Bingöl İlinde Kabak Bitkisini (Cucurbita Pepo L.) İnfekteleyen Zucchini Yellow Mosaic Potyvirus (Zymv) Virüs İzolatının Belirlenmesi ve Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Kabak sarı mozaik potivirüsü (ZYMV), Potyviridae ailesine ait bir virüs olup dünya çapında birçok kabakgil bitkide ciddi ekonomik kayıplara neden olmaktadır. 2018 yılı Eylül ayında, Bingöl iline bağlı kabak yetiştiriciliği yapılan alanlarda kabarıklık ve buruşukluk gibi tipik viral hastalık belirtisi gösteren bitkiler ile sağlıklı bitkilerden örnekler alınarak ZYMV enfeksiyonu bakımından Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zircir Reaksiyonu (RT-PCR) ile testlenmiştir. RT-PCR testi pozitif reaksiyon vererek ZYMV’nin kılıf proteinine karşılık gelen yaklaşık 840 bp DNA fragmenti oluşturmuştur. Ayrıca, çoğaltılan ZYMV'nin tam kılıf protein (coat protein, CP) geni, prokaryotik klonlama vektörü olan pGEM-T Easy vektörüne klonlanmış ve genin tam nükleotid ve amino asit dizisi tespit edilmiştir. Elde edilen ZYMV-CP gen dizisinin 279 amino asiti kodladığı (yaklaşık 31.2 kDa) ve 837 nükleotidi içerdiği ortaya çıkarılmış ve bu dizi ZYMV-Bingöl izolatı olarak isimlendirilerek MK689858 erişim numarası ile gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. ZYMV-Bingol CP geninin dizisi, farklı coğrafi bölgelerden elde edilen 21 izolat ile analiz edilerek filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Nükleotid düzeyindeki moleküler analizlere göre ZYMV CP gen dizisisi, en yüksek % 100 oranında Türkiye izolatı (JF317296) ile ve en düşük % 91.64 oranında Kore izolatı (AF062518) ile benzerlik göstermiştir. Ayrıca, filogenetik analizler, ZYMV Bingöl izolatının Türkiye- Adana izolatı (JF317296) ve Pakistan izolatı (AB127936) ile gruplandığını belirlenmiştir. Bingöl ilinde kabak bitkisini enfekte eden ZYMV’nin bulunuşu ilk kez bu çalışmayla rapor edilmiştir.