Iğdir İli Kabakgil Bitkilerinde Bazı Mozaik Hastalıklarının In Siliko ve Moleküler Analizi

Abstract

Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) ve Watermelon mosaic potyvirus (WMV) kabakgilleri infekteleyen ve ekonomik kayıplara neden pozitif tek iplikli RNA genomuna sahip bitki virüslerdir. Her iki virüs kabakgil bitkilerde başta mozaik deseni ve yapraklarda şekil bozukluklarına yol açar. Bu tür belirtiler gösteren 23 kavun ve 28 karpuz bitkisinin yaprakları Iğdır ilinin farklı bölgelerinden örneklendirilmiştir. Simptomlu ve simptomsuz örnekler Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zircir Reaksiyonu (RT-PCR) tarafından kılıf protein geni (CP) spesifik primerler kullanılarak testlenmiştir. Polimerizasyon testleri, CMV ve WMV için beklenen boyutta DNA fragmentleri amplifiye etmiştir. Pozitif sonuçlu bazı fragmentler saflaştırılmış, bakteriyel klonlaması gerçekleştirilmiş, nükleotit dizileri ortaya çıkarılmış ve gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. Dizi analizleri, CMV ve WMV’nin kısmi kılıf protein dizilerine karşılık gelen 593 bp ve 822 bp nükleotit içerdiğini göstermiştir. Her iki virüs için farklı coğrafi bölgelerden sağlanan izolatlar nükleotit sekanslarına dayalı olarak filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Oluşturulan filogenetik ağaç CMV-Iğdır izolatının Grup I ve alt grup B’de olduğunu ve WMV-Iğdır izolatlarının ise farklı gruplarda yer aldığını doğrulamıştır. Ayrıca virus izolatlarının kılıf proteinleri in silico araçlar ile karakterize edilmiştir. Bu çalışmayla Iğdır ilinde moleküler olarak ilk kez kavunda ve karpuzda CMV ile WMV varlığı saptanmış ve CMV’nin grup/altgrup atamaları gerçekleştirilmiştir.