Browsing by Author "Tan, Meltem"

Now showing 1 - 18 of 18

3,5-Dibenzoyl
(int Union Crystallography, 2009) Sahin, Zarife Sibel; Isik, Samil; Sener, Ahmet; Tan, Meltem
In the crystal structure of the title compound, C26H27NO3, a one-dimensional network of C-H center dot center dot center dot O hydrogen bonds and pi-ring interactions is responsible for crystal stabilization. Intermolecular hydrogen bonds and C-H center dot center dot center dot pi interactions produce R-2(2)(10), R-4(4)(27) and R-4(4)(29) rings.
Copper-Catalyzed Synthesis of Fused Imidazopyrazine N-Oxide Skeletons
(Georg Thieme verlag Kg, 2019) Tasdemir, Volkan; Kuzu, Burak; Tan, Meltem; Genc, Hasan; Menges, Nurettin
N-Propargyl-2-aroylimidazoles synthesized and converted into the corresponding ketoximes. Under various conditions, several mono- and diketoxime imidazole derivatives were formed by converting the carbonyl or carbonyl and propargyl groups into oxime groups. N-Propargyl monooxime imidazole derivatives were cyclized by treatment with CuI to give various imidazopyrazine N-oxides. Several copper salts, such as CuOAc, CuSO (4) , and CuOTf, formed the same cyclization product. This cyclization reaction occurred only in the presence of Cu(I) or Cu(II) salts; other transition metals such as Au, Ag, In, and Fe did not yield cyclic products. The nucleus-independent chemical shift method was used to calculate the aromaticity of the bicyclic rings.
Determination of the Enol Form of Asymmetric 1,3-Dicarbonyl Compounds: 2d Hmbc Nmr Data and Dft Calculations
(Serbian Chemical Soc, 2018) Tan, Meltem; Bildirici, Ishak; Menges, Nurettin
In this study, a series of asymmetric aryl 1,3-dicarbonyl compounds were synthesized and their enol forms were observed via experimental data and theoretical calculations. According to the H-1- and C-13-NMR results, all the investigated compounds were found as a single enol form in CDCl3 solution. Moreover, their HMBC spectra were applied to identify the observed enol forms and correlations between certain protons and carbon atoms were considered. The dihedral angles of the asymmetric compounds that have aryl units on both sides were calculated by DFT to understand the reason for the observed enol forms. Small dihedral angles caused longer conjugation, resulting in more stable compounds and it was found that the observed enol forms were based on small dihedral angles, namely, resonance is the driving force. Furthermore, the compounds possessing both aryl and alkyl moieties prefer the enol form towards the aromatic ring side due to longer conjugation.
An Easy Synthetic Protocol for Imidazo-1,4 and Evaluation of Their Toxicities
(Wiley-hindawi, 2018) Kuzu, Burak; Genc, Hasan; Taspinar, Mehmet; Tan, Meltem; Menges, Nurettin
Imidazo-1,5-alkynyl alcohol derivatives were synthesized, and they were cyclized to imidazo-1,4-oxazines by means of cesium carbonate. Propargyl-allene isomerization was examined, and the reaction mechanism was proposed. Moreover, cytotoxicity of synthesized molecules against LN405 cell lines was investigated by means of structure-activity relationship (SAR). With SAR study, toxicities of some functional groups have been shown. In addition, two lead compounds were tested against DNA damaging.
An Entry Into Obtaining Pyrazole-, Chromone-, or Oxadiazole-Substituted 1h-Pyrazoles Via 2,3-Furandiones
(Wiley, 2013) Cam, Serkan; Bildirici, Ishak; Menges, Nurettin; Tan, Meltem; Sener, Ahmet
Some new pyrazole-, chromone-, or oxadiazole-substituted 1H-pyrazoles were obtained via 2,3-furandiones. Also, we have presented their plausible mechanisms based on rearrangement; one of these rearrangements is BakerVenkataraman.
Excited State Intramolecular Proton Transfer (esipt)-Based Sensor for Ion Detection
(Springer/plenum Publishers, 2021) Kuzu, Burak; Ekmekci, Zeynep; Tan, Meltem; Menges, Nurettin
C-2 and C-5 substituted imidazole skeleton was synthesized through a one-pot two-step strategy. Synthesized molecule emits the light on ESIPT (excited-state intramolecular proton transfer). This molecule was utilized for its proton donor ability, and we have observed that fluoride and cyanide ions can be detected selectively. Different cations and anions were selected to observe the response of the synthesized molecule. However, there were not any fluorometric and colorimetric response except for fluoride and cyanide ions. Detection limits of fluoride and cyanide ions were found to be 9.22 mu M and 11.48 mu M, respectively. H-1-NMR spectra for the solution of the sensor and TBAF (tetrabuthylammoniumfluoride) were used for the identification of [L](-)[HF2](-) species. 3 equiv. TBAF saturated the solution of the sensor in d(6)-DMSO, and some of the proton resonances shifted to upfield due to the through-bond effect. The disappearance of NH proton with 0.5 equiv. TBAF or TBACN (tetrabuthylammoniumcyanide) showed that there was a proton abstraction by fluoride and cyanide ions, instead of the hydrogen bond. Solid-state application was utilized, and paper test strips were applied. Emission differences emerged when the sensor loaded strips were reacted with TBAF. Time resolved experiments revealed that solution of the sensor and TBAF in DMSO have multiexponential decay, and one of the lifetime was measured as 13.4 ns.
Floroiyonofor Özelliğine Sahip Akıllı Moleküllerin Sentezi ve Katyon Analizindeki Uygulamaları
(2017) Tan, Meltem; Menges, Nurettin
Bu çalışmada katyon ve anyon analizini floresans ışıma üzerinden mümkün hale getirecek imidazol halkasına sahip bileşikler sentezlendi. Moleküller iki kademede ve tek reaksiyon kabında basit saflaştırma teknikleri ile elde edildi. Elde edilen imidazol bileşikleri farklı katyon belirleme deneylerinde kullanıldı. Sentezlenen moleküller arasında en iyi floresans ışımayı belirlemek için moleküllerin farklı çözücülerdeki floresans ışıma spektrumları alındı. İmidazol bileşiğinin karbonil grubunun oksime çevrilmesi ile elde edilen molekülün ferrik iyonlarına karşı seçimli ve hassas bir belirleme yeteneğine sahip olduğu belirlendi. Sentezlenen floresans ışımaya sahip molekülün ferrik iyonlarına karşı ışıma tepkisi ESIPT (uyarılmış hal molekül içi proton transferi) mekanizması üzerinden gerçekleştiği teorik ve deneysel olarak belirlendi. Elde edilen moleküller arasından, tiyofen halkasına sahip imidazol molekülünün flor iyonlarına karşı birçok iyon arasından seçici olarak tepki verdiği belirlendi. Bu tepkinin, floresans ışıma, görünür bölge renk değişimi olarak tespit edilebildiği ortaya çıkartıldı. Işıma değişimlerinin, bazı fonksiyonel grupların ve düzlemselliğin floresans ışıma üzerine ne tür etkileri olduğu teorik olarak tartışıldı. Bu tartışmanın bilimsel altyapısının hazırlanması için birçok moleküller modelleme yapıldı. Yürütülen çalışmada yeni bir floresans ışımaya sahip imidazol iskeletine sahip molekül serisi belirlendi ve bu molekül serisinin hangi mekanizma üzerinden ışımasını değiştirdiği deneysel ve teorik olarak ortaya çıkartıldı.
Koruyucu Yardımcı Maddeler Olarak Kullanılan Parabenin Yeni Türevlerinin Sentezi ve Antimikrobiyal Etkilerinin İncelenmesi
(2020) Tan, Meltem; Hakimoğlu, Mehmet Fatih
Bu çalışmada paraben bileşiklerinin zararlı etkilerini en aza indirecek alternatif bileşiklerin sentezlenmesi amaçlanmıştır. Paraben bileşiklerinde yer alan grupların değiştirilmesi sonucu, yeni alternatif bileşiklerin sentezi gerçekleştirilerek yapı karakterizasyonları yapılmıştır. İlaçlarda koruyucu yardımcı maddeler olarak kullanılabilecek potansiyele sahip bu sentetik bileşiklerin antimikrobiyal özelliklerinin araştırılması gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla çeşitli gram pozitif ve gram negatif bakterilerden Klebsiella pneumoniae ATCC 13883, Escherichia coli ATCC 36218, Bacillus megaterium DSM-32, Staphylococcus aureus ATCC 25923 ve ökaryotik maya olan Candida albicans ATCC10231 ve Yarrowia lipolytica mikroorganizmalarına karşı aktiviteleri incelenmiştir.
Mono- or Di-Substituted Imidazole Derivatives for Inhibition of Acetylcholine and Butyrylcholine Esterases
(Academic Press inc Elsevier Science, 2019) Kuzu, Burak; Tan, Meltem; Taslimi, Parham; Gulcin, Ilhami; Taspinar, Mehmet; Menges, Nurettin
Mono- or di-substituted imidazole derivatives were synthesized using a one-pot, two-step strategy. All imidazole derivatives were tested for AChE and BChE inhibition and showed nanomolar activity similar to that of the test compound donepezil and higher than that of tacrine. Structure activity relationship studies, docking studies to on X-ray crystal structure of AChE with PDB code 1B41, and adsorption, distribution, metabolism, and excretion (ADME) predictions were performed. The synthesized core skeleton was bound to important regions of the active site of AChE such as the peripheral anionic site (PAS), oxyanion hole (OH), and anionic subsite (AS). Selectivity of the reported test compounds was calculated and enzyme kinetic studies revealed that they behave as competitive inhibitors, while two of the test compounds showed noncompetitive inhibitory behavior. ADME predictions revealed that the synthesized molecules might pass through the blood brain barrier and intestinal epithelial barrier and circulate freely in the blood stream without binding to human serum albumin. While the toxicity of one compound on the WS1 (skin fibroblast) cell line was 1790 mu M, its toxicity on the SH-SY5Y (neuroblastoma) cell line was 950 mu M.
A Novel Class for Carbonic Anhydrases Inhibitors and Evaluation of Their Non-Zinc Binding
(Wiley-v C H verlag Gmbh, 2021) Kuzu, Burak; Tan, Meltem; Gulcin, Ilhami; Menges, Nurettin
In this study, 23 different imidazole derivatives were synthesized, and the inhibitory properties of these derivatives against carbonic anhydrase I and II isoenzymes were investigated for the first time. The inhibition concentrations of the imidazole derivatives were found to be in the range of 2.89-115.5 nM. Docking studies examined the binding properties of the imidazole derivatives, and the structure-activity relationship is discussed. Theoretical calculations showed that the binding mode of the imidazole ring was non-zinc binding.
A Novel Fluorescent Sensor Based on Imidazole Derivative for Fe3+ Ions
(Elsevier, 2017) Kuzu, Burak; Tan, Meltem; Ekmekci, Zeynep; Menges, Nurettin
In this work, a new imidazole-based sensitive and selective sensor was synthesized. It was observed that the synthesized new fluorescent sensor had high selectivity and sensitivity to Fe3+ ions. The association constant of the sensor was found by using Stern Volmer Plot as 14,318 M-1. Binding stoichiometry between sensor and Fe3+ ions was found by using Job's plot as 1:1. The synthesized chemical sensor was found to exhibit a large Stokes' shift (107 nm). The proposed turn-OFF mechanism regarding bonding between sensor and Fe+3 ions was discussed by NMR data and DFT calculations. Furthermore, it was revealed that planarity and functional groups such as methoxy and carbonyl affected the quantum yield. These results were confirmed by plotting of Frontier orbitals and calculated dihedral angles.
A Novel Structure for Esipt Emission: Experimental and Theoretical Investigations
(Elsevier Science Sa, 2019) Kuzu, Burak; Tan, Meltem; Ekmekci, Zeynep; Menges, Nurettin
A number of substituted imidazole-based molecules were synthesized via a two-step one-pot reaction and their UV/vis and fluorescence spectra were analyzed. Emissions of the imidazole-based molecules were attributed to the excited state intramolecular proton transfer (ESIPT) process. Imidazole-based sensor molecules have high Stokes shifts which is good clue for the ESIPT mechanism. Furthermore, the ESIPT mechanism was confirmed by some control experiments in which acceptor and donor groups were functionalized, resulting in hampered ESIPT emission. Time-resolved experiments showed that the skeleton synthesized had different exponential decays depending on the functional groups (OMe and OH). According to the time-resolved experiments, the ESIPT reaction occurred between 1.0 and 3.10 ns. Furthermore, the lifetime of molecules in EtOH increased when the phenyl ring possessed OMe or OH groups. Dihedral angles between the NH and carbonyl groups were calculated and found to be important for a stable configuration. The methyl substituted NH group on the imidazole skeleton in which the ESIPT reaction should be interrupted, revealed a 0.3 ns lifetime in DMSO. Potential energy curves for all compounds were analyzed using TD-DFT. It was seen that there is no barrier for excited state proton transfer resulting in ultrafast ESIPT process.
Studies on the Different Reaction Pathways Between 3-Acetyl and Alkylamines
(Wiley-v C H verlag Gmbh, 2010) Genc, Hasan; Tan, Meltem; Gumus, Selcuk; Menges, Nurettin; Bildirici, Ishak; Sener, Ahmet
3-Acety1-5-benzoy1-6-methy1-2-pheny1-4H-pyran-4-one has been subjected to condensation with a series of primary amines (ethylamine - octylamine) to clarify the proposed mechanism in our previous study. The reactions of the shorter amines of the series (ethylamine - butylamine) yielded unsymmetric pyridinone products, whereas the other amines (pentylamine - octylamine) yielded symmetrical pyridinones. The starting material and the products as well as the intermediates have been subjected to theoretical analysis by quantum chemical calculations at B3LYP/6-3 I G(d,p) level, which provided supporting data for the experimental findings.
Synthesis of Indolizines by Dimerization of N-Propargylated Pyrroles Via Allene Intermediates
(Wiley-v C H verlag Gmbh, 2021) Kuzu, Burak; Gul, Sergen; Tan, Meltem; Menges, Nurettin; Balci, Metin
Ten different N-propargyl pyrrole derivatives having various substituents at the C-2 position were synthesized. These derivatives were converted into indolizine derivatives by the [2+2] cycloaddition reaction of pyrrole N-allene, forming in situ, by heating in PrOH in basic medium. The structures were characterized by NMR and X-ray crystallography. The N-propargylated derivatives smoothly underwent intermolecular cyclizations to produce indolizine derivatives in good yields. We proposed a radical mechanism for the dimerization. Reaction of an allene product with butylated hydroxytoluene (BHT), a radical scavenger, did not give any dimerization product. This result supports the radical reaction.
Synthetic Compounds Which Can Be Used as Protective Excipients in Drugs
(2019) Hakimoğlu, Mehmet Fatih; Tan, Meltem
Parabenler günümüzde yaygın bir şekilde gıda koruyucuları olarak kullanılırlar. Antimikrobiyal özellikleri ile ürünün raf ömrünü uzatıcı etki gösterirler. Bu bileşikler ilaç, kozmetik ve gıda sektörünün olmazsa omazı olmuştur. Öte taraftan iyi bir antifungal etkiye sahip olmalarına karşın sınırlı düzeyde antibakteriyel etki göstermektedirler. Antibakteriyal etkinlikleri açısından ise gram negatif bakterilere kıyasla, gram pozitif bakteriler üzerinde daha etkili oldukları bilinmektedir. Paraben bileşiklerinin kullanımlarına neden olan bu özelliklerinin dışında birçok bilimsel çalışmaya konu olmuş çeşitli yan etkileri de bilinmektedir. Bu konunun çözümü yönünde çalışmalar yapıldığı da sıklıkla rapor edilmiştir. Bu tez çalışmasıyla paraben bileşiklerinin zararlı etkilerinin en aza indirilerek alternatif bileşiklerin sentezlenmesi amaçlanmıştır. Paraben bileşiklerinde yer alan grupların değiştirilmesi sonucu, yeni alternatif bileşiklerin sentezi gerçekleştirilerek yapı karakterizasyonları yapılmıştır. İlaçlarda koruyucu yardımcı maddeler olarak kullanılabilecek potansiyele sahip bu sentetik bileşiklerin antimikrobiyal özelliklerinin araştırılması gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla çeşitli gram pozitif ve gram negatif bakterilerden Klebsiella pneumoniae ATCC 13883, Escherichia coli ATCC 36218, Basillus megatarium DSM-32, Staphylococcus aureus ATCC 25923 ve ökaryotik maya olan Candida albicans ATCC10231 ve Yarrovi triplytica mikroorganizmalarına karşı aktiviteleri incelenmiştir. Anahtar Sözcükler: Antimikrobiyal özellik, Paraben, Sentetik bileşik.
The Equimolar Reactions of 3-Acetyl-5-Benzoyl-2-Phenyl-6-Methyl-4-(1H)-Pyron With Mono Alkyl Amines
(2007) Tan, Meltem; Şener, Ahmet
Piridinon türevi bileşikler son zamanlarda antibakterial, antifungal, antimalarial, antihipertansif, antiinflammatuar, analjezik ve Parkinson hastalığını tedavi etmesi şeklinde ortaya çıkan farmakolojik özellikleri sebebiyle ilgi merkezi olmuşlardır. Bununla birlikte pirazol ihtiva eden bileşikler antiinflammatuar ve antimikrobial özellikler göstermektedir.Bu çalışmada daha önce elde edilen 3-asetil-5-benzoil-2-fenil-6-metil-4-piron bileşiğinin pirimer aminlerle ve 3,5-dibenzoil-2,6-difenil-4-piron bileşiğinin hidrazinhidrat ile reaksiyonları üzerinden, piridinon ve pirazol sistemine sahip olan bir seri yeni bileşik sentezlenerek 4-pironların, hidrazin ve pirimer aminlere karşı kimyasal davranışları ile ilgili bazı bulgular elde edildi. Sonuç olarak sırasıyla 3-asetil-5-benzoil-1-etil-2-fenil-6-metil-4(1H)-piridinon (1), 3-asetil-5-benzoil-2-fenil-6-metil-1-propil-4(1H)-piridinon (2), 3-asetil-5-benzoil -1-bütil-2-fenil-6-metil-4(1H)-piridinon (3), 3-benzoil-6-fenil-1-hekzil-5-(1-hekzilimino-etil)-2-metil-4(1H)-piridinon (4), 3-benzoil-6-fenil-1-heptil-5-(1-heptilimino-etil)-2-metil-4(1H)-piridinon (5), 3-benzoil-6-fenil-2-metil-1-oktil-5-(1-oktilimino-etil)-4(1H)-piridinon (6) ve 5,3?,5?-trifenil-1H,1?H-[3,4?]-bipirazolil (7) yapısında azot ihtiva eden toplam 7 tane yeni heterosiklik bileşiğin izole edilmesi başarıldı.Bu bileşiklerin yapıları elementel analiz, 1H-NMR ve 13C-NMR spektrumları ile aydınlatıldı.Anahtar kelimeler: Halkalı okzalil bileşikler, Pirazol, 4(1H)-Piridinon, 4-Piron
The Synthesis and Investigation of Reactions of the Novel Cyclic Organic Compounds
(2013) Tan, Meltem; Bildirici, İshak
Bu çalışmada yeni halkalı okzalil bileşiklerin sentezi ve kimyasal davranışlarının araştırılmas amaçlandı. Bu grupta yer alan yeni 4,5-disübstitüefuran-2,3-dion bileşiklerinin sentezlenmesi için öncelikle çıkış bileşikleri olan 1,3-dikarbonil bileşiklerinin Claisen kondenzasyonu ile sentezleri yapıldı. Bu dikarbonillerin keto-enol tautomerizasyonları incelendi ve enol yapıda olanların kararlı enol yapılarına bilgisayarlı hesaplamalar kullanılarak karar verildi. Hedeflenen furan-2,3-dionların sentezi için çıkış bileşikleri olan 1,3-dikarbonillerin magnezyum klorür katalizörlüğünde okzalil klorür ile reaksiyonları yapıldı. Bileşiklerin yapıları spektroskopik yöntemler kullanılarak aydınlatıldı. Sentezlenen furan-2,3-dionların ileri kademe reaksiyonlarının araştırılması için bu bileşiklerin fenil hidrazin ile reaksiyonları incelendi ve reaksiyon sonrasında ise pirazol-3-karboksilik asit ve türevleri elde edildi. Anahtar kelimeler: Furan-2,3-dion, 1,3-dikarbonil, Claisen kondenzasyonu, okzalil klorür, pirazol-3-karboksilik asit.
Yeni 2,5-disubstitüe 1,3,4-oksadiazol Bileşiklerinin Sentezi
(2020) Tan, Meltem
Yapısında 1,3,4- oksadiazol halkası içeren bileşikler geniş bir biyolojik aktivite spektrumuna sahiptir. Genel olarak;antibakteriyel, antifungal, analjezik, antiinflamatuar, antiviral, antikanser, antidiabetik, antihelmintik, antikonvülsan etkigösterdikleri son yıllarda yapılan çalışmalarla ortaya konulmuştur. Bu nedenle bu çalışmada öncelikle prokainbileşiğinden yola çıkılarak hidrazin hidrat ile reaksiyonları incelendi ve benzohidrazit türevi moleküllerin senteziyapıldı. Sonrasında bu bileşiklerin asetik anhidrit ve asetik asit varlığında halka kapanma reaksiyonları ile daha önceliteratürde yer almayan ve 2,5 konumlarında farklı gruplar içeren 1,3,4-oksadiazol bileşiklerinin sentezi gerçekleştirildi.Sentezlenen bileşiklerin antibakteriyel ve antifungal özelliklerinin araştırılması Escherichia coli ATCC 36218,Staphylococcus aureus ATCC 25923 ve Candida albicans ATCC 10231 mikroorganizmaları ile yapıldı. Bileşikleriçinde fenil halkasına bağlı lipofilik asetat grubu bulunduranların antibakteriyel ve antifungal özelliklere sahip olduğugözlendi.