Browsing by Author "Yiğit, Aybek"

Now showing 1 - 6 of 6

Design, Obtaining, Characterization and Antimicrobial Properties of Carbon Nano Tubes Modified With Organic Molecules
(2021) Yiğit, Aybek; Mengeş, Nurettin; Alma, Mehmet Hakkı
Son yılların populer konularından olan nanotüpler, ilaç veya molekül taşıma, tümör tedavisi, doku mühendisliğinde nano boyutta iskeletler oluşturma ve biyosensörler gibi daha birçok alanda kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada, yüzeyinde karboksilik asit ucu bulunan karbon nanotüp molekülünde uygun kimyasal dönüşümler sayesinde karboksilik asit ucu önce açil klorüre dönüştürülerek sonraki reaksiyonlarda farklı fonksiyonel gruplar haline getirilmiştir. Etilen diamin, dietilen triamin, trietilen tetraamin, gibi nükleofilik yapıların karbon nanotüp yüzeyine bağlanması sağlanmıştır. Daha sonra amin gruplarına sahip karbon nanotüp malzemesinin, borik asit ve siyanür klorürle etkileştirilmesi sağlandıktan sonra üzerinde borik asit ve siyanür klorür yapıları taşıyan karbon nanotüp molekülleri sentezlenmiştir. Elde edilen nano malzemelerin karakterizasyon ve yüzey şekillerinin bilgisi için, FT-IR, SEM, TEM, XPS, XRD kullanıldı. Nano malzemelerdeki sıcaklığa karşı kararlılığının tespiti için ise TGA kullanıldı. Elde edilen nano malzemelerin Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli ve Pseudomonas aeruginosa ve Klebsiella pneumoniae mikroorganizmalarına karşı antimikrobiyal aktiviteleri hem disk difüzyon yöntemi ile aktivite zonu ölçümü ile hem de MİK (Minumum İnhibisyon Konsantrasyonu) uygulanarak araştırıldı.
Design, Synthesis and Antimicrobial Activities of New Carbon Nanotubes Derivatives
(2021) Alma, M.hakki; Yiğit, Aybek; Akinay, Yuksel; Menges, Nurettin
Even though natural products or crops have been more common and popular in the recent, the chemicals without side-effects have been also addressed in various fields of industries due to possibility obtaining the large quantity and more bio-efficacy. In that context, many drugs have been developed for antibacterial activities but the over-uses of those relevant drugs have caused that microorganisms have adapted and evolved resistance against those drugs. Those lead to the researchers to focus on newly synthesized or functionalized molecules. In that context, nanotechnology, especially modified nanocarbon tubes (NCTs), are of the great interest of the various industries. Along with the current study, multi-walled carbon nanotubes (MWCNTs) were functionalized with three steps. Firstly, the carbon nanotube with a carboxylic acid tip on its surface was commercially purchased and then converted into acyl chloride, and later converted into a more reactive group. Then, the nucleophilic amino group such as diethylene triamine is bonded onto the carbon nanotube. Finally, after the carbon nanotube material with amine groups was functionalized with boric acid, carbon nanotube molecules carrying boric acid molecules were synthesized. Following modification and functionalization of MWCNTs, the newly synthesized molecules were characterized using FT-IR, SEM, TEM and XPS. After chemical characterization, the relevant molecules were screened for their anti-bacterial activities in comparison to those of well-known antibiotics. For anti-bacterial assays, molecules were tested against K. pneumoniae, E. coli, P.aeruginosa, S. aureus and B. subtilis. Concerning the findings of the antibacterial assays, concentrations of 40 and 80 μg /mL exhibited a range of activities but in parallel with those of standard antibiotics whereas the lower concentration, viz. 5, 10 and 20 μg / mL did not exhibit any activities. The highest activity was noted for 80 μg / mL, in comparison to those of antibiotics and other concentrations, against B. subtilis, with a 23 mm inhibition zone.
Design, Synthesis, And Evaluation Of Antibacterial Potential Of Hydrazone-Tethered Pyrazole-Thiazole Derivatives
(University of Ankara, 2025) Kuzu, Burak; Yiğit, Aybek; Karakuş, Fuat
Amaç: Bu çalışma, literatürdeki antimikrobiyal kısım olarak belirlenen tiyazol, hidrazon ve pirazol sistemlerinin hibridizasyonu ile tasarlanan bir seri bileşiğin antimikrobiyal etki potansiyelinin araştırılmasını içermektedir. Tasarlanan bileşiklerin ilaçlanabilirlik parametreleri ile filtrasyonu, seçilen bileşiklerin sentezi ve antibakteriyel etki potansiyelinin in siliko ve in vitro test edilmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Sentezlenen bileşiklerin ilaçlanabilirlik özellikleri online tarayıcılar ile belirlenmiş ve en düşük toksisite profiline sahip bileşiklerin E. coli ve S. aureus şujlarındaki potansiyel etkisi disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Ayrıca bileşiklerin dihidrofolat redüktaz (DHFR) enzimine karşı inhibisyon potansiyelini belirlemek için Autodock 4.2 yazılımı kullanılmıştır. Sonuç ve Tartışma: Çalışmamızda, yeni tasarlanan hidrazon bağlı pirazol-tiyazol bileşikleri arasında, ilaçlanabilirlik parametrelerine (17a-c) göre belirlenen bileşikler yüksek verimlilikle sentezlendi. Antibakteriyel aktivite için test edilen bileşikler arasında, Bileşik 17c, 80 μg/ml konsantrasyonunda E. coli suşuna karşı 8 mm ve S. aureus suşuna karşı 9 mm'lik bir zon çapı oluşturdu. Ayrıca, Bileşik 17c, 40 μg/ml konsantrasyonunda E. coli bakteri suşunda 7 mm'lik, S. aureus bakteri suşunda 8 mm’lik bir zon çapı oluşturdu. İlaveten, sunulan bileşiklerin ADMET profilleri, bunların potansiyel antibakteriyel ajanlar olarak uygun ilaçlanabilirlik parametrelerine sahip olabileceğini göstermektedir.
Investigation of Growth Kinetics of Lactobacillus Brevis Microorganism by RSM (Response Surface Methodology)
(2014) Yiğit, Aybek; Aktaş, Nahit
Bu çalışmanın amacı; gelişen teknolojiyle beraber endüstride iyi tanınan bakteri kültürlerinden Lactobacillus Brevis' in çoğalma koşullarını Cevap Yüzey Yöntemi (Design Expert 8.0.7.1 deneme sürümü) kullanarak optimize etmek ve çoğalma kinetiklerini araştırıp gözlemlemektir. Tezin kapsamı 2 bölümden oluşmaktadır. Birinci bölümde; uygun mikroorganizma ve bu mikroorganizmanın büyüme ortamları belirlenmiştir. Ayrıca çoğalma hızını etkileyen en önemli parametreler; pH, sıcaklık (°C) ve Cd iyonu derişimi (mg/L) olarak alınmış ve bu parametrelerin uygun aralıkları tespit edilmiştir. İkinci bölümde; cevap yüzey yöntemi içindeki merkezi kompozit tasarım ile özgül çoğalma hızı yanıt olarak alınarak yukarıda bahsedilen parametrelerin optimizasyonu çalışılmış ve Lactobacillus Brevis için en iyi özgün çoğalma hızı koşulları pH 5.72, sıcaklık 33.01oC ve Cd derişimi ise 34.01 mg/L olarak bulunmuştur. Bu optimum koşullar altında maksimum özgül çoğalma hızı 0.0797 1/saat olarak model eşitliğinden hesaplanmıştır. Ayrıca bu sonuç deneylerle doğrulanmıştır. Anahtar kelimeler: Cevap Yüzey Yöntemi, Lactobasillus Brevis, Merkezi Kompozit Tasarım, Optimizasyon
Lactifluus Bertillonii Mantarından Sentezlenen Gümüş Nano Partiküllerinin Karakterizasyonu, Mik Yöntemiyle Antimikrobiyal Aktivitesinin Belirlenmesi ve Moleküler Modelleme Yöntemi İle Mao-a Inhıbıtor Özelliklerinin İncelenmesi
(2024) Karabulut, Yasemin Keşkek; Yiğit, Aybek; Tunç, Ayşe Karacalı; Sarıtaş, Büşra Merve; Kesici, Sedat; Uzun, Yusuf; Sadullahoglu, Cemil
Bu çalışma, minimum inhibitör konsantrasyon (MIC) yöntemi kullanılarak Lactifluus bertillonii mantarlarından yeşil, çevre dostu bir sentez işlemi kullanılarak üretilen AgNP'lerin antimikrobiyal aktivitesine odaklanmaktadır. Ayrıca mantar ekstraktında bulunan kimyasalların inhibitör özellikleri de belirlenmiştir. Çalışmanın bir parçası olarak SEM, TEM, UV-vis ve FT-IR cihazları kullanılmıştır. Karakterizasyondaki ortalama parçacık boyutu, görüntüleme programı tarafından 10.471 nm olarak belirlendi. Ayrıca MIC yöntemi kullanılarak yapılan antimikrobiyal aktivite testlerinde AgNP'lerin Klebsiella pneumoniae'ye karşı aktivitesinin 512 µg/ml olması daha hassas sonuçlar vermektedir. Depresyon tedavisinde hedef enzim olan ve 2Z5X kodlama yapısı insanlardan türetilen MAO-A enzimi, kenetlenme araştırmasında kullanıldı. Isoquercitrin (-8,2 kcal/mol), Rutin (-9,3 kcal/mol), Fisetin (-8,2 kcal/mol), Chrysin (-9,4 kcal/mol), Quercetin (-10,6 kcal/mol), Naringenin (8,8 kcal/mol), Kaemferol (-10,8 kcal/mol) ve Luteolin (-10,8 kcal/mol) üç boyutlu yapıları, DFT/B3LYP/6-31G(d,p) temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edildi. Daha sonra AutoDock Vina yazılımı yardımıyla bu yapıların bağlanma enerjileri belirlendi. Bağlanma enerjilerinin MAO-A inhibitörleri özelliğine sahip olduklarını gösterdiği gösterilmiştir.
Van Gölü Suyunun İyon Karakterizasyonuyla Su Kalitesinin Belirlenmesi
(2017) Aktaş, Nahit; Alpaslan, Duygu; Öztürk, Erhan; Şahan, Tekin; Yiğit, Aybek; İrak, Zeynep Şilan Turhan; Ozturk, Dilara
Van Gölü dünyanın en büyük sodalı gölü olmasının yanında tuzlu su özelliği de taşımaktadır. Van ve Bitlis illeriyle çevrili olan gölün kuzey ve batısında tümüyle volkanik, güneyinde metamorfik ve doğusunda ise baskın olarak sedimanter kayaçlar vardır. Bu çeşitlilik nedeniyle Van Gölü suyu, kimyasal parametreleri açısından araştırmacıların her dönem ilgisini çekmiştir. Bu çalışma kapsamında iyon kromatografisi yöntemiyle Van Gölü suyunun doğal kalitesini yansıtan anyon ve katyonların konsantrasyon düzeyleri araştırılmıştır. 8 farklı nokta ve 9 farklı derinlikten alınan su örneklerinin kimyasal analizi sonucunda ortalama pH değeri 9.52 düzeyinde bulunurken, elde edilen verilere bakıldığında ortalama derişim değerleri başlıca katyonlardan kalsiyum 355.3, magnezyum 117.1, sodyum 8 612.6, potasyum 473.6, lityum 0.3 ppm; başlıca anyonlardan florür 4.8, klorür 10.5, bromür 20.5, nitrat 3.7, fosfat 13.6, sülfat 2 900.4 ppm olarak bulunmuştur. Elde edilen sonuçların mevzuat kapsamında değerlendirilmesi sonucunda; Van gölü suyunun içerdiği iyonik bileşenler bakımından Yerüstü Su Kalitesi Yönetmeliğineki parametrelere göre IV. sınıf su kalitesinde olduğu bulunmuştur. Van Gölü Havzasında göl suyunun kalitesine yönelik çalışmalar geçmiş senelerde az sayıda yapılmış olmakla beraber bu analizler şimdiye kadar düzenli bir şekilde yapılmamıştır. Bu çalışma, kapsamlı bir araştırma olup kullanılan teknikler bakımından da önemli yenilikler içermektedir. Özellikle kromatografik teknikler bakımından bu alandaki çalışmalara orijinal katkılar yapacağı düşünülmektedir