Browsing by Author "Önalan, Şükrü"

Now showing 1 - 12 of 12

Aras Nehrinin Belirli Noktalarından Alınan Sediment Örneklerinden Streptomyces Bakterilerinin İzolasyonu Teşhisi ve Moleküler Karakterizasyonu
(2023) Ertaş, Metin; Önalan, Şükrü; Seçkin, Hamdullah; Ozdemır, Kerem; Ogün, Erdal
Aras Nehri coğrafik ve ekolojik anlamda çok önemli bir yere sahiptir. Aras Nehrindeki Streptomyces çeşitliliğinin tespit edilmesi, izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonunun, mikrobiyolojik ve moleküler biyoloji ve genetik alanlarında bilim dünyasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Streptomyces türleri bilim dünyası için çok önemli bir yere sahiptir, çünkü bu bakteri türlerinin ürettiği başta antibiyotikler olmak üzere birçok önemli madde bulunmaktadır. Aras Nehrinin geçtiği Erzurum Horasan, Kars Karakurt ve Iğdır Tuzluca bölgelerinden alınan numuneler Streptomyces çeşitliliği bakımından incelendi. Belirlenen lokalitelerden alınan sediment örneklerinin pH ve nem oranları tespit edildi. Bennet’s Agar ve M65 besiyerleri kullanılarak izolasyon, saflaştırma ve renk grubu belirleme çalışması yapıldı. Bu bakteri gruplarının teşhisi amacıyla biyokimyasal, fenotipik ve moleküler testler uygulandı. Renk grubuna göre belirlenen izolatların Spor zincir morfolojisi görüntülendi (SEM). Mikrobiyolojik olarak izole edilecek bakterilerin 16 S rDNA gen bölgelerinin sekans analizi gerçekleştirildi. Bu işlemin ardından elde edilen diziler Genbank verileri ile karşılaştırılarak izole edilen bakterilerin moleküler yakınlık ve benzerlik oranları elde edildi.
Balık Larvaları için Alternatif Bir Canlı Yem; Bakteriyel Protein ile Zenginleştirilmiş Sirke Kurtları (Turbatrix Aceti)
(2019) Önalan, Şükrü; Sepil, Ahmet
Özellikle deniz ve süs balıkları türlerinin ticari olarak yetiştirilmesinde erken evre besleme işlemlerinin başarılması larva kayıplarını azaltmak için çok önemlidir. Bu nedenle, ilk ağız boşluğu büyüklüğünde balık larvaları için uygun canlı gıda organizmalarının üretilmesi ve kullanılması gerekmektedir. Bu konuda yaygın olarak kullanılan rotifer (Brachionus plicatilis), kolay olmayan kültür prosedürlerine sahiptir, bu nedenle alternatif canlı gıda organizmalarının değerlendirilmesi çok önemlidir. Bu çalışmada altrisayal balık larvalarının erken beslenme evresinde sirke kurdunun canlı yem olarak uygulanabilirliği denenmiştir. Diğer balık türlerinin beslenme denemelerinde kullanılandan daha küçük ağız boşluğu büyüklüğüne sahip olan Zebra balığı (Danio rerio)’nın sirke kurtlarını canlı yem olarak kabul edilebilirlikleri değerlendirilmiştir. Sirke kurtlarının beslenmesinde ise bakteriyel (Lactococcus garvieae) proteinlerin kullanımı değerlendirilmiştir.
Determination of Antimicrobial Properties of Andiz(juniperus Sp) Root Extract and Its Effects on Wounddevelopment in Rainbow Treats (oncorhynchus Mykiss)
(2020) Avcı, Ebru; Önalan, Şükrü
Bu çalışmada, Andız ağacından elde edilen özütünü balık sağlığı açısından değerlendirilmiştir. Ekstraktın bileşenleri GS-MS ile analiz edilmiştir. Çalışmada kullanılan Lactococcus garvieae ve Staphylococcus epidermidis etkenlerinin fenotipik, biyokimyasal ve moleküler identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. Antibiyogram testindeekstrakt Florfenikol (F) ve Ampisilin (AM) antibiyotikleri ile mukayese edilmiştir. Ekstraktın kesik yaraları üzerindeki etkisinin belirlenmesi için 80g ağırlığında 6'şar adet gökkuşağı alabalığından oluşan ekstrakt (EG), antibiyoik (AG), kesik (KG) ve kontrol (CG) grupları oluşturulmuştur. Sağaltım sonrasında karaciğer ve kas dokularında yara iyileşmesinde rol alan MDA ve GST enzimlerinin aktiviteleri değerlendirilmiştir. Çalışmada kullanılan izolatların API testi sonucunda L. garvieae'nin %86, S.epidermidis'in ise %90 oranında identifiye edilmiştir. İzolatlar, universal primerler ile gerçekleştirilen Real-Time PCR'da sigmoidal eğriler vermiştir. PCR amplikonlarının 16S rRNA sekansı sonunda %99 üzerinde moleküler identifikasyonlar gerçekleştirilmiştir. Ekstraktın, L. garvieae üzerinde Amfisilin ile aynı etkiye sahip olduğu, Florfenikol'e göre %4 daha etkili olduğu, S. epidermidis'e göre ise Amfisilin ve Florfenikol antibiyotiklerinden %83 daha etkili olduğu görülmüştür. Ekstraktın %1 konsantrasyonunun bakteri gelişimini inhibe ettiği gözlenmiştir. Ekstrakt grubunda yara bölgesinin 2. gün kapandığı gözlenmiştir. MDA ve GST aktivitelerinin ekstrakt grubunda diğer gruplara göre pozitif farklılıklarının olduğu belirlenmiştir.
Determination of Serotypic Differences of Lactococcus Garvieae Isolates Obtained From Rainbow Trout Farms
(2020) Çağırgan, Haşmet; Arabacı, Muhammet; Önalan, Şükrü
This study aimed to determine the serotypic differences between Lactococcus garvieae strainsisolated from rainbow trout obtained from different fish farms in Turkey. For this purpose, somephenotypic properties of isolates were determined and then ELISA test was performed to determine serotypic differences. It was determined that all 22 L. garvieae isolates used in the study gavea cream colored, bright, rounded smooth S type colony in Triptic Soy Agar (TSA) and all strainswere nonmobile in the native examination. Morphologically, all isolates were found to be Grampositive, nonmobile, α-hemolytic, to have a growth of 0-6.5% NaCl salinity, 21, 37 and 45℃temperature, and to be oxidase and catalase negative. After examining the biochemical made withAPI Rapid ID 32 Strep test, it was observed that two L. garvieae isolates were different from theother isolates in terms of sucrose use and one L. garvieae isolate was different from other isolatesin terms of maltose profile. According to the results of ELISA test used to determine the serotypical differences of the isolates, two L. garvieae isolates were serotypically different from the otherisolates and L. garvieae isolates used in the study formed two different serotypic groups.
Farklı Metotlar Kullanılarak Elde Edilen Aynı Miktar Bakteriyel Dna’lar Arasındaki Konsantrasyon Farklılıklarının Belirlenmesi
(2019) Önalan, Şükrü; Adalı, Sümeyye; Tas, Abuzer
Bu çalışmada kültüre alınmış olan L. garvieae izolatları Triptic Soy Agar (TSA) ve miktarı (20ml) ile aynı çevresel şartlarda (7,4pH, 21oC, 24 saat) inkübe edilmiştir. İzolatların identifikasyonları Real-Time PCR ile 16S rRNA gen bölgesine spesifik primer assay ile teyitedilmiştir. 24 saatlik inkübasyon periyodunun ardından 10ml’lik Triptic Soy Broth (TSB) besiyerinde gelişen izolatlar 600 nm dalga boyunda1.0 Optik Dansite (OD)’ye eşitlenmiştir. Farklı gruplardan DNA izolasyonları; sıvı besiyerinde kaynatma, katı besiyerinde (Eşit OD) kaynatma,2 farklı ticari kit kullanılarak manuel izolasyon ve otomatik izolasyon robotu olmak üzere toplam 5 farklı metotla gerçekleştirilmiştir. İzoleedilen DNA’ların ve gerçekleştirilen Real-Time PZR işleminin ardından izolasyon robotu ile elde edilen sonuçlarda DNA kalitesinin en iyiolduğu, bunu takiben ticari kitler, sıvı besiyeri izolasyonu ve katı besiyeri izolasyonları olduğu görülmüştür. Real-Time PZR grafiğinde, çalışmagrupları arasındaki tekerrürler içerisinde en büyük sapma sıvı besiyeri izolasyonu ve ticari kit izolasyonunda gözlenmiştir.
Gökkuşağı Alabalığı (Oncorhynchus Mykiss) İşletmelerinde Bazı Antioksidan Enzim Aktivitelerinin Ağır Metal İnhibisyonlarının Araştırılması
(2018) Önalan, Şükrü; Demır, Yelız; Sengül, Bülent
Endüstriyel, tarımsal ve ticari kimyasalların, sucul ekosistemlerde meydana getirdiği kirlilik, giderek artanciddi bir problemdir. Çevresel kirleticiler, sucul organizmalarda çeşitli zararlı etkilere neden olur. Balıklar, suculorganizmalar arasında ağır metallere en çok maruz kalan türlerdir. Ağır metallerin balıklarda birikmesi balıkhastalıkları konusunda önemli bir sorun olmanın yanında, oksidatif stres sebebi olan reaktif oksijen türlerinin(ROT) artmasına da neden olmaktadır. Biyolojik sistemlerde oksidatif strese bağlı reaktif oksijen türlerindekiartış antioksidan savunma sistemlerinde hasara yol açar. Bu çalışmanın amacı gökkuşağı alabalık çiftliklerindeüretimi yapılan balıkların karaciğer, böbrek ve solungaç dokularındaki bazı antioksidan enzim aktiviteleri ileağır metal iyonlarından kaynaklanan su kirliliği arasındaki ilişkiyi ortaya koymaktır. Bu amaçla; Suörneklerindeki ağır metal iyonlarının (Zn, Fe, Cu, Ni, Co, Hg, As, Mn) seviyeleri belirlenerek, bu iyonlarınbalıklardan alınan kalp, karaciğer ve solungaç dokularındaki antioksidan enzimlerin (Süperoksid dismutaz(SOD), Katalaz (CAT), Glutatyon redüktaz (GR), Glutatyon S-transferaz (GST), Glutatyon peroksidaz (GPx))aktiviteleri üzerine etkileri incelenmiştir.
Gökkuşağı Alabalıklarından (Oncorhynchus Mykiss) İzole Edilen Patojen Bakteri İzolatlarının Hidrolitik Enzim Aktiviteleri ve Siderofor Üretim Yetenekleri
(2022) Taskin, Bilgin; Önalan, Şükrü
Kısa sürede büyük miktarlarda kültürlenebilmeleri, genetik manipülasyonlara açık olmaları ve ürettikleri enzimlerin hayvansal ve bitkisel enzimlerden daha aktif ve istikrarlı oluşu bakterilerin çok önemli enzim ve ikincil metabolit kaynakları olarak değerlendirilmelerine sebep olmaktadır. Ayrıca ekstraselüler hidrolitik enzimler ve sideroforlar patojen bakteriler için çok önemli virülans faktörleri olarak bilinmektedir. Bu çalışmada, Van ilinde faaliyet gösteren çiftliklerde, gökkuşağı alabalıklarından (Oncorhynchus mykiss) izole edilerek kültüre alınmış dokuz adet bakteri izolatının çeşitli ekstraselüler hidrolitik enzimleri ve siderofor üretme yetenekleri ilk defa araştırılmıştır. Sonuçlar, test edilen izolatlardan dokuzunun proteaz, sekizinin lipaz, beşinin selülaz, ikisinin pektinaz aktivitesine sahip olduğu, ayrıca yedisinin siderofor üretme yeteneğine sahip olduğunu göstermiştir. Amilaz ve ksilinaz aktiviteleri hiçbir izolatta gözlemlenmemiştir. Ayrıca bu izolatlar morfolojik olarak olası üç ana gruba ayrılmış ve her bir izolat, türe özel geliştirilmiş primerler ile moleküler tanımlamaya tabi tutulmuştur. Türe özgü primerler kullanılarak yapılan moleküler tanımlama, bu izolatların balık patojeni Listonella anguillarum, Yersinia ruckeri ve Lactococcus garvieae olduklarını ortaya koymuştur.
Invastigation of 16s Rrna, Meca and Nuc Genes in Coagulase-Positive and Negative Staphylococci by Real-Time Pcr
(2022) Okalin, Şeyda Şilan; Aksakal, Abdulbaki; Önalan, Şükrü
Staphylococcus aureus is a Gram-positive, round-shaped bacterium that is a member of the Firmicutes. It is often positive for catalase and nitrate reduction. Pathogenic strains often promote infections by producing virulence factors such as potent protein toxins, and the expression of a cell-surface protein that binds and inactivates antibodies. Sepsis-related to methicillin-resistant S. aureus (MRSA) has significant morbidity and high mortality rates (15-30%). The methicillin resistance for S. aureus is coded with the mecA gene, while the methicillin sensitivity is coded with the nuc gene, and they are chromosomal. Similarly, it is coded with the coagulase gene for S. aureus (Coa). In this study, the 16S rRNA gene identification by Real-Time PCR was investigated in forty S. aureus isolates, which were cultured at different times in terms of MIC and SIR tests. The isolates used in the study were determined at the gene level in terms of their differences in methicillin resistance gene (MecA), methicillin susceptibility gene (Nuc), coagulase gene (Coa) and in terms of intra-species differences were examined. As a result of the study, Staphylococcus spp. yielded positive results with 16S rRNA gene-specific primers in all isolates. Real-Time PCR analysis of the isolates with SYBRGreen-based PCR analysis was performed with 16S rRNA gene-specific primers, and the samples were confirmed to be Staphylococcus. Analysis at the family level was followed by Coa, Nuc, and MecA gene Real-Time PCR results, and it was found that, in terms of Coa and Nuc genes, 19 isolates were positive and 21 isolates were negative. In terms of MecA gene, 16 isolates were positive according to the positive sigmoidal curves and to the single peak melting values, whereas 24 isolates were found to be negative. It was thought that this study will benefit the community by contributing to the rapid and effective diagnosis and treatment of infections caused by coagulase positive and negative Staphylococci.
Investigation of Antimicrobial Resistant and Effects of Some Phytochemicals on Yersinia Ruckeri
(2019) Çevik, Mustafa; Önalan, Şükrü
Bu tez çalışmasında, Su ürünlerinde bakteriyel hastalık etkenlerinden Yersinia ruckeri üzerinde Moringa oleifera ve Sorbus domestica bitki ekstratlarının etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, 2 farklı Y. ruckeri izolatının morfolojik ve biyokimyasal özellikleri belirlenmiştir. Ardından, izolatların Real-Time PCR analizleri ve gen dizilimleri belirlenerek identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. Fitokimyasallar (M. oleifera ve S. domestica) ile antibiyotikler (oksitetrasiklin ve enrofloksasin) birlikte kullanılarak gerçekleştirilen antibiyogram testinde fitokimyasalların antibiyotiklere göre etki durumları karşılaştırılmıştır. Ayrıca, Fitokimyasalların Y. ruckeri gelişimi üzerine etkileri TSB besiyerinde oluşturulan 10 farklı grup ile bakteri gelişimi yoğunluklarına göre spektrofotometrik olarak 600 nm dalga boyunda her 2 saatte bir ölçüm yapılarak kıyaslamalı olarak incelenmiştir. Çalışma sonucunda, izolatların Gram negatif, katalaz pozitif, oksidaz negatif, hareketli ve tipik Y. ruckeri kolonileri oluşturdukları gözlenmiştir. GnA+B paneli (Microgen) ile gerçekleştirilen biyokimyasal testler sonrasında %99,85 oranında benzerlik olduğu belirlenmiştir. İzolatların sekans analizi sonrasında 16S rRNA gen bölgesi ile örtüştüğü ve filogenetik analizde izolatların %99 benzer oldukları görülmüştür. Antibiyogram testi sonrasında oksitetrasiklin ve enrofloksasin antibiyotiklerinin Y. ruckeri üzerine dirençli oldukları ancak katı besiyerinde (MHA) fitokimyasalların etkilerinin daha az olduğu gözlenmiştir. Sıvı besiyerinde (TSB) gerçekleştirilen ölçümler neticesinde ise fitokimyasalların %40-50 oranında bakterinin gelişimini inhibe ettiği gözlenmiştir. Antibiyotik direncinin öneminin her geçen gün artmakta olduğu günümüzde antibiyotik kullanımına alternatif ve ekonomik yönden daha uygun olan bitkilerin tedavide olumlu sonuçlar vereceği kanaatindeyiz. Anahtar kelimeler: Antibiyogram, Balık hastalıkları, Moringa oleifera, Real-Time PCR, Sekans, Sorbus domestica, Yersinia ruckeri.
Investigation of the Effects of Andiz Extract on the Experimental Wound in the Palatine Region of Rats (rattus Rattus) by Microbiological and Gene Expression Methods
(2023) Kavut, Büşra Sümeyye; Talmaç, Ahmet Cemil; Önalan, Şükrü
Bu çalışmada salin ve klorheksidin glukonat ile karşılaştırılarak Andız ekstraktının yara yeri iyileşmesi üzerine etkisinin araştırılması hedeflenmiştir. Otuz iki erkek Wistar albino rat üzerinde 3 mm çapında punch ile standardize yara yeri oluşturulmuştur. Ratlar, Kontrol, Salin, Klorheksidin glukonat ve Andız ekstraktı olarak 4 gruba ayrılmıştır. Kontrol grubundaki 5 rat herhangi bir işlem görmeden sakrifiye edilmiştir. Salin grubu, CHX grubu ve Ekstrakt grubunun düzenli aralıklarla irrigasyonları sağlanmıştır. Birinci hafta ikinci hafta ve üçüncü hafta doku örnekleri alındıktan sonra, her hafta üçer rat sakrifiye edilmiştir. Alınan örnekler üzerindeki total bakteriyel DNA yükü nanospektrometre ile tespit edilmiştir. Housekeeping olarak β-actin seçilmiş ve TGF-β ve IL-1β için de hedef gen primerleri oluşturulmuştur. Oluşturulan primerlerin uygulanması ile hedef genlerin ekspresyon miktarları Real-Time PCR ile ölçülmüştür. Total bakteri yükü üzerine etkileri değerlendirildiğinde Ekstrakt grubu ile diğer gruplar arasında total bakteriyel DNA yükü açısından anlamlı fark bulunmaktadır. Ekstrakt grubu antibakteriyel etkisi başlangıç değerlerine göre %300 kat etki göstermiştir. Gen ekspresyonu açısından değerlendirilen TGF-β ve IL-1β genleri Ekstrakt grubunda en yüksek değerde ölçülmüştür. Bu çalışmanın sonuçları ile Ekstraktın antibakteriyel etkisi ve yara iyileşmesine olumlu katkıları gösterilmiştir.
İzole Edilen Yeni Streptomyces Türlerinin Tanımlanması ve Filogenetik Farklılıkları
(2021) Önalan, Şükrü; Seçkin, Hamdullah
Antimikrobiyal direnç ve antibiyotik kullanımı günümüzde küresel bir sağlık krizidir. Streptomyces türleri antimikrobiyallarin çoğunun kaynağıdır. Bundan ötürü Streptomyceslerin tür içi benzerlik ve farklılıkları büyük öneme sahiptir. Bu çalışmada Dicle bölgesinden sedimentten izole edilen 3 farklı Streptomyces türünün izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Ardından 16S rRNA gen sekansı elde edilerek türler arası benzerlik ve farklılıkları ortaya konulmuştur. Çalışma sonucunda bakterilerin clorometrik farklılıklar içerdiği, SEM görüntüsünde spor zincir morfolojisine bakıldığında budaklı (knobby) bir yapının oluştuğu, 16S rRNA 1000bp den uzun sekans hizalamasında ve oluşturulan filogenetik ağaçta GenBank’tan elde edilen sekanslar ile 1 izolatın yakın benzerlikte olduğu (% 99 <), diğer iki izolatın ise farklılık gösterdiği gözlenmiştir. Bu sonuçlar doğrultusunda elde edilen 2 farklı Streptomyces izolatının sonraki çalışmalarda antibiyotik üretimlerinin ve farklı direnç gösterme durumları yönünden önem arz etmektedir.
Tilapia (Oreochromis Niloticus) Balıklarında Farklı Dikiş Yöntemlerinin Kullanımı
(2022) Sancak, Tunahan; Önalan, Şükrü
Bu çalışmada, su ürünleri alanında farklı amaçlarla oluşturulan yaralarda dikiş metotlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, Sıcak ülkelerin iç sular balık yetiştiriciliğinde sazanlardan sonra ikinci sırayı alan Tilapia balıkları kullanılmıştır. Çalışmada, Kontrol grubu (n=3), Basit dikiş, U dikişi ve X (Sultan) dikişi uygulamaları gerçekleştirilmiştir. Balıklar çalışmaya başlamadan önce 7 günlük adaptasyona maruz bırakılmıştır. Çalışma esnasında Tetra Discus yemi ile günde bir kez yemleme gerçekleştirilmiştir. Kesik yarası oluşumu için anestezi altındaki Tilapia balıklarında pullar kaldırılarak 2 cm uzunluğunda esizyonlar gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda kesik yaralarının U dikişi grubunda 6. günde, Kontrol grubu ve basit dikiş gruplarında 7. Günün sonunda ve X dikişi grubunda 9. günde kapandığı gözlenmiştir. Kullanılan emilebilir özellikteki dikiş ipliklerinin uygulandığı tüm balıklarda emildiği ancak X dikişi grubunda 1 balıkta 9. günün sonunda emildiği gözlenmiştir. Dikiş metotlarının balıklarda markalama, uzaktan algılama, izleme ve yönetim, balık sağlığı gibi kullanım alanlarında basit dikiş ve U dikişinin öncelikli olarak tercih edilmesinin daha sağlıklı olduğu kanaatine varılmıştır.