Characterisation of Rhizobium Strains Wild Chickpea and Lentil From Van Province

Abstract

Bu çalışmada, Van Gölü Havzasında doğal yayılış gösteren yabani mercimek (Lensorientalis) ve nohut (Cicer anatolicum) bitki kök nodüllerinden Rhizobium suşları izole edildive karakterizasyonu yapıldı. Peryodik aralıklarla yapılan arazi çalışmalarında toplananbitkilerin nodüllerden izole edilen 44 Rhizobial suşun numerik sınıflandırılmas için toplam 54farklı fenotipik test uygulandı. Test verileri bilgisayar yardımı ile analiz edildi ve oluşandendogram üzerinde izolatlar 7 gruba ayrıldı. Bu grupları temsilen seçilen toplam 12 suş vemercimek1045 ile nohut522 referans olmak üzere moleküler karakterizasyonu yapıldı.Rhizobium test suşlarının genomik DNA izolasyonu yapıldıktan sonra RAPD-PCRçalışmaları yapıldı. Bu analiz için 10 mer OPAB primerleri kullanıldı. OBAP-7 primeri ileyapılan PCR çalışmasında 8 Rhizobium suşun Nohut522 referans suş ile aynı olduğu tesbitedildi. Ayrıca OPAB-11 primeri ile sadece 1 mercimek bitki kök nodülünden izole izolat tekband oluşturdu. Diğer suşlar herhangi bir primer ile band oluşturamadı. RAPD-PCR yöntemiRhizobium izolatların karakterisazyonunda farkli bitki zolatlarını ayırmıştır. Buna ek olarakRFLP analizi için 16S rDNA PCR ile çoğaltıldıktan sonra HindIII, Bsp1431, BamHI veHaeIII restriksiyon enzimleri ile muamele edildi. DNA kesimi olmadığından RFLP analiziyapılamadı.Anahtar kelimeler: Rhizobium, Mercimek, Nohut, İzolasyon, RAPD, RFLP

In this study, Rhizobial strains were isolated from wild checpea (Cicer anatolicum)and wild lentil (Lens orientalis) that are grain an Van lake basin and characterised. Total 54phenetic character were tested for numeric taxonomy of 44 Rhizobium strains that wereisolated from root nodulaes of plants that collected peridiocally during field trips. Data oftests were analyzed by aid of computer and test strains were assigned 7 group on dendogram.An 14 representative strains from these groups were selected and moleculer characterisationwere carried out after genomic DNA extraction. For this aim, 10 mer OPAB primers wereused. 8 Rhizobial test strains plus checkpea 1045 strains were amplified with OPAB-7 primergiven only one DNA band. These 8 test strains are same wieh nohut522 were given one DNAband. No DNA band were amplifed from other test strains, in case of uses other OPABprimers.Rhizobial test strains were isolated from different plant nodules separated by RAPDPCRtechnigete. In addition, 16S rDNA?s were amplified and digested with HindIII, Bsp1431,BamHI ve HaeIII . RFLP analysis were not carried an owing to undigestion of DNA bands.Key words: Rhizobium, Characterisation, Isolation, RAPD