Investigation of Some Viruses in Alfalfa Production Areas of Muş Province Using Multiplex Rt-Pcr Method and Molecular Characterization of Some Virus Isolates

Abstract

Muş ili ve ilçelerinde yonca ekim alanlarında yonca virüs (AMV, BYMV, CMV, CYVV)'lerini tespit için 2023 yılında survey çalışmaları yürütülmüştür. Yoncada bulunan virüslerin varlığını belirlemek amacıyla multipleks RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. Muş'taki yonca tarlalarından 479 tane taze yonca yaprak örneği toplanmıştır. Test edilen 479 yonca örneğinin 17 tanesinde AMV tespit edilmiştir. Muş ilinde yonca virüslerinin genel infeksiyon oranı %3.54 olarak bulunmuştur. Test edilen numunelerin hiçbirinde BYMV, CMV ve CYVV virüsleri tespit edilememiştir. Tespit edilen AMV virüsünün kılıf protein ve hareket protein genlerinin moleküler karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. Çalışmada tespit edilen AMV izolatlarından rastgele üçer izolat seçilerek kılıf protein (CP) genleri ve hareket protein (MP) genleri karakterize edilmiştir. AMV 121 nolu örnek (Gen Erişim No: PP760451), AMV 199 nolu örnek (Gen Erişim No: PP781953), AMV 217 nolu örnek (Gen Erişim No: PP781954) virüslerinin kılıf protein genlerinin tamamı ve AMV121 (Gen Erişim No: PP760452), AMV 199 nolu örnek (Gen Erişim No: PP781955), AMV 217 nolu örnek (Gen Erişim No: PP781956) virüslerinin hareket proteinlerinin tamamı klonlanarak yeni nesil dizileme (NGS) ile nükleik asit dizileri ortaya çıkarılmıştır. Çalışmadan elde edilen izolatların CP gen nükleotit dizileri Türkiye'deki ve dünyadaki diğer izolatlarla %94-100 ve %93-100 arasında değişen oranlarda benzerlik göstermiştir. Diğer yandan, MP genleri ise Türkiye'deki diğer izolatlarla %93-100 arasında ve dünyadaki diğer izolatlar ise %92-100 arasında nükleotit homolojisi gösterdiği belirlenmiştir. Bu çalışma ile Muş ili yonca alanlarında AMV ilk kez rapor edilmiştir.

In 2023, survey studies were conducted in Muş province and its districts to detect the presence of alfalfa viruses (AMV, BYMV, CMV, CYVV) in alfalfa cultivation areas. The multiplex RT-PCR method was used to test for the presence of alfalfa viruses. Molecular characterization of the coat protein and movement protein genes of the AMV virus detected in Muş was performed. A total of 479 fresh alfalfa leaf samples were collected from alfalfa fields in Muş. AMV was detected in 17 out of the 479 tested alfalfa samples. The general infection rate of alfalfa viruses in Muş was found to be 3.54%. None of the samples tested positive for BYMV, CMV, or CYVV. Three positive AMV isolates were randomly selected, and the coat protein genes and movement protein genes were characterized molecularly. The full-length coat protein genes of the viruses AMV 121 (GenBank Accession No: PP760451), AMV 199 (GenBank Accession No: PP781953), and AMV 217 (GenBank Accession No: PP781954) were cloned, as well as the full-length movement protein genes of AMV 121 (GenBank Accession No: PP760452), AMV 199 (GenBank Accession No: PP781955), and AMV 217 (GenBank Accession No: PP781956). The nucleotide sequences of these genes were determined using next-generation sequencing (NGS). The CP gene nucleotide sequences of the current isolates showed similarity rates ranging from 94% to 100% with other isolates from Turkey and from 93% to 100% with isolates worldwide, respectively. On the other hand, the MP genes displayed nucleotide homology ranging from 93% to 100% with other isolates from Turkey and from 92% to 100% with isolates worldwide. This study reports the presence of AMV in alfalfa cultivation areas in Muş province for the first time.