Isolation and Characterization of Micromonospora Isolated From Some Soil Samples Collected Arround Van Lake

Abstract

Çalışmanın amacı Van Gölü havzası ve Erçek Gölü çevresinde farklı lokalitelerden alınan 24 toprak numunesinden Micromonospora cinsine ait bakterileri izole etmek, teşhis etmek ve karakterize etmektir. Toprak numunelerinin bazı fiziko-kimyasal analizleri yapıldıktan sonra selektif besi ortamına ekim yapıldı. Saflaştırılan 65 Micromonospora izolatı renk gruplandırması ve nümerik taksonomik analizi yapıldı. Ayrıca moleküler karakterizasyon çalışmaları için renk gruplarını temsilen seçilen toplam 10 Micromonospora test izolatının tüm hücre protein profilleri SDS-PAGE (Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile belirlenerek elde edilen sonuçlar dendogram şeklinde sunuldu. Buna ek olarak aynı test mikroorganizmaları RAPD-PCR tekniği kullanılarak elde edilen DNA bantları dendogram halinde sunuldu.Toprak numunelerinin pH'ları genelde nötral değerde iken organik madde içeriği % 4,181 ila 15,248 arasında değişti. İzolasyon çalışmasında koloni sayımı 0,9x104 ile 14,3x104 cfu/gr toprak arasında değişti. Saflaştırılan Micromonospora 14 renk grubuna ayrıldı. SDS-PAGE ve RAPD-PCR teknikleri kullanılarak karakterizasyon çalışmasında renk guruplarını temsilen seçilen test organizmaları her iki verinin analizleri benzer kümelenme oluşturdular.Anahtar Kelimeler: Micromonospora, İzolasyon, Karakterizasyon, SDS-PGE, RAPD-PCR

The aim of this study is to isolate and characterize the bacteria that belong to Micromonospora bacteria isolated from 24 soil samples taken from different locations around Erçek Lake and Van Lake basin. After measurment of some physic-chemical analyses of the soil samples colour grouping were carried out for purified 65 Micromonospora strain isolated an selective nutrition environment. The numeric taxonomy of 65 Micromonospora test isolates were carried out. In addition, 10 strains representing colour groups were tried to characterise by molecular tecniques those were SDS-PAGE (Sodium Dodecil Sulfate Poliacrilamide Jell Electrophoresis) and RAPD-PCR . Data generated from these tecniques were analysed and result were presented as dendograms.While the pH?s of the soil samples have been usually in neutral values, range of organic material content has changed between % 4,181 and 15,248. In the insulation study Micromonospora colony numbers have changed between 0,9x104 and 14,3x104 cfu/gr soil. Purified Micromonospora test isolates have been grouped into 14 colour grup. Test organisms have mostly taken places in the same groups by molecular characterisation studies that have been made by using SDS-PAGE and RAPD techniques.Key words: Micromonospora , İsolation, Characterisation, SDS-PAGE, RAPD-PCR