Klinik Örneklerden İzole Edilen Pseudomonas Aeruginosa Suşlarında Virülans Genlerinin Araştırılması

Abstract

Pseudomonas aeruginosa‟nın sahip olduğu geniĢ yelpazeli virülans faktörleri, metabolik esnekliği ve çoklu antibiyotiklere karĢı direnci, özellikle hastane kaynaklı enfeksiyonların tedavisini zorlaĢtırmaktadır. ÇalıĢmada, Van YYÜ Dursun OdabaĢ Tıp Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı‟na çeĢitli kliniklerden gönderilen hasta örneklerinden izole edilen P. aeruginosa suĢlarında virulans genleri araĢtırılmıĢtır. Bu çalıĢmada klinik örneklerden izole edilen 100 P. aeruginosa suĢunda 11 virülans geni araĢtırılmıĢtır. Klinik örneklerin koyun kanlı agar ve eosin metilen blue agar besiyerlerine ekimi yapılarak 24-48 saat aralığın da 37 ℃‟de inkübasyona bırakıldı. Bu süre sonunda üreme saptanan ve uygun koloni morfolojisine sahip gram negatif, oksidaz ve katalaz testi pozitif ekĢimsi üzüm kokulu örnekler Pseudomonas olarak değerlendirilmiĢtir. Daha sonra bu izolatlar BD Phoenix™ (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testleri yapılmıĢtır. ÇalıĢmaya alınan suĢlar virülans genlerinin tespiti için steril boncuklu tüplerde -80 ℃‟ de saklanmıĢtır. Bakteri Genomik DNA Ġzolasyonu için HY-BAGDNA-100 (Türkiye) Bakteri Genomik DNA Ġzolasyon Kiti kullanıldı. P. aeruginosa suĢlarında Las R, Las I, LasA, LasB, Rhl I, Rhl R, Alg D, Exo S, Exo U, Exo T ve Exo Y genleri uygun primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araĢtırılmıĢtır. Numunelerin %22'si solunum sekresyonu %14'ü idrar, %20‟si balgam, %11‟i yara, %8‟i kan ve %25‟i diğer steril vücut sıvılarından oluĢmuĢtur. ÇalıĢmaya alınan suĢların 65‟i (%65) erkek, 35‟i (%35) kadın hastalardan izole edilmiĢtir. SuĢların 92‟si (%92) yetiĢkin ve 8‟i (%8) çocuk hastalardan elde edilmiĢtir. Örneklerin 41‟i (%41) yoğun bakımlardan, 59‟u (%59) ise servislerden gelen hastalara aitti. Antibiyotik duyarlılık testlerinde; ceftazidime/avibactama %87,8, ciprofloxacine %60,6,‟si levofloxacine %58,7 ve ceftazidime %54,4 oranında direnç saptanmıĢtır. Kolistin ve tobramisin, sırasıyla %17,3 ve %12,5 ile en düĢük direnç oranlarına sahip antibiyotikler olmuĢtur. Virülans genlerinin tespit oranları sıklık sırasına göre; LasB %100, Las I %98, Alg D %98, Las R %97, Exo T %97, Rhl R %92, Exo Y %90, LasA %54, Exo U %53, Rhl I %41 ve Exo S %37 oranında tespit edilmiĢtir. Genlerin bu kadar yaygın görülmesi, bu suĢların yüksek patojenite potansiyeli taĢıdığını göstermektedir. Elde edilen sonuçlar, bölgemizdeki P. aeruginosa suĢlarının hem yüksek düzeyde virülans faktörleri taĢıdığını hem de çoklu antibiyotik direnci geliĢtirdiğini göstermektedir. Bu bulgular, enfeksiyon kontrol önlemlerinin güçlendirilmesi ve tedavi protokollerinin lokal direnç paternlerine göre güncellenmesi gerektiğini ortaya koymaktadır.

Pseudomonas aeruginosa has a wide range of virulence factors, metabolic flexibility and resistance to multiple antibiotics, making it difficult to treat hospital-acquired infections in particular. In this study, virulence genes were investigated in P. aeruginosa strains isolated from patient samples sent from various clinics to Van YYU Dursun Odabas Medical Center Microbiology Laboratory. In this study, 11 virulence genes were investigated in 100 P. aeruginosa strains isolated from clinical samples. Clinical samples were cultured on sheep blood agar and eosin methylene blue agar media and incubated at 37 for 24-48 hours. At the end of this period, gram negative, oxidase and catalase test positive sour grape odor samples with appropriate colony morphology were evaluated as Pseudomonas. These isolates were then identified and tested for antibiotic susceptibility using the BD Phoenix™ (Becton Dickinson, USA) automated system. The strains included in the study were stored in sterile beaded tubes at -80 for the detection of virulence genes. HY-BAGDNA-100 (Turkey) Bacterial Genomic DNA Isolation Kit was used for Bacterial Genomic DNA Isolation. Las R, Las I, LasA, LasB, Rhl I, Rhl R, Alg D, Exo S, Exo U, Exo T and Exo Y genes in P. aeruginosa strains were investigated using appropriate primers using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method. 22% of the samples were respiratory secretions, 14% urine, 20% sputum, 11% wound, 8% blood and 25% other sterile body fluids. Of the strains included in the study, 65 (65%) were isolated from male and 35 (35%) were isolated from female patients. 92 (92%) of the strains were obtained from adult and 8 (8%) from pediatric patients. 41 (41%) of the samples belonged to patients from intensive care units and 59 (59%) belonged to patients from wards. In antibiotic susceptibility tests, resistance was detected at 87.8 % to ceftazidime/avibactam, 60.6 % to ciprofloxacin, 58.7% to levofloxacin and 54.4% to ceftazidime. Colistin and tobramycin were the antibiotics with the lowest resistance rates with 17.3 % and 12.5%, respectively. The detection rates of virulence genes, in order of frequency, are as follows; Las B 100%, Las I 98%, Alg D 98%, Las R 97%, Exo T 97%, Rhl R 92%, Exo Y 90%, Las A 54%, Exo U 53%, Rhl I 41% and Exo S 37% were detected. The fact that these genes are so common indicates that these strains have high pathogenicity potential. The results obtained show that P. aeruginosa strains in our region both carry high levels of virulence factors and have developed multiple antibiotic resistance. These findings reveal that infection control measures should be strengthened and treatment protocols should be updated according to local resistance patterns.