araştırmada Henderson'un Karışık Model Eşitliği'nde yer alan parametreler için outlier seçimi amaçlanmıştır. Bu amaçla 386 veri kullanılmıştır. Sabit etkiler tahmininde outlier olan bazı gözlemler şansa bağlı etkilerin tahmininde outlier özelliğini taşımamıştır. Ayrıca sabit ve şansa bağlı etkilerin tahmininde (BLUE ve BLUP) outlier olan bazı gözlemler varyans unsurlarının tahmininde aynı özelliği göstermemiştir. Çok az gözlem hem sabit ve şansa bağlı hem de varyans unsurları için outlier özelliği taşımıştır.
Classification of Replacement Success According To Decision Trees by Using Bagging and Boosting Methods
(2018) Karoğlu, Tuğba Tuğ; Okut, Hayrettin
Bu tez çalışması; 2010-2013 yılları arasında Türkiye'nin 81 ilinde Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) tarafından düzenlenen Yükseköğrenime Giriş Sınavına (YGS) giren; 180 ve üzeri puan alarak ikinci basamak sınavı olan Lisans Yerleştirme Sınavına (LYS) girmeye hak kazanan öğrencilerin Ensemble modellerinden ikisi olan 'Bagging' ve 'Boosting' yöntemleri ile sınıflandırılmasının yapılması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla Türkiye İstatistik Kurumu (TÜİK)'ten ve ÖSYM arşivinden değişkenlerle ilgili veriler toplanmıştır. ÖSYM sınav kılavuzu incelenerek değerlendirmelerin yapılmasında bu kılavuzdaki esaslar dikkate alınmıştır. Literatür taramaları yapılmış, veriler toplanmış ve MATLAB bilgisayar programında Baggingve Boosting yöntemleriyle sınıflandırma işlemleri gerçekleştirilmiş, R bilgisayar programında da Kümeleme Analizi yapılarak desteklenmiştir. Hiyerarşik kümeleme sonuçları Doğu Anadolu'daki illerin kendi arasında, Marmara, Batı Ege ve Batı Akdeniz Bölgeleri'ndeki illerin ise kendi arasında gruplaşmış olduğu gözlenmiştir. İç Anadolu ile Orta ve Doğu Karadenizde bulunan iller ile Gaziantep, Malatya ve Elazığ benzerlikleri ayrıca dikkat çekicidir. Çalışma sonucunda 'Bagging' ve 'Boosting' yöntemleri sınıflandırma sonucundaki performansları karşılaştırılmış ve ayrıca kümeleme analizi ile yapılan sınıflandırmalar desteklenmiştir. Buna göre; 'Bagging' ve 'Boosting' yöntemlerinin hatayı düşürmede iyi bir performans sergiledikleri belirlenmiştir. Anahtar kelimler:AdaBoost,Bagging, Boosting, Bootstrap, Ensemble Modeller,Kümeleme.
Comparing of Different Parameter Estimation Methods in Two-Parameters Weibull Distribution and Application To Wind Speed Data
(2005) Almalı, Mehmet Nuri; Okut, Hayrettin
Yapılan çalışmada iki parametreli Weibull dağılışı için parametretahminlerinin elde edilmesinde, en yüksek olabilirlik ile değişik kısıtlamalarınuygulandığı farklı en küçük kareler yöntemleri karşılaştırılmıştır. Ayrıca parametrikolmayan (standart) ve parametrik Bootstrap yöntemi ile orijinal verilerden 5000örnekleme yapılmıştır. Bu iki tahminleme yöntemi hem gözlenen hem de Bootstrapile örneklenen verilere uygulanarak karşılaştırma yapılmıştır. YYÜ kampüs alanıiçersinde Nisan-2004 ile Mart-2005 tarihleri arasında ölçülmüş olan 10 ve 30 myükseklikte 10 dakika, saatlik ve günlük ortalamalara ait rüzgar hızı verilerindenoluşan toplam 78 veri seti kullanılmıştır. Veri setlerinin iki parametreli Weibulldağılışına uyumunu test etmek için, Cramer-von Mises (W2) testi, yöntemlerikarşılaştırmak için de Akaiki bilgi kriteri kullanılmıştır. Ayrıca tahminlenenparametrelerin güven sınırları normal yaklaşım, olabilirlik oranı, standart veparametrik Bootstrap yöntemleri ile elde edilmiştir.Cramer-von Mises (W2) ile yapılan iyi uyum testi sonucunda kullanılanveri setlerinin tamamının iki parametreli Weibull Dağılışı göstermediği sonucunavarılmıştır. Eldeki 78 veri setinin 16 tanesi Weibull dağılışına uyum göstermiştir. Budurumun rüzgar potansiyeli belirlemek amacıyla yapılan çalışmalarda dikkatealınması gerekmektedir.AIC değeri göz önüne alındığında en iyi tahminleme yönteminin en yüksekolabilirlik yöntemi olduğu görülmüştür. Bu sonuç hem gözlenen hem de Bootstrapyöntemleri ile elde edilen örnekler için geçerli olmuştur.Anahtar kelimeler : Weibull dağılışı, En yüksek olabilirlik yöntemi, Enküçük kareler yöntemi, Bootstrap.
Comparision of MQL, PQL and MCMC Methods for Parameter Estimation in Multilevel Generalized Linear Models
(2004) Akkol, Suna Gökdere; Okut, Hayrettin
ÖZET ÇOK SEVİYELİ GENELLEŞTİRİLMİŞ DOĞRUSAL MODELLERDE PARAMETRE TAHMİNLEMESİNDE MQL, PQL VE MCMC YÖNTEMLERİNİN KARŞILAŞTIRILMASI GÖKDERE AKKOL, Suna Doktora Tezi, Zootekni Anabilim Dalı Tez Danışmanı: Prof. Dr. Hayrettin OKUT Haziran 2004, 80 sayfa Normal dağılış göstermeyen cevap değişkeninin hiyerarşik bir yapıya sahip olması durumunda çok seviyeli genelleştirilmiş doğrusal modeller (Multilevel Genaralized Linear Model: Çok seviyeli GLM) kullanılmaktadır. Çok seviyeli GLM, yapısında hata teriminden başka şansa bağlı etki veya etkiler de içermektedir. Bu nedenle tahminleme yöntemleri genelleştirilmiş doğrusal karışık modeller (Genaralized Linear Mixed Model: GLMM) ile benzerlik göstermektedir. GLMM'de olabilirlik fonksiyonunun değerlendirilmesindeki zorluklar nedeni ile alternatif tahminleme yöntemleri kullanılmaktadır. Bu çalışmada, çok seviyeli GLM'de kullanılan MQL, PQL ve MCMC yöntemlerinin karşılaştırmalı olarak çalışılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, Uç seviyeli yapıya sahip Poisson dağılışı gösteren veriler kullanılmıştır. Hiyerarşik yapı ve veriler, benzetim (simülasyon) yoluyla türetilmiştir. Bunun için, MLwiN istatistik paket programı kullanılmıştır. Veri setindeki hiyerarşi 3 seviyeli olup, birinci seviyede bireyler, ikinci seviyede aileler ve üçüncü seviyede semtler yer almıştır. Veri setinde, bağımlı değişken olarak aylık bira kullanım sıklığı ve aylık bira kullanım sıklığı üzerine etkili olabilecek değişkenler bulundurmaktadır. Söz konusu veri seti için önce /?0j*'nın şansa bağlı olduğu (Model A, Model B ve Model C) ve daha sonra hem p0jk hem de /?/yi'nın şansa bağlı olduğu (Model D) modeller denenmiştir. Buna göre aylık bira kullanım sıklığını açıklamada, semt ve ailelerin etkisinin modele dahil edilmesinin gerekli olduğu görülmüştür. Zira, hem Pojk hem de /7/y*'nın şansa bağlı olduğu modele ait devians en küçük olmuştur. Bu çalışmada, çok seviyeli GLM analizi yapılırken MQL, PQL ve MCMC yöntemleri kullanılmıştır. MQL, PQL yöntemleri olabilirlik fonksiyonunun yerine yaklaşık olabilirlik fonksiyonunu kullanmaktadır. Buna rağmen MCMC yöntemleri olabilirlik fonksiyonunun kendisini değerlendirmekte ve bunun için Bayes yorumlamadan faydalanmaktadır. MCMC yöntemleri Gibbs örnekleyicisi ve Metropolis Hastings örnekleyicisini kullanan farklı yaklaşımları içermektedir. Bu çalışmada, türetilen veri seti için en uygun tahminleme yönteminin MCMC yöntemlerinden multivariate adaptive hibrit Metropol is-Gibbs yönteminin olduğu sonucuna varılmıştır. Longitudinal ve cohort veriler için bu modellere ilişkin daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Anahtar kelimeler: Çok seviyeli genelleştirilmiş doğrusal modeller, Marjinal Quasi Olabilirlik, Penalized Quasi Olabilirlik, MCMC yöntemleri, Gibbs örnekleme, Metropolis-Hastings, Çok seviyeli Poisson regresyonu.
Comparison of Bayesian Hierarchical Mixture Model With Structural Mixed Model for Determination Differentially Expressed Genes in Terms of Feed Efficiency in Rainbow Trout
(2012) Kaki, Barış; Okut, Hayrettin
Bu çalışma, beslenme etkinliği bakımından iyi ve kötü performans gösteren iki klon hattı genotipten elde edilen gen ifade seviyelerinin yapısal karışık ve bayesci karışımlı modellerin kullanımıyla belirlenmesi ve modeller arasında karşılaştırma yapılması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Araştırmada kullanılan alabalıklar Gournay-sur-Aronde INRA(Fransa Ulusal Tarım Araştırma Enstitüsü)'da yetiştirilen 10 genetik klon genotipinden en iyi ve en kötü beslenme etkinliği performansına sahip iki klon hattı seçilerek elde edilmiştir. İki klon hattının belirlenmesinde tanımlayıcı istatistikeler, varyans analiz yöntemleri ve karışık model eşitliklerinden yararlanılmıştır.Seçimi yapılan iki genotipten karaciğer dokularından örnekler alınarak mRNA ektraksiyonu yapılmış ve naylon en küçük dizilimler kullanılarak gen ifadeleri çalışmadaki her bir birey için elde edilmiştir. En iyi beslenme etkinliğine sahip genotip için 10, en kötü beslenme etkinliğine sahip genotip için 7 birey kullanılmıştır. Elde edilen gen ifade değerlerinin normalizasyonu için yine karışık model eşitlikleri kullanılmıştır.Yapısal karşık model ile %5 FDR oranında 9, %10 FDR oranında ise 20 genin farklı olarak ifade edildiği saptanmıştır. Bayesci karışımlı modelde ise farklı parametrik dağılımlar kullanılarak 6 farklı model oluşturulmuştur. Bu altı modelin DIC, sonsal posterior ortalamalar ve etkili parametre sayısı gibi istatistikler dikkate alınarak en iyi uyuma sahip bayes karışımlı model belirlenmiştir. Seçilen model farklı ifade edilen ve edilmeyen genler için Gamma önsel dağılımını kullanırken varyanslar için log Normal dağılımı kullanmaktadır. Model 2 olarak belirlenen bayes karışımlı model ile % 5 FDR düzeyinde 16, %10 FDR düzeyinde ise 38 genin farklı olarak ifade edildiği belirlenmiştir.Her iki model ile elde edilen % 10 FDR düzeyindeki genler karşılaştırıldığında 6 genin her iki modelde de önemli bulunduğu belirlenmiştir.
Comparison of Synchronisation and Fertility After Different Modifications of the Ovsynch Protocol in Cyclic Dairy Cows
(Akademiai Kiado Zrt, 2014) Yilmazbas-Mecitoglu, Gulnaz; Karakaya, Ebru; Keskin, Abdulkadir; Gumen, Ahmet; Koc, Volkan; Okut, Hayrettin
The objectives of this study were to evaluate the effects of (1) double doses of PGF(2 alpha) administration or (2) an exogenous progesterone (CIDR) applied concurrently with, or (3) the day after, first GnRH of Ovsynch (GnRH-1), on synchronisation and fertility during the Ovsynch protocol. All cows (n = 378) received the Ovsynch protocol (GnRH-7d-PGF(2 alpha)-56h-GnRH-18h-TAI). The 'OVS' group (n = 105) received only the Ovsynch protocol. The 'OVS-PGF' group (n = 118, GnRH-7d-PGF(2 alpha)-12h-PGF(2 alpha)-44h-GnRH-18h-TAI) received an extra dose of PGF(2 alpha) 12 h later on Day 7. The 'OVS-7CIDR' group (n = 78, GnRH+CIDR-7d-PGF(2 alpha)-56h-GnRH-18h-TAI) received a CIDR for 7 days between GnRH-1 and PGF(2 alpha). In the 'OVS-6CIDR' group (n = 77, GnRH-24h-CIDR-6d-PGF(2 alpha)-56h-GnRH-18h-TAI), CIDR was applied one day after GnRH-1 and removed 6 days later. When all cows were evaluated, the responses to GnRH-2 were higher (P = 0.005) in cows that responded to GnRH-1 (95.4%) compared to the cows that did not respond (87.6%). The pregnancy rates at 31 and 62 days for each group were 48.6% and 42.9% in the OVS, 54.2% and 52.5% in the OVS-PGF, 52.6% and 48.7% in the OVS-7CIDR, and 55.8% and 49.3% in the OVS-6CIDR groups. Thus, none of the three different treatments has an effect on increasing the outcomes of the Ovsynch protocol in cyclic lactating dairy cows.
Demographic Assessment of Plant Cultivar Resistance To Insect Pests: a Case Study of the Dusky-Veined Walnut Aphid (Hemiptera: Callaphididae) on Five Walnut Cultivars
(Oxford Univ Press inc, 2015) Akkopru, Evin Polat; Atlihan, Remzi; Okut, Hayrettin; Chi, Hsin
To provide a comprehensive evaluation of walnut cultivar resistance to the dusky-veined walnut aphid, Panaphis juglandis (Goeze), we collected the life table data of this aphid reared on five cultivars of walnut ('Akca I,' 'Chandler,' 'Fernette,' 'Fernor,' and 'Pedro') under field conditions. The raw data of the developmental time, survival rate, and fecundity was analyzed using the age-stage, two-sex life table to account for the variable developmental rate and stage differentiation among individuals. Due to the species' longer immature developmental time, shorter adult longevity, shorter reproduction period, and lower fecundity, the net reproduction rate (R-0 = 5.9 offspring), intrinsic rate of increase (r = 0.0983 d (1)), and finite rate (lambda = 1.1034 d (1)) were the lowest when aphids were reared on the Fernor cultivar, while those reared on Akca I exhibited the highest population parameters (R-0 = 18.0 offspring, r = 0.2031 d(-1), and lambda = 1.2252 d(-1)). Based on the population characteristics, Fernor is a less favorable cultivar for the development and reproduction of P. juglandis. We also demonstrated the advantages of using bootstrapping for the analysis of standard errors of developmental time, longevity, fecundity, and other parameters as well. Our results indicated that demographic analysis of pest development, survival, and reproduction based on the agestage, two-sex life table offers a comprehensive assessment of pest growth potential on different crop cultivars.
The Determination of Some Microbiological and Chemical Features in Herby Cheese
(Mdpi, 2019) Ekici, Kamil; Okut, Hayrettin; Isleyici, Ozgur; Sancak, Yakup Can; Tuncay, Rabia Mehtap
The objective of this study is to measure the amounts of biogenic amines, microbial counts, values of pH, titratable acidity, dry matter, and salt (%) in herby cheese, a very popular staple in the Turkish diet, and to evaluate the concentration of biogenic amines in terms of public health risks. A high-performance liquid chromatography (HPLC) method was used for the determination of eight biogenic amines in 100 herby cheeses sold in the local markets of Van. The bacterial load of the herby cheeses ranged between 4.0 and 8.90 log CFU/g for viable total aerobic mesophilic bacteria (TAMB), <1 and 7.0 log CFU/g for lactic bacteria (LAB), <1 and 6.08 log CFU/g for coliform bacteria, <1 and 5.81 log CFU/g for Enterobacteriaceae, <1 and 2.60 log CFU/g for Staphylococcus aureus, and 3.70 and 8.05 log CFU/g for yeasts and molds. The results obtained suggested significant changes in the pH, titratable acidity, dry matter, and salt contents of the examined herby cheese samples. The detection levels of biogenic amines in the samples ranged from <0.025 to 33.36 mg/kg for tryptamine, from <0.038 to 404.57 mg/kg for beta-phenylethylamine, from 0.03 to 426.35 mg/kg for putrescine, from <0.039 to 1438.22 mg/kg for cadaverine, from <0.033 to 469 mg/kg for histamine, from <0.309 to 725.21 mg/kg for tyramine, from <0.114 to 1.70 mg/kg for spermidine, and from <0.109 to 1.88 mg/kg for spermine. As a result, these cheeses are fit for consumption in terms of the amounts of biogenic amines they contain.
Effect of Genotype Imputation on Genome-Enabled Prediction of Complex Traits: an Empirical Study With Mice Data
(Bmc, 2014) Felipe, Vivian P. S.; Okut, Hayrettin; Gianola, Daniel; Silva, Martinho A.; Rosa, Guilherme J. M.
Background: Genotype imputation is an important tool for whole-genome prediction as it allows cost reduction of individual genotyping. However, benefits of genotype imputation have been evaluated mostly for linear additive genetic models. In this study we investigated the impact of employing imputed genotypes when using more elaborated models of phenotype prediction. Our hypothesis was that such models would be able to track genetic signals using the observed genotypes only, with no additional information to be gained from imputed genotypes. Results: For the present study, an outbred mice population containing 1,904 individuals and genotypes for 1,809 pre-selected markers was used. The effect of imputation was evaluated for a linear model (the Bayesian LASSO-BL) and for semi and non-parametric models (Reproducing Kernel Hilbert spaces regressions-RKHS, and Bayesian Regularized Artificial Neural Networks-BRANN, respectively). The RKHS method had the best predictive accuracy. Genotype imputation had a similar impact on the effectiveness of BL and RKHS. BRANN predictions were, apparently, more sensitive to imputation errors. In scenarios where the masking rates were 75% and 50%, the genotype imputation was not beneficial. However, genotype imputation incorporated information about important markers and improved predictive ability, especially for body mass index (BMI), when genotype information was sparse (90% masking), and for body weight (BW) when the reference sample for imputation was weakly related to the target population. Conclusions: In conclusion, genotype imputation is not always helpful for phenotype prediction, and so it should be considered in a case-by-case basis. In summary, factors that can affect the usefulness of genotype imputation for prediction of yet-to-be observed traits are: the imputation accuracy itself, the structure of the population, the genetic architecture of the target trait and also the model used for phenotype prediction.
The Effect of Intrauterine Cephapirin Treatment After Insemination on Conception Rate in Repeat Breeder Dairy Cows Subjected To the Progesterone-Based Ovsynch Protocol
(Tubitak Scientific & Technological Research Council Turkey, 2012) Gumen, Ahmet; Yilmazbas Mecitoglu, Gulnaz; Keskin, Abdulkadir; Karakaya, Ebru; Alkan, Ali; Tasdemir, Umut; Okut, Hayrettin
Subclinical endometritis contributes to repeat breeder syndrome in dairy cows. This study evaluated the effect of intrauterine cephapirin benzathine administration aft er timed artificial insemination (TAI) on the conception rate (CR) in repeat breeder dairy cows. To determine the antibiotic effects, all cows (n = 335) that had more than 3 services with no clinical abnormalities of the reproductive tract received the same combined synchronisation protocol: an ear implant containing progestagen using the Ovsynch protocol and a third gonadotropin-releasing hormone (GnRH) administration 7 days aft er TAI. Cows in the treatment group (TRT; n = 160) received intrauterine cephapirin 12 h aft er TAI, and cows in the control group (CON; n = 175) did not receive intrauterine antibiotics. The percentage of cows that responded to the first (67.5% in TRT, 70.9% in CON) and second (98.8% in TRT, 97.1% in CON) GnRH of Ovsynch was similar between the groups. In addition, the response to the third GnRH administration aft er TAI (88.1% in TRT, 83.9% in CON) did not differ between the groups. However, there was no effect of the cephapirin administration on CR on days 31 and 62 in the repeat breeder cows (43.8% in TRT and 44.0% in CON; 39.4% in TRT and 40.6% in CON, respectively). Thus, post-TAI intrauterine cephapirin administration was not found to be useful for the treatment of potential subclinical endometritis in repeat breeder dairy cows.
The Effect of Ovulatory Follicle Size at the Time of Insemination on Pregnancy Rate in Lactating Dairy Cows
(Tubitak Scientific & Technological Research Council Turkey, 2016) Keskin, Abdulkadir; Mecitoglu, Gulnaz; Bilen, Ebru; Guner, Baris; Orman, Abdulkadir; Okut, Hayrettin; Gumen, Ahmet
The aims of this study were to determine the factors that affect follicle size at the time of artificial insemination (AI) and to detect the relationship between ovulatory follicle size at the time of AI and pregnancy rate in dairy cows. A total of 1428 follicle size measurements were obtained from Holstein-Friesian (HF) and Swedish Red (SR) cows that were inseminated with the fixed-timed AI protocols used in this study. Follicle size was affected by breed (P - 0.0001), milk production (P - 0.01), parity (P - 0.05), and season (P = 0.04). Follicle size was greater (P = 0.0001) in the HF (15.55 mm) than the SR cows (14.88 mm). Multiparous cows had larger (P = 0.04) follicles (15.35 mm) than the primiparous cows (15.07 mm). Cows with follicle sizes between 13.5 and 17.5 mm were more likely to be pregnant than cows with other sizes follicles (P < 0.01). Embryonic loss was lower (P < 0.01) in cows with follicle sizes between 13.5 and 16.5 mm. Thus, the follicle size was affected by breed, milk production, parity, and season. Pregnancy and embryonic loss in lactating dairy cows were significantly related to follicle size.
Frequency of Choromosomal Abnormality in Children With Mental Retardatio
(2013) Çaksen, Hüseyin; Okut, Hayrettin
Bu çalışmada, majör dismorfik bulguları olmayan ve mental geriliğini açıklayabilecek altta yatan nörolojik ve/veya metabolik bir hastalığı bulunmayan mental geriliği olan 33 çocukta kromozomal anomali görülme sıklığı araştırıldı. Amacımız, nedeni açıklanamayan mental geriliği olan çocuklarda kromozomal anomali sıklığını belirlemektir. Çalışmamızda 33 vakanın yedisinde (%21.2) çeşitli kromozomlar üzerinde değişiklikler saptandı. Beş vakada polimorfik olarak değerlendirilen artışlar, bir vakada inversiyon, diğer bir vakada ise inversiyon ve polimorfik bulgular saptandı. Çalışmamızda tespit ettiğimiz polimorfik kromozomal değişikliklerin mental geriliği üzerine etkisinin ne olduğunu belirtmek son derece zordur. Hastalarımıza, bundan sonra subtelomerik floresan in situ hibridizasyon yöntemi ve/veya mikroaray yöntemler kullanılarak ileri tetkiklerin kullanılması gerekmektedir.
Functional Response of the Coccinellid Predator Adalia Fasciatopunctata Revelierei To Walnut Aphid (Callaphis Juglandis)
(Springer, 2010) Atlihan, Remzi; Kaydan, M. Bora; Yarimbatman, Alper; Okut, Hayrettin
The functional response types and parameters of 3rd and 4th instar larvae, and adult females and males of a coccinellid predator, Adalia fasciatopunctata revelierei (Mulsant) (Col.: Coccinellidae), were evaluated at five different densities of Callaphis juglandis (Goeze) (Hemiptera: Aphididae) in order to understand their role for the aphid's biological control. Experiments were carried out in petri dishes at 25 +/- 1 degrees C, 60 +/- 10% r. h. and 16L:8D photoperiod in a controlled temperature room. All tested stages exhibited a Type II response determined by a logistic regression model. The attack rate (alpha) and handling time (T-h) coefficients of a Type II response were estimated by fitting a "random-predator" equation to the data. Although the estimates of alpha for all stages of A. fasciatopunctata revelierei tested were similar, the longest T-h was obtained for 3rd instar larva because of the lower consumption rate at densities above 40 prey/day. Results indicated that the adult female has the highest predation of C. juglandis followed by 4th instar larvae, adult males and 3rd instar larvae. However, further field-based studies are needed to draw firm conclusions.
Genomic Scan To Detect Qtl Using Snp Markers for Simulated Data by Regression Analysis in Half-Sib Design
(Medwell online, 2009) Koyun, Hasan; Koncagul, Seyrani; Okut, Hayrettin
The aim of the present study was to conduct a genome-wide screening for QTL (Quantitative Trait Loci) detection using the simulated phenotype and genotype data sets obtained from the QTL-MAS workshop 12. A genome scan was carried out in 45 half-sib families to identify QTL influencing a hypothetical trait. Among six chromosomes, each chromosome with 1000 SNP loci, I I informative markers at least 2 cM apart from one another were chosen based on PICs with highest chi(2)-statistic. Half-sib data were pooled and used simultaneously in the analyses conducted for each chromosome separately. Data were analyzed by generating an F-statistic every I cM on a linkage map by regression of phenotypes on the probabilities of inheriting an allele from the sire. Permutation tests at chromosome-wide significance thresholds were carried out over 1000 iterations. Among six chromosomes, significant putative QTL were detected on chromosome 1 (27 cM), 2 (36 cM), 3 (18 cM), 4 (0 cM) and 5 (96 cM) across the families (alpha = 0.01 and alpha = 0.05). There was no QTL detected, exceeding chromosome-wide significance level of p<0.05 and p<0.01 on chromosome 6.
Hayvancılıkta Hata Varyanslarının Heterojen Olduğu Durumlarda Log-lineer Modeller Kullanılarak Varyans-kovaryans Unsurlarının Tahminlenmesi
(2001) Türkmut, Levent; Arslan, Serhat; Okut, Hayrettin; Kara, M.kazım
Hata varyanslannın heterojen olduğu durumlar için karışık doğrusal modelde kullanılan bir metot tanıtılmıştır. Metot hata varyanslan için Log-lineer Modeller esasına uygun olarak Marjinal En Yüksek Olabilirlik Fonksiyonunu kullanarak işlem yapmaktadır. Hata varyanslannın heterojenliğinin testinde Bartlett testi kullanılmıştır. Hesaplama tekniği sahadan alınmış bir örnek üzerinde uygulanarak, elde edilen sonuçlar tartışılmıştır.
Investigation of Genetic Structure in Van Cats Using Microsatellite Markers
(Elsevier Science Bv, 2017) Koyun, Hasan; Koncagul, Seyrani; Karakus, Kadir; Okut, Hayrettin; Kucuk, Mursel; Yilmaz, Ayhan; Taspinar, Mehmet