Usage of Ssr and Issr Molecular Markers in Determination of Genetic Relationship Among Some Eastern and Southeastern Anatolian Melon Genotypes With Phenotypic Markers

Abstract

Doğu (6 genotip) ve Güneydoğu (9 genotip) Anadolu kavun genotipleri arasındaki genetik ilişkiler bazı yabani ve yabancı kavun genotipleriyle (9 genotip) karşılaştırmalı olarak fenotipik ve moleküler (SSR ve ISSR) belirteçler yardımıyla incelenmiştir. Çalışmada 49 adet fenotipik ölçüm ve gözlemin yanı sıra 16 adet primerden elde edilen 48 Adet polimorfik SSR belirteci ve 12 adet primerden elde edilen 48 adet polimorfik ISSR belirteci kullanılmıştır. Kavun genotipleri arasındaki genetik akrabalık dereceleri, fenotipik ve moleküler veriler kullanılarak elde edilen değişik matrislerden (Öklid ve Jaccard katsayı matrisleri) dendrogramlar, iki ve üç boyutlu ölçeklemeler oluşturularak incelenmiştir Elde edilen veriler ışığında incelenen genotipler arasında belirgin fenotipik ve moleküler genetik farklılıkların olduğu belirlenmiştir. Bunların yanı sıra Nei ve Shannon katsayıları kullanılarak genetik varyasyon ölçütleri belirlenmiş ve genotipler arasında yüksek genetik çeşitliliğin olduğu saptanmıştır. Kavun genotip çiftleri arasında 0.21 ve 0.71 oranında minimum ve maksimum moleküler genetik benzerlik değerleri bulunmuştur. Ayrıca, SSR ve ISSR belirteçleri kullanılarak Doğu ve Güneydoğu Anadolu kavun genotipleri arasında genetik varyasyon değerleri (H= 0.24-0.29, I= 0.36-0.43) ve polimorfizm= %97-100) bulunmuştur. Benzer şekilde yaptığımız bu tez çalışmasında flexuosus genotiplerinin (385 ve 349) fenotipik ve moleküler değerlendirmelerde tatlı kavunlara daha yakın olduğu bir kez daha kanıtlamıştır. Bununla birlikte diğer yabani kavun tiplerinin (özellikle agrestis ve conomon) incelenen kavun genotiplerinden oldukça farklı dallanma ve pozisyonlarda yer aldıkları belirlenmiştir.Anahtar kelimeler: Belirteç, Fenotipik karakterizasyon Genetik varyasyon, Kavun,Moleküler karakterizasyon

The genetic relationship among the Eastern (6 genotype) and Southeastern (9 genotypes) Anatolian melon genotypes were investigated by phenotypic and molecular (SSR and ISSR) methods and compared with some wild and foreign melon genotypes. In the study, beside 49 phenotypic measurements and observations and 48 polymorphic SSR markers obtained from 16 primers and 48 polymorphic ISSR markers obtained from 12 primers were used. The genetic relatedness among the melon genotypes was studied by examining dendrograms, 2D and 3D scaling charts resulted from different matrices (Euclidean distance and Jaccard?s coefficient) obtained from phenotypic and molecular data. In the light of the obtained data, it was observed that there were apparent phenotypic and molecular genetic differences between genotypes. Moreover, the genetic variation measurements using Nei and Shannon coefficients were determined and it was found that there was high genetic diversity among genotypes. The minimum and maximum molecular genetic similarity indices between melon genotypes ranged from 0.21 to 0.71. In addition, genetic variation values among of Eastern and Southeastern Anatolian melon genotypes using SSR and ISSR markers were found as H = 0.24-0.29, I = 0.36-0.43 and polymorphism= 97-100%. Similarly, in the present conducted thesis study, it was determined one more time that flexuosus genotypes (385 and 349) were close to sweet melons by phenotypic and molecular evaluation. On the other hand, wild melon genotypes (especially agrestis and conomon) had very different grouping and positions than the other investigated melon genotypesKey words: Marker, Phenotypic characterization, Genetic variation, Melon, Molecular characterization