Investigation of the Viral Diseases Using RT-PCR in the Tomato Growing Areas of Van Lake Basin

Abstract

Moleküler teşhis yöntemi kullanılarak 2013 yılında Van Gölü havzası içerisinde belirlenen bölgelerden toplanan domates bitkisi yaprak örneklerine uygulanan RT-PCR ve PCR yöntemleri ile Tütün Mozaik Virüsü (tobaccomosaicvirus, TMV), Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (tomatospottedwiltvirus, TSWV) ve Domates Sarı Yaprak Kıvırcıklık Virüsü (tomatoyellowleafcurlvirus, TYLCV)'nün varlığı araştırılmıştır. Van Gölü havzası içerisinde yürütülen surveyçalışmaları sonrasında testlenen 350 domates numunesinin hiçbirinde araştırılan virüslerin varlığına rastlanmamıştır. Çalışma kapsamında virüslerin moleküler yöntemler ile araştırılmasında pozitif kontrol olarak kullanılan TMV ve TSWVizolatlarınınmoleküler klonlamasıyapılmıştır. Bu virüsler için Vector NTI programyardımı ile genom spesifikprimerlerdizayn edilmiştir. Dizayn edilen primerler ile Tag DNA polymeraseenzimikullanılarak gerçekleştirilen RT-PCR çalışmaları sonucunda TMV virüsünün 480bp veTSWV virüsününise777bp büyüklüğündekifragmentleriçoğaltılmıştır. Çoğaltılan DNA fragmentleri ticari pGEM T-EasyVector kiti kullanılarak klonlanmıştır. DNA baz dizileri ile protein motifleri belirlenen DNA fragmentleriTMV için KM407602 ve TSWV KM407603erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda TMV Vanizolatının dünyadaki diğer izolatlar ile %96-%99 oranında benzerlik gösterdiği TSWV Antalya izolatınınise dünyadaki diğer izolatlar ile %95- %98oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler:TMV, TSWV, moleküler klonlama, RT-PCRMolecular diagnostic methods (RT-PCR and PCR) were applied to the tomato leaf samples collected from Lake Van basin to detect the presence and the incidence of tomato mosaic virus (TMV), tomato spotted wilt virus (TSWV), and tomato yellow leaf curl virus(TYLCV) in the year 2013. At the end of the study none of the tested 350 samples were reacted positive for the investigated viruses. The isolates of tomato mosaic virus (TMV) and tomato spotted wilt virus (TSWV) used as positive virus source were characterized as molecularly. . For those isolates genome specific primers were designed by using Vector NTI software. The parcial genomes of the isolates were amplified by RT-PCR by using Taq DNA polymerase enzyme. The amplified products of 480 bp for TMV and 777 bp for TSWV were cloned using the commercial pGEM T-Easy Vector kit. After sequencing, TMV isolate was deposited as KM407602 and TSWV isolate was deposited as KM407603 in the NCBI database. TMV showed 96-98% similarity to the other world isolates while TSWV Antalya isolate showed 95-98% similarity in the phylogenetic analysis with the help of computer program. Keywords: TMV, TSWV, molecular cloning, RT-PCR