Molecular Characterization of Escherichia Coli Isolates Obtained From Clinical Source in Van

Abstract

ÖZETVAN İLİNDEKİ KLİNİKLERDEN ELDE EDİLEN Escherichia coli İZOLATLARININMOLEKÜLER KARAKTERİZASYONUÖTER, AkınYüksek Lisans Tezi, Biyoloji Anabilim DalıTez Danışmanı: Yrd. Doç. Dr. İsmet BERBEROcak 2007, 52 sayfaBu çalışmada, 3 referans ve Van ilindeki bazı hastane ve kliniklerden izole edilen 10adet yerel E. coli ırkı fenotipik özellikleri, plazmit profilleri ve sodyum dodesil sülfatpoliakrilamid jel elektroforezle (SDS-PAGE) elde edilen toplam hücre ve hücre dışı proteinprofillerine göre karakterize edilmiştir. Fenotipik özelliklerine göre bütün ırkların Gram (-),hareketli, sporsuz, çomak şeklinde, fakültatif anaerobik ve E. coli türüne ait ırklar olduğubelirlenmiştir. Ayrıca, yerel ırkların fenotipik olarak referans E. coli ırklarından çok farklıolmadığı bulunmuştur.Bütün ırkların plazmit profillerini belirlemek için agaroz jel elektroforez metodukullanılmıştır. Agaroz jel elektroforez analiz sonuçlarına göre bütün ırkların en az bir taneplazmit bulundurduğu belirlenmiştir. Toplam hücre protein profil sonuçları esas alınarakyapılan nümerik analiz; benzerlik düzeyi % 71'in üzerinde 2 ayrı büyük grup ortayakoymuştur. Ayrıca, hücre dışı protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik analizise; benzerlik düzeyi % 60'ın üzerinde 3 ayrı büyük grup ortaya koymuştur. Bu araştırma,SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen toplam hücre ve hücre dışı protein profillerinin test edilenE. coli ırklarının taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağlamadığınıgöstermiştir. Bununla birlikte, hücre dışı protein profillerinin toplam hücre protein profillerinegöre daha iyi ayırım sağladığı da belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: E. coli, Karakterizasyon, Plazmit, Protein profilleri, SDS-PAGE.iABSTRACTMOLECULAR CHARACTERIZATION OF Escherichia coli ISOLATES OBTAINEDFROM CLINICAL SOURCES IN VANÖTER, AkınMSc, Biological ScienceSupervisor: Assist. Prof. Dr. İsmet BERBERJanuary 2007, 52 pagesIn the present study, 3 references and 10 native E. coli strains, obtained from somehospital and clinical sources in Van, were characterized using phenotypic properties, plasmidprofiles and whole-cell and extracellular protein patterns by the method of sodium dodecylsulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). According to the phenotypiccharacteristics, all strains were Gram (-), motile, nonspore-forming, rod-shaped, facultativeanaerobic as E. coli strains. Moreover, it was found that the native strains were notdistinguished phenotypically from reference E. coli strains.To determine plasmid profiles of all strains was used agarose gel electrophoresismethod. According to agarose gel electrophoresis analysis it was confirmed that all strainsconsisted of at least one plasmid. A numerical analysis based on the resulting whole-cellprotein patterns revealed 2 distinct major groups with a similarity level of above 71%.Afterwards, a numerical analysis based on the resulting extracellular protein patterns revealed3 difference major groups with a similarity level of above 60%. The research indicated thatwhole-cell and extracellular protein profiles obtained by SDS-PAGE not provide an effectiveapproach to the investigation of taxonomic relationship within the tested E. coli strains.However, it determined that extracellular protein patterns were more difference than whole-cell protein profiles.Key words: Characterization, E. coli, Plasmid, Protein profiles, SDS-PAGE.iii