Türkiye'de Iğdır İli Domates Bitkilerini Enfekte Eden Clover Proliferation Grup Üyesi Candidatus Phytoplasma Trifolii'nin Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu
No Thumbnail Available
Date
2020
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Iğdır ilinde (Türkiye) şekli bozulmuş ve uzamış çiçek taç yaprakları, yaprak kıvrılması ve cadı süpürgesi simptomları sergileyen domates bitkisi görülmüştür. Belirti gösteren taze dometes örneklerinden toplam DNA extraksiyonu yapılmıştır. Tüm DNA'lar fitoplazmaların 16S rRNA'sını amplifiye eden spesifik üniversal primer setleri ile Direct ve Nested polimeraz zincir reaksiyonuna tabi tutulmuştur. PCR ürünleri agaroz jelden saflaştırılmış ve pGEM T-Easy klonlama vektörüne klonlanmıştır. Rekombinat plazmidler, prokaryotik klonlama bakterisine elektroporasyon ile aktarılmıştır. Pozitif klonlardan rastgele birisi seçilerek plazmid izolasyonu ve akabinde yeni nesil dizileme (NGS) ile dizileme gerçekleştirilmiştir. Dizileme sonuçları, fitoplazma ile ilişkili 16S rRNA geninin 1251 nükleotit uzunluğunda olduğunu ortaya çıkarmış ve bu dizi ‘Iğdır 10’ olarak isimlendirilerek MT344968 ulaşım numarası ile gen bankasına kaydedilmiştir. 16S rDNA dizisinin virtual restriction fragment length polymorphism (V-RFLP) ve filogenetik analizleri, infekteli domates bitkilerinde hastalık nedeni ajanın 1.00 benzerlik katsayısı ile ‘Candidatus Phytoplasma trifolii’ (16SrVI-A, Clover proliferation grup) olduğunu doğrulamıştır. Mevcut bu çalışma, Iğdır ilinde doğal olarak enfektelenmiş domates bitkisinde \"Ca. P. trifolii\" nin ve onun nükleotit dizi analizinin ilk raporudur
Description
Keywords
Biyoloji, Bahçe Bitkileri, Viroloji
Turkish CoHE Thesis Center URL
WoS Q
N/A
Scopus Q
N/A
Source
Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi
Volume
8
Issue
12
Start Page
2533
End Page
2540