Türkiye’nin Bingöl İlinde Virüs Belirtisi Gösteren Kavun Bitkilerinde Hıyar Mozaik Virüsü ve Karpuz Mozaik Virüsünün Varlığı ve Filogenetik Yakınlıkları

Abstract

Bingöl ilinde 2019 yılında yapılan surveylerde yapraklarda deformasyon, yeşil rengin farklı tonlarında mozaik deseni ve damar bantlaşması sergileyen kavun bitkileri tespit edilmiştir. Örnekler toplanmış ve infekteli bitkilerdeki olası viral etmeni tanımlamak ve karakterize etmek için kapsid protein genine (CP) spesifik primer setleri kullanılarak RT-PCR ile taranmıştır. İnfekte bitkilerden elde edilen agaroz jelde gözlenen yaklaşık 657 bp ve 822 bp uzunluğundaki DNA fragmentleri Hıyar mozaik virüsü ve Karpuz mozaik virüsünün varlığını doğrulamıştır. Her bir virüs için rastgele seçilen iki DNA fragmenti jelden temizlenerek uygun klonlama vektörü içinde klonlanmış ve yeni nesil sekanslama (NGS) ile dizilenmiştir. Elde edilen viral CP sekansları, CMV için MT361015 ve MT361016 erişim numarasıyla ve WMV için MT413451 ve 437295 erişim numarasıyla gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. Sekans analizi, CMV ve WMV izolatlarının sırasıyla% 99.84 ve% 99.88 ile aynı türleriyle yüksek oranda dizi konsensüsü gösterdiğini ortaya koymuştur. Daha ileri analizler, her iki Bingöl izolatının da Çin izolatıyla (DQ399708) en yüksek sekans benzerliği gösterdiğini ortaya çıkarmıştır. Farklı coğrafyalarda çeşitli CP sekanslarından oluşturulan konsensüs ağacı, bu çalışmada tespit edilen iki CMV izolatının çeşitli bitki kaynaklarından elde edilen Türkiye, Tayland, Hindistan ve Çin'in alt grup IB izolatları ile çok yakın filogenetik ilişkide olduğunu açıkça ortaya koymuştur. Ayrıca Bingöl WMV izolatları, kavun ve kabaktan elde edilen Fransa izolatlarıyla ve karpuzdan elde edilen Çin izolatıyla evrimsel bir yakınlık sergilemiştir. Bu çalışma, Bingöl ilindeki kavun bitkilerinde CMV ve WMV infeksiyonunu gösteren ve yüksek dizi homolojisi ile konsensüs ağacı ile desteklenen ilk bilimsel kanıttır.