Determination of Genetic Diversity of Cuscuta Campestris Yunck. in Turkey

Abstract

Küsküt tam parazit istilacı bir bitki olması ve mücadelesinin zor olması dolayısıyla tarımsal üretim açısından önemli bir tehdit oluşturmaktadır. Türkiye'de gerek tarım alanlarında gerekse tarım dışı alanlarda Cuscuta cinsine ait en yaygın tür Cuscuta campestris Yunck.'tir. Bu çalışmada, Türkiye'nin 6 farklı coğrafik bölgesinden C. campestris'e ait biriktirilen toplamda 37 popülasyon örneği arasındaki genetik çeşitlilik belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışmada örneklerden izole edilmiş genomik DNA'lardan ITS bölgelerinin çoğaltılması için evrensel ITS4 ve ITS5 primerleri kullanılmıştır. Bu primerler yardımıyla, rDNA'da yer alan ITS1, 5,8S ve ITS2 bölgeleri PCR yoluyla çoğaltılmıştır. DNA dizilemesi yapılan C. campestris türüne ait genom bilgileri farklı programlar (Geneious Software, CLC DNA workbench ve Vector NTI) ile analiz edilmiştir C. campestris bireylerine ait elde edilen DNA dizileri, National Center for Biotechnology Information (NCBI) Gen bankasına kayıtları yapılarak dünyadaki tüm araştırıcıların kullanımına sunulmuştur. Bu çalışmada, nrDNA ITS bölgesi uzunluğunun 570 ile 679 baz çifti arasında değiştiği tespit edilmiştir. Popülasyonlarda, bölgeler arasında coğrafik farklılıktan kaynaklanan, genetik farklılaşma olduğu gözlenmiştir. Sonuç olarak, C. campestris'in bölgeler arasındaki genetik değişkenliğini anlamak, tarımsal alanlarda bu parazit bitkinin etkisini azaltmak için bazı kontrol stratejilerinin geliştirilmesinde etkili olacaktır.Dodder is a parasitic invasive plant and poses a significant threat to agricultural production, as it is difficult to control. Cuscuta campestris Yunck. is the most widespread species belonging to the genus Cuscuta well as in non-agricultural areas of farmland in Turkey. Bu çalışmada, In this study, genetic diversity between 6 different geographical regions of Turkey from the C. campestris collected from individuals belonging to 40 populations were studied. Universal ITS4 and ITS5 primers were used to amplify ITS regions from genomic DNAs isolated from these samples. With the help of these primers, ITS1, 5,8S and ITS2 regions in the rDNA were amplified by PCR. The genome information of the C. campestris species whose DNA was sequenced was analyzed with different programs (Geneious Software, CLC DNA workbench and Vector NTI). The DNA sequences obtained from C. campestris individuals are registered in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) Gene Bank and made available to all researchers around the world. In this market, it has been found that the nrDNA ITS region length varies between 570 and 679 base pairs. It has been observed that there is genetic differentiation in populations resulting from geographical differences between regions. As a result, to understand the genetic variability of C. campestris between regions, it will be effective in developing some control strategies to reduce the impact of this parasitic plant in agricultural areas.