Fenotypic and Genotypic Analysis of Antibiotic Resistance of Enterococ Species Orginated Chicken and Gull

Abstract

Akgül Ö, Tavuk ve Martı kaynaklı Enterokok türlerinin antibiyotik dirençliliğinin fenotipik ve genotipik analizi, Y.Y.Ü. Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Doktora Tezi, Van, 2014. Bu çalışmada, Van ili ve ilçelerinde halk elinde yetiştiriciliği yapılan tavuklardan ve Van Gölü Havzasının değişik noktalarında insanlarla kontakt halinde olan martı popülasyonlarından alınan dışkı örnekleri enterokok türleri açısından incelendi. Bu amaçla 500 tavuk ve 500 martı olmak üzere toplam 1000 adet dışkı örneği toplandı. Çalışmada, tavuklara ait dışkı örneklerinden 192 (%38,4) ve martılardan sağlanan örneklerden ise 119 (%23,8) olmak üzere toplam 311 (%31,1) adet enterokok izole ve identifiye edildi. Tavuk orijinli izolatların 41'i (%21,3) E. faecalis, 110 (%57,2) E. faecium, 9 (%4,6) E. casseliflavus/gallinarum, 27 (%14) E. hirae, 5 (%2,6) E. durans olarak identifiye edilirken; martı orijinlilerin 78'i (%65,5) E. faecalis, 21 (%17,6) E. faecium, 10 (%8,4) E. hirae, 7 (%5,8) E. casseliflavus/gallinarum, 2 (%1,6) E. raffinosus, 1 (%0,8) E. durans olarak tanımlandı. Fenotipik olarak bilgisayar destekli Gram pozitif panellerde identifiye edilen enterokok türlerinin genotipik olarak doğrulanması 16S rRNA PCR analizi ile yapıldı. Tüm izolatların antibiyotik dirençlilikleri dikkate alındığında; en fazla dirençlilik oksasilin (%96,6), amikasin (%94,9), kanamisin (%92,4), gentamisin (%82,3), tobramisine (%88,2) ve tetrasikline (%63,02) en az dirençlilik ise imipenem (%0,8), ampisilin (%1,6), penisilin (%15,9) ve piperasiline (%18,4) karşı saptandı. İzolatların 9'u (%2,9) fenotipik olarak vankomisine dirençli bulunurken; 20'sinde (%6,4) genotipik olarak vankomisin dirençlilik geni (van) belirlendi. Bunlardan 6 E. faecalis (1'i tavuk, 5'i martı orijinli) ve 3 E. faecium (martı orijinli) izolatının vanA, 6 E. casseliflavus/gallinarium izolatının vanC1 (2'si tavuk, 4'ü martı orijinli) ve 5 E. casseliflavus/gallinarium'un (tavuk orijinli) ise vanC2/3 geni taşıdığı tespit edildi. Martı izolatlarında vanC2/3 genlerine raslanılamazken; tavuk ve martı orijinli tüm izolatlar vanB geni açısından negatif bulundu. Tavuk orijinli izolatlarda çoğul antibiyotik dirençliliği, martı orijinli olanlara göre daha düşük olduğu görüldü. Yapılan virulans faktör analizinde tavuk ve martılardan izole edilen enterokokların hiçbirinde esp geni tespit edilmedi. Sonuç olarak, bu araştırma ile bölgemizde ilk kez, Van ili ve çevresinde halk elinde yetiştiriciliği yapılan tavuklarda ve Van Gölü Havzasında insanlarla temas halinde olan martılarda enterokok türlerinin tespiti yapıldı. Bu araştırmadan elde edilen verilerin konuyla ilgili gerçekleştirilecek daha sonraki ve ileri düzey çalışmalara önemli katkılar sağlayacağı umulmaktadır.

Akgül Ö, Phenotypic and genotypic analysis of Enterococcus species for antibiotic resistance chicken and gull originated, Yuzuncu Yıl University, Instituted of Health Sciences Ph.D Thesis in Department of Microbiology, Van, 2014. In this study, faecal samples of home chickens in the city of Van and its districts and gulls in contact with humans in Van Lake basin have been obtained and examined for Enterecoccus species. For this purpose 1000 faecal samples have been obtained as 500 from chickens and 500 from gulls. In the study, Entrerecoccus has been isolated and identified from a total of 311 (31,1%) faecal samples as 192 (38,4%) from chickens and 119 (23,8%) from gulls. 41 (21,3%) of chicken-origin isolates have been identified as E. faecalis, 110 (57,2%) as E. faecium, 9 (4,6%) as E. casseliflavus/gallinarum, 27 (14%) as E. hirae, 5 (2.6%) E. durans while 78 (65,5%) of gull-origin isolates have been identified as E. faecalis, 21 (17,6%) as E. faecium, 10 (8,4%) as E. hirae, 7 (5,8%) as E. casseliflavus/gallinarum, 2 (1,6%) as E. raffinosus and 1 (0,8%) as E. durans. Genotypic verification of enterecoccus species have been identified phenotypically on computer-supported gram positive panels by 16S rRNA PCR analysis. When antibiotic resistance of whole isolates have been taken into consideration; the highest level of resistance was determined to oxacillin (96,6%), amikacin (94,9%), kanamycin (92,4%), gentamycin (82,3%), tobramycin (88,2%) and tetracycline (63,02%) while the lowest resistance was determined to imipenem (0,8%), ampicillin (1,6%), penicilin (15,9%) and piperacillin (18,4%). While 9 (2,9%) of the isolates have been determined as resistant to vancomycin; genotypically vancomycin resistance gene (van) has been determined 20 (6,4%) of the isolates. 6 of E. faecalis (1 chicken, 5 gull origin) and 3 of E. faecium (gull origin) isolates have been determined as carrying VanA, 6 E. casseliflavus/gallinarum as carrying vanC1 (2 chicken, 4 gull origin) and 5 E. casseliflavus/gallinarium (chicken origin) as carrying vanC2/3 gene. In gull isolates, while vanC2/3 gene was not determined in gull isolates; all chicken and gull origin isolates have been found negative for vanB gene. In chicken origin isolates; multi antibiotic resistance level was lower than gull origin. According to virulence factor analysis, esp gene has not been determined in enterococcus species isolated from chicken and gulls. As a result, for the first time enterococcus species were determined in home chicken in city of Van and in gulls living in Van Lake basin in contact with humans. We hope that the datas obtained in this study will make a major contribution to further advanced studies.