Doktora Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14720/12

Browse

Now showing 1 - 5 of 5

Cloning, Bacterial Expression, Purification and the Antiviral Effect on Zucchini Yellow Mosaic Virus (zymv) of Tritin Protein Gene Which Is Inactivating Ribosome in Wheat (triticum Aestivum L.)
(2022) Demirel, Serap; Usta, Mustafa
Bitki virüsleri ekonomik olarak önemli kayıplara neden olan ve etkin mücadele yöntemleri çoğunlukla olmayan patojenlerdir. Bu tez çalışması kapsamında, buğday bitkisinden rekombinant tritin proteinin elde edilmesi ve proteinin sakız kabağı (Cucurbita pepo L.) bitkisinde Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV)'üne karşı antiviral aktivitesi ortaya konmaya çalışılmıştır. Ekmeklik buğday çeşidi Kutluk-94'ten izole edilen total ribonükleik asit (RNA) komplementer DNA sentezinde (cDNA) kullanılmıştır. Gen spesifik primerlerle tritin geni RT-PZR ile çoğaltılarak izole edilmiştir. Tritin geni pGEM-T Easy ve pETDuet-1 vektörüne klonlanmıştır. E. coli BL21 (DE3) hücrelerinde tritin proteinin ekpresyonu sağlandıktan sonra, tritin proteini izole edilmiş ve saflaştırılmıştır. SDS-PAGE ile doğrulananan proteinin konsantrasyonu 12.56 mg/ml olarak belirlenmiştir. Sadece ZYMV uygulanan bitkilerde hastalık şiddeti %92.74 iken, 2 mg/ml tritin uygulanan bitkilerde hastalık şiddeti %46.66 olarak hesaplanmıştır. Hastalık şiddetinde azalışa neden olan tritin proteini, aynı zamanda ZYMV-CP geninin ekpresyon seviyesinde de azalışa neden olmuştur. Tritin uygulanan bitkilerde pathogenesis related gene 1 (PR1) geninin ifadesinin arttığı real time PZR ile ortaya konmuştur. Tritinin ZYMV virüsüne karşı antiviral etkisine ilaveten, morfolojik veriler farklı konsantrasyonlardaki tritin proteinin sakız kabağı bitkilerine fitotoksik etki ettiğini göstermiştir.
Determination of Important Potatoes Virus Diseases in the Eastern Anatolia by Multiplex Rt-Pcr and Characterization of Virus Isolates
(2022) Korkmaz, Gülüstan; Usta, Mustafa
Bu çalışmada Doğu Anadolu Bölgesi'ndeki tarlalardan toplanan 1130 adet patates bitkisi yaprak örneğinde; multipleks RT-PCR yöntemi ile önemli 5 viral etmenin yaygınlığı araştırılmıştır. Yapılan multipleks RT-PCR testi sonuçlarına göre; araştırılan viral etmenlerin Doğu Anadolu Bölgesindeki yaygınlığı sırasıyla (PVY) %35, (PVS) %8,5, (PVX) %1,8 ve (PLRV) %1 olarak teşhis edilmekle birlikte PVA varlığı tespit edilememiştir. Test edilen 1130 örnekten 419'unun araştırılan virüslerden en az bir tanesi ile bulaşık olduğu ve 74 PVY+PVS, 13 PVY+PVX, 2 PVY+PLRV, 8 PVY+PVS+PVX ve 1 PVY+PVS+PLRV olmak üzere 98'inde karışık infeksiyonlar oluştuğu tespit edilmiştir. PVY pozitif sonuç veren 396 örnekte bazı PVY ırkları multipleks RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Yapılan multipleks RT-PCR test sonuçlarına göre; örneklerin %45.2'sinde PVYN:O, %34.59'unda PVYNTN, 10.35'inde PVYNTN+PVYN:O ve %0.25'inde PVYO+PVYNTN ırklarının varlığı tespit edilmiştir. Tespit edilen virüs izolatlarının her birinden 2 adet seçilerek kılıf protein gen bölgelerinin karakterizasyonu sağlanmıştır. PLRV; Bitlis 534 (erişim no: MZ543310) ve Bitlis 581 (erişim no: MZ543311), 'PVS; Erzurum 388 (erişim no: MZ543314) ve Bitlis 694 (erişim no: MZ543315)', 'PVX; Erzurum 291 (erişim no: MZ543312) ve Erzurum 297 (erişim no: MZ543313)', 'PVY; Erzurum 391 (erişim no: OK554546) ve Bitlis 693 (erişim no: OL332045)' izolatlarının kılıf protein gen bölgelerinin tamamı klonlanmış ve genom dizilemeleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen kılıf protein gen dizileri dünyadaki diğer izolatlara ait gen dizileriyle karşılaştırılarak filogenetik ilişkileri ortaya konulmuştur. Tüm izolatların kendi aralarında ve dünyadaki diğer izolatlarla yapılan ikili baz çifti karşılaştırmalarında; aralarında yüksek oranda tutarlılık olduğu, aralarındaki bu benzerliğin konukçularına ya da belirli bölgelere özelleşmediği ortaya konulmuştur.
The Effects of Abscisic Acid and Arbuscular Mycorrhizal Fungus (amf) Applications on Bean Coal Rot Disease (macrophomina Phaseolina) (tassi) Goid. and Some Yield Components in Limited Irrigation Conditions in Beans (phaseolus Vulgaris L.)
(2022) Vural, Ali; Demir, Semra; Erdinç, Çeknas
Bu çalışmada, kısıtlı sulama koşullarında Arbusküler Mikorizal Fungus (AMF) ve absisik asit (ABA) uygulamalarının fasulye bitkisinde, kömür çürüklüğü hastalığına (Macrophomina phaseolina) ve bazı verim unsurlarına etkisi araştırılmıştır. Çalışmada mikorhizal uyumu en iyi olan Gina taze fasulye çeşidi kullanılmıştır. 1, 5, 10 ve 20 µM ABA dozları arasında in vitro ve in vivo'da hastalık ve AMF gelişimine etkileri açısından en uygun dozun 5 µM olduğu belirlenmiştir. Çalışmada uygun kısıtlı sulama dozunu belirlemek için de AMF ve 5 µM ABA uygulanmış fasulye bitkilerine 4 farklı sulama uygulaması (% 25, % 50 ve % 75 kısıtlı su, % 100 (Normal Sulama) yapılmıştır. Deneme sonucunda, bitki gelişimi, hastalık şiddeti, kuraklık, toplam klorofil ve AMF gelişimi açısından % 50 su kısıtının oluşturulacak olan su noksanlığı stresi için en uygun sulama seviyesi olduğu belirlenmiştir. Çalışmanın son aşamasında, % 50 kısıtlı sulama, AMF ve 5 µM ABA'nın uygulandığı fasulye bitkileri örtü altında yetiştirilerek, bitki gelişimi, verim/ verim unsurları, kuraklık, toplam antioksidan, fenol ve klorofil içeriği, ABA içeriği, antioksidatif enzimler, besin elementi içeriği, hastalık şiddeti ve baskılanma oranı ve AMF gelişim parametreleri açısından değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgulara göre, AMF'nin genel olarak tek veya stres faktörleri (kısıtlı su ve hastalık) ile beraber olduğu uygulamalarda bitki gelişimi, verim ve verim unsurları, besin elementlerinin alımı ve hastalığın baskılanmasında olumlu etki gösterdiği ve ABA içeriğini arttırdığı belirlenmiştir. Ayrıca, stres faktörlerinin uygulandığı uygulamalarda toplam fenol, antioksidan, lipit peroksidasyonu (MDA) ve antioksidatif enzim içeriklerinin de kontrol uygulamasına göre arttığı belirlenmiştir.
The Effects of Arbuscular Micorizal Fungus (amf) and Strigolactone Treatments Against Foot and Root Rot Disease (fusarium Culmorum (w.g. Smith) Saccardo) in Wheat
(2024) Boyno, Gökhan; Demir, Semra; Danesh, Younes Rezaee
Dünya genelinde önemli bir tarım ürünü olan buğday, kök ve kök boğazı çürüklüğü (FRR) ile Fusarium başak yanıklığına (FHB) neden olan Fusarium culmorum (FC) gibi fungal patojenlerin tehdidi altındadır. Bu çalışma, FC'nin neden olduğu FRR'ye karşı buğday bitkilerinde Strigolaktonun (SL) sentetik analoğu rac-GR24 ve arbusküler mikorizal fungus (Funneliformis mosseae, AMF) uygulamalarının bitki gelişimi, fizyolojik tepkiler, hastalığa karşı moleküler düzeyde dayanıklık geliştirme ve toprak sağlığı üzerindeki etkilerini araştırmaktadır. Çalışmada, FC'ye hassas 'Esperia' ve dayanıklı 'Demir 2000' buğday çeşitleri kullanılmıştır. Çalışmanın ön deneme aşamasında, AMF ile sinerjik etkiyi artıran en uygun SL konsantrasyonu (0, 1, 5, 10, 15 ve 20 μM) ve uygulama şekli (rizosferden ve yeşil aksamdan) belirlenmiştir. Bitki morfolojisi, klorofil, fosfor içeriği ve mikorizal simbiyoz dahil 72 parametre üzerinden yapılan analizler sonucunda, en etkili konsantrasyonun '15 μM' ve uygulama şeklinin 'rizosferden' yapılması olduğu ortaya konmuştur. Ana denemede, AMF ve SL uygulamalarının FC'ye karşı hassas ve dayanıklı buğday çeşitlerinde bitki gelişimi ve savunma mekanizmaları üzerindeki etkileri detaylandırılmıştır. SL ve AMF'nin sinerjik etkileri, bitki morfolojisi, klorofil içeriği, biyokimyasal aktiviteler ve fosfor alımı gibi parametrelerde anlamlı iyileşmeler sağlamış, bu durum bitki sağlığını ve büyümesini desteklemiştir. Özellikle hassas çeşit Esperia'da toplam fenolik içeriği, antioksidan aktivitesi ve prolin seviyelerinde dengeli bir artış sağlanarak hastalık stresine karşı savunma kapasitesi güçlendirilmiştir. Moleküler düzeyde yapılan analizler, AMF ve SL'nin birlikte uygulanmasının bitki gelişim genleri (Rubisco, TEF) ve savunma genleri (PAL, PR2, PR3, PR4) üzerinde belirgin etkiler yarattığını ortaya koymuştur. PAL ve PR3/PR4 genlerinin ekspresyonu artarken, PR2 geni baskılanmış ve bu durum bitkinin belirli yolaklarını destekleyen bir savunma stratejisi ile hastalığa karşı dayanıklılığı artırmasını sağlamıştır. Toprak sağlığı açısından ise AMF ve SL uygulamalarının topraktaki enzim aktivitelerini (katalaz, üreaz, dehidrogenaz) ve glomalin üretimini artırarak mikrobiyal topluluğu güçlendirdiği ve organik madde döngüsünü iyileştirdiği belirlenmiştir. Bu bulgular, SL ve AMF uygulamalarının kimyasal gübre ve pestisitlere olan bağımlılığı azaltma ve sürdürülebilir tarım uygulamalarını teşvik etme potansiyelinin altını çizmektedir
Effects of Endophite Bacteria Applications on Some Morphological and Physiological Characteristics and Gene Expressions in Cucumbers Under Biotic and Abiotic Stress
(2024) Uçar, Ceylan Pınar; Akköprü, Ahmet; Bektaş, Yasemin
Bitki hastalıkları ile biyolojik savaşta genellikle biyolojik kontrol ajanının (BKA) etkinliği tek stres altındaki bitkilerde değerlendirildiği için doğada birden fazla strese maruz kalan bitkinin ve BKA'nın performansı tam olarak yansıtılamamaktadır. Bu çalışma, Pseudomonas syringae pv. lachrymans (Psl)'nin neden olduğu Hıyar Köşeli Yaprak Lekeli (HKYL) Hastalığı ve polietilen glikol (PEG) ile oluşturulan kuraklık stresine ardışık olarak maruz kalmış hıyarlarda endofit bakterilerin (EB) ve stres faktörlerinin birbirleri üzerine etkisi araştırılmıştır. Her iki strese karşı ayrı ayrı başarılı olduğu tespit edilmiş EB Acinetobacter calcoaceticus V33K2 izolatı hıyarlara uygulanmış ve hidroponik ortamda ardışık olarak biyotik (Psl) ve abiyotik (kuraklık) strese maruz bırakılmıştır. Kuraklık stresinin önce uygulandığı gruplarda HKYL hastalık şiddeti %131, kuraklık şiddeti ise %50 oranında artmış, Psl önce uygulanmış gruplarda pozitif kontrole göre değişim gözlenmemiştir. Seçilen EB V33K2 izolatı HKYL hastalığını (%46) ve kuraklık stresinin (%11) etkilerini azaltmıştır. EB V33K2 iki strese maruz kalan bitkilerde ise sırasıyla kuraklık ve HKYL hastalık şiddetini; kuraklık stresi önceliğinde %22 ve 36, biyotik strese önceliğinde ise %11 ve 20 oranında azaltmıştır. EB V33K2 uygulamaları toplam klorofil, klorofil-a ve karotenoid içeriğinde önemli artışlar sağlamıştır. MDA içeriği EB uygulamasında en düşük düzeyde kalmıştır. Uygulama grupları arasında en yüksek prolin birikimi EB+PEG+Psl grubunda gözlenmiştir. PR-1 geninde ikili stres altında ve LOX-1 geninde ise tüm stres faktörleri altında 96. saatte EB uygulanan gruplarda uygulanmayan gruplara göre gen ifadesi yukarı yönlü ifadesinin daha fazla olduğu gözlenmiştir. SnRK-2.5 geninde ise ikili stres uygulamalarında 72. ve 96. saatte EB uygulanan grupların uygulanmayan gruplara göre yukarı yönlü indüklenmeyi arttırdığı gözlenmiştir. EB V33K2 uygulaması ikili stres koşullarında hıyar bitkilerinin sağlığı ve gelişimine önemli katkı sağlamıştır. Ancak bu konunun tam olarak anlaşılması için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.

Browse

Browsing Doktora Tezleri by Department "Fen Bilimleri Enstitüsü / Bitki Koruma Ana Bilim Dalı / Fitopatoloji Bilim Dalı"