Van Yöresinde İnsan, Koyun ve Sığırlardan Elde Edilen Kistik Ekinokok İzolatlarının cox1 ve cob Gen Bölgelerinin Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışmanın amacı, Van yöresinde insan, koyun ve sığırlardan elde edilen kistik ekinokok (KE) izolatlarını moleküler yöntemlerle inceleyerek yörede yaygın olan genotipleri belirlemektir. Çalışmaya, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezinde KE tanısıyla PAIR (Perkütan Aspirasyon, İnjeksiyon ve Reaspirasyon) yöntemi ile 10 hastadan alınan KE sıvısı ve Van'da hayvan kesimhanelerinde kesimi yapılan 75 koyun ve 75 sığır olmak üzere toplam 150 hayvandan alınan KE örneği dahil edildi. Hayvanlardan ve insanlardan alınan kist sıvısı örnekleri ışık mikroskobu altında protoskoleks ve çengel varlığı yönünden incelendi. Daha sonra, hayvanlardan elde edilen kistlerin germinal membran örneklerinden ve insanlardan alınan kist sıvısı örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı. DNA izolatlarının cox1 ve cob gen bölgeleri PCR ile çoğaltıldı. Elektroforez işlemi sonrası iyi kalitede bant veren 10 adet insan, 16 adet koyun ve 16 adet sığıra ait toplam 42 adet PCR ürününe sekans analizi yaptırıldı. DNA dizileri, GenBank'taki referans genotiplerin dizi analizleri ile karşılaştırılarak (BLAST) izolatların genotipleri belirlendi. İnsan kistlerinin %100'ünün, koyun kistlerinin %48,4'ünün ve kalsifiye olmayan sığır kistlerinin %29,4'ünün fertil olduğu belirlendi. BLAST işlemi sonucunda insan, koyun ve sığırlardan elde edilen KE izolatların sırasıyla %100, %85,7 ve %81,2'sinin G1 genotipi olduğu belirlendi. Ayrıca iki (%14,3) koyun ile bir (%6,25) sığırdan elde edilen izolatın G3 ve iki (%12,5) sığırdan elde edilen izolatın ise G7 genotipine ait olduğu saptandı. Sonuç olarak, Van'da G1 ve G3 genotiplerinin baskın olduğu saptanmış olup, G7 genotipinin Van'da varlığı ise ilk kez bu çalışma ile ortaya konmuştur.

The aim of this study is to determine the genotypes prevalent in the Van province by examining cystic echinococcus (CE) isolates obtained from humans, sheep, and cattle in the province using molecular methods. The study included CE fluid samples collected from 10 patients using the PAIR (Percutaneous Aspiration, Injection, and Reaspiration) method at the Dursun Odabaş Medical Center of Van Yüzüncü Yıl University, as well as CE samples collected from a total of 150 animals, including 75 sheep and 75 cattle slaughtered at slaughterhouses in Van. Cyst fluid samples taken from animals and humans were examined under a light microscope for the presence of protoscoleces and hooks. Subsequently, DNA isolation was performed from germinal membrane samples obtained from cysts derived from animals and cyst fluid samples obtained from humans. The cox1 and cob gene regions of DNA isolates were amplified by PCR. Sequence analysis was performed on a total of 42 PCR products from 10 humans, 16 sheep, and 16 cattle that yielded good quality bands after electrophoresis. DNA sequences were determined by comparing the isolates with reference genotypes in GenBank (BLAST). It was determined that 100% of the human cysts, 48.4% of the sheep cysts, and 29.4% of the non-calcified cattle cysts were fertile. As a result of the BLAST process, it was determined that 100%, 85.7%, and 81.2% of CE isolates obtained from humans, sheep, and cattle, respectively, were of the G1 genotype. Additionally, it was found that isolates obtained from two sheep (14.3%) and one cattle (6.25%) belonged to the G3 genotype, while isolates from two cattle (12.5%) belonged to the G7 genotype. In conclusion, it was determined that G1 and G3 genotypes are dominant in Van, while the presence of the G7 genotype in Van was detected for the first time in this study.