DNA Isolation and AFLP Optimization in Recombinant Inbred Lines Used To Map Iron Chlorosis Tolerance in Tomato

Abstract

Bu tez çalışmasında demir eksikliğine toleransları belirlenmiş olan, duyarlı ve tolerant ebeveynlerden elde edilmiş resiprokal saf hatların, AFLP yöntemi ağırlıkta olmak üzere, bağlantı haritaları oluşturulmadan önce DNA izolasyonu yapılarak uygun PZR reaksiyon şartları ve gümüş nitrat tekniğiyle etkin bir şekilde görüntülenebilme etkinliklerini belirlemek amaçlanmıştır. Bu tezden elde edilecek ön bilgiler ışığında domateste rekombinant saf hatlar kullanarak Fe eksikliğine toleransta etkili QTL'leri içeren bir genetik harita ortaya çıkarılmasının ön adımı atılmış olacaktır. Domateste Roza x 227/1 ve 227/1 x Roza resiprokal melezlemelerinden elde edilen 224 adet rekombinant saf hattan (107 A hattı ve 117 B hattı) DNA izolasyonu, CTAB'lı ve ticari bir kitin prosedürüne göre olmak üzere iki farklı yöntemle yapılmış ve ebeveynler kullanılarak moleküler AFLP ön çalışmaları gerçekleştirilmiştir.Çalışmada denenen 64 primer çiftinden 57 tane primer çifti olumlu sonuç vermiştir. Sonuç veren 57 primer çiftinden 1535 toplam bant ve yaklaşık 126 polimorfik bant elde edilmiştir. Denenen primer kombinasyonlarının toplam okunabilir bant sayıları genelde beklenen düzeyde çıkmıştır. Ebeveyn hatlar arasındaki polimorfizm (%8,27) tür içi melezleme olması nedeniyle, beklediğimiz düzeyden az fakat yeterli düzeyde çıkmıştır.Anahtar Sözcükler: AFLP, Domates, DNA izolasyonu, Fe, Kloroz, Rekombinant saf hat

This thesis aimed to isolate DNA and to optimize PCR reaction -basically with AFLP- and silver nitrate visualization in recombinant inbred lines obtained from tolerant and intolerant parents which will be used to molecularly map quantitative trait locus related to iron chlorosis tolerance in tomato. The information obtained from this thesis will be the first step used to molecularly map quantitative trait locus related to iron chlorosis tolerance in tomato. DNAs of 224 recombinant inbred lines (107 A lines and 117 B lines) from reciprocal crosses from (A line: Roza x 227/1 and B line: 227/1 x Roza) were isolated with two methods- one with CTAB and one with a commercial kit- and pre-AFLP works were done by using parents.Of the tried 64 primer combinations, 57 gave encouraging results. Total and polymorphic band numbers of these 57 primer combinations were 1535 and 126, respectively. Total band numbers from the primer combinations were a predictive level. Polymorphism (8.27 %) between parents was low, but adequate when considering intra-specific cross.Key words: AFLP, Chlorosis, DNA isolation, Fe, Recombinant inbred lines, Tomatoes